# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.036 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.069 0.087 0.672 2 T 0.076 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.046 0.091 0.709 3 Q 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.216 0.049 0.067 0.596 4 S 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.069 0.028 0.082 0.773 5 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.007 0.253 0.039 0.086 0.573 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.056 0.013 0.112 0.808 7 L 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.039 0.120 0.735 8 P 0.040 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.026 0.139 0.750 9 P 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.040 0.091 0.819 10 G 0.026 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.090 0.133 0.625 11 P 0.065 0.150 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.033 0.105 0.595 12 F 0.024 0.222 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.083 0.059 0.089 0.504 13 T 0.056 0.710 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.046 0.020 0.143 14 R 0.057 0.542 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.123 0.030 0.199 15 R 0.023 0.665 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.031 0.030 0.213 16 Q 0.060 0.572 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.051 0.031 0.244 17 A 0.028 0.197 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.423 0.064 0.198 18 Q 0.009 0.125 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.545 0.072 0.143 19 A 0.018 0.102 0.040 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.190 0.354 0.097 0.183 20 V 0.057 0.149 0.011 0.005 0.006 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.279 0.098 0.078 0.297 21 T 0.059 0.032 0.019 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.277 0.200 0.064 0.332 22 T 0.014 0.021 0.015 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.094 0.132 0.525 23 T 0.033 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.401 0.056 0.090 0.396 24 Y 0.055 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.098 0.136 0.569 25 S 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.104 0.106 0.439 26 N 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.531 0.099 0.053 0.295 27 I 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.011 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.689 0.077 0.038 0.140 28 T 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.650 0.060 0.032 0.219 29 L 0.030 0.003 0.003 0.004 0.052 0.171 0.134 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.253 0.106 0.036 0.161 30 E 0.016 0.006 0.002 0.004 0.008 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.058 0.117 0.531 31 D 0.099 0.005 0.002 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.058 0.112 0.632 32 D 0.104 0.016 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.116 0.141 0.566 33 Q 0.056 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.055 0.119 0.711 34 G 0.043 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.063 0.058 0.145 0.622 35 S 0.014 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.148 0.004 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.181 0.068 0.098 0.420 36 H 0.008 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.009 0.108 0.010 0.056 0.007 0.006 0.002 0.240 0.106 0.070 0.312 37 F 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.016 0.015 0.133 0.015 0.014 0.294 0.112 0.060 0.305 38 R 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.044 0.035 0.168 0.039 0.467 0.098 0.022 0.098 39 L 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.013 0.780 0.064 0.018 0.076 40 V 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.714 0.115 0.020 0.094 41 V 0.003 0.004 0.002 0.006 0.066 0.610 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.062 0.017 0.059 42 R 0.017 0.015 0.013 0.007 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.393 0.110 0.070 0.343 43 D 0.429 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.114 0.060 0.342 44 T 0.110 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.035 0.107 0.697 45 E 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.014 0.106 0.841 46 G 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.063 0.129 0.636 47 R 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.560 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.067 0.024 0.125 48 M 0.005 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.047 0.005 0.002 0.001 0.417 0.060 0.055 0.347 49 V 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.378 0.021 0.009 0.412 0.032 0.016 0.099 50 W 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.094 0.024 0.535 0.132 0.032 0.155 51 R 0.031 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.572 0.128 0.044 0.195 52 A 0.065 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.455 0.040 0.068 0.358 53 W 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.051 0.129 0.500 54 N 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.056 0.141 0.640 55 F 0.042 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.040 0.140 0.688 56 E 0.206 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.073 0.114 0.516 57 P 0.092 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.036 0.120 0.662 58 D 0.173 0.180 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.088 0.075 0.457 59 A 0.063 0.338 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.063 0.076 0.440 60 G 0.153 0.328 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.241 0.045 0.217 61 E 0.037 0.562 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.118 0.049 0.194 62 G 0.046 0.715 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.034 0.029 0.147 63 L 0.045 0.744 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.033 0.022 0.132 64 N 0.045 0.710 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.078 0.028 0.123 65 R 0.037 0.184 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.476 0.079 0.180 66 Y 0.016 0.190 0.019 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.495 0.082 0.155 67 I 0.042 0.062 0.201 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.358 0.077 0.224 68 R 0.393 0.020 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.056 0.074 0.409 69 T 0.034 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.035 0.100 0.770 70 S 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.058 0.158 0.684 71 G 0.009 0.037 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.096 0.157 0.587 72 I 0.042 0.009 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.103 0.124 0.619 73 R 0.062 0.026 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.110 0.089 0.570 74 T 0.089 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.046 0.058 0.087 0.699 75 D 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.002 0.101 0.046 0.083 0.723 76 T 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 0.018 0.083 0.807 77 A 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.023 0.089 0.751 78 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.020 0.083 0.824 79 R 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.054 0.020 0.095 0.815