# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.56688 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.065 0.048 0.087 0.073 0.083 0.118 0.110 0.129 0.109 0.089 2 T 0.094 0.121 0.081 0.148 0.117 0.106 0.112 0.077 0.068 0.046 0.031 3 Q 0.094 0.082 0.086 0.146 0.138 0.130 0.131 0.082 0.062 0.033 0.017 4 S 0.122 0.089 0.078 0.131 0.120 0.109 0.128 0.086 0.066 0.043 0.027 5 V 0.060 0.066 0.066 0.122 0.131 0.124 0.147 0.101 0.091 0.059 0.032 6 L 0.043 0.056 0.032 0.096 0.120 0.118 0.171 0.124 0.114 0.075 0.052 7 L 0.021 0.022 0.020 0.041 0.053 0.073 0.151 0.164 0.184 0.157 0.114 8 P 0.191 0.128 0.061 0.140 0.137 0.102 0.117 0.058 0.038 0.019 0.010 9 P 0.513 0.166 0.056 0.126 0.059 0.033 0.024 0.011 0.006 0.003 0.002 10 G 0.171 0.110 0.025 0.084 0.082 0.096 0.139 0.097 0.086 0.069 0.039 11 P 0.344 0.185 0.091 0.151 0.083 0.056 0.045 0.021 0.013 0.007 0.004 12 F 0.026 0.021 0.011 0.024 0.041 0.070 0.148 0.151 0.193 0.183 0.130 13 T 0.044 0.317 0.164 0.229 0.103 0.057 0.045 0.020 0.012 0.006 0.003 14 R 0.287 0.098 0.062 0.195 0.180 0.094 0.052 0.017 0.009 0.003 0.001 15 R 0.508 0.136 0.174 0.100 0.041 0.021 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 16 Q 0.005 0.015 0.059 0.127 0.120 0.185 0.265 0.117 0.067 0.030 0.010 17 A 0.030 0.017 0.114 0.056 0.062 0.093 0.217 0.161 0.128 0.082 0.039 18 Q 0.020 0.039 0.535 0.230 0.100 0.048 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 19 A 0.006 0.026 0.310 0.116 0.120 0.116 0.128 0.064 0.056 0.039 0.018 20 V 0.005 0.007 0.038 0.027 0.025 0.036 0.111 0.124 0.188 0.221 0.216 21 T 0.023 0.043 0.177 0.147 0.153 0.159 0.169 0.067 0.036 0.018 0.009 22 T 0.027 0.049 0.313 0.123 0.093 0.076 0.096 0.071 0.065 0.052 0.034 23 T 0.063 0.098 0.141 0.171 0.154 0.121 0.134 0.053 0.036 0.019 0.011 24 Y 0.013 0.012 0.028 0.023 0.022 0.029 0.087 0.106 0.200 0.223 0.258 25 S 0.082 0.090 0.142 0.208 0.173 0.127 0.103 0.038 0.022 0.010 0.005 26 N 0.050 0.103 0.101 0.207 0.155 0.133 0.131 0.059 0.036 0.018 0.008 27 I 0.008 0.006 0.008 0.012 0.014 0.023 0.072 0.119 0.222 0.252 0.265 28 T 0.054 0.130 0.093 0.223 0.181 0.130 0.105 0.038 0.024 0.013 0.010 29 L 0.016 0.019 0.015 0.032 0.038 0.043 0.105 0.142 0.211 0.211 0.167 30 E 0.141 0.151 0.067 0.188 0.161 0.111 0.090 0.041 0.027 0.014 0.010 31 D 0.129 0.106 0.048 0.137 0.118 0.095 0.128 0.086 0.071 0.047 0.034 32 D 0.093 0.115 0.043 0.156 0.161 0.143 0.130 0.069 0.044 0.029 0.017 33 Q 0.249 0.272 0.080 0.185 0.093 0.052 0.036 0.014 0.009 0.006 0.003 34 G 0.252 0.079 0.029 0.091 0.086 0.091 0.123 0.079 0.074 0.058 0.039 35 S 0.172 0.135 0.052 0.158 0.116 0.103 0.123 0.058 0.044 0.024 0.015 36 H 0.012 0.025 0.028 0.099 0.101 0.128 0.224 0.148 0.119 0.075 0.042 37 F 0.005 0.006 0.010 0.025 0.032 0.052 0.136 0.165 0.204 0.204 0.160 38 R 0.004 0.015 0.031 0.159 0.181 0.185 0.169 0.113 0.075 0.047 0.021 39 L 0.003 0.009 0.019 0.048 0.066 0.104 0.187 