# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.024 0.004 0.035 0.035 0.052 0.133 0.009 0.002 0.078 0.563 2 T 0.084 0.016 0.001 0.017 0.021 0.032 0.128 0.006 0.001 0.045 0.649 3 Q 0.045 0.013 0.001 0.064 0.060 0.106 0.129 0.016 0.001 0.061 0.504 4 S 0.025 0.005 0.001 0.055 0.038 0.073 0.126 0.002 0.001 0.046 0.631 5 V 0.009 0.001 0.001 0.099 0.107 0.131 0.104 0.001 0.001 0.045 0.503 6 L 0.003 0.001 0.001 0.121 0.041 0.077 0.131 0.001 0.001 0.029 0.593 7 L 0.165 0.005 0.002 0.081 0.045 0.044 0.103 0.005 0.002 0.075 0.475 8 P 0.085 0.008 0.002 0.045 0.013 0.017 0.140 0.004 0.001 0.081 0.603 9 P 0.014 0.003 0.001 0.010 0.007 0.012 0.117 0.002 0.001 0.032 0.803 10 G 0.085 0.083 0.002 0.023 0.028 0.039 0.131 0.016 0.001 0.059 0.534 11 P 0.116 0.133 0.004 0.012 0.013 0.017 0.085 0.007 0.002 0.059 0.551 12 F 0.058 0.260 0.006 0.009 0.021 0.033 0.078 0.015 0.002 0.051 0.465 13 T 0.113 0.620 0.001 0.003 0.007 0.011 0.030 0.006 0.001 0.026 0.182 14 R 0.054 0.627 0.007 0.008 0.007 0.013 0.034 0.004 0.003 0.046 0.196 15 R 0.033 0.604 0.003 0.010 0.017 0.034 0.050 0.003 0.001 0.049 0.194 16 Q 0.023 0.683 0.002 0.009 0.015 0.024 0.035 0.002 0.001 0.053 0.154 17 A 0.017 0.414 0.002 0.021 0.035 0.049 0.045 0.002 0.001 0.317 0.099 18 Q 0.005 0.207 0.001 0.023 0.019 0.047 0.020 0.001 0.001 0.626 0.051 19 A 0.004 0.222 0.004 0.028 0.050 0.051 0.024 0.002 0.001 0.507 0.108 20 V 0.010 0.686 0.013 0.024 0.037 0.051 0.016 0.009 0.001 0.062 0.090 21 T 0.075 0.214 0.010 0.030 0.038 0.048 0.027 0.010 0.003 0.330 0.215 22 T 0.050 0.067 0.028 0.029 0.026 0.035 0.063 0.007 0.022 0.357 0.315 23 T 0.280 0.061 0.011 0.023 0.016 0.031 0.104 0.016 0.009 0.093 0.355 24 Y 0.101 0.030 0.014 0.058 0.015 0.020 0.131 0.013 0.012 0.060 0.545 25 S 0.041 0.020 0.001 0.042 0.024 0.026 0.209 0.004 0.001 0.034 0.599 26 N 0.012 0.014 0.001 0.101 0.021 0.037 0.180 0.004 0.001 0.064 0.565 27 I 0.019 0.008 0.002 0.140 0.048 0.064 0.198 0.006 0.001 0.101 0.413 28 T 0.019 0.014 0.002 0.360 0.028 0.072 0.110 0.003 0.001 0.096 0.294 29 L 0.093 0.027 0.004 0.201 0.035 0.065 0.100 0.002 0.003 0.096 0.374 30 E 0.034 0.020 0.006 0.123 0.027 0.063 0.144 0.004 0.004 0.068 0.507 31 D 0.113 0.034 0.004 0.035 0.011 0.022 0.117 0.006 0.004 0.076 0.577 32 D 0.255 0.072 0.006 0.020 0.012 0.021 0.102 0.012 0.004 0.143 0.352 33 Q 0.100 0.017 0.006 0.014 0.013 0.031 0.124 0.005 0.003 0.071 0.618 34 G 0.038 0.007 0.004 0.015 0.068 0.158 0.124 0.004 0.001 0.064 0.516 35 S 0.023 0.002 0.001 0.018 0.133 0.240 0.122 0.002 0.001 0.064 0.394 36 H 0.004 0.002 0.001 0.042 0.129 0.395 0.091 0.001 0.001 0.059 0.277 37 F 0.001 0.001 0.001 0.040 0.199 0.535 0.042 0.001 0.001 0.060 0.121 38 R 0.001 0.001 0.001 0.042 0.257 0.554 0.018 0.001 0.001 0.045 0.083 39 L 0.001 0.001 0.001 0.059 0.299 0.556 0.008 0.001 0.001 0.033 0.043 40 V 0.001 0.001 