# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.007 0.906 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.026 0.006 0.013 0.024 2 T 0.002 0.025 0.782 0.007 0.010 0.016 0.001 0.001 0.012 0.037 0.019 0.026 0.063 3 Q 0.010 0.019 0.394 0.021 0.038 0.037 0.004 0.001 0.027 0.188 0.057 0.114 0.091 4 S 0.024 0.016 0.350 0.013 0.049 0.046 0.010 0.002 0.036 0.091 0.061 0.039 0.262 5 V 0.037 0.027 0.218 0.004 0.022 0.037 0.022 0.003 0.059 0.076 0.032 0.376 0.086 6 L 0.041 0.064 0.324 0.005 0.007 0.013 0.017 0.003 0.042 0.055 0.024 0.028 0.377 7 L 0.005 0.023 0.647 0.013 0.002 0.004 0.002 0.001 0.015 0.151 0.013 0.086 0.037 8 P 0.001 0.007 0.661 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.220 0.065 0.008 0.020 9 P 0.001 0.009 0.460 0.005 0.019 0.012 0.001 0.001 0.002 0.283 0.193 0.002 0.014 10 G 0.001 0.019 0.399 0.001 0.026 0.032 0.001 0.001 0.003 0.401 0.077 0.035 0.005 11 P 0.001 0.015 0.534 0.002 0.042 0.095 0.001 0.001 0.004 0.131 0.134 0.001 0.041 12 F 0.007 0.035 0.469 0.003 0.031 0.161 0.002 0.001 0.007 0.111 0.119 0.038 0.016 13 T 0.013 0.028 0.431 0.001 0.022 0.274 0.002 0.002 0.010 0.069 0.029 0.025 0.094 14 R 0.003 0.001 0.036 0.001 0.056 0.830 0.001 0.001 0.001 0.017 0.042 0.005 0.006 15 R 0.005 0.003 0.031 0.002 0.040 0.830 0.001 0.001 0.001 0.016 0.052 0.010 0.009 16 Q 0.010 0.002 0.033 0.003 0.031 0.830 0.001 0.001 0.002 0.020 0.044 0.005 0.018 17 A 0.005 0.001 0.033 0.001 0.008 0.914 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.006 0.010 18 Q 0.010 0.001 0.023 0.003 0.009 0.907 0.002 0.001 0.002 0.007 0.015 0.011 0.010 19 A 0.032 0.002 0.012 0.001 0.009 0.873 0.005 0.001 0.004 0.006 0.016 0.009 0.033 20 V 0.043 0.002 0.019 0.006 0.010 0.843 0.005 0.001 0.003 0.010 0.017 0.020 0.020 21 T 0.043 0.004 0.034 0.008 0.018 0.738 0.007 0.002 0.008 0.016 0.049 0.033 0.039 22 T 0.039 0.002 0.048 0.006 0.024 0.653 0.007 0.007 0.009 0.035 0.099 0.030 0.043 23 T 0.106 0.009 0.136 0.006 0.032 0.320 0.018 0.015 0.027 0.060 0.174 0.045 0.054 24 Y 0.087 0.017 0.202 0.005 0.054 0.154 0.023 0.017 0.068 0.070 0.098 0.045 0.160 25 S 0.030 0.007 0.210 0.214 0.036 0.084 0.008 0.007 0.038 0.124 0.144 0.056 0.042 26 N 0.060 0.003 0.161 0.125 0.038 0.024 0.014 0.014 0.046 0.236 0.119 0.082 0.078 27 I 0.103 0.005 0.296 0.015 0.012 0.013 0.044 0.047 0.116 0.053 0.013 0.053 0.230 28 T 0.140 0.018 0.082 0.005 0.003 0.009 0.088 0.159 0.218 0.007 0.007 0.206 0.057 29 L 0.119 0.015 0.118 0.008 0.004 0.009 0.115 0.150 0.216 0.014 0.009 0.039 0.183 30 E 0.080 0.019 0.227 0.027 0.007 0.009 0.061 0.100 0.152 0.078 0.038 0.098 0.102 31 D 0.004 0.012 0.418 0.017 0.006 0.003 0.002 0.002 0.030 0.373 0.044 0.038 0.054 32 D 0.001 0.006 0.214 0.006 0.025 0.010 0.001 0.001 0.005 0.474 0.235 0.007 0.019 33 Q 0.001 0.008 0.110 0.009 0.043 0.019 0.001 0.001 0.002 0.256 0.537 0.006 0.009 34 G 0.005 0.008 0.224 0.005 0.079 0.057 0.001 0.001 0.004 0.266 0.304 0.027 0.020 35 S 0.046 0.027 0.339 0.012 0.042 0.055 0.010 0.003 0.011 0.176 0.110 0.025 0.143 36 H 0.297 0.035 0.131 0.013 0.016 0.021 0.040 0.004 0.010 0.055 0.028 0.186 0.163 37 F 0.458 0.006 0.054 0.013 0.014 0.019 0.020 0.002 0.006 0.015 0.009 0.100 0.285 38 R 0.568 0.001 0.021 0.116 0.009 0.014 0.019 0.001 0.003 0.009 0.004 0.140 0.096 39 L 0.725 0.001 0.006 0.017 0.003 0.009 0.023 0.001 0.003 0.003 0.001 0.071 0.138 40 V 0.821 0.001 0.003 0.003 0.001 0.005 