# TARGET T0358 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.145 0.146 0.072 0.034 0.255 0.023 0.031 0.065 0.052 0.106 0.070 2 T 0.138 0.230 0.091 0.023 0.285 0.018 0.021 0.056 0.042 0.050 0.047 3 Q 0.177 0.156 0.060 0.022 0.291 0.011 0.014 0.071 0.062 0.070 0.066 4 S 0.141 0.126 0.043 0.019 0.268 0.015 0.035 0.134 0.100 0.076 0.042 5 V 0.099 0.180 0.073 0.019 0.235 0.014 0.039 0.112 0.074 0.112 0.043 6 L 0.077 0.295 0.139 0.028 0.224 0.009 0.024 0.062 0.035 0.069 0.038 7 L 0.063 0.370 0.285 0.025 0.137 0.007 0.009 0.025 0.022 0.031 0.027 8 P 0.035 0.227 0.117 0.025 0.102 0.048 0.142 0.205 0.067 0.018 0.014 9 P 0.078 0.105 0.049 0.032 0.089 0.032 0.048 0.067 0.095 0.333 0.071 10 G 0.012 0.185 0.386 0.235 0.046 0.049 0.014 0.025 0.016 0.021 0.012 11 P 0.122 0.171 0.051 0.006 0.163 0.014 0.024 0.139 0.090 0.131 0.089 12 F 0.139 0.228 0.058 0.005 0.261 0.003 0.007 0.069 0.050 0.122 0.059 13 T 0.046 0.485 0.135 0.009 0.097 0.006 0.009 0.141 0.035 0.023 0.014 14 R 0.003 0.004 0.005 0.010 0.005 0.010 0.005 0.762 0.177 0.015 0.004 15 R 0.003 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.006 0.896 0.073 0.006 0.002 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.887 0.089 0.016 0.001 17 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.907 0.085 0.002 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.917 0.072 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.934 0.048 0.003 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.917 0.057 0.004 0.001 21 T 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.019 0.826 0.127 0.008 0.002 22 T 0.007 0.025 0.015 0.013 0.020 0.022 0.056 0.722 0.098 0.020 0.002 23 T 0.037 0.044 0.019 0.003 0.088 0.009 0.103 0.527 0.090 0.064 0.016 24 Y 0.277 0.060 0.010 0.005 0.202 0.015 0.039 0.194 0.075 0.045 0.078 25 S 0.017 0.126 0.032 0.059 0.087 0.186 0.232 0.186 0.043 0.027 0.005 26 N 0.380 0.031 0.005 0.008 0.248 0.010 0.016 0.059 0.033 0.096 0.114 27 I 0.173 0.147 0.016 0.030 0.450 0.026 0.027 0.040 0.023 0.031 0.038 28 T 0.241 0.120 0.019 0.003 0.495 0.003 0.005 0.019 0.007 0.022 0.066 29 L 0.218 0.153 0.039 0.016 0.336 0.019 0.021 0.046 0.028 0.046 0.077 30 E 0.107 0.131 0.091 0.086 0.171 0.072 0.078 0.092 0.061 0.061 0.050 31 D 0.104 0.105 0.052 0.032 0.130 0.052 0.083 0.086 0.092 0.192 0.071 32 D 0.158 0.166 0.106 0.031 0.296 0.013 0.020 0.041 0.037 0.073 0.057 33 Q 0.046 0.196 0.120 0.064 0.098 0.058 0.070 0.112 0.120 0.090 0.026 34 G 0.054 0.103 0.114 0.073 0.101 0.037 0.048 0.160 0.144 0.133 0.035 35 S 0.129 0.154 0.043 0.007 0.242 0.009 0.032 0.155 0.102 0.084 0.043 36 H 0.206 0.095 0.027 0.010 0.382 0.015 0.031 0.083 0.044 0.057 0.051 37 F 0.318 0.068 0.009 0.005 0.488 0.003 0.003 0.022 0.009 0.022 0.052 38 R 0.169 0.133 0.019 0.010 0.558 0.023 0.026 0.031 0.007 0.009 0.014 39 L 0.314 0.064 0.005 0.001 0.589 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.017 