# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.56688 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.076 0.012 0.024 0.029 0.039 0.060 0.005 0.001 0.005 0.639 2 T 0.048 0.058 0.006 0.028 0.044 0.064 0.143 0.003 0.001 0.006 0.600 3 Q 0.070 0.063 0.006 0.034 0.045 0.062 0.134 0.003 0.001 0.007 0.576 4 S 0.085 0.118 0.003 0.038 0.047 0.056 0.140 0.003 0.001 0.005 0.504 5 V 0.143 0.111 0.003 0.043 0.067 0.081 0.173 0.009 0.001 0.012 0.358 6 L 0.292 0.132 0.018 0.034 0.029 0.055 0.081 0.006 0.001 0.009 0.342 7 L 0.113 0.069 0.025 0.070 0.055 0.107 0.065 0.010 0.001 0.005 0.482 8 P 0.012 0.003 0.003 0.014 0.007 0.014 0.014 0.001 0.001 0.001 0.931 9 P 0.006 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.974 10 G 0.064 0.002 0.002 0.062 0.008 0.029 0.139 0.001 0.001 0.003 0.689 11 P 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.969 12 F 0.056 0.015 0.001 0.084 0.016 0.031 0.228 0.001 0.001 0.003 0.567 13 T 0.113 0.062 0.001 0.041 0.009 0.018 0.206 0.001 0.001 0.003 0.548 14 R 0.058 0.316 0.001 0.040 0.012 0.012 0.065 0.001 0.001 0.002 0.493 15 R 0.070 0.444 0.004 0.004 0.003 0.011 0.086 0.001 0.001 0.005 0.372 16 Q 0.063 0.630 0.003 0.009 0.014 0.033 0.067 0.007 0.001 0.005 0.169 17 A 0.042 0.859 0.003 0.005 0.003 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.066 18 Q 0.011 0.895 0.001 0.003 0.005 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 0.068 19 A 0.024 0.922 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.040 20 V 0.011 0.947 0.002 0.002 0.004 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 0.021 21 T 0.016 0.917 0.003 0.004 0.010 0.019 0.003 0.007 0.001 0.001 0.021 22 T 0.029 0.865 0.005 0.005 0.018 0.027 0.006 0.010 0.001 0.001 0.034 23 T 0.068 0.745 0.008 0.013 0.029 0.041 0.009 0.031 0.001 0.002 0.055 24 Y 0.083 0.456 0.073 0.030 0.051 0.066 0.024 0.042 0.001 0.004 0.170 25 S 0.068 0.177 0.052 0.096 0.119 0.164 0.058 0.043 0.001 0.010 0.214 26 N 0.145 0.051 0.074 0.084 0.086 0.133 0.086 0.029 0.001 0.015 0.296 27 I 0.076 0.027 0.061 0.157 0.215 0.169 0.047 0.007 0.001 0.006 0.236 28 T 0.013 0.009 0.013 0.171 0.198 0.246 0.081 0.002 0.001 0.003 0.265 29 L 0.009 0.003 0.004 0.096 0.314 0.328 0.043 0.001 0.001 0.002 0.200 30 E 0.007 0.003 0.001 0.101 0.179 0.315 0.068 0.001 0.001 0.003 0.322 31 D 0.014 0.003 0.001 0.055 0.141 0.241 0.239 0.001 0.001 0.010 0.295 32 D 0.067 0.005 0.002 0.031 0.036 0.042 0.298 0.001 0.001 0.036 0.480 33 Q 0.063 0.007 0.002 0.012 0.016 0.018 0.433 0.001 0.001 0.035 0.413 34 G 0.228 0.013 0.005 0.015 0.017 0.020 0.327 0.001 0.001 0.078 0.295 35 S 0.185 0.033 0.015 0.018 0.051 0.049 0.307 0.001 0.001 0.030 0.311 36 H 0.022 0.026 0.008 0.020 0.117 0.195 0.148 0.001 0.001 0.007 0.458 37 F 0.008 0.010 0.001 0.024 0.227 0.593 0.030 0.001 0.001 0.002 0.103 38 R 0.005 0.012 0.001 0.030 0.233 0.611 0.018 0.001 0.001 0.002 0.088 39 L 0.004 0.010 0.001 