# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.155 0.063 0.026 0.175 0.018 0.030 0.142 0.083 0.126 0.064 2 T 0.065 0.227 0.088 0.023 0.163 0.031 0.047 0.193 0.097 0.043 0.023 3 Q 0.068 0.088 0.039 0.012 0.127 0.014 0.037 0.231 0.189 0.155 0.042 4 S 0.163 0.145 0.037 0.007 0.311 0.007 0.026 0.114 0.077 0.068 0.046 5 V 0.129 0.218 0.041 0.006 0.393 0.007 0.020 0.074 0.040 0.039 0.034 6 L 0.239 0.169 0.061 0.007 0.334 0.005 0.017 0.027 0.017 0.052 0.072 7 L 0.051 0.398 0.279 0.031 0.155 0.009 0.014 0.025 0.009 0.013 0.015 8 P 0.014 0.397 0.421 0.033 0.089 0.012 0.007 0.016 0.005 0.003 0.003 9 P 0.019 0.076 0.060 0.054 0.032 0.063 0.201 0.246 0.149 0.077 0.024 10 G 0.014 0.129 0.285 0.191 0.049 0.061 0.024 0.089 0.061 0.071 0.026 11 P 0.080 0.169 0.046 0.009 0.146 0.019 0.063 0.204 0.135 0.090 0.038 12 F 0.071 0.201 0.098 0.023 0.129 0.014 0.028 0.122 0.079 0.184 0.052 13 T 0.042 0.361 0.137 0.025 0.111 0.015 0.012 0.161 0.065 0.053 0.019 14 R 0.012 0.025 0.013 0.009 0.023 0.020 0.032 0.592 0.232 0.034 0.008 15 R 0.019 0.029 0.012 0.005 0.027 0.006 0.024 0.672 0.134 0.059 0.014 16 Q 0.015 0.014 0.004 0.002 0.020 0.005 0.024 0.687 0.140 0.082 0.007 17 A 0.026 0.029 0.006 0.003 0.047 0.004 0.009 0.725 0.118 0.025 0.008 18 Q 0.012 0.024 0.007 0.003 0.038 0.009 0.037 0.780 0.074 0.011 0.004 19 A 0.034 0.029 0.007 0.003 0.074 0.004 0.029 0.720 0.070 0.024 0.007 20 V 0.089 0.038 0.004 0.003 0.147 0.006 0.019 0.568 0.078 0.029 0.019 21 T 0.093 0.046 0.005 0.005 0.117 0.009 0.036 0.498 0.105 0.051 0.034 22 T 0.089 0.098 0.027 0.009 0.173 0.016 0.048 0.390 0.093 0.037 0.021 23 T 0.088 0.102 0.029 0.015 0.132 0.022 0.095 0.327 0.093 0.070 0.028 24 Y 0.256 0.065 0.034 0.020 0.172 0.014 0.021 0.090 0.083 0.124 0.121 25 S 0.004 0.071 0.027 0.047 0.026 0.213 0.281 0.246 0.068 0.014 0.003 26 N 0.255 0.033 0.010 0.003 0.135 0.002 0.006 0.020 0.035 0.285 0.216 27 I 0.205 0.198 0.029 0.002 0.503 0.002 0.003 0.010 0.011 0.008 0.028 28 T 0.113 0.266 0.039 0.001 0.542 0.001 0.003 0.009 0.005 0.006 0.015 29 L 0.367 0.103 0.013 0.003 0.331 0.004 0.011 0.028 0.020 0.023 0.097 30 E 0.046 0.204 0.068 0.046 0.198 0.088 0.110 0.086 0.061 0.067 0.025 31 D 0.268 0.116 0.084 0.008 0.248 0.004 0.015 0.037 0.036 0.073 0.112 32 D 0.110 0.110 0.070 0.021 0.130 0.018 0.036 0.209 0.159 0.100 0.037 33 Q 0.016 0.184 0.097 0.102 0.044 0.096 0.149 0.129 0.105 0.066 0.013 34 G 0.037 0.033 0.063 0.175 0.027 0.055 0.033 0.044 0.056 0.324 0.154 35 S 0.070 0.132 0.079 0.027 0.143 0.026 0.075 0.159 0.122 0.125 0.041 36 H 0.169 0.169 0.059 0.015 0.313 0.011 0.019 0.055 0.052 0.091 0.048 37 F 0.346 0.120 0.013 0.006 0.415 0.007 0.008 0.016 0.012 0.018 0.040 38 R 0.202 0.088 0.014 0.009 0.619 0.010 0.018 0.013 0.004 0.005 0.017 39 L 0.323 0.053 0.004 0.001 0.598 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.014 40 V 0.263 0.104 0.007 0.002 0.577 0.003 0.003 0.006 0.001 0.004 0.029 41 V 0.232 0.192 0.016 0.001 0.501 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.044 42 R 0.068 0.327 0.049 0.009 0.378 0.014 0.014 0.026 0.013 0.066 0.036 43 D 0.072 0.160 0.531 0.022 0.095 0.004 0.010 0.056 0.029 0.008 0.013 44 T 