# List of top-scoring protein chains for T0358.t2k-w0.5 hidden Markov model. # HMM and HMM E-value scores computed by SAM (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz # Sequence Alignment and Modeling Software System # http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html # ----------------- Citations (SAM, SAM-T99, HMMs) -------------------- # R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: # Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. # K. Karplus, C. Barrett, R. Hughey, Hidden Markov models for detecting # remote protein homologies, Bioinformatics 14(10):846-856, 1998. # A. Krogh et al., Hidden Markov models in computational biology: # Applications to protein modeling, JMB 235:1501-1531, Feb 1994. # # FSSP representative for each protein chain taken from FSSP: # ------------------Citations (FSSP) ----------------------------------- # L. Holm and C. Sander (1996) Mapping the protein universe. Science 273:595-602. # #SCOP domains found in each protein chain taken from SCOP: # ------------------Citations (SCOP) ----------------------------------- #Murzin A. G., Brenner S. E., Hubbard T., Chothia C. (1995). #SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures. #J. Mol. Biol. 247, 536-540. Sequence_ID Length Target_Evalue FSSP-rep SCOP_domain SCOP_suid 5S 5N 12S 6S 12S 10N 1zorA 399 1.36e-01 2eql 129 2.91e-01 3lzt d.2.1.2 36585 1ffyA 917 4.90e-01 1qu2A a.27.1.1,b.51.1.1,c.26.1.1 16926,26891,31593 1inuA 130 5.13e-01 3lzt d.2.1.2 36485 2h94A 664 5.58e-01 2cwiA 129 1.17e+00 1qqyA 130 1.17e+00 3lzt d.2.1.2 36586 1el1A 130 1.17e+00 3lzt d.2.1.2 59451 1lomA 101 1.33e+00 b.89.1.1 74152 2f4qA 346 1.73e+00 3ezmA 101 1.96e+00 3ezmA b.89.1.1 28395 1v9lA 421 2.75e+00 1ivmA 130 3.70e+00 d.2.1.2 71442 134l 130 3.78e+00 3lzt d.2.1.2 36505 1qswA 130 4.49e+00 d.2.1.2 63330 1bb3A 130 4.75e+00 3lzt d.2.1.2 36544 2lhm 130 4.85e+00 3lzt d.2.1.2 36517 1oui 130 4.86e+00 3lzt d.2.1.2 36510 1ge2A 130 5.11e+00 3lzt d.2.1.2 36547 1ip3A 130 5.13e+00 d.2.1.2 66248 1gb5A 130 5.24e+00 3lzt d.2.1.2 36542 1gfrA 130 5.31e+00 3lzt d.2.1.2 36511 1b7s 130 5.33e+00 3lzt d.2.1.2 36571 1gfkA 130 5.35e+00 3lzt d.2.1.2 36484 2c3vA 102 5.41e+00 2bqn 130 5.48e+00 3lzt d.2.1.2 36450 1gfjA 130 5.53e+00 3lzt d.2.1.2 36483 2fafA 608 5.62e+00 1b7mA 130 5.64e+00 3lzt d.2.1.2 36569 1b7pA 130 5.65e+00 3lzt d.2.1.2 36551 1gfhA 130 5.70e+00 3lzt d.2.1.2 36482 1ouh 130 5.71e+00 3lzt d.2.1.2 36509 1lz6 138 5.81e+00 3lzt d.2.1.2 36442 1lz5 134 5.83e+00 3lzt d.2.1.2 36422 1i20A 130 5.90e+00 3lzt d.2.1.2 36548 1rxqA 178 5.96e+00 a.213.1.1 105118 2bqm 130 6.05e+00 3lzt d.2.1.2 36488 1gb9A 130 6.30e+00 3lzt d.2.1.2 36494 