# TARGET T0358 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.011 0.004 0.012 0.154 0.761 2 T 0.148 0.041 0.015 0.022 0.169 0.605 3 Q 0.201 0.017 0.061 0.031 0.226 0.464 4 S 0.179 0.012 0.142 0.036 0.247 0.384 5 V 0.258 0.036 0.065 0.027 0.213 0.402 6 L 0.188 0.036 0.020 0.015 0.185 0.556 7 L 0.064 0.022 0.008 0.006 0.219 0.682 8 P 0.041 0.020 0.011 0.008 0.438 0.482 9 P 0.024 0.015 0.019 0.009 0.481 0.451 10 G 0.016 0.010 0.008 0.011 0.506 0.449 11 P 0.015 0.010 0.004 0.009 0.242 0.720 12 F 0.034 0.059 0.005 0.028 0.140 0.734 13 T 0.019 0.018 0.003 0.092 0.075 0.792 14 R 0.001 0.001 0.005 0.983 0.005 0.006 15 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 20 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 21 T 0.004 0.001 0.002 0.985 0.004 0.004 22 T 0.008 0.001 0.007 0.968 0.009 0.009 23 T 0.020 0.001 0.011 0.909 0.024 0.035 24 Y 0.132 0.005 0.034 0.690 0.065 0.073 25 S 0.143 0.004 0.028 0.468 0.153 0.204 26 N 0.195 0.005 0.022 0.344 0.152 0.282 27 I 0.583 0.016 0.007 0.133 0.075 0.185 28 T 0.610 0.019 0.009 0.081 0.088 0.194 29 L 0.636 0.023 0.011 0.040 0.121 0.169 30 E 0.531 0.016 0.015 0.026 0.248 0.164 31 D 0.182 0.018 0.016 0.020 0.490 0.274 32 D 0.047 0.012 0.006 0.007 0.795 0.134 33 Q 0.033 0.010 0.018 0.014 0.713 0.212 34 G 0.091 0.016 0.010 0.021 0.654 0.208 35 S 0.303 0.006 0.012 0.014 0.490 0.175 36 H 0.832 0.012 0.002 0.003 0.053 0.098 37 F 0.946 0.006 0.002 0.002 0.022 0.021 38 R 0.972 0.001 0.003 0.001 0.012 0.011 39 L 0.970 0.001 0.002 0.001 0.010 0.016 40 V 0.957 0.001 0.001 0.001 0.014 0.025 41 V 0.953 0.005 0.001 0.002 0.015 0.024 42 R 0.919 0.016 0.001 0.001 0.020 0.044 43 D 0.459 0.028 0.002 0.001 0.474 0.036 44 T 0.045 0.004 0.009 0.001 0.915 0.026 45 E 0.037 0.003 0.005 0.001 0.923 0.030 46 G 0.119 0.010 0.010 0.003 0.811 0.047 47 R 0.521 0.006 0.001 0.002 0.099 0.371 48 M 0.930 0.014 0.001 0.001 0.016 0.039 49 V 0.956 0.002 0.001 0.001 0.013 0.027 50 W 0.964 0.003 0.001 0.001 0.010 0.022 51 R 0.925 0.002 0.001 0.001 0.023 0.048 52 A 0.915 0.004 0.001 0.002 0.025 0.053 53 W 0.796 0.013 0.003 0.003 0.080 0.106 54 N 0.603 0.023 0.004 0.005 0.137 0.228 55 F 0.208 0.027 0.005 0.006 0.207 0.548 56 E 0.026 0.023 0.006 0.015 0.424 0.506 57 P 0.006 0.003 0.051 0.118 0.508 0.314 58 D 0.002 0.006 0.045 0.149 0.621 0.177 59 A 0.002 0.016 0.083 0.415 0.391 0.092 60 G 0.003 0.006 0.034 0.499 0.192 0.266 61 E 0.002 0.004 0.057 0.763 0.089 0.085 62 G 0.003 0.018 0.039 0.862 0.028 0.051 63 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.004 0.004 64 N 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.002 65 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.001 66 Y 0.003 0.001 0.001 0.985 0.008 0.003 67 I 0.003 0.001 0.003 0.968 0.018 0.008 68 R 0.007 0.002 0.008 0.926 0.036 0.022 69 T 0.007 0.002 0.011 0.868 0.053 0.059 70 S 0.015 0.004 0.008 0.655 0.080 0.238 71 G 0.031 0.004 0.007 0.073 0.138 0.747 72 I 0.110 0.022 0.009 0.103 0.160 0.596 73 R 0.211 0.043 0.019 0.080 0.206 0.442 74 T 0.137 0.029 0.029 0.050 0.368 0.387 75 D 0.114 0.005 0.048 0.026 0.465 0.342 76 T 0.053 0.011 0.041 0.025 0.431 0.440 77 A 0.048 0.034 0.018 0.020 0.238 0.642 78 T 0.037 0.024 0.012 0.023 0.144 0.761 79 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.974