# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.034 0.010 0.015 0.015 0.020 0.037 0.003 0.001 0.003 0.775 2 T 0.028 0.021 0.005 0.022 0.025 0.040 0.127 0.002 0.001 0.004 0.726 3 Q 0.093 0.021 0.004 0.021 0.024 0.030 0.139 0.002 0.001 0.007 0.661 4 S 0.140 0.062 0.003 0.039 0.035 0.048 0.151 0.003 0.001 0.006 0.511 5 V 0.158 0.070 0.004 0.071 0.077 0.093 0.146 0.005 0.001 0.009 0.368 6 L 0.175 0.064 0.009 0.038 0.029 0.054 0.072 0.003 0.001 0.006 0.550 7 L 0.076 0.036 0.013 0.077 0.056 0.137 0.059 0.005 0.001 0.004 0.538 8 P 0.012 0.002 0.002 0.014 0.009 0.015 0.014 0.001 0.001 0.001 0.930 9 P 0.006 0.001 0.002 0.009 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.967 10 G 0.031 0.001 0.001 0.049 0.009 0.034 0.143 0.001 0.001 0.002 0.729 11 P 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.973 12 F 0.047 0.011 0.001 0.067 0.014 0.027 0.239 0.001 0.001 0.003 0.592 13 T 0.110 0.052 0.001 0.044 0.012 0.024 0.201 0.001 0.001 0.004 0.553 14 R 0.064 0.310 0.001 0.049 0.017 0.018 0.080 0.001 0.001 0.003 0.457 15 R 0.081 0.389 0.003 0.005 0.004 0.014 0.092 0.001 0.001 0.005 0.406 16 Q 0.074 0.620 0.003 0.013 0.017 0.036 0.055 0.006 0.001 0.004 0.172 17 A 0.043 0.822 0.004 0.007 0.006 0.020 0.009 0.004 0.001 0.002 0.083 18 Q 0.014 0.850 0.002 0.006 0.010 0.015 0.004 0.010 0.001 0.001 0.090 19 A 0.034 0.885 0.002 0.003 0.006 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.058 20 V 0.015 0.923 0.003 0.004 0.007 0.011 0.002 0.005 0.001 0.001 0.029 21 T 0.020 0.863 0.004 0.006 0.020 0.040 0.006 0.008 0.001 0.001 0.031 22 T 0.033 0.796 0.006 0.011 0.034 0.053 0.009 0.012 0.001 0.001 0.045 23 T 0.075 0.660 0.008 0.021 0.050 0.069 0.014 0.031 0.001 0.002 0.070 24 Y 0.079 0.373 0.067 0.041 0.071 0.094 0.033 0.035 0.001 0.005 0.202 25 S 0.062 0.126 0.044 0.103 0.132 0.184 0.073 0.033 0.001 0.011 0.231 26 N 0.141 0.039 0.069 0.085 0.089 0.144 0.097 0.022 0.001 0.018 0.295 27 I 0.070 0.022 0.056 0.154 0.231 0.182 0.051 0.005 0.001 0.006 0.222 28 T 0.012 0.007 0.012 0.160 0.209 0.262 0.079 0.001 0.001 0.003 0.256 29 L 0.007 0.002 0.003 0.082 0.342 0.344 0.036 0.001 0.001 0.002 0.181 30 E 0.005 0.002 0.001 0.084 0.212 0.362 0.053 0.001 0.001 0.002 0.277 31 D 0.010 0.002 0.001 0.055 0.191 0.307 0.203 0.001 0.001 0.008 0.222 32 D 0.057 0.006 0.001 0.032 0.048 0.052 0.316 0.001 0.001 0.036 0.451 33 Q 0.054 0.007 0.001 0.010 0.015 0.017 0.504 0.001 0.001 0.039 0.352 34 G 0.281 0.010 0.004 0.011 0.013 0.013 0.326 0.002 0.001 0.110 0.230 35 S 0.254 0.027 0.025 0.014 0.033 0.029 0.337 0.001 0.001 0.042 0.238 36 H 0.018 0.018 0.012 0.019 0.112 0.165 0.176 0.001 0.001 0.007 0.472 37 F 0.005 0.005 0.001 0.023 0.219 0.618 0.032 0.001 0.001 0.002 0.095 38 R 0.003 0.006 0.001 0.027 0.234 0.636 0.016 0.001 0.001 0.001 0.076 39 L 0.003 0.006 0.001 0.036 0.402 0.480 0.008 0.001 0.001 0.001 0.063 40 V 0.005 0.009 0.001 0.085 0.310 0.484 0.014 0.001 0.001 0.001 0.090 41 V 0.003 0.005 0.001 0.090 0.349 0.487 0.010 0.001 0.001 0.001 0.054 42 R 0.004 0.005 0.001 0.105 0.261 0.499 0.024 0.002 0.001 0.002 0.098 43 D 0.012 0.007 0.001 0.073 0.314 0.390 0.065 0.002 0.001 0.004 0.132 