# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.015 0.116 0.678 2 T 0.059 0.050 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.013 0.111 0.680 3 Q 0.046 0.037 0.006 0.002 0.005 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.011 0.086 0.684 4 S 0.086 0.030 0.010 0.002 0.005 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.018 0.151 0.551 5 V 0.154 0.038 0.006 0.002 0.008 0.005 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.252 0.013 0.082 0.416 6 L 0.079 0.064 0.004 0.001 0.002 0.003 0.009 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.259 0.014 0.082 0.468 7 L 0.105 0.045 0.014 0.004 0.003 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.003 0.005 0.319 0.012 0.051 0.418 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 10 G 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.002 0.119 0.744 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 F 0.065 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.005 0.107 0.721 13 T 0.182 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.007 0.117 0.557 14 R 0.046 0.209 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.006 0.061 0.572 15 R 0.052 0.181 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.012 0.221 0.488 16 Q 0.089 0.330 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.012 0.199 0.312 17 A 0.029 0.687 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.008 0.016 0.191 18 Q 0.019 0.637 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.006 0.021 0.145 19 A 0.025 0.693 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.005 0.017 0.147 20 V 0.023 0.674 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.180 0.006 0.007 0.091 21 T 0.014 0.673 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.176 0.005 0.007 0.110 22 T 0.024 0.603 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.131 0.013 0.017 0.172 23 T 0.059 0.248 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.394 0.029 0.035 0.215 24 Y 0.100 0.204 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.028 0.059 0.374 25 S 0.065 0.094 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.451 0.034 0.046 0.278 26 N 0.053 0.021 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.351 0.028 0.098 0.425 27 I 0.129 0.010 0.020 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.457 0.012 0.040 0.315 28 T 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.016 0.009 0.636 0.002 0.055 0.233 29 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.078 0.277 0.138 0.030 0.216 0.002 0.027 0.207 30 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.008 0.021 0.007 0.006 0.004 0.645 0.003 0.058 0.221 31 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.314 0.066 0.012 0.018 0.004 0.002 0.001 0.103 0.004 0.034 0.287 32 D 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.164 0.007 0.183 0.603 33 Q 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 0.507 0.426 34 G 0.197 0.016 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.121 0.231 0.374 35 S 0.110 0.041 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.017 0.337 0.395 36 H 0.025 0.035 0.015 0.004 0.175 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.007 0.110 0.389 37 F 0.017 0.020 0.004 0.001 0.014 0.423 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.270 0.003 0.057 0.170 38 R 0.010 0.016 0.001 0.001 0.026 0.015 0.113 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.588 0.003 0.051 0.146 39 L 0.013 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.786 0.003 0.021 0.127 40 V 0.009 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.025 0.016 0.771 0.002 0.021 0.097 41 V 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.144 0.515 0.167 0.019 0.114 0.001 0.003 0.025 42 R 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.027 0.009 0.033 0.006 0.001 0.001 0.708 0.002 0.016 0.167 43 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.841 0.045 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.002 0.022 44 T 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.013 0.176 0.555 45 E 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.672 0.295 46 G 0.263 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.428 0.105 0.153 47 R 0.105 0.029 0.032 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.033 0.443 0.262 48 M 0.005 0.004 0.053 0.006 0.078 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.310 0.002 0.094 0.434 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.887 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 0.009 0.026 50 W 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.005 0.083 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.639 0.001 0.029 0.207 51 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.856 0.003 0.024 0.096 52 A 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.656 0.008 0.048 0.251 53 W 0.008 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.010 0.018 0.649 0.010 0.047 0.228 54 N 0.025 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.086 0.022 0.435 0.018 0.065 0.308 55 F 0.132 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.010 0.004 0.006 0.267 0.021 0.065 0.452 56 E 0.025 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.050 0.007 0.015 0.007 0.009 0.004 0.172 0.008 0.231 0.426 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 58 D 0.051 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.008 0.235 0.628 59 A 0.451 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.066 0.401 60 G 0.069 0.133 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.218 0.542 61 E 0.148 0.048 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.142 0.608 62 G 0.079 0.202 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.014 0.095 0.571 63 L 0.114 0.354 0.012 0.001 0.005 0.005 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.012 0.061 0.367 64 N 0.030 0.646 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.007 0.034 0.185 65 R 0.058 0.686 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.010 0.022 0.175 66 Y 0.038 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.008 0.013 0.098 67 I 0.022 0.849 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 0.005 0.009 0.064 68 R 0.021 0.796 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 0.007 0.010 0.084 69 T 0.041 0.732 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.015 0.011 0.153 70 S 0.079 0.511 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.053 0.019 0.279 71 G 0.261 0.125 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.056 0.057 0.380 72 I 0.036 0.039 0.279 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.065 0.005 0.173 0.376 73 R 0.023 0.032 0.003 0.009 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.004 0.116 0.586 74 T 0.035 0.047 0.002 0.001 0.009 0.008 0.003 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.005 0.085 0.712 75 D 0.031 0.079 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.007 0.074 0.603 76 T 0.070 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.017 0.163 0.585 77 A 0.084 0.194 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.019 0.185 0.386 78 T 0.025 0.234 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.011 0.128 0.508 79 R 0.043 0.292 0.007 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.012 0.093 0.433 80 L 0.049 0.412 0.011 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.007 0.068 0.306 81 E 0.052 0.399 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.135 0.010 0.076 0.306 82 H 0.090 0.397 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.018 0.041 0.342 83 H 0.130 0.394 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.077 0.017 0.035 0.316 84 H 0.098 0.303 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.074 0.019 0.045 0.425 85 H 0.103 0.200 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.086 0.020 0.051 0.491 86 H 0.121 0.128 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.076 0.020 0.069 0.547 87 H 0.110 0.090 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.065 0.017 0.070 0.616