# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.066 0.048 0.078 0.065 0.075 0.108 0.106 0.120 0.108 0.096 2 T 0.144 0.179 0.080 0.155 0.123 0.093 0.092 0.055 0.040 0.025 0.014 3 Q 0.280 0.170 0.113 0.161 0.110 0.069 0.048 0.024 0.015 0.007 0.003 4 S 0.142 0.073 0.039 0.093 0.099 0.096 0.147 0.111 0.093 0.066 0.041 5 V 0.096 0.087 0.057 0.119 0.125 0.108 0.137 0.095 0.087 0.058 0.033 6 L 0.109 0.134 0.051 0.154 0.144 0.113 0.122 0.071 0.055 0.031 0.017 7 L 0.037 0.028 0.020 0.047 0.060 0.085 0.159 0.165 0.165 0.138 0.097 8 P 0.243 0.156 0.064 0.122 0.120 0.085 0.097 0.052 0.034 0.017 0.010 9 P 0.523 0.188 0.064 0.121 0.048 0.024 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 10 G 0.260 0.175 0.039 0.115 0.097 0.090 0.098 0.053 0.037 0.024 0.012 11 P 0.392 0.167 0.079 0.119 0.072 0.056 0.054 0.028 0.018 0.010 0.005 12 F 0.047 0.053 0.032 0.068 0.087 0.115 0.177 0.124 0.124 0.105 0.068 13 T 0.044 0.149 0.123 0.176 0.115 0.108 0.130 0.073 0.046 0.024 0.012 14 R 0.226 0.100 0.089 0.252 0.189 0.084 0.039 0.012 0.006 0.002 0.001 15 R 0.265 0.149 0.272 0.160 0.075 0.041 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.006 0.017 0.092 0.117 0.103 0.151 0.233 0.125 0.089 0.047 0.019 17 A 0.021 0.014 0.133 0.053 0.065 0.103 0.253 0.156 0.109 0.065 0.028 18 Q 0.016 0.035 0.551 0.246 0.093 0.038 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 19 A 0.006 0.027 0.286 0.101 0.117 0.127 0.148 0.071 0.060 0.039 0.018 20 V 0.006 0.008 0.046 0.028 0.023 0.029 0.094 0.120 0.194 0.229 0.224 21 T 0.021 0.043 0.184 0.146 0.160 0.163 0.167 0.060 0.031 0.016 0.008 22 T 0.027 0.050 0.333 0.129 0.097 0.076 0.093 0.065 0.057 0.045 0.028 23 T 0.066 0.106 0.139 0.172 0.156 0.121 0.132 0.049 0.032 0.017 0.010 24 Y 0.012 0.011 0.023 0.020 0.020 0.027 0.084 0.105 0.203 0.227 0.267 25 S 0.092 0.097 0.139 0.212 0.171 0.122 0.098 0.036 0.020 0.009 0.005 26 N 0.045 0.096 0.088 0.202 0.156 0.138 0.140 0.065 0.040 0.020 0.009 27 I 0.007 0.005 0.007 0.011 0.013 0.023 0.072 0.121 0.224 0.252 0.263 28 T 0.050 0.123 0.091 0.223 0.179 0.131 0.110 0.041 0.027 0.014 0.011 29 L 0.016 0.019 0.015 0.034 0.038 0.044 0.105 0.144 0.209 0.213 0.162 30 E 0.120 0.139 0.061 0.186 0.166 0.119 0.100 0.048 0.033 0.017 0.012 31 D 0.103 0.093 0.043 0.125 0.111 0.094 0.137 0.101 0.089 0.060 0.044 32 D 0.094 0.111 0.042 0.156 0.160 0.141 0.130 0.071 0.046 0.031 0.019 33 Q 0.200 0.255 0.078 0.200 0.110 0.065 0.048 0.019 0.013 0.008 0.005 34 G 0.296 0.098 0.032 0.105 0.090 0.086 0.102 0.063 0.056 0.043 0.028 35 S 0.166 0.125 0.047 0.153 0.115 0.104 0.131 0.065 0.050 0.028 0.017 36 H 0.013 0.026 0.027 0.097 0.103 0.132 0.230 0.148 0.116 0.070 0.038 37 F 0.005 0.006 0.009 0.023 0.029 0.047 0.128 0.165 0.210 0.210 0.171 38 R 0.004 0.015 0.027 0.150 0.178 0.187 0.173 0.117 0.078 0.049 0.022 39 L 0.003 0.009 0.017 0.045 0.062 0.101 0.186 0.191 0.194 0.136 0.056 40 V 0.002 0.005 0.011 0.025 0.035 0.049 0.144 0.189 0.232 0.189 0.118 41 V 0.002 0.005 0.011 0.027 0.035 0.042 0.144 0.184 0.226 0.205 0.120 42 R 0.003 0.018 0.029 0.112 0.157 0.150 0.207 0.148 0.103 0.050 0.023 43 D 0.089 0.146 0.118 0.230 0.164 0.113 0.085 0.032 0.016 0.006 0.002 44 T 0.357 