# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.56688 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.095 0.008 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.094 0.097 0.527 2 T 0.123 0.071 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.092 0.067 0.072 0.545 3 Q 0.085 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.170 0.067 0.069 0.548 4 S 0.050 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.099 0.042 0.094 0.694 5 V 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.174 0.043 0.113 0.639 6 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.017 0.126 0.788 7 L 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.045 0.125 0.727 8 P 0.040 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.030 0.140 0.743 9 P 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.036 0.094 0.823 10 G 0.025 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.086 0.138 0.621 11 P 0.058 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.029 0.110 0.617 12 F 0.022 0.192 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.099 0.055 0.089 0.523 13 T 0.065 0.705 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.050 0.018 0.136 14 R 0.071 0.515 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.128 0.031 0.202 15 R 0.025 0.629 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.031 0.034 0.242 16 Q 0.066 0.551 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.054 0.033 0.251 17 A 0.030 0.197 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.401 0.070 0.208 18 Q 0.009 0.127 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.528 0.075 0.150 19 A 0.018 0.105 0.037 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.200 0.338 0.099 0.185 20 V 0.057 0.152 0.010 0.005 0.006 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.285 0.095 0.078 0.292 21 T 0.058 0.033 0.019 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.217 0.063 0.319 22 T 0.014 0.023 0.015 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.100 0.137 0.520 23 T 0.033 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.421 0.057 0.087 0.375 24 Y 0.051 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.101 0.134 0.565 25 S 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.106 0.102 0.419 26 N 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.545 0.100 0.051 0.282 27 I 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.011 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.695 0.078 0.037 0.134 28 T 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.655 0.061 0.031 0.213 29 L 0.030 0.003 0.003 0.004 0.052 0.171 0.137 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.259 0.106 0.035 0.154 30 E 0.016 0.006 0.002 0.004 0.008 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.060 0.118 0.525 31 D 0.095 0.004 0.002 0.002 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.058 0.112 0.630 32 D 0.105 0.015 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.117 0.141 0.564 33 Q 0.057 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.057 0.119 0.710 34 G 0.041 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.063 0.057 0.149 0.627 35 S 0.011 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.141 0.003 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.194 0.070 0.100 0.420 36 H 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.010 0.110 0.011 0.057 0.007 0.006 0.002 0.245 0.108 0.069 0.303 37 F 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.016 0.015 0.130 0.014 0.014 0.318 0.110 0.058 0.295 38 R 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.049 0.038 0.172 0.042 0.469 0.096 0.020 0.090 39 L 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.013 0.795 0.061 0.017 0.069 40 V 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.726 0.115 0.019 0.089 41 V 0.003 0.004 0.002 0.006 0.058 0.610 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.067 0.017 0.059 42 R 0.016 0.014 0.012 0.006 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.394 0.116 0.072 0.336 43 D 0.415 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.120 0.062 0.348 44 T 0.119 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.036 0.109 0.684 45 E 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.013 0.109 0.842 46 G 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.060 0.132 0.635 47 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.548 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.071 0.024 0.121 48 M 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.040 0.004 0.002 0.001 0.453 0.063 0.052 0.332 49 V 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.351 0.018 0.009 0.441 0.035 0.016 0.098 50 W 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.086 0.023 0.575 0.126 0.029 0.138 51 R 0.029 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.592 0.131 0.042 0.180 52 A 0.058 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.482 0.039 0.067 0.342 53 W 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.049 0.131 0.484 54 N 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.057 0.145 0.645 55 F 0.056 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.046 0.135 0.671 56 E 0.270 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.084 0.095 0.462 57 P 0.148 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.039 0.111 0.627 58 D 0.100 0.172 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.075 0.084 0.544 59 A 0.064 0.369 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.061 0.068 0.425 60 G 0.116 0.318 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.334 0.037 0.183 61 E 0.019 0.686 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.088 0.036 0.154 62 G 0.043 0.748 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.052 0.022 0.112 63 L 0.033 0.776 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.039 0.020 0.114 64 N 0.054 0.688 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.084 0.027 0.134 65 R 0.033 0.264 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.428 0.072 0.161 66 Y 0.025 0.193 0.022 0.020 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.443 0.095 0.175 67 I 0.047 0.027 0.253 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.388 0.064 0.189 68 R 0.426 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.054 0.072 0.399 69 T 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.036 0.118 0.776 70 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.033 0.172 0.673 71 G 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.049 0.152 0.618 72 I 0.013 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.084 0.137 0.621 73 R 0.041 0.015 0.001 0.002 0.004 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.322 0.143 0.074 0.384 74 T 0.104 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.073 0.080 0.090 0.634 75 D 0.021 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.145 0.046 0.081 0.684 76 T 0.039 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 0.023 0.085 0.779 77 A 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.031 0.099 0.712 78 T 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.021 0.092 0.822 79 R 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.053 0.026 0.106 0.787