# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.56688 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.083 0.010 0.058 0.094 0.137 0.096 0.006 0.003 0.075 0.421 2 T 0.134 0.069 0.004 0.024 0.054 0.098 0.091 0.011 0.002 0.057 0.455 3 Q 0.077 0.043 0.005 0.066 0.104 0.133 0.078 0.029 0.002 0.072 0.391 4 S 0.051 0.010 0.001 0.048 0.044 0.103 0.125 0.003 0.001 0.047 0.567 5 V 0.012 0.002 0.002 0.076 0.075 0.109 0.113 0.001 0.001 0.046 0.564 6 L 0.004 0.002 0.001 0.099 0.045 0.071 0.158 0.002 0.001 0.028 0.591 7 L 0.190 0.006 0.002 0.059 0.040 0.038 0.106 0.005 0.002 0.085 0.466 8 P 0.075 0.008 0.002 0.038 0.013 0.017 0.138 0.004 0.001 0.082 0.622 9 P 0.017 0.004 0.001 0.009 0.006 0.010 0.118 0.002 0.001 0.037 0.796 10 G 0.086 0.083 0.002 0.019 0.020 0.031 0.135 0.018 0.001 0.062 0.544 11 P 0.119 0.130 0.004 0.011 0.010 0.013 0.086 0.007 0.001 0.055 0.564 12 F 0.058 0.244 0.006 0.009 0.020 0.032 0.079 0.016 0.002 0.054 0.480 13 T 0.123 0.616 0.001 0.003 0.006 0.010 0.030 0.005 0.001 0.026 0.180 14 R 0.054 0.634 0.007 0.008 0.007 0.013 0.033 0.004 0.003 0.044 0.193 15 R 0.032 0.596 0.003 0.010 0.017 0.034 0.051 0.003 0.001 0.048 0.203 16 Q 0.020 0.688 0.002 0.009 0.016 0.025 0.035 0.002 0.001 0.053 0.150 17 A 0.016 0.428 0.002 0.020 0.036 0.049 0.044 0.002 0.001 0.310 0.094 18 Q 0.005 0.220 0.001 0.023 0.020 0.048 0.019 0.001 0.001 0.615 0.048 19 A 0.003 0.224 0.003 0.028 0.051 0.051 0.023 0.001 0.001 0.516 0.099 20 V 0.009 0.701 0.012 0.023 0.037 0.050 0.015 0.009 0.001 0.061 0.082 21 T 0.069 0.227 0.010 0.030 0.038 0.046 0.025 0.010 0.003 0.345 0.198 22 T 0.048 0.077 0.028 0.029 0.025 0.033 0.061 0.007 0.022 0.367 0.303 23 T 0.278 0.071 0.011 0.024 0.016 0.030 0.103 0.017 0.009 0.095 0.345 24 Y 0.104 0.036 0.015 0.059 0.015 0.020 0.130 0.015 0.013 0.063 0.530 25 S 0.046 0.022 0.001 0.044 0.024 0.024 0.212 0.004 0.001 0.036 0.587 26 N 0.013 0.016 0.001 0.106 0.019 0.035 0.184 0.004 0.001 0.067 0.554 27 I 0.021 0.009 0.002 0.143 0.044 0.060 0.204 0.006 0.001 0.109 0.401 28 T 0.020 0.014 0.002 0.369 0.025 0.066 0.114 0.003 0.001 0.099 0.288 29 L 0.096 0.028 0.005 0.206 0.032 0.061 0.104 0.002 0.003 0.100 0.363 30 E 0.035 0.020 0.007 0.122 0.025 0.061 0.147 0.004 0.004 0.070 0.504 31 D 0.115 0.033 0.004 0.035 0.011 0.022 0.121 0.006 0.004 0.075 0.574 32 D 0.257 0.067 0.006 0.019 0.012 0.021 0.107 0.012 0.004 0.143 0.352 33 Q 0.094 0.015 0.005 0.014 0.013 0.033 0.130 0.004 0.003 0.072 0.616 34 G 0.034 0.006 0.003 0.015 0.070 0.167 0.126 0.004 0.001 0.065 0.509 35 S 0.019 0.002 0.001 0.019 0.139 0.251 0.122 0.002 0.001 0.066 0.379 36 H 0.003 0.002 0.001 0.041 0.133 0.418 0.085 0.001 0.001 0.058 0.258 37 F 0.001 0.001 0.001 0.039 0.204 0.552 0.036 0.001 0.001 0.060 0.108 38 R 0.001 0.001 0.001 0.041 0.264 0.559 0.016 0.001 0.001 0.045 0.074 39 L 0.001 0.001 0.001 0.058 0.307 0.557 0.007 0.001 0.001 