# TARGET T0358 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.907 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.002 0.031 0.006 0.014 0.016 2 T 0.001 0.075 0.773 0.005 0.010 0.033 0.001 0.001 0.010 0.025 0.016 0.006 0.046 3 Q 0.003 0.028 0.484 0.006 0.074 0.092 0.002 0.001 0.020 0.150 0.068 0.048 0.025 4 S 0.005 0.007 0.332 0.033 0.163 0.060 0.005 0.002 0.021 0.145 0.159 0.011 0.057 5 V 0.015 0.037 0.304 0.006 0.178 0.044 0.018 0.005 0.054 0.084 0.138 0.065 0.052 6 L 0.019 0.086 0.324 0.003 0.069 0.047 0.013 0.007 0.040 0.150 0.101 0.027 0.114 7 L 0.002 0.021 0.642 0.002 0.019 0.021 0.001 0.001 0.032 0.170 0.038 0.029 0.023 8 P 0.001 0.006 0.260 0.003 0.048 0.032 0.001 0.001 0.003 0.240 0.395 0.003 0.009 9 P 0.001 0.013 0.192 0.006 0.043 0.017 0.001 0.001 0.002 0.267 0.455 0.001 0.003 10 G 0.001 0.013 0.504 0.001 0.031 0.017 0.001 0.001 0.006 0.340 0.073 0.008 0.007 11 P 0.001 0.033 0.610 0.005 0.024 0.039 0.001 0.001 0.008 0.140 0.104 0.003 0.033 12 F 0.001 0.062 0.474 0.001 0.023 0.054 0.001 0.001 0.008 0.269 0.060 0.037 0.012 13 T 0.001 0.033 0.536 0.001 0.012 0.140 0.001 0.001 0.005 0.209 0.024 0.001 0.039 14 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 21 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.001 0.001 23 T 0.002 0.005 0.025 0.001 0.010 0.865 0.001 0.001 0.002 0.020 0.065 0.001 0.005 24 Y 0.005 0.006 0.070 0.005 0.044 0.705 0.001 0.002 0.002 0.037 0.108 0.006 0.008 25 S 0.009 0.006 0.094 0.010 0.067 0.467 0.002 0.003 0.008 0.109 0.194 0.018 0.014 26 N 0.009 0.009 0.155 0.020 0.063 0.342 0.003 0.003 0.017 0.131 0.194 0.010 0.043 27 I 0.018 0.018 0.278 0.008 0.053 0.221 0.010 0.010 0.047 0.130 0.097 0.049 0.061 28 T 0.040 0.060 0.242 0.006 0.039 0.129 0.029 0.046 0.091 0.067 0.082 0.068 0.101 29 L 0.041 0.047 0.254 0.009 0.053 0.091 0.025 0.032 0.095 0.096 0.090 0.036 0.131 30 E 0.021 0.031 0.286 0.028 0.033 0.058 0.006 0.010 0.057 0.189 0.162 0.062 0.058 31 D 0.007 0.033 0.297 0.008 0.024 0.016 0.002 0.001 0.013 0.283 0.238 0.026 0.052 32 D 0.001 0.016 0.478 0.004 0.012 0.006 0.001 0.001 0.003 0.329 0.107 0.012 0.032 33 Q 0.001 0.010 0.158 0.010 0.037 0.015 0.001 0.001 0.001 0.283 0.458 0.011 0.015 34 G 0.003 0.014 0.194 0.013 0.059 0.015 0.001 0.001 0.001 0.263 0.389 0.014 0.034 35 S 0.025 0.025 0.422 0.015 0.050 0.023 0.005 0.001 0.008 0.200 0.094 0.045 0.087 36 H 0.250 0.019 0.200 0.008 0.015 0.010 0.058 0.001 0.026 0.064 0.025 0.116 0.208 37 F 0.503 0.009 0.054 0.021 0.003 0.004 0.049 0.001 0.025 0.012 0.004 0.090 0.226 38 R 0.565 0.002 0.029 0.069 0.001 0.003 0.063 0.003 0.016 0.008 0.002 0.148 0.092 39 L 0.778 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.048 0.004 0.006 0.002 0.001 0.059 0.089 40 V 0.721 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.046 0.003 0.007 0.002 0.001 0.050 0.154 41 V 0.631 0.005 0.039 0.007 0.002 0.002 0.049 0.004 0.017 0.003 0.001 0.104 0.135 42 R 0.274 0.022 0.103 0.029 0.002 0.001 0.035 0.001 0.040 0.032 0.006 0.068 0.386 43 D 0.008 0.012 0.660 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.102 