# TARGET T0358 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.656 0.202 0.092 0.038 0.010 0.002 0.001 2 T 0.570 0.224 0.106 0.066 0.028 0.006 0.001 3 Q 0.578 0.215 0.095 0.064 0.033 0.012 0.002 4 S 0.579 0.198 0.103 0.069 0.035 0.013 0.002 5 V 0.520 0.224 0.123 0.080 0.036 0.014 0.004 6 L 0.460 0.183 0.118 0.112 0.075 0.040 0.012 7 L 0.469 0.206 0.151 0.104 0.053 0.016 0.002 8 P 0.501 0.259 0.123 0.076 0.031 0.009 0.001 9 P 0.525 0.261 0.126 0.062 0.019 0.005 0.001 10 G 0.391 0.249 0.155 0.126 0.058 0.019 0.002 11 P 0.378 0.290 0.169 0.106 0.044 0.011 0.001 12 F 0.286 0.174 0.149 0.193 0.143 0.049 0.005 13 T 0.322 0.320 0.206 0.112 0.035 0.006 0.001 14 R 0.398 0.321 0.173 0.084 0.021 0.003 0.001 15 R 0.442 0.325 0.144 0.064 0.019 0.005 0.001 16 Q 0.131 0.167 0.184 0.247 0.194 0.071 0.006 17 A 0.127 0.206 0.232 0.232 0.149 0.050 0.004 18 Q 0.245 0.360 0.228 0.119 0.037 0.010 0.001 19 A 0.099 0.132 0.161 0.231 0.226 0.131 0.020 20 V 0.057 0.076 0.100 0.188 0.286 0.250 0.042 21 T 0.050 0.118 0.188 0.276 0.224 0.119 0.025 22 T 0.103 0.150 0.169 0.212 0.208 0.134 0.025 23 T 0.056 0.080 0.093 0.161 0.262 0.276 0.071 24 Y 0.070 0.084 0.113 0.205 0.247 0.213 0.068 25 S 0.117 0.239 0.223 0.206 0.132 0.066 0.017 26 N 0.137 0.198 0.184 0.213 0.151 0.095 0.023 27 I 0.092 0.096 0.106 0.194 0.229 0.223 0.060 28 T 0.152 0.165 0.154 0.193 0.204 0.113 0.020 29 L 0.162 0.123 0.130 0.169 0.175 0.186 0.054 30 E 0.215 0.225 0.167 0.178 0.132 0.073 0.010 31 D 0.168 0.226 0.245 0.212 0.110 0.037 0.003 32 D 0.212 0.241 0.205 0.194 0.111 0.034 0.004 33 Q 0.283 0.303 0.220 0.133 0.048 0.011 0.001 34 G 0.260 0.299 0.207 0.144 0.068 0.020 0.002 35 S 0.053 0.172 0.229 0.270 0.208 0.062 0.007 36 H 0.028 0.113 0.191 0.301 0.248 0.106 0.014 37 F 0.004 0.010 0.019 0.060 0.193 0.478 0.235 38 R 0.010 0.048 0.133 0.277 0.254 0.194 0.084 39 L 0.012 0.023 0.044 0.116 0.237 0.416 0.152 40 V 0.009 0.024 0.060 0.182 0.325 0.346 0.054 41 V 0.028 0.037 0.048 0.117 0.250 0.428 0.092 42 R 0.070 0.200 0.231 0.268 0.178 0.049 0.004 43 D 0.154 0.368 0.297 0.144 0.032 0.005 0.001 44 T 0.252 0.257 0.190 0.190 0.091 0.019 0.001 45 E 0.283 0.357 0.198 0.105 0.040 0.014 0.002 46 G 0.243 0.232 0.220 0.181 0.091 0.030 0.003 47 R 0.154 0.237 0.212 0.184 0.148 0.057 0.008 48 M 0.085 0.126 0.157 0.223 0.251 0.140 0.018 49 V 0.040 0.108 0.171 0.265 0.224 0.146 0.046 50 W 0.009 0.016 0.035 0.109 0.234 0.398 0.199 51 R 0.022 0.055 0.075 0.143 0.243 0.294 0.169 52 A 0.036 0.044 0.061 0.114 0.186 0.326 0.232 53 W 0.026 0.043 0.066 0.132 0.190 0.326 0.217 54 N 0.061 0.076 0.083 0.130 0.175 0.266 0.209 55 F 0.065 0.058 0.067 0.143 0.220 0.292 0.156 56 E 0.078 0.155 0.185 0.215 0.199 0.126 0.043 57 P 0.150 0.232 0.214 0.195 0.124 0.062 0.021 58 D 0.141 0.223 0.193 0.199 0.147 0.075 0.021 59 A 0.064 0.067 0.106 0.192 0.252 0.251 0.068 60 G 0.088 0.143 0.130 0.188 0.197 0.189 0.066 61 E 0.063 0.195 0.271 0.248 0.151 0.059 0.012 62 G 0.029 0.062 0.120 0.236 0.303 0.203 0.049 63 L 0.012 0.017 0.018 0.043 0.138 0.445 0.328 64 N 0.012 0.037 0.089 0.219 0.304 0.278 0.060 65 R 0.030 0.128 0.211 0.275 0.218 0.122 0.016 66 Y 0.011 0.030 0.083 0.236 0.345 0.252 0.043 67 I 0.027 0.031 0.045 0.103 0.286 0.403 0.103 68 R 0.146 0.269 0.239 0.213 0.094 0.034 0.006 69 T 0.209 0.342 0.208 0.147 0.063 0.025 0.006 70 S 0.081 0.177 0.254 0.262 0.155 0.060 0.012 71 G 0.096 0.138 0.157 0.225 0.235 0.127 0.022 72 I 0.087 0.082 0.133 0.196 0.259 0.195 0.048 73 R 0.206 0.147 0.127 0.162 0.173 0.149 0.037 74 T 0.269 0.192 0.186 0.165 0.111 0.061 0.016 75 D 0.291 0.213 0.173 0.147 0.095 0.062 0.019 76 T 0.416 0.234 0.140 0.113 0.064 0.029 0.004 77 A 0.418 0.194 0.139 0.142 0.077 0.026 0.004 78 T 0.667 0.187 0.088 0.039 0.014 0.004 0.001 79 R 0.698 0.176 0.071 0.037 0.013 0.004 0.001