# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.004 0.008 0.068 0.099 0.803 2 T 0.081 0.010 0.020 0.068 0.169 0.651 3 Q 0.103 0.013 0.055 0.068 0.213 0.549 4 S 0.179 0.023 0.134 0.049 0.250 0.365 5 V 0.244 0.020 0.068 0.028 0.230 0.409 6 L 0.197 0.042 0.029 0.021 0.198 0.514 7 L 0.088 0.028 0.007 0.008 0.230 0.639 8 P 0.046 0.011 0.004 0.005 0.308 0.626 9 P 0.037 0.010 0.029 0.026 0.405 0.494 10 G 0.059 0.011 0.032 0.036 0.388 0.473 11 P 0.132 0.035 0.037 0.060 0.293 0.443 12 F 0.106 0.046 0.018 0.108 0.167 0.555 13 T 0.091 0.021 0.010 0.161 0.121 0.596 14 R 0.006 0.001 0.071 0.865 0.035 0.023 15 R 0.019 0.001 0.089 0.811 0.054 0.027 16 Q 0.028 0.002 0.105 0.791 0.054 0.020 17 A 0.076 0.003 0.031 0.774 0.069 0.049 18 Q 0.117 0.002 0.022 0.731 0.070 0.057 19 A 0.300 0.003 0.016 0.596 0.052 0.033 20 V 0.391 0.003 0.007 0.526 0.040 0.034 21 T 0.443 0.006 0.011 0.430 0.060 0.049 22 T 0.485 0.005 0.020 0.270 0.087 0.133 23 T 0.369 0.010 0.024 0.105 0.125 0.367 24 Y 0.351 0.022 0.086 0.079 0.375 0.086 25 S 0.298 0.010 0.055 0.043 0.495 0.100 26 N 0.182 0.005 0.070 0.044 0.566 0.132 27 I 0.607 0.031 0.012 0.014 0.232 0.104 28 T 0.700 0.024 0.005 0.008 0.055 0.208 29 L 0.751 0.030 0.012 0.009 0.089 0.109 30 E 0.579 0.015 0.013 0.011 0.176 0.205 31 D 0.278 0.027 0.022 0.017 0.407 0.249 32 D 0.068 0.015 0.037 0.028 0.708 0.144 33 Q 0.056 0.009 0.064 0.040 0.668 0.163 34 G 0.044 0.006 0.069 0.022 0.748 0.110 35 S 0.146 0.008 0.066 0.025 0.587 0.168 36 H 0.526 0.019 0.040 0.020 0.211 0.184 37 F 0.872 0.008 0.007 0.006 0.055 0.052 38 R 0.947 0.001 0.001 0.004 0.017 0.030 39 L 0.983 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 40 V 0.989 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 41 V 0.990 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 42 R 0.948 0.005 0.001 0.002 0.008 0.037 43 D 0.484 0.012 0.002 0.001 0.471 0.029 44 T 0.016 0.001 0.024 0.001 0.946 0.012 45 E 0.003 0.001 0.026 0.002 0.961 0.008 46 G 0.027 0.005 0.013 0.001 0.945 0.010 47 R 0.395 0.018 0.002 0.003 0.167 0.414 48 M 0.890 0.017 0.001 0.002 0.019 0.072 49 V 0.958 0.004 0.001 0.002 0.009 0.026 50 W 0.961 0.002 0.001 0.003 0.009 0.024 51 R 0.911 0.003 0.006 0.007 0.021 0.051 52 A 0.752 0.006 0.033 0.027 0.088 0.094 53 W 0.516 0.010 0.053 0.034 0.180 0.206 54 N 0.245 0.031 0.038 0.041 0.256 0.390 55 F 0.134 0.053 0.010 0.029 0.236 0.539 56 E 0.070 0.022 0.009 0.031 0.319 0.550 57 P 0.031 0.019 0.053 0.125 0.401 0.371 58 D 0.017 0.020 0.055 0.178 0.443 0.287 59 A 0.012 0.014 0.070 0.451 0.283 0.170 60 G 0.009 0.008 0.032 0.432 0.266 0.253 61 E 0.003 0.001 0.054 0.769 0.127 0.046 62 G 0.007 0.002 0.080 0.732 0.144 0.034 63 L 0.015 0.006 0.051 0.796 0.105 0.028 64 N 0.013 0.002 0.039 0.834 0.075 0.037 65 R 0.009 0.002 0.024 0.902 0.039 0.024 66 Y 0.007 0.002 0.017 0.926 0.025 0.023 67 I 0.009 0.003 0.015 0.917 0.029 0.026 68 R 0.016 0.003 0.019 0.873 0.059 0.031 69 T 0.010 0.002 0.018 0.820 0.099 0.051 70 S 0.009 0.001 0.024 0.597 0.186 0.183 71 G 0.037 0.005 0.030 0.065 0.369 0.493 72 I 0.129 0.037 0.044 0.047 0.282 0.460 73 R 0.186 0.038 0.049 0.055 0.340 0.333 74 T 0.130 0.018 0.048 0.103 0.319 0.382 75 D 0.098 0.006 0.057 0.090 0.361 0.388 76 T 0.149 0.014 0.067 0.103 0.270 0.396 77 A 0.191 0.029 0.040 0.085 0.180 0.475 78 T 0.104 0.035 0.013 0.078 0.099 0.672 79 R 0.006 0.001 0.001 0.005 0.019 0.969