0.188 0.189 0.133 0.054 40 V 0.002 0.005 0.013 0.028 0.039 0.052 0.148 0.186 0.228 0.184 0.115 41 V 0.002 0.005 0.012 0.029 0.038 0.045 0.151 0.185 0.227 0.197 0.109 42 R 0.003 0.017 0.029 0.114 0.161 0.156 0.210 0.144 0.098 0.046 0.020 43 D 0.087 0.143 0.121 0.228 0.163 0.114 0.087 0.034 0.016 0.006 0.002 44 T 0.368 0.168 0.076 0.168 0.087 0.058 0.046 0.017 0.008 0.004 0.001 45 E 0.431 0.237 0.053 0.111 0.062 0.037 0.034 0.015 0.010 0.006 0.003 46 G 0.128 0.111 0.038 0.104 0.092 0.113 0.151 0.107 0.080 0.049 0.027 47 R 0.032 0.091 0.042 0.194 0.206 0.183 0.141 0.057 0.032 0.015 0.007 48 M 0.034 0.033 0.045 0.085 0.087 0.111 0.186 0.144 0.137 0.089 0.048 49 V 0.018 0.023 0.031 0.165 0.196 0.162 0.160 0.100 0.072 0.045 0.027 50 W 0.008 0.008 0.027 0.025 0.024 0.032 0.095 0.150 0.234 0.231 0.166 51 R 0.003 0.006 0.024 0.079 0.112 0.146 0.215 0.172 0.132 0.075 0.038 52 A 0.006 0.015 0.090 0.051 0.049 0.073 0.165 0.154 0.166 0.139 0.091 53 W 0.007 0.011 0.026 0.057 0.077 0.111 0.219 0.178 0.161 0.104 0.051 54 N 0.007 0.010 0.013 0.019 0.021 0.035 0.104 0.153 0.225 0.237 0.178 55 F 0.016 0.033 0.035 0.062 0.068 0.078 0.133 0.141 0.165 0.152 0.116 56 E 0.052 0.063 0.054 0.114 0.112 0.121 0.175 0.125 0.094 0.054 0.034 57 P 0.124 0.086 0.052 0.130 0.134 0.128 0.135 0.083 0.062 0.041 0.023 58 D 0.233 0.211 0.083 0.161 0.117 0.074 0.058 0.028 0.019 0.011 0.007 59 A 0.027 0.032 0.014 0.038 0.039 0.052 0.107 0.117 0.174 0.200 0.199 60 G 0.175 0.184 0.069 0.141 0.140 0.116 0.098 0.037 0.024 0.011 0.006 61 E 0.419 0.192 0.113 0.160 0.059 0.028 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 62 G 0.060 0.055 0.042 0.124 0.144 0.170 0.195 0.084 0.060 0.039 0.028 63 L 0.003 0.005 0.007 0.016 0.018 0.030 0.095 0.135 0.224 0.240 0.225 64 N 0.005 0.014 0.042 0.113 0.178 0.236 0.211 0.096 0.057 0.031 0.017 65 R 0.029 0.067 0.416 0.199 0.109 0.077 0.053 0.022 0.015 0.008 0.005 66 Y 0.002 0.006 0.010 0.036 0.074 0.132 0.307 0.196 0.123 0.076 0.038 67 I 0.002 0.002 0.006 0.006 0.006 0.008 0.036 0.074 0.182 0.302 0.374 68 R 0.005 0.019 0.081 0.173 0.260 0.213 0.152 0.055 0.028 0.010 0.005 69 T 0.080 0.119 0.365 0.220 0.097 0.064 0.036 0.012 0.005 0.002 0.001 70 S 0.092 0.084 0.044 0.112 0.129 0.151 0.208 0.098 0.048 0.026 0.008 71 G 0.328 0.167 0.047 0.108 0.080 0.071 0.078 0.043 0.036 0.025 0.018 72 I 0.016 0.021 0.012 0.026 0.034 0.040 0.087 0.117 0.194 0.221 0.234 73 R 0.067 0.146 0.091 0.190 0.148 0.118 0.117 0.054 0.036 0.020 0.013 74 T 0.134 0.100 0.052 0.130 0.124 0.105 0.131 0.091 0.067 0.042 0.024 75 D 0.252 0.179 0.071 0.154 0.118 0.085 0.065 0.033 0.022 0.014 0.008 76 T 0.221 0.153 0.085 0.159 0.113 0.080 0.075 0.041 0.035 0.024 0.014 77 A 0.252 0.097 0.056 0.094 0.076 0.078 0.112 0.073 0.069 0.057 0.035 78 T 0.342 0.222 0.097 0.139 0.077 0.045 0.037 0.017 0.013 0.007 0.004 79 R 0.283 0.152 0.058 0.113 0.089 0.071 0.076 0.054 0.046 0.035 0.023