40 V 0.282 0.083 0.008 0.001 0.582 0.002 0.003 0.007 0.001 0.002 0.030 41 V 0.247 0.183 0.034 0.002 0.447 0.004 0.007 0.013 0.001 0.009 0.053 42 R 0.055 0.371 0.034 0.019 0.408 0.022 0.010 0.027 0.005 0.018 0.030 43 D 0.031 0.142 0.628 0.104 0.022 0.024 0.009 0.020 0.009 0.003 0.007 44 T 0.002 0.003 0.026 0.017 0.002 0.028 0.051 0.521 0.333 0.015 0.002 45 E 0.001 0.715 0.222 0.025 0.017 0.002 0.003 0.007 0.004 0.003 0.001 46 G 0.013 0.015 0.010 0.005 0.013 0.001 0.001 0.003 0.005 0.456 0.479 47 R 0.044 0.522 0.047 0.005 0.265 0.022 0.034 0.027 0.008 0.017 0.008 48 M 0.398 0.069 0.005 0.001 0.487 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.027 49 V 0.215 0.172 0.035 0.042 0.452 0.036 0.019 0.011 0.003 0.002 0.014 50 W 0.361 0.091 0.013 0.003 0.487 0.004 0.003 0.005 0.002 0.002 0.030 51 R 0.240 0.102 0.046 0.010 0.394 0.008 0.013 0.013 0.012 0.022 0.141 52 A 0.203 0.185 0.067 0.023 0.358 0.032 0.025 0.029 0.022 0.025 0.031 53 W 0.202 0.089 0.027 0.036 0.281 0.052 0.061 0.049 0.051 0.077 0.074 54 N 0.195 0.081 0.048 0.049 0.246 0.012 0.021 0.043 0.057 0.121 0.127 55 F 0.069 0.151 0.113 0.084 0.157 0.026 0.041 0.126 0.098 0.105 0.030 56 E 0.065 0.301 0.329 0.046 0.165 0.013 0.018 0.025 0.010 0.014 0.014 57 P 0.023 0.092 0.024 0.025 0.055 0.068 0.236 0.321 0.109 0.033 0.014 58 D 0.040 0.014 0.021 0.034 0.029 0.040 0.047 0.059 0.054 0.572 0.092 59 A 0.049 0.275 0.092 0.038 0.098 0.030 0.037 0.202 0.102 0.056 0.022 60 G 0.031 0.014 0.030 0.046 0.021 0.037 0.020 0.266 0.135 0.321 0.080 61 E 0.021 0.074 0.046 0.028 0.039 0.016 0.035 0.555 0.143 0.031 0.012 62 G 0.028 0.028 0.013 0.006 0.040 0.006 0.014 0.773 0.068 0.018 0.007 63 L 0.008 0.029 0.015 0.006 0.013 0.007 0.012 0.706 0.144 0.055 0.005 64 N 0.020 0.013 0.006 0.004 0.025 0.004 0.011 0.741 0.122 0.047 0.008 65 R 0.009 0.016 0.006 0.003 0.016 0.002 0.008 0.840 0.085 0.012 0.004 66 Y 0.004 0.009 0.003 0.001 0.017 0.002 0.011 0.894 0.050 0.007 0.001 67 I 0.013 0.006 0.001 0.001 0.017 0.003 0.015 0.826 0.088 0.024 0.006 68 R 0.013 0.014 0.014 0.008 0.011 0.014 0.062 0.650 0.177 0.029 0.007 69 T 0.006 0.045 0.023 0.018 0.015 0.033 0.188 0.572 0.080 0.017 0.003 70 S 0.010 0.460 0.353 0.023 0.059 0.002 0.002 0.009 0.009 0.057 0.016 71 G 0.096 0.087 0.075 0.114 0.078 0.040 0.025 0.035 0.033 0.234 0.182 72 I 0.147 0.280 0.039 0.005 0.382 0.006 0.011 0.041 0.026 0.027 0.035 73 R 0.155 0.230 0.063 0.027 0.314 0.024 0.031 0.042 0.026 0.036 0.053 74 T 0.218 0.190 0.059 0.014 0.315 0.011 0.011 0.031 0.029 0.051 0.070 75 D 0.139 0.096 0.045 0.027 0.271 0.022 0.041 0.106 0.085 0.092 0.075 76 T 0.088 0.191 0.155 0.039 0.188 0.014 0.024 0.070 0.070 0.119 0.042 77 A 0.089 0.308 0.187 0.020 0.244 0.009 0.016 0.053 0.028 0.026 0.021 78 T 0.090 0.312 0.127 0.014 0.212 0.016 0.034 0.088 0.046 0.031 0.030 79 R 0.092 0.219 0.122 0.026 0.189 0.021 0.039 0.113 0.068 0.060 0.052