# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.230 0.139 0.274 0.122 0.049 0.050 0.068 0.015 0.044 0.008 0.001 2 T 0.386 0.146 0.276 0.100 0.032 0.025 0.012 0.004 0.011 0.005 0.001 3 Q 0.404 0.103 0.179 0.154 0.051 0.022 0.049 0.015 0.014 0.008 0.001 4 S 0.324 0.202 0.216 0.167 0.041 0.021 0.009 0.005 0.013 0.002 0.001 5 V 0.178 0.473 0.181 0.080 0.045 0.018 0.005 0.002 0.016 0.002 0.001 6 L 0.088 0.242 0.448 0.066 0.015 0.072 0.025 0.002 0.039 0.002 0.002 7 L 0.014 0.236 0.545 0.001 0.013 0.015 0.006 0.001 0.168 0.001 0.001 8 P 0.021 0.002 0.869 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 9 P 0.127 0.004 0.675 0.021 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 10 G 0.072 0.069 0.236 0.003 0.280 0.002 0.011 0.059 0.014 0.252 0.001 11 P 0.592 0.010 0.221 0.088 0.004 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.052 12 F 0.343 0.186 0.136 0.183 0.074 0.023 0.017 0.013 0.019 0.006 0.001 13 T 0.421 0.193 0.192 0.090 0.042 0.039 0.003 0.001 0.017 0.002 0.001 14 R 0.905 0.019 0.030 0.028 0.005 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 15 R 0.834 0.025 0.042 0.056 0.008 0.016 0.007 0.004 0.007 0.001 0.001 16 Q 0.885 0.016 0.018 0.066 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 17 A 0.849 0.038 0.070 0.016 0.008 0.006 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 18 Q 0.936 0.011 0.016 0.028 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.856 0.059 0.027 0.031 0.019 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 20 V 0.714 0.160 0.023 0.071 0.014 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 21 T 0.454 0.299 0.114 0.052 0.029 0.024 0.007 0.002 0.019 0.001 0.001 22 T 0.370 0.306 0.078 0.093 0.114 0.017 0.007 0.002 0.012 0.002 0.001 23 T 0.178 0.475 0.112 0.083 0.106 0.021 0.006 0.003 0.014 0.001 0.001 24 Y 0.070 0.536 0.175 0.040 0.081 0.036 0.011 0.001 0.047 0.002 0.001 25 S 0.182 0.446 0.192 0.059 0.082 0.013 0.006 0.002 0.010 0.006 0.001 26 N 0.081 0.226 0.134 0.080 0.101 0.086 0.214 0.008 0.068 0.002 0.001 27 I 0.044 0.688 0.165 0.022 0.031 0.021 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 28 T 0.045 0.611 0.216 0.011 0.036 0.052 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 29 L 0.059 0.624 0.155 0.038 0.032 0.043 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 30 E 0.082 0.482 0.227 0.029 0.077 0.048 0.010 0.002 0.037 0.004 0.001 31 D 0.131 0.164 0.180 0.160 0.074 0.129 0.069 0.004 0.081 0.007 0.001 32 D 0.131 0.101 0.221 0.118 0.086 0.131 0.105 0.011 0.075 0.013 0.009 33 Q 0.324 0.052 0.140 0.401 0.011 0.023 0.028 0.004 0.011 0.001 0.004 34 G 0.059 0.010 0.062 0.024 0.082 0.001 0.042 0.434 0.002 0.284 0.001 35 S 0.141 0.139 0.437 0.128 0.074 0.035 0.019 0.008 0.007 0.005 0.008 36 H 0.051 0.542 0.197 0.062 0.086 0.027 0.011 0.003 0.018 0.003 0.001 37 F 0.047 0.637 0.130 0.028 0.130 0.012 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 38 R 0.026 0.712 0.180 0.008 0.032 0.018 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 39 L 0.014 0.477 0.445 0.002 0.015 0.033 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 40 V 0.023 0.739 0.155 0.003 0.013 0.034 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 41 V 0.011 0.727 0.198 0.004 0.012 0.027 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 42 R 0.040 0.421 0.379 0.033 0.027 0.065 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 43 D 0.025 0.142 0.562 0.021 0.094 0.092 0.015 0.002 0.039 0.008 