0.042 0.396 0.473 0.009 0.001 0.001 0.001 0.064 40 V 0.007 0.014 0.002 0.098 0.308 0.456 0.015 0.001 0.001 0.001 0.098 41 V 0.003 0.006 0.001 0.083 0.356 0.483 0.010 0.001 0.001 0.001 0.055 42 R 0.004 0.006 0.001 0.098 0.263 0.499 0.024 0.002 0.001 0.002 0.101 43 D 0.013 0.008 0.002 0.070 0.316 0.385 0.066 0.003 0.001 0.004 0.133 44 T 0.011 0.006 0.002 0.027 0.077 0.093 0.126 0.001 0.001 0.006 0.652 45 E 0.018 0.003 0.001 0.009 0.016 0.029 0.373 0.001 0.001 0.021 0.529 46 G 0.522 0.005 0.007 0.010 0.012 0.012 0.140 0.002 0.001 0.137 0.153 47 R 0.339 0.026 0.038 0.023 0.034 0.024 0.284 0.001 0.001 0.037 0.194 48 M 0.017 0.013 0.016 0.049 0.157 0.197 0.161 0.001 0.001 0.005 0.385 49 V 0.003 0.006 0.001 0.095 0.243 0.563 0.030 0.001 0.001 0.001 0.059 50 W 0.002 0.007 0.001 0.043 0.258 0.497 0.025 0.001 0.001 0.001 0.167 51 R 0.002 0.007 0.001 0.042 0.334 0.534 0.016 0.001 0.001 0.001 0.063 52 A 0.010 0.014 0.001 0.071 0.209 0.398 0.042 0.001 0.001 0.002 0.251 53 W 0.022 0.016 0.002 0.132 0.200 0.338 0.087 0.003 0.001 0.007 0.193 54 N 0.053 0.011 0.004 0.071 0.087 0.136 0.143 0.007 0.001 0.014 0.475 55 F 0.112 0.021 0.057 0.088 0.056 0.102 0.119 0.006 0.001 0.016 0.424 56 E 0.041 0.008 0.008 0.060 0.083 0.107 0.202 0.002 0.001 0.006 0.482 57 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.988 58 D 0.008 0.001 0.001 0.020 0.020 0.036 0.202 0.001 0.001 0.002 0.711 59 A 0.331 0.008 0.001 0.011 0.005 0.012 0.086 0.001 0.001 0.019 0.526 60 G 0.184 0.070 0.001 0.019 0.013 0.020 0.184 0.003 0.001 0.011 0.496 61 E 0.234 0.040 0.006 0.011 0.004 0.007 0.129 0.001 0.001 0.010 0.558 62 G 0.157 0.095 0.004 0.020 0.013 0.015 0.165 0.004 0.001 0.007 0.522 63 L 0.086 0.224 0.019 0.020 0.023 0.051 0.136 0.003 0.001 0.013 0.427 64 N 0.028 0.330 0.003 0.022 0.051 0.092 0.096 0.007 0.001 0.005 0.366 65 R 0.101 0.417 0.002 0.013 0.030 0.040 0.055 0.009 0.001 0.007 0.325 66 Y 0.164 0.522 0.006 0.008 0.024 0.028 0.045 0.010 0.001 0.004 0.189 67 I 0.059 0.561 0.012 0.040 0.059 0.108 0.031 0.012 0.001 0.003 0.115 68 R 0.033 0.533 0.006 0.058 0.070 0.134 0.025 0.017 0.001 0.002 0.121 69 T 0.166 0.436 0.008 0.015 0.018 0.044 0.020 0.027 0.001 0.003 0.264 70 S 0.240 0.289 0.014 0.023 0.031 0.034 0.032 0.053 0.001 0.004 0.280 71 G 0.293 0.078 0.042 0.025 0.030 0.032 0.117 0.028 0.001 0.018 0.336 72 I 0.073 0.052 0.232 0.040 0.058 0.074 0.101 0.004 0.001 0.006 0.359 73 R 0.017 0.036 0.005 0.107 0.135 0.224 0.105 0.003 0.001 0.003 0.364 74 T 0.046 0.029 0.004 0.048 0.066 0.111 0.073 0.002 0.001 0.005 0.618 75 D 0.061 0.054 0.003 0.049 0.064 0.098 0.123 0.003 0.001 0.006 0.540 76 T 0.087 0.040 0.005 0.032 0.042 0.064 0.206 0.004 0.001 0.018 0.503 77 A 0.140 0.058 0.008 0.037 0.042 0.063 0.252 0.004 0.001 0.025 0.371 78 T 0.101 0.076 0.009 0.027 0.047 0.066 0.217 0.004 0.001 0.015 0.438 79 R 0.075 0.100 0.009 0.023 0.039 0.059 0.107 0.003 0.001 0.008 0.576