# TARGET T0358 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 T 0.077 0.036 0.005 0.031 0.004 0.016 0.831 3 Q 0.092 0.043 0.035 0.083 0.108 0.050 0.589 4 S 0.116 0.011 0.094 0.085 0.107 0.093 0.494 5 V 0.201 0.016 0.119 0.071 0.156 0.112 0.324 6 L 0.171 0.064 0.074 0.061 0.164 0.076 0.391 7 L 0.051 0.021 0.023 0.014 0.221 0.043 0.628 8 P 0.020 0.007 0.019 0.011 0.218 0.345 0.379 9 P 0.010 0.025 0.020 0.011 0.374 0.336 0.224 10 G 0.008 0.016 0.007 0.016 0.564 0.035 0.353 11 P 0.026 0.024 0.014 0.042 0.173 0.094 0.627 12 F 0.061 0.044 0.024 0.112 0.209 0.084 0.465 13 T 0.067 0.026 0.016 0.241 0.112 0.019 0.520 14 R 0.004 0.002 0.023 0.920 0.014 0.012 0.025 15 R 0.002 0.001 0.014 0.950 0.008 0.013 0.014 16 Q 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.008 0.005 17 A 0.002 0.001 0.001 0.987 0.003 0.004 0.004 18 Q 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.002 0.003 19 A 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.001 20 V 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.001 21 T 0.005 0.001 0.003 0.978 0.002 0.010 0.002 22 T 0.007 0.001 0.007 0.914 0.004 0.064 0.004 23 T 0.024 0.001 0.009 0.783 0.013 0.148 0.022 24 Y 0.056 0.006 0.027 0.638 0.053 0.133 0.087 25 S 0.083 0.005 0.035 0.396 0.166 0.215 0.101 26 N 0.117 0.007 0.036 0.134 0.193 0.234 0.279 27 I 0.282 0.034 0.029 0.161 0.121 0.069 0.303 28 T 0.546 0.020 0.014 0.094 0.051 0.046 0.229 29 L 0.307 0.010 0.084 0.256 0.060 0.157 0.126 30 E 0.303 0.005 0.066 0.176 0.138 0.174 0.138 31 D 0.267 0.019 0.057 0.112 0.203 0.116 0.225 32 D 0.198 0.019 0.023 0.030 0.205 0.091 0.434 33 Q 0.122 0.016 0.045 0.023 0.095 0.454 0.244 34 G 0.111 0.020 0.104 0.021 0.214 0.315 0.215 35 S 0.201 0.013 0.091 0.024 0.286 0.168 0.216 36 H 0.497 0.020 0.030 0.015 0.109 0.083 0.246 37 F 0.710 0.007 0.005 0.006 0.030 0.006 0.236 38 R 0.954 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.029 39 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 40 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 41 V 0.956 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 42 R 0.909 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.070 43 D 0.439 0.004 0.005 0.001 0.026 0.019 0.506 44 T 0.092 0.004 0.026 0.003 0.167 0.613 0.095 45 E 0.020 0.002 0.021 0.004 0.173 0.753 0.027 46 G 0.087 0.003 0.012 0.003 0.472 0.205 0.218 47 R 0.435 0.012 0.002 0.001 0.058 0.012 0.480 48 M 0.891 0.017 0.001 0.001 0.011 0.002 0.078 49 V 0.947 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.040 50 W 0.969 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 51 R 0.947 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.039 52 A 0.881 0.002 0.003 0.002 0.011 0.004 0.096 53 W 0.762 0.007 0.012 0.006 0.045 0.023 0.145 54 N 0.525 0.010 0.015 0.009 0.131 0.038 0.272 55 F 0.152 0.029 0.025 0.018 0.216 0.055 0.505 56 E 0.035 0.029 0.039 0.036 0.270 0.058 0.532 57 P 0.008 0.006 0.096 0.060 0.183 0.498 0.149 58 D 0.003 0.006 0.072 0.043 0.142 0.614 0.119 59 A 0.006 0.012 0.087 0.110 0.187 0.307 0.291 60 G 0.008 0.007 0.064 0.178 0.192 0.241 0.311 61 E 0.006 0.004 0.115 0.559 0.127 0.130 0.059 62 G 0.008 0.010 0.065 0.724 0.039 0.089 0.065 63 L 0.004 0.005 0.025 0.887 0.014 0.044 0.021 64 N 0.003 0.001 0.019 0.931 0.007 0.024 0.015 65 R 0.003 0.001 0.015 0.946 0.006 0.023 0.006 66 Y 0.006 0.001 0.020 0.920 0.006 0.037 0.010 67 I 0.013 0.004 0.022 0.880 0.016 0.047 0.018 68 R 0.022 0.003 0.035 0.785 0.021 0.092 0.042 69 T 0.019 0.005 0.046 0.525 0.066 0.289 0.049 70 S 0.013 0.003 0.021 0.199 0.080 0.632 0.052 71 G 0.031 0.009 0.015 0.069 0.174 0.457 0.246 72 I 0.144 0.068 0.011 0.035 0.100 0.038 0.605 73 R 0.191 0.046 0.015 0.034 0.071 0.028 0.616 74 T 0.105 0.028 0.021 0.038 0.176 0.074 0.558 75 D 0.069 0.018 0.021 0.040 0.285 0.139 0.427 76 T 0.048 0.014 0.020 0.061 0.316 0.182 0.359 77 A 0.041 0.021 0.010 0.040 0.286 0.085 0.518 78 T 0.011 0.011 0.004 0.011 0.007 0.048 0.909 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999