0.046 0.027 0.125 44 T 0.001 0.001 0.024 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.847 0.002 0.002 45 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.883 0.001 0.001 46 G 0.003 0.003 0.238 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.554 0.156 0.006 0.032 47 R 0.070 0.033 0.595 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.007 0.057 0.006 0.123 0.097 48 M 0.088 0.018 0.039 0.009 0.001 0.002 0.030 0.001 0.005 0.005 0.001 0.012 0.791 49 V 0.107 0.003 0.034 0.162 0.001 0.002 0.045 0.002 0.004 0.003 0.001 0.602 0.036 50 W 0.201 0.007 0.027 0.003 0.001 0.002 0.131 0.003 0.009 0.005 0.001 0.066 0.544 51 R 0.228 0.007 0.139 0.009 0.008 0.003 0.101 0.001 0.010 0.012 0.005 0.282 0.194 52 A 0.154 0.011 0.270 0.030 0.011 0.003 0.044 0.001 0.033 0.035 0.015 0.049 0.343 53 W 0.091 0.013 0.253 0.019 0.019 0.006 0.012 0.001 0.024 0.161 0.079 0.203 0.120 54 N 0.053 0.025 0.275 0.013 0.034 0.008 0.007 0.002 0.014 0.213 0.192 0.026 0.138 55 F 0.011 0.047 0.319 0.005 0.016 0.006 0.002 0.001 0.005 0.413 0.065 0.074 0.036 56 E 0.001 0.020 0.645 0.001 0.015 0.009 0.001 0.001 0.003 0.239 0.045 0.003 0.020 57 P 0.001 0.003 0.082 0.001 0.083 0.038 0.001 0.001 0.001 0.140 0.650 0.001 0.003 58 D 0.001 0.007 0.088 0.001 0.099 0.036 0.001 0.001 0.001 0.096 0.669 0.001 0.003 59 A 0.001 0.019 0.263 0.001 0.187 0.148 0.001 0.001 0.001 0.209 0.164 0.002 0.007 60 G 0.002 0.015 0.184 0.001 0.103 0.348 0.001 0.001 0.001 0.153 0.184 0.005 0.006 61 E 0.005 0.021 0.171 0.002 0.121 0.446 0.001 0.001 0.001 0.109 0.105 0.004 0.015 62 G 0.006 0.011 0.172 0.001 0.070 0.566 0.001 0.001 0.001 0.054 0.095 0.008 0.015 63 L 0.009 0.015 0.069 0.001 0.052 0.736 0.001 0.001 0.004 0.033 0.057 0.006 0.016 64 N 0.009 0.005 0.053 0.003 0.037 0.809 0.001 0.002 0.004 0.034 0.027 0.006 0.011 65 R 0.006 0.001 0.019 0.001 0.023 0.895 0.001 0.002 0.003 0.014 0.027 0.004 0.005 66 Y 0.018 0.003 0.023 0.001 0.021 0.857 0.002 0.003 0.007 0.012 0.035 0.005 0.011 67 I 0.015 0.005 0.039 0.002 0.023 0.819 0.003 0.006 0.005 0.013 0.046 0.008 0.018 68 R 0.010 0.007 0.048 0.003 0.020 0.778 0.003 0.004 0.006 0.027 0.070 0.012 0.013 69 T 0.004 0.005 0.047 0.002 0.017 0.658 0.001 0.002 0.004 0.051 0.192 0.005 0.013 70 S 0.001 0.004 0.125 0.005 0.022 0.334 0.001 0.001 0.005 0.115 0.376 0.004 0.007 71 G 0.002 0.012 0.379 0.007 0.036 0.114 0.003 0.002 0.014 0.192 0.213 0.011 0.015 72 I 0.004 0.097 0.369 0.004 0.063 0.107 0.010 0.012 0.057 0.116 0.088 0.015 0.057 73 R 0.006 0.046 0.447 0.006 0.041 0.094 0.007 0.005 0.044 0.131 0.068 0.054 0.049 74 T 0.006 0.021 0.379 0.006 0.071 0.113 0.005 0.003 0.026 0.156 0.145 0.015 0.055 75 D 0.005 0.013 0.362 0.003 0.042 0.095 0.002 0.001 0.021 0.283 0.117 0.029 0.027 76 T 0.002 0.023 0.397 0.005 0.050 0.097 0.001 0.001 0.010 0.265 0.106 0.007 0.035 77 A 0.001 0.023 0.434 0.001 0.023 0.102 0.001 0.001 0.012 0.293 0.068 0.027 0.016 78 T 0.001 0.020 0.767 0.001 0.015 0.056 0.001 0.001 0.011 0.032 0.061 0.005 0.032 79 R 0.001 0.001 0.980 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002