0.003 0.006 0.013 0.013 0.003 0.031 0.109 0.640 0.166 0.014 0.002 45 E 0.001 0.733 0.155 0.048 0.017 0.006 0.025 0.010 0.002 0.003 0.001 46 G 0.035 0.028 0.019 0.014 0.016 0.005 0.002 0.005 0.007 0.419 0.451 47 R 0.057 0.408 0.062 0.004 0.357 0.005 0.017 0.049 0.017 0.015 0.009 48 M 0.503 0.029 0.003 0.001 0.432 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.027 49 V 0.159 0.171 0.032 0.035 0.522 0.026 0.023 0.015 0.003 0.003 0.011 50 W 0.363 0.081 0.010 0.003 0.480 0.003 0.004 0.012 0.002 0.005 0.038 51 R 0.273 0.135 0.017 0.008 0.438 0.012 0.010 0.019 0.004 0.014 0.069 52 A 0.247 0.155 0.037 0.011 0.391 0.009 0.018 0.035 0.010 0.023 0.066 53 W 0.079 0.109 0.041 0.067 0.135 0.122 0.126 0.165 0.069 0.046 0.042 54 N 0.131 0.206 0.090 0.046 0.215 0.017 0.031 0.061 0.037 0.099 0.066 55 F 0.077 0.149 0.084 0.037 0.090 0.029 0.030 0.121 0.086 0.215 0.082 56 E 0.045 0.341 0.206 0.027 0.195 0.012 0.020 0.090 0.034 0.015 0.015 57 P 0.018 0.055 0.041 0.021 0.028 0.068 0.190 0.426 0.128 0.014 0.011 58 D 0.028 0.040 0.031 0.024 0.034 0.018 0.082 0.292 0.110 0.280 0.060 59 A 0.037 0.210 0.104 0.031 0.068 0.047 0.057 0.230 0.095 0.097 0.023 60 G 0.016 0.060 0.071 0.065 0.027 0.033 0.016 0.350 0.122 0.206 0.036 61 E 0.015 0.079 0.054 0.025 0.042 0.033 0.066 0.570 0.085 0.024 0.008 62 G 0.012 0.022 0.017 0.016 0.016 0.008 0.019 0.718 0.075 0.082 0.014 63 L 0.009 0.014 0.004 0.002 0.014 0.007 0.013 0.819 0.087 0.026 0.005 64 N 0.014 0.013 0.003 0.003 0.023 0.004 0.009 0.804 0.091 0.027 0.009 65 R 0.011 0.020 0.007 0.003 0.026 0.004 0.018 0.811 0.080 0.017 0.003 66 Y 0.009 0.024 0.009 0.002 0.026 0.003 0.021 0.822 0.059 0.023 0.003 67 I 0.035 0.022 0.003 0.002 0.043 0.003 0.015 0.727 0.088 0.047 0.016 68 R 0.037 0.031 0.016 0.007 0.036 0.015 0.068 0.570 0.140 0.062 0.019 69 T 0.029 0.059 0.033 0.018 0.055 0.030 0.114 0.491 0.093 0.066 0.011 70 S 0.022 0.316 0.278 0.086 0.065 0.015 0.029 0.066 0.034 0.073 0.017 71 G 0.017 0.047 0.111 0.294 0.018 0.107 0.020 0.101 0.044 0.199 0.044 72 I 0.128 0.269 0.040 0.007 0.301 0.009 0.020 0.112 0.040 0.039 0.035 73 R 0.154 0.198 0.077 0.016 0.287 0.017 0.019 0.096 0.029 0.042 0.065 74 T 0.077 0.201 0.072 0.022 0.216 0.029 0.043 0.187 0.083 0.047 0.024 75 D 0.123 0.079 0.058 0.015 0.137 0.017 0.041 0.240 0.101 0.119 0.069 76 T 0.050 0.152 0.066 0.015 0.092 0.009 0.021 0.286 0.110 0.167 0.032 77 A 0.064 0.187 0.069 0.016 0.161 0.011 0.018 0.319 0.076 0.055 0.026 78 T 0.045 0.154 0.052 0.010 0.112 0.015 0.034 0.437 0.087 0.036 0.018 79 R 0.088 0.094 0.043 0.007 0.120 0.008 0.021 0.457 0.071 0.061 0.030 80 L 0.080 0.076 0.027 0.010 0.112 0.011 0.021 0.473 0.113 0.051 0.026 81 E 0.042 0.064 0.025 0.018 0.069 0.034 0.078 0.498 0.107 0.045 0.020 82 H 0.062 0.092 0.042 0.019 0.101 0.019 0.057 0.348 0.109 0.115 0.036 83 H 0.081 0.097 0.047 0.025 0.114 0.027 0.052 0.254 0.119 0.137 0.046 84 H 0.079 0.103 0.039 0.025 0.107 0.025 0.051 0.238 0.145 0.141 0.047 85 H 0.080 0.096 0.041 0.023 0.115 0.025 0.057 0.215 0.140 0.155 0.051 86 H 0.082 0.126 0.065 0.030 0.132 0.027 0.052 0.169 0.116 0.147 0.054 87 H 0.108 0.155 0.077 0.026 0.170 0.020 0.036 0.158 0.093 0.105 0.053