0.166 0.075 0.172 0.091 0.061 0.048 0.018 0.008 0.004 0.001 45 E 0.352 0.218 0.055 0.123 0.078 0.055 0.056 0.027 0.020 0.012 0.006 46 G 0.122 0.103 0.041 0.102 0.090 0.113 0.157 0.110 0.083 0.051 0.029 47 R 0.031 0.081 0.043 0.189 0.204 0.185 0.146 0.061 0.035 0.017 0.008 48 M 0.034 0.034 0.051 0.089 0.089 0.110 0.185 0.143 0.132 0.086 0.046 49 V 0.017 0.021 0.032 0.152 0.184 0.158 0.164 0.107 0.080 0.052 0.033 50 W 0.008 0.008 0.030 0.025 0.023 0.031 0.096 0.149 0.233 0.231 0.166 51 R 0.003 0.006 0.025 0.079 0.111 0.143 0.214 0.173 0.132 0.076 0.038 52 A 0.006 0.014 0.089 0.045 0.043 0.066 0.159 0.155 0.174 0.149 0.102 53 W 0.007 0.010 0.025 0.054 0.074 0.109 0.218 0.179 0.164 0.106 0.054 54 N 0.006 0.009 0.013 0.018 0.019 0.033 0.100 0.150 0.225 0.240 0.187 55 F 0.015 0.031 0.034 0.060 0.066 0.076 0.132 0.143 0.169 0.156 0.119 56 E 0.050 0.058 0.051 0.106 0.105 0.118 0.179 0.131 0.103 0.060 0.040 57 P 0.111 0.080 0.048 0.124 0.133 0.130 0.141 0.090 0.069 0.047 0.027 58 D 0.217 0.208 0.082 0.163 0.121 0.078 0.062 0.030 0.020 0.012 0.007 59 A 0.026 0.031 0.014 0.038 0.039 0.051 0.106 0.117 0.174 0.201 0.203 60 G 0.177 0.180 0.067 0.140 0.140 0.117 0.098 0.037 0.024 0.011 0.007 61 E 0.396 0.192 0.106 0.169 0.067 0.034 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 62 G 0.053 0.048 0.037 0.115 0.136 0.167 0.206 0.093 0.068 0.045 0.032 63 L 0.004 0.005 0.007 0.016 0.017 0.028 0.091 0.132 0.223 0.247 0.230 64 N 0.004 0.012 0.038 0.106 0.170 0.234 0.213 0.102 0.064 0.036 0.021 65 R 0.021 0.055 0.340 0.202 0.127 0.100 0.075 0.035 0.023 0.013 0.008 66 Y 0.002 0.005 0.009 0.032 0.067 0.120 0.298 0.207 0.133 0.085 0.041 67 I 0.002 0.002 0.006 0.007 0.006 0.008 0.037 0.079 0.187 0.311 0.355 68 R 0.004 0.015 0.065 0.159 0.261 0.220 0.163 0.063 0.034 0.012 0.006 69 T 0.074 0.112 0.349 0.217 0.100 0.073 0.047 0.016 0.007 0.003 0.001 70 S 0.112 0.092 0.052 0.123 0.125 0.134 0.191 0.089 0.047 0.027 0.009 71 G 0.420 0.188 0.042 0.082 0.058 0.048 0.062 0.035 0.031 0.020 0.014 72 I 0.042 0.044 0.020 0.043 0.049 0.052 0.101 0.116 0.175 0.186 0.172 73 R 0.093 0.195 0.095 0.191 0.140 0.108 0.097 0.038 0.024 0.012 0.007 74 T 0.279 0.154 0.087 0.180 0.124 0.073 0.056 0.025 0.013 0.006 0.002 75 D 0.400 0.169 0.086 0.122 0.083 0.062 0.040 0.018 0.011 0.006 0.004 76 T 0.119 0.161 0.115 0.178 0.122 0.097 0.090 0.048 0.037 0.023 0.011 77 A 0.149 0.072 0.064 0.093 0.092 0.106 0.165 0.102 0.082 0.050 0.024 78 T 0.258 0.175 0.269 0.162 0.066 0.032 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 79 R 0.068 0.096 0.146 0.182 0.137 0.119 0.125 0.059 0.038 0.022 0.010 80 L 0.065 0.044 0.079 0.083 0.086 0.108 0.154 0.118 0.120 0.090 0.051 81 E 0.120 0.131 0.264 0.192 0.119 0.073 0.058 0.023 0.013 0.005 0.002 82 H 0.096 0.114 0.228 0.175 0.120 0.092 0.088 0.043 0.026 0.014 0.005 83 H 0.133 0.127 0.118 0.142 0.114 0.093 0.107 0.067 0.050 0.034 0.015 84 H 0.168 0.135 0.126 0.147 0.116 0.089 0.099 0.053 0.037 0.020 0.009 85 H 0.206 0.135 0.139 0.145 0.105 0.077 0.082 0.047 0.034 0.020 0.009 86 H 0.215 0.164 0.094 0.140 0.108 0.081 0.084 0.049 0.036 0.020 0.009 87 H 0.317 0.166 0.063 0.116 0.090 0.066 0.067 0.046 0.036 0.022 0.011