0.032 0.039 40 V 0.001 0.001 0.001 0.069 0.373 0.458 0.007 0.001 0.001 0.044 0.048 41 V 0.001 0.001 0.001 0.079 0.414 0.406 0.012 0.001 0.001 0.038 0.050 42 R 0.015 0.001 0.002 0.066 0.252 0.362 0.042 0.001 0.003 0.058 0.196 43 D 0.347 0.010 0.002 0.031 0.057 0.073 0.065 0.012 0.005 0.075 0.324 44 T 0.202 0.011 0.002 0.014 0.012 0.024 0.088 0.005 0.002 0.056 0.582 45 E 0.026 0.016 0.002 0.022 0.023 0.058 0.113 0.003 0.001 0.027 0.709 46 G 0.027 0.030 0.001 0.022 0.154 0.207 0.100 0.005 0.001 0.045 0.409 47 R 0.016 0.025 0.001 0.038 0.247 0.208 0.071 0.003 0.001 0.076 0.315 48 M 0.008 0.035 0.002 0.048 0.215 0.330 0.056 0.003 0.001 0.063 0.240 49 V 0.019 0.033 0.003 0.043 0.275 0.372 0.038 0.002 0.001 0.047 0.166 50 W 0.019 0.028 0.005 0.068 0.233 0.340 0.048 0.002 0.002 0.053 0.203 51 R 0.036 0.036 0.004 0.063 0.222 0.313 0.057 0.007 0.002 0.073 0.186 52 A 0.112 0.042 0.004 0.062 0.107 0.183 0.082 0.014 0.003 0.074 0.317 53 W 0.085 0.008 0.001 0.053 0.094 0.153 0.109 0.005 0.001 0.059 0.432 54 N 0.009 0.008 0.001 0.068 0.067 0.169 0.118 0.001 0.001 0.034 0.524 55 F 0.011 0.012 0.004 0.070 0.040 0.056 0.114 0.001 0.002 0.036 0.654 56 E 0.178 0.028 0.005 0.025 0.064 0.042 0.136 0.013 0.004 0.122 0.383 57 P 0.084 0.032 0.002 0.013 0.005 0.008 0.102 0.006 0.001 0.058 0.689 58 D 0.308 0.075 0.003 0.010 0.004 0.009 0.089 0.008 0.002 0.055 0.437 59 A 0.087 0.106 0.003 0.015 0.005 0.012 0.101 0.008 0.001 0.070 0.592 60 G 0.100 0.091 0.003 0.011 0.015 0.024 0.122 0.003 0.001 0.097 0.532 61 E 0.029 0.190 0.002 0.034 0.080 0.090 0.103 0.008 0.001 0.062 0.400 62 G 0.061 0.417 0.003 0.017 0.031 0.048 0.081 0.007 0.001 0.030 0.305 63 L 0.035 0.633 0.003 0.019 0.050 0.060 0.037 0.013 0.001 0.010 0.141 64 N 0.045 0.371 0.002 0.027 0.036 0.093 0.053 0.012 0.001 0.066 0.295 65 R 0.026 0.089 0.011 0.044 0.080 0.104 0.044 0.005 0.003 0.428 0.167 66 Y 0.035 0.059 0.031 0.083 0.072 0.136 0.086 0.005 0.012 0.259 0.222 67 I 0.103 0.020 0.052 0.066 0.075 0.096 0.080 0.008 0.026 0.129 0.343 68 R 0.186 0.013 0.003 0.052 0.052 0.064 0.076 0.009 0.003 0.072 0.470 69 T 0.090 0.010 0.001 0.020 0.012 0.028 0.112 0.004 0.001 0.050 0.673 70 S 0.015 0.002 0.001 0.029 0.015 0.051 0.153 0.006 0.001 0.046 0.681 71 G 0.018 0.005 0.002 0.074 0.027 0.066 0.155 0.002 0.001 0.073 0.577 72 I 0.038 0.005 0.002 0.099 0.048 0.065 0.118 0.002 0.001 0.063 0.560 73 R 0.055 0.011 0.002 0.135 0.055 0.081 0.128 0.005 0.001 0.100 0.428 74 T 0.116 0.009 0.002 0.060 0.020 0.035 0.132 0.004 0.001 0.079 0.543 75 D 0.038 0.006 0.002 0.064 0.022 0.058 0.171 0.010 0.001 0.091 0.536 76 T 0.089 0.010 0.002 0.033 0.010 0.022 0.130 0.002 0.001 0.049 0.651 77 A 0.052 0.006 0.002 0.033 0.035 0.055 0.141 0.006 0.001 0.059 0.608 78 T 0.080 0.012 0.001 0.011 0.016 0.020 0.118 0.003 0.001 0.034 0.705 79 R 0.054 0.008 0.001 0.012 0.026 0.037 0.142 0.013 0.001 0.040 0.666