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.065 0.069 41 V 0.765 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.036 0.001 0.003 0.001 0.001 0.052 0.126 42 R 0.540 0.008 0.029 0.017 0.001 0.004 0.022 0.001 0.005 0.008 0.004 0.165 0.197 43 D 0.052 0.004 0.326 0.009 0.007 0.008 0.002 0.001 0.003 0.081 0.097 0.025 0.385 44 T 0.006 0.002 0.071 0.002 0.029 0.009 0.001 0.001 0.001 0.159 0.664 0.039 0.018 45 E 0.001 0.001 0.043 0.002 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.113 0.815 0.003 0.004 46 G 0.001 0.001 0.253 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.494 0.223 0.006 0.010 47 R 0.044 0.021 0.440 0.001 0.004 0.007 0.004 0.001 0.002 0.111 0.046 0.180 0.140 48 M 0.191 0.016 0.062 0.003 0.001 0.004 0.018 0.001 0.002 0.011 0.003 0.023 0.667 49 V 0.426 0.002 0.032 0.043 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.413 0.044 50 W 0.539 0.002 0.010 0.001 0.001 0.004 0.050 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 0.350 51 R 0.495 0.003 0.028 0.031 0.007 0.017 0.034 0.001 0.004 0.007 0.004 0.277 0.092 52 A 0.365 0.003 0.069 0.021 0.028 0.023 0.027 0.002 0.007 0.022 0.018 0.139 0.276 53 W 0.173 0.007 0.155 0.011 0.100 0.033 0.015 0.003 0.011 0.073 0.129 0.074 0.217 54 N 0.048 0.019 0.261 0.011 0.062 0.025 0.006 0.002 0.011 0.177 0.216 0.109 0.052 55 F 0.010 0.045 0.325 0.004 0.032 0.024 0.002 0.001 0.006 0.329 0.163 0.010 0.050 56 E 0.001 0.023 0.532 0.001 0.016 0.024 0.001 0.001 0.002 0.335 0.043 0.013 0.010 57 P 0.001 0.009 0.167 0.001 0.065 0.086 0.001 0.001 0.001 0.165 0.497 0.002 0.007 58 D 0.001 0.013 0.174 0.002 0.073 0.118 0.001 0.001 0.001 0.236 0.374 0.003 0.005 59 A 0.001 0.025 0.127 0.001 0.093 0.416 0.001 0.001 0.003 0.085 0.235 0.003 0.008 60 G 0.001 0.004 0.139 0.002 0.070 0.524 0.001 0.001 0.001 0.099 0.153 0.003 0.003 61 E 0.001 0.003 0.062 0.001 0.082 0.653 0.001 0.001 0.002 0.054 0.134 0.002 0.004 62 G 0.003 0.018 0.081 0.001 0.071 0.612 0.001 0.001 0.004 0.045 0.145 0.006 0.011 63 L 0.003 0.012 0.071 0.001 0.041 0.725 0.001 0.001 0.008 0.038 0.087 0.004 0.009 64 N 0.003 0.006 0.078 0.004 0.046 0.752 0.001 0.001 0.003 0.040 0.051 0.006 0.009 65 R 0.002 0.001 0.034 0.001 0.025 0.857 0.001 0.001 0.001 0.024 0.043 0.005 0.006 66 Y 0.006 0.003 0.042 0.001 0.029 0.822 0.001 0.001 0.004 0.021 0.046 0.007 0.015 67 I 0.007 0.006 0.058 0.002 0.023 0.811 0.002 0.002 0.007 0.022 0.032 0.006 0.020 68 R 0.008 0.010 0.081 0.011 0.028 0.718 0.002 0.003 0.010 0.030 0.070 0.012 0.015 69 T 0.005 0.004 0.072 0.003 0.041 0.611 0.001 0.002 0.006 0.045 0.188 0.008 0.013 70 S 0.001 0.002 0.073 0.003 0.024 0.337 0.001 0.001 0.002 0.082 0.469 0.002 0.004 71 G 0.003 0.009 0.205 0.002 0.030 0.149 0.001 0.001 0.005 0.119 0.453 0.014 0.008 72 I 0.013 0.042 0.432 0.003 0.027 0.107 0.006 0.002 0.019 0.116 0.101 0.028 0.105 73 R 0.024 0.035 0.418 0.012 0.038 0.088 0.006 0.003 0.027 0.082 0.109 0.083 0.075 74 T 0.024 0.014 0.293 0.010 0.077 0.072 0.007 0.001 0.018 0.175 0.170 0.039 0.098 75 D 0.015 0.007 0.294 0.009 0.076 0.067 0.004 0.001 0.010 0.237 0.169 0.060 0.050 76 T 0.015 0.015 0.436 0.011 0.076 0.062 0.005 0.001 0.013 0.140 0.100 0.023 0.102 77 A 0.014 0.029 0.482 0.003 0.021 0.051 0.005 0.001 0.013 0.140 0.060 0.085 0.099 78 T 0.006 0.023 0.754 0.002 0.006 0.031 0.002 0.001 0.010 0.042 0.025 0.023 0.076 79 R 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.007