# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.56688 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.213 0.227 0.275 0.117 0.051 0.049 0.033 0.007 0.025 0.003 0.001 2 T 0.175 0.379 0.229 0.077 0.068 0.033 0.009 0.003 0.023 0.003 0.001 3 Q 0.277 0.315 0.227 0.067 0.057 0.021 0.010 0.002 0.021 0.003 0.001 4 S 0.346 0.186 0.271 0.101 0.036 0.030 0.011 0.005 0.012 0.002 0.001 5 V 0.177 0.477 0.154 0.084 0.058 0.018 0.008 0.002 0.022 0.001 0.001 6 L 0.098 0.239 0.488 0.044 0.020 0.053 0.019 0.001 0.033 0.002 0.002 7 L 0.019 0.196 0.633 0.001 0.010 0.014 0.005 0.001 0.120 0.001 0.001 8 P 0.031 0.002 0.887 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 9 P 0.160 0.006 0.652 0.039 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 10 G 0.053 0.102 0.307 0.003 0.284 0.003 0.018 0.038 0.021 0.170 0.001 11 P 0.315 0.019 0.408 0.086 0.003 0.044 0.003 0.001 0.002 0.001 0.119 12 F 0.077 0.427 0.222 0.084 0.117 0.035 0.012 0.005 0.020 0.002 0.001 13 T 0.059 0.394 0.354 0.020 0.088 0.052 0.001 0.001 0.028 0.003 0.001 14 R 0.923 0.020 0.020 0.022 0.005 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 15 R 0.915 0.013 0.022 0.036 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.875 0.012 0.013 0.085 0.001 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 17 A 0.828 0.041 0.083 0.017 0.008 0.007 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 18 Q 0.934 0.014 0.020 0.023 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.851 0.065 0.028 0.030 0.019 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 V 0.687 0.185 0.025 0.064 0.016 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 21 T 0.468 0.293 0.107 0.049 0.032 0.024 0.006 0.002 0.018 0.001 0.001 22 T 0.393 0.282 0.079 0.091 0.115 0.017 0.006 0.002 0.012 0.002 0.001 23 T 0.216 0.429 0.109 0.097 0.102 0.021 0.006 0.004 0.014 0.002 0.001 24 Y 0.084 0.519 0.179 0.044 0.078 0.035 0.011 0.002 0.046 0.002 0.001 25 S 0.208 0.423 0.191 0.065 0.076 0.014 0.006 0.002 0.010 0.006 0.001 26 N 0.088 0.218 0.134 0.085 0.095 0.085 0.218 0.008 0.067 0.002 0.001 27 I 0.048 0.682 0.166 0.024 0.030 0.021 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 28 T 0.047 0.605 0.217 0.012 0.036 0.053 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 29 L 0.058 0.637 0.145 0.038 0.033 0.039 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 30 E 0.080 0.479 0.233 0.030 0.074 0.050 0.009 0.002 0.037 0.004 0.001 31 D 0.127 0.167 0.176 0.161 0.072 0.126 0.073 0.004 0.086 0.007 0.001 32 D 0.142 0.102 0.210 0.112 0.084 0.128 0.108 0.012 0.078 0.014 0.010 33 Q 0.324 0.055 0.131 0.397 0.012 0.025 0.030 0.006 0.012 0.002 0.005 34 G 0.073 0.018 0.085 0.032 0.109 0.002 0.057 0.385 0.003 0.234 0.001 35 S 0.130 0.180 0.419 0.103 0.092 0.032 0.016 0.007 0.008 0.005 0.006 36 H 0.055 0.545 0.183 0.058 0.091 0.030 0.011 0.003 0.020 0.003 0.001 37 F 0.050 0.638 0.127 0.029 0.127 0.012 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 38 R 0.027 0.712 0.178 0.008 0.033 0.019 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 39 L 0.017 0.488 0.427 0.002 0.016 0.034 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 40 V 0.025 0.732 0.158 0.004 0.013 0.034 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 41 V 0.012 0.724 0.195 0.004 0.012 0.028 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 42 R 0.038 0.425 0.377 0.035 0.028 0.062 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 43 D 0.021 0.141 0.579 0.020 0.087 0.090 0.014 0.002 0.039 0.007 0.001 44 T 0.813 0.021 0.015 0.121 0.008 0.006 0.006 0.004 0.004 0.002 0.001 45 E 0.198 0.027 0.076 0.611 0.010 0.007 0.054 0.005 0.010 0.003 0.001 46 G 0.032 0.007 0.051 0.029 0.065 0.001 0.063 0.622 0.001 0.129 0.001 47 R 0.122 0.335 0.415 0.040 0.035 0.027 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 48 M 0.053 0.345 0.518 0.009 0.014 0.044 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 49 V 0.068 0.752 0.089 0.018 0.034 0.020 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 50 W 0.043 0.594 0.264 0.006 0.035 0.041 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 51 R 0.101 0.583 0.150 0.026 0.054 0.043 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 52 A 0.135 0.354 0.266 0.041 0.134 0.024 0.014 0.004 0.022 0.004 0.001 53 W 0.241 0.307 0.175 0.136 0.083 0.016 0.012 0.006 0.014 0.010 0.001 54 N 0.122 0.119 0.124 0.217 0.065 0.086 0.192 0.020 0.046 0.008 0.001 55 F 0.139 0.235 0.302 0.124 0.056 0.048 0.039 0.011 0.033 0.010 0.001 56 E 0.134 0.119 0.584 0.008 0.022 0.022 0.014 0.003 0.076 0.017 0.002 57 P 0.506 0.003 0.406 0.013 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.004 0.052 58 D 0.429 0.040 0.132 0.207 0.032 0.040 0.061 0.028 0.024 0.006 0.001 59 A 0.507 0.031 0.194 0.215 0.016 0.009 0.013 0.004 0.004 0.005 0.001 60 G 0.523 0.010 0.064 0.071 0.027 0.004 0.048 0.182 0.003 0.069 0.001 61 E 0.607 0.025 0.194 0.134 0.010 0.015 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 62 G 0.623 0.030 0.124 0.063 0.035 0.008 0.028 0.049 0.009 0.031 0.001 63 L 0.912 0.009 0.025 0.043 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 N 0.895 0.015 0.030 0.043 0.003 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 65 R 0.937 0.015 0.014 0.023 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.927 0.015 0.018 0.031 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 I 0.843 0.047 0.046 0.040 0.002 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 68 R 0.880 0.029 0.029 0.042 0.005 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 69 T 0.694 0.081 0.038 0.138 0.028 0.006 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 70 S 0.224 0.044 0.059 0.595 0.025 0.003 0.029 0.008 0.009 0.003 0.001 71 G 0.032 0.005 0.036 0.014 0.053 0.002 0.159 0.550 0.003 0.145 0.001 72 I 0.114 0.389 0.372 0.045 0.038 0.031 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 73 R 0.102 0.307 0.339 0.071 0.028 0.100 0.010 0.002 0.037 0.003 0.001 74 T 0.171 0.448 0.144 0.084 0.113 0.017 0.004 0.001 0.016 0.002 0.001 75 D 0.201 0.128 0.231 0.123 0.066 0.119 0.062 0.006 0.059 0.003 0.001 76 T 0.337 0.206 0.138 0.247 0.037 0.015 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 77 A 0.233 0.209 0.329 0.068 0.076 0.023 0.013 0.005 0.031 0.011 0.001 78 T 0.205 0.135 0.468 0.114 0.018 0.031 0.004 0.003 0.013 0.003 0.004 79 R 0.235 0.197 0.252 0.080 0.096 0.020 0.035 0.028 0.020 0.036 0.001