44 T 0.011 0.006 0.002 0.028 0.082 0.097 0.129 0.001 0.001 0.006 0.638 45 E 0.019 0.003 0.001 0.009 0.017 0.030 0.374 0.001 0.001 0.022 0.524 46 G 0.513 0.006 0.007 0.010 0.013 0.013 0.144 0.002 0.001 0.138 0.155 47 R 0.340 0.029 0.040 0.023 0.035 0.025 0.283 0.001 0.001 0.038 0.187 48 M 0.017 0.015 0.016 0.047 0.161 0.199 0.160 0.001 0.001 0.005 0.380 49 V 0.003 0.006 0.001 0.092 0.245 0.565 0.029 0.001 0.001 0.001 0.058 50 W 0.002 0.007 0.001 0.044 0.261 0.501 0.024 0.001 0.001 0.001 0.159 51 R 0.002 0.008 0.001 0.043 0.333 0.534 0.016 0.001 0.001 0.001 0.063 52 A 0.010 0.016 0.001 0.072 0.213 0.403 0.041 0.001 0.001 0.002 0.240 53 W 0.021 0.017 0.002 0.130 0.201 0.342 0.087 0.003 0.001 0.007 0.189 54 N 0.054 0.012 0.004 0.070 0.086 0.135 0.141 0.008 0.001 0.014 0.476 55 F 0.116 0.021 0.061 0.088 0.056 0.101 0.120 0.006 0.001 0.016 0.414 56 E 0.042 0.008 0.008 0.061 0.082 0.104 0.202 0.003 0.001 0.006 0.484 57 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.988 58 D 0.007 0.001 0.001 0.020 0.020 0.035 0.202 0.001 0.001 0.002 0.712 59 A 0.333 0.008 0.001 0.011 0.005 0.011 0.085 0.001 0.001 0.019 0.526 60 G 0.188 0.068 0.001 0.018 0.013 0.020 0.183 0.003 0.001 0.011 0.496 61 E 0.235 0.040 0.006 0.011 0.004 0.007 0.129 0.001 0.001 0.010 0.557 62 G 0.150 0.096 0.004 0.020 0.013 0.015 0.163 0.003 0.001 0.007 0.530 63 L 0.081 0.237 0.019 0.019 0.023 0.051 0.129 0.003 0.001 0.013 0.425 64 N 0.026 0.352 0.003 0.022 0.053 0.100 0.094 0.007 0.001 0.005 0.338 65 R 0.100 0.446 0.002 0.014 0.032 0.046 0.052 0.010 0.001 0.007 0.290 66 Y 0.154 0.563 0.006 0.009 0.022 0.027 0.037 0.011 0.001 0.003 0.168 67 I 0.053 0.606 0.012 0.039 0.051 0.092 0.026 0.011 0.001 0.003 0.107 68 R 0.029 0.564 0.006 0.059 0.065 0.119 0.025 0.017 0.001 0.002 0.113 69 T 0.146 0.483 0.008 0.015 0.016 0.038 0.022 0.025 0.001 0.003 0.245 70 S 0.194 0.377 0.014 0.020 0.022 0.027 0.041 0.041 0.001 0.004 0.260 71 G 0.251 0.119 0.034 0.017 0.018 0.020 0.145 0.024 0.001 0.017 0.355 72 I 0.091 0.106 0.204 0.027 0.038 0.053 0.120 0.005 0.001 0.007 0.349 73 R 0.030 0.106 0.006 0.070 0.080 0.145 0.114 0.005 0.001 0.004 0.440 74 T 0.093 0.090 0.004 0.027 0.032 0.058 0.062 0.004 0.001 0.005 0.624 75 D 0.116 0.138 0.005 0.018 0.028 0.038 0.079 0.005 0.001 0.006 0.567 76 T 0.127 0.098 0.007 0.017 0.030 0.041 0.204 0.009 0.001 0.016 0.452 77 A 0.174 0.134 0.016 0.029 0.030 0.050 0.156 0.007 0.001 0.021 0.382 78 T 0.090 0.166 0.012 0.029 0.053 0.061 0.180 0.006 0.001 0.011 0.393 79 R 0.082 0.168 0.010 0.020 0.033 0.049 0.110 0.004 0.001 0.007 0.518 80 L 0.081 0.225 0.008 0.028 0.073 0.123 0.089 0.005 0.001 0.006 0.361 81 E 0.065 0.238 0.006 0.033 0.082 0.147 0.089 0.007 0.001 0.006 0.327 82 H 0.095 0.208 0.005 0.018 0.060 0.103 0.069 0.011 0.001 0.005 0.426 83 H 0.191 0.203 0.009 0.024 0.045 0.056 0.053 0.015 0.001 0.005 0.397 84 H 0.139 0.137 0.013 0.020 0.031 0.046 0.103 0.012 0.001 0.008 0.490 85 H 0.104 0.076 0.019 0.020 0.025 0.042 0.110 0.009 0.001 0.008 0.585 86 H 0.140 0.058 0.012 0.019 0.023 0.034 0.110 0.006 0.001 0.007 0.592 87 H 0.091 0.038 0.008 0.015 0.015 0.023 0.092 0.003 0.001 0.006 0.709