1i22A 130 6.52e+00 3lzt d.2.1.2 36559 1gb8A 130 6.60e+00 3lzt d.2.1.2 36435 1gb7A 130 7.42e+00 3lzt d.2.1.2 36429 1ihrA 76 7.42e+00 1ihrA d.212.1.2 62392 1lmt 136 7.82e+00 3lzt d.2.1.2 36416 1gfvA 130 8.36e+00 3lzt d.2.1.2 36512 1u07A 90 8.37e+00 1ge4A 130 8.51e+00 3lzt d.2.1.2 36521 1gf4A 130 8.53e+00 3lzt d.2.1.2 60476 1lktA 104 8.70e+00 1lktA b.90.1.1 28398 1miuB 70 8.73e+00 1ge3A 130 8.78e+00 3lzt d.2.1.2 36541 1gfuA 130 8.83e+00 3lzt d.2.1.2 36532 1ui0A 205 8.96e+00 c.18.1.2 99411 1i7pA 274 9.15e+00 b.43.4.2,c.25.1.1 66048,66049 2hea 130 9.19e+00 3lzt d.2.1.2 36433 1lhh 130 9.40e+00 3lzt d.2.1.2 36503 1gf5A 130 9.56e+00 3lzt d.2.1.2 60477 2hef 130 9.97e+00 3lzt d.2.1.2 36446 1gboA 130 1.03e+01 3lzt d.2.1.2 36473 1ndh 272 1.04e+01 1ndh b.43.4.2,c.25.1.1 25662,31552 2bqf 130 1.05e+01 3lzt d.2.1.2 36529 1ix0A 130 1.06e+01 d.2.1.2 83762 1hnl 130 1.06e+01 3lzt d.2.1.2 36418 1kj1D 109 1.07e+01 b.78.1.1 68639 1lyy 130 1.09e+01 3lzt d.2.1.2 36552 1gbyA 130 1.10e+01 3lzt d.2.1.2 36476 2bqh 130 1.11e+01 3lzt d.2.1.2 36531 1gb6A 130 1.15e+01 3lzt d.2.1.2 36445 1gf3A 130 1.15e+01 3lzt d.2.1.2 60475 1xx3A 144 1.16e+01 2hed 130 1.16e+01 3lzt d.2.1.2 36475 1b5zA 130 1.16e+01 3lzt d.2.1.2 36567 1yaq 130 1.16e+01 3lzt d.2.1.2 36497 2bqb 130 1.16e+01 3lzt d.2.1.2 36526 1i70A 96 1.16e+01 d.1.1.2 61862 1gftA 130 1.16e+01 3lzt d.2.1.2 36537 1qx4A 274 1.16e+01 b.43.4.2,c.25.1.1 104624,104625 2hee 130 1.17e+01 3lzt d.2.1.2 36493 1gmpA 96 1.17e+01 1rgeA d.1.1.2 36036 2meh 130 1.17e+01 3lzt d.2.1.2 36438 1n02A 102 1.17e+01 b.89.1.1 79717 1ynvX 96 1.19e+01 1ckhA 130 1.20e+01 3lzt d.2.1.2 36564 1t2iA 96 1.20e+01 1gbxA 130 1.20e+01 3lzt d.2.1.2 36426 2bqe 130 1.20e+01 3lzt d.2.1.2 36466 1ge1A 130 1.22e+01 3lzt d.2.1.2 36420 1ouc 130 1.24e+01 3lzt d.2.1.2 36463 1uciA 96 1.25e+01 d.1.1.2 99175 1b7rA 130 1.25e+01 3lzt d.2.1.2 36436 1lniA 96 1.25e+01 d.1.1.2 74046 1t2hA 96 1.27e+01 1i1zA 130 1.28e+01 3lzt d.2.1.2 36534 1yam 130 1.28e+01 3lzt d.2.1.2 36440 1boxA 96 1.29e+01 1rgeA d.1.1.2 36038 2bqc 130 1.29e+01 3lzt d.2.1.2 36527 1i8vA 96 1.29e+01 d.1.1.2 61985 2bqd 130 1.30e+01 3lzt d.2.1.2 36502 1lhm 130 1.30e+01 3lzt d.2.1.2 36441 2bql 130 1.30e+01 3lzt d.2.1.2 36465 1s6xA 34 1.31e+01 1ip4A 130 1.31e+01 d.2.1.2 66250 1e2yA 188 1.31e+01 1qq2A c.47.1.10 59173 1w08A 130 1.31e+01 d.2.1.2 108982 1tcy 130 1.32e+01 3lzt d.2.1.2 36458 1yap 130 1.33e+01 3lzt d.2.1.2 36496 1b5wA 130 1.36e+01 3lzt d.2.1.2 36557 1ip2A 130 1.37e+01 d.2.1.2 66247 1di4A 128 1.40e+01 3lzt d.2.1.2 36555 1tay 130 1.42e+01 3lzt d.2.1.2 36459 1lhl 130 1.42e+01 3lzt d.2.1.2 36427 1ip1A 130 1.43e+01 d.2.1.2 66246 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