# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.021 0.030 0.050 0.062 0.120 0.109 0.561 2 T 0.148 0.037 0.029 0.036 0.057 0.103 0.119 0.471 3 Q 0.089 0.020 0.029 0.036 0.081 0.135 0.061 0.548 4 S 0.029 0.005 0.036 0.027 0.057 0.110 0.053 0.682 5 V 0.019 0.004 0.089 0.093 0.127 0.165 0.056 0.448 6 L 0.017 0.003 0.046 0.021 0.051 0.115 0.027 0.720 7 L 0.115 0.007 0.064 0.061 0.049 0.161 0.071 0.472 8 P 0.040 0.007 0.019 0.009 0.015 0.128 0.024 0.757 9 P 0.063 0.011 0.011 0.006 0.012 0.100 0.071 0.727 10 G 0.118 0.076 0.022 0.017 0.018 0.129 0.159 0.461 11 P 0.083 0.134 0.016 0.012 0.020 0.160 0.045 0.530 12 F 0.054 0.161 0.023 0.017 0.022 0.093 0.060 0.570 13 T 0.107 0.620 0.007 0.007 0.013 0.033 0.062 0.151 14 R 0.068 0.713 0.008 0.006 0.008 0.031 0.037 0.129 15 R 0.013 0.806 0.007 0.011 0.013 0.022 0.020 0.109 16 Q 0.019 0.900 0.003 0.003 0.006 0.008 0.019 0.042 17 A 0.013 0.498 0.010 0.015 0.024 0.024 0.335 0.080 18 Q 0.001 0.068 0.007 0.013 0.021 0.010 0.861 0.018 19 A 0.003 0.203 0.009 0.015 0.022 0.013 0.706 0.030 20 V 0.022 0.726 0.016 0.044 0.063 0.014 0.070 0.044 21 T 0.054 0.191 0.040 0.061 0.151 0.050 0.230 0.222 22 T 0.013 0.055 0.071 0.059 0.068 0.096 0.435 0.204 23 T 0.072 0.087 0.103 0.056 0.091 0.106 0.213 0.272 24 Y 0.042 0.022 0.066 0.043 0.041 0.174 0.102 0.510 25 S 0.013 0.018 0.118 0.041 0.086 0.152 0.082 0.489 26 N 0.024 0.015 0.179 0.050 0.119 0.109 0.108 0.396 27 I 0.011 0.006 0.266 0.109 0.117 0.105 0.084 0.301 28 T 0.023 0.007 0.343 0.075 0.114 0.081 0.071 0.286 29 L 0.099 0.012 0.126 0.092 0.105 0.117 0.096 0.352 30 E 0.035 0.008 0.088 0.036 0.068 0.139 0.063 0.562 31 D 0.104 0.008 0.022 0.014 0.036 0.137 0.065 0.614 32 D 0.131 0.017 0.019 0.028 0.033 0.151 0.123 0.498 33 Q 0.047 0.030 0.015 0.019 0.059 0.166 0.023 0.641 34 G 0.038 0.039 0.025 0.036 0.166 0.117 0.033 0.546 35 S 0.016 0.039 0.038 0.223 0.360 0.073 0.043 0.210 36 H 0.012 0.043 0.056 0.180 0.429 0.047 0.053 0.180 37 F 0.005 0.017 0.026 0.331 0.488 0.018 0.033 0.082 38 R 0.002 0.005 0.030 0.349 0.531 0.012 0.030 0.040 39 L 0.002 0.003 0.031 0.326 0.577 0.009 0.016 0.036 40 V 0.001 0.001 0.024 0.386 0.552 0.005 0.010 0.019 41 V 0.003 0.002 0.038 0.384 0.487 0.012 0.024 0.051 42 R 0.015 0.004 0.040 0.286 0.419 0.037 0.033 0.166 43 D 0.301 0.012 0.015 0.060 0.085 0.070 0.036 0.422 44 T 0.198 