0.001 44 T 0.813 0.021 0.014 0.122 0.008 0.006 0.006 0.003 0.004 0.002 0.001 45 E 0.229 0.034 0.085 0.581 0.011 0.007 0.038 0.004 0.009 0.003 0.001 46 G 0.043 0.009 0.055 0.033 0.071 0.001 0.064 0.593 0.001 0.130 0.001 47 R 0.139 0.322 0.404 0.043 0.036 0.028 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 48 M 0.063 0.343 0.507 0.010 0.014 0.045 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 49 V 0.080 0.738 0.090 0.020 0.033 0.020 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 50 W 0.048 0.603 0.252 0.006 0.035 0.040 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 51 R 0.109 0.568 0.153 0.028 0.054 0.045 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 52 A 0.141 0.350 0.260 0.044 0.135 0.024 0.015 0.005 0.022 0.004 0.001 53 W 0.245 0.300 0.173 0.138 0.085 0.016 0.012 0.006 0.014 0.011 0.001 54 N 0.124 0.118 0.125 0.220 0.066 0.086 0.187 0.021 0.045 0.009 0.001 55 F 0.140 0.235 0.301 0.123 0.057 0.049 0.039 0.011 0.034 0.010 0.001 56 E 0.138 0.116 0.582 0.008 0.021 0.023 0.014 0.003 0.076 0.017 0.002 57 P 0.500 0.003 0.411 0.014 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.005 0.053 58 D 0.421 0.041 0.133 0.209 0.033 0.041 0.062 0.028 0.025 0.007 0.001 59 A 0.501 0.032 0.197 0.218 0.017 0.009 0.013 0.004 0.004 0.005 0.001 60 G 0.517 0.010 0.063 0.069 0.027 0.004 0.047 0.191 0.003 0.070 0.001 61 E 0.591 0.027 0.201 0.139 0.011 0.016 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 62 G 0.627 0.033 0.125 0.057 0.037 0.007 0.026 0.046 0.008 0.032 0.001 63 L 0.916 0.010 0.026 0.039 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 N 0.904 0.014 0.026 0.040 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 R 0.930 0.021 0.015 0.022 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 66 Y 0.925 0.019 0.021 0.025 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 I 0.839 0.053 0.049 0.035 0.002 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 68 R 0.865 0.038 0.034 0.043 0.006 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 69 T 0.713 0.082 0.039 0.120 0.026 0.006 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 70 S 0.245 0.041 0.059 0.583 0.024 0.003 0.026 0.008 0.008 0.003 0.001 71 G 0.042 0.005 0.039 0.013 0.050 0.002 0.128 0.515 0.003 0.204 0.001 72 I 0.179 0.261 0.440 0.046 0.031 0.030 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 73 R 0.172 0.213 0.369 0.086 0.014 0.103 0.010 0.002 0.027 0.002 0.001 74 T 0.167 0.420 0.191 0.065 0.108 0.018 0.008 0.002 0.019 0.003 0.001 75 D 0.256 0.135 0.276 0.079 0.063 0.093 0.047 0.007 0.041 0.003 0.002 76 T 0.436 0.204 0.093 0.206 0.030 0.014 0.004 0.002 0.012 0.001 0.001 77 A 0.412 0.147 0.241 0.055 0.065 0.019 0.015 0.007 0.024 0.015 0.001 78 T 0.554 0.081 0.226 0.082 0.020 0.019 0.004 0.002 0.007 0.003 0.002 79 R 0.480 0.178 0.137 0.080 0.038 0.030 0.020 0.005 0.028 0.003 0.001 80 L 0.429 0.200 0.235 0.062 0.016 0.032 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 81 E 0.515 0.183 0.136 0.060 0.036 0.026 0.022 0.005 0.014 0.003 0.001 82 H 0.349 0.191 0.137 0.173 0.054 0.032 0.029 0.005 0.026 0.003 0.001 83 H 0.302 0.195 0.147 0.187 0.042 0.035 0.047 0.008 0.032 0.004 0.001 84 H 0.324 0.177 0.137 0.161 0.045 0.048 0.060 0.008 0.032 0.007 0.001 85 H 0.281 0.187 0.166 0.210 0.037 0.043 0.035 0.007 0.029 0.004 0.001 86 H 0.213 0.169 0.205 0.225 0.032 0.053 0.052 0.009 0.036 0.004 0.001 87 H 0.183 0.198 0.256 0.120 0.077 0.037 0.062 0.021 0.025 0.020 0.001