0.001 0.068 0.368 0.459 0.008 0.001 0.001 0.043 0.052 41 V 0.001 0.001 0.001 0.078 0.410 0.408 0.012 0.001 0.001 0.037 0.053 42 R 0.015 0.001 0.003 0.064 0.253 0.357 0.043 0.001 0.004 0.057 0.202 43 D 0.343 0.009 0.003 0.030 0.057 0.073 0.065 0.012 0.005 0.073 0.332 44 T 0.224 0.011 0.002 0.013 0.012 0.023 0.085 0.006 0.002 0.055 0.569 45 E 0.026 0.014 0.002 0.021 0.021 0.054 0.111 0.003 0.001 0.026 0.721 46 G 0.026 0.026 0.001 0.022 0.150 0.202 0.100 0.005 0.001 0.042 0.424 47 R 0.016 0.020 0.001 0.038 0.253 0.215 0.070 0.003 0.001 0.067 0.315 48 M 0.008 0.027 0.002 0.052 0.209 0.317 0.060 0.002 0.001 0.062 0.260 49 V 0.019 0.023 0.003 0.050 0.280 0.363 0.041 0.002 0.001 0.047 0.171 50 W 0.017 0.019 0.003 0.088 0.218 0.326 0.055 0.002 0.002 0.054 0.216 51 R 0.031 0.019 0.003 0.078 0.222 0.302 0.060 0.005 0.002 0.082 0.197 52 A 0.065 0.026 0.003 0.088 0.114 0.198 0.093 0.009 0.002 0.081 0.322 53 W 0.055 0.006 0.001 0.074 0.095 0.167 0.112 0.005 0.001 0.077 0.406 54 N 0.013 0.008 0.002 0.110 0.074 0.173 0.121 0.001 0.001 0.059 0.440 55 F 0.014 0.009 0.003 0.092 0.048 0.073 0.123 0.001 0.002 0.053 0.583 56 E 0.134 0.018 0.004 0.037 0.064 0.056 0.144 0.008 0.004 0.116 0.416 57 P 0.080 0.024 0.002 0.018 0.006 0.011 0.120 0.006 0.001 0.063 0.668 58 D 0.304 0.067 0.003 0.011 0.005 0.010 0.099 0.010 0.002 0.064 0.426 59 A 0.086 0.084 0.003 0.017 0.007 0.016 0.117 0.010 0.001 0.069 0.591 60 G 0.079 0.083 0.003 0.015 0.020 0.034 0.132 0.004 0.001 0.089 0.539 61 E 0.026 0.166 0.002 0.048 0.098 0.107 0.100 0.006 0.001 0.068 0.377 62 G 0.048 0.441 0.003 0.025 0.039 0.056 0.072 0.007 0.001 0.030 0.278 63 L 0.036 0.648 0.003 0.020 0.050 0.059 0.033 0.013 0.001 0.009 0.129 64 N 0.048 0.432 0.002 0.030 0.032 0.074 0.047 0.013 0.001 0.057 0.263 65 R 0.032 0.088 0.010 0.040 0.054 0.072 0.044 0.005 0.003 0.495 0.156 66 Y 0.043 0.075 0.033 0.072 0.056 0.096 0.093 0.006 0.014 0.283 0.229 67 I 0.121 0.034 0.051 0.053 0.059 0.076 0.089 0.009 0.026 0.110 0.371 68 R 0.156 0.024 0.004 0.039 0.045 0.056 0.080 0.009 0.003 0.059 0.524 69 T 0.093 0.024 0.001 0.016 0.012 0.032 0.111 0.006 0.001 0.049 0.655 70 S 0.024 0.005 0.002 0.026 0.016 0.063 0.146 0.008 0.001 0.069 0.640 71 G 0.027 0.013 0.004 0.061 0.029 0.085 0.136 0.003 0.001 0.093 0.548 72 I 0.067 0.007 0.003 0.059 0.047 0.077 0.100 0.002 0.001 0.070 0.565 73 R 0.053 0.012 0.003 0.078 0.064 0.092 0.109 0.005 0.001 0.082 0.502 74 T 0.090 0.007 0.001 0.031 0.024 0.041 0.118 0.004 0.001 0.056 0.628 75 D 0.039 0.004 0.001 0.038 0.037 0.079 0.145 0.015 0.001 0.078 0.563 76 T 0.073 0.006 0.001 0.022 0.012 0.024 0.112 0.002 0.001 0.037 0.711 77 A 0.037 0.004 0.002 0.029 0.048 0.068 0.116 0.006 0.001 0.042 0.648 78 T 0.053 0.009 0.001 0.014 0.022 0.026 0.110 0.003 0.001 0.028 0.735 79 R 0.039 0.006 0.001 0.016 0.036 0.047 0.131 0.012 0.001 0.035 0.678