0.036 0.009 0.023 0.025 0.094 0.030 0.585 45 E 0.024 0.043 0.009 0.011 0.049 0.100 0.012 0.753 46 G 0.017 0.078 0.025 0.053 0.192 0.093 0.101 0.442 47 R 0.005 0.067 0.029 0.356 0.330 0.038 0.071 0.103 48 M 0.006 0.059 0.045 0.282 0.378 0.022 0.070 0.137 49 V 0.005 0.040 0.060 0.376 0.396 0.015 0.056 0.052 50 W 0.010 0.021 0.105 0.237 0.441 0.017 0.088 0.081 51 R 0.040 0.025 0.040 0.374 0.337 0.027 0.070 0.088 52 A 0.058 0.024 0.046 0.129 0.254 0.084 0.038 0.366 53 W 0.047 0.019 0.023 0.083 0.152 0.119 0.032 0.524 54 N 0.021 0.019 0.031 0.065 0.113 0.117 0.058 0.575 55 F 0.113 0.051 0.017 0.034 0.046 0.131 0.041 0.568 56 E 0.158 0.074 0.028 0.066 0.060 0.119 0.081 0.414 57 P 0.077 0.042 0.009 0.008 0.014 0.111 0.018 0.722 58 D 0.224 0.151 0.019 0.022 0.025 0.092 0.102 0.366 59 A 0.074 0.223 0.006 0.008 0.014 0.097 0.030 0.548 60 G 0.100 0.275 0.020 0.015 0.028 0.066 0.153 0.343 61 E 0.041 0.419 0.020 0.047 0.041 0.086 0.072 0.273 62 G 0.074 0.534 0.022 0.017 0.033 0.057 0.043 0.220 63 L 0.072 0.546 0.016 0.029 0.042 0.047 0.062 0.186 64 N 0.048 0.512 0.016 0.019 0.049 0.044 0.127 0.185 65 R 0.026 0.165 0.038 0.063 0.082 0.048 0.368 0.209 66 Y 0.014 0.063 0.072 0.086 0.120 0.063 0.464 0.119 67 I 0.066 0.062 0.127 0.099 0.125 0.081 0.174 0.265 68 R 0.300 0.033 0.037 0.038 0.062 0.078 0.046 0.405 69 T 0.083 0.014 0.011 0.012 0.019 0.066 0.046 0.748 70 S 0.013 0.007 0.022 0.015 0.037 0.163 0.042 0.701 71 G 0.031 0.012 0.033 0.031 0.061 0.175 0.075 0.583 72 I 0.034 0.013 0.029 0.058 0.036 0.127 0.072 0.630 73 R 0.072 0.055 0.029 0.021 0.034 0.082 0.065 0.644 74 T 0.084 0.065 0.021 0.020 0.031 0.084 0.183 0.512 75 D 0.044 0.127 0.044 0.033 0.034 0.107 0.107 0.504 76 T 0.071 0.356 0.023 0.018 0.033 0.069 0.047 0.382 77 A 0.081 0.380 0.032 0.027 0.034 0.071 0.044 0.330 78 T 0.058 0.362 0.039 0.037 0.056 0.060 0.103 0.285 79 R 0.093 0.316 0.034 0.030 0.039 0.069 0.134 0.285 80 L 0.113 0.226 0.044 0.040 0.046 0.075 0.131 0.325 81 E 0.094 0.120 0.035 0.040 0.051 0.088 0.092 0.481 82 H 0.085 0.064 0.030 0.025 0.042 0.094 0.088 0.572 83 H 0.104 0.042 0.035 0.041 0.058 0.115 0.081 0.524 84 H 0.111 0.015 0.019 0.027 0.042 0.101 0.051 0.634 85 H 0.062 0.010 0.013 0.024 0.035 0.111 0.043 0.701 86 H 0.030 0.008 0.015 0.019 0.038 0.117 0.037 0.736 87 H 0.044 0.011 0.021 0.032 0.054 0.115 0.049 0.674