# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.56688 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.105 0.016 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.013 0.076 0.562 2 T 0.052 0.141 0.008 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.010 0.085 0.515 3 Q 0.041 0.138 0.010 0.002 0.015 0.006 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.009 0.053 0.456 4 S 0.044 0.112 0.007 0.001 0.007 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.244 0.011 0.081 0.473 5 V 0.103 0.085 0.006 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.003 0.002 0.293 0.015 0.067 0.401 6 L 0.076 0.108 0.014 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.334 0.013 0.054 0.377 7 L 0.058 0.070 0.017 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.003 0.004 0.343 0.010 0.047 0.424 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 10 G 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.003 0.113 0.704 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 F 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.003 0.093 0.738 13 T 0.085 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.005 0.158 0.674 14 R 0.033 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.006 0.053 0.682 15 R 0.028 0.079 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.010 0.294 0.540 16 Q 0.069 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.010 0.387 0.347 17 A 0.031 0.704 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.009 0.016 0.198 18 Q 0.021 0.667 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.007 0.026 0.140 19 A 0.023 0.692 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.006 0.020 0.158 20 V 0.024 0.686 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.164 0.007 0.007 0.094 21 T 0.015 0.700 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.148 0.005 0.007 0.111 22 T 0.024 0.611 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.135 0.012 0.018 0.167 23 T 0.058 0.278 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.369 0.030 0.035 0.210 24 Y 0.103 0.222 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.030 0.057 0.343 25 S 0.068 0.113 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.439 0.036 0.043 0.267 26 N 0.057 0.026 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.363 0.032 0.089 0.408 27 I 0.136 0.013 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.446 0.013 0.041 0.310 28 T 0.008 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.016 0.008 0.617 0.002 0.059 0.244 29 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.007 0.076 0.198 0.131 0.031 0.270 0.003 0.030 0.231 30 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.009 0.024 0.010 0.007 0.004 0.629 0.003 0.056 0.230 31 D 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.190 0.067 0.013 0.021 0.005 0.003 0.001 0.138 0.006 0.045 0.383 32 D 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.152 0.006 0.187 0.607 33 Q 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.008 0.398 0.526 34 G 0.171 0.016 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.078 0.219 0.439 35 S 0.120 0.042 0.011 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.015 0.295 0.431 36 H 0.031 0.044 0.012 0.004 0.142 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.007 0.117 0.395 37 F 0.022 0.030 0.004 0.002 0.016 0.269 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.354 0.005 0.068 0.211 38 R 0.012 0.024 0.001 0.001 0.025 0.017 0.118 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.543 0.003 0.060 0.168 39 L 0.014 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.765 0.003 0.024 0.132 40 V 0.011 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.024 0.017 0.741 0.003 0.024 0.107 41 V 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.147 0.531 0.152 0.019 0.107 0.001 0.003 0.025 42 R 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.028 0.009 0.038 0.006 0.001 0.001 0.686 0.002 0.015 0.173 43 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.843 0.041 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.002 0.022 44 T 0.019 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.015 0.167 0.556 45 E 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.653 0.311 46 G 0.267 0.019 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.430 0.098 0.151 47 R 0.106 0.025 0.035 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.032 0.441 0.262 48 M 0.005 0.004 0.046 0.006 0.077 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.002 0.094 0.450 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.888 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.009 0.026 50 W 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.074 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.629 0.001 0.031 0.226 51 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.859 0.003 0.024 0.094 52 A 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.645 0.008 0.051 0.261 53 W 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.009 0.017 0.652 0.009 0.047 0.229 54 N 0.023 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.084 0.021 0.441 0.017 0.065 0.308 55 F 0.131 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.010 0.004 0.006 0.267 0.021 0.065 0.457 56 E 0.026 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.049 0.007 0.015 0.006 0.009 0.004 0.172 0.008 0.234 0.427 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 58 D 0.048 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.007 0.238 0.629 59 A 0.441 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.067 0.409 60 G 0.068 0.140 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 0.216 0.541 61 E 0.148 0.054 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.144 0.603 62 G 0.077 0.228 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.014 0.093 0.555 63 L 0.114 0.392 0.012 0.001 0.004 0.004 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.012 0.055 0.348 64 N 0.032 0.688 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.007 0.029 0.169 65 R 0.052 0.717 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.009 0.019 0.169 66 Y 0.040 0.819 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.013 0.098 67 I 0.027 0.856 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 0.009 0.066 68 R 0.028 0.782 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.011 0.012 0.097 69 T 0.054 0.685 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.022 0.012 0.184 70 S 0.119 0.394 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.091 0.022 0.308 71 G 0.300 0.060 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.067 0.065 0.368 72 I 0.028 0.019 0.231 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.129 0.004 0.176 0.372 73 R 0.009 0.011 0.001 0.006 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.430 0.002 0.092 0.422 74 T 0.014 0.012 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.009 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.144 0.004 0.093 0.692 75 D 0.015 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.361 0.007 0.086 0.490 76 T 0.034 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.089 0.012 0.245 0.591 77 A 0.081 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.124 0.023 0.329 0.389 78 T 0.025 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.015 0.192 0.640 79 R 0.043 0.061 0.008 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.100 0.014 0.111 0.638