# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.328 0.099 0.063 0.095 0.073 0.068 0.081 0.059 0.061 0.042 0.030 2 T 0.225 0.225 0.075 0.138 0.097 0.075 0.073 0.039 0.029 0.016 0.008 3 Q 0.320 0.224 0.105 0.156 0.087 0.051 0.031 0.013 0.009 0.004 0.002 4 S 0.155 0.085 0.035 0.096 0.090 0.092 0.133 0.099 0.102 0.068 0.046 5 V 0.106 0.108 0.084 0.165 0.146 0.124 0.118 0.061 0.048 0.027 0.014 6 L 0.072 0.113 0.060 0.198 0.160 0.123 0.119 0.060 0.051 0.028 0.016 7 L 0.031 0.022 0.015 0.040 0.060 0.085 0.167 0.163 0.174 0.145 0.096 8 P 0.185 0.198 0.079 0.164 0.120 0.087 0.083 0.039 0.025 0.012 0.007 9 P 0.510 0.181 0.052 0.126 0.065 0.033 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 10 G 0.187 0.112 0.033 0.100 0.109 0.113 0.127 0.079 0.069 0.044 0.026 11 P 0.329 0.240 0.094 0.160 0.078 0.041 0.028 0.012 0.009 0.005 0.003 12 F 0.038 0.032 0.013 0.036 0.050 0.078 0.158 0.150 0.179 0.153 0.114 13 T 0.074 0.317 0.120 0.216 0.108 0.066 0.049 0.022 0.015 0.008 0.005 14 R 0.241 0.103 0.069 0.213 0.169 0.101 0.062 0.021 0.013 0.006 0.002 15 R 0.423 0.174 0.138 0.135 0.063 0.034 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 16 Q 0.020 0.038 0.065 0.145 0.137 0.169 0.213 0.098 0.066 0.034 0.015 17 A 0.033 0.030 0.080 0.079 0.080 0.121 0.218 0.133 0.113 0.072 0.039 18 Q 0.033 0.070 0.465 0.231 0.113 0.054 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 19 A 0.010 0.036 0.237 0.144 0.107 0.105 0.141 0.071 0.071 0.050 0.027 20 V 0.011 0.019 0.042 0.047 0.033 0.044 0.126 0.129 0.191 0.197 0.162 21 T 0.021 0.045 0.152 0.193 0.179 0.159 0.141 0.051 0.033 0.018 0.008 22 T 0.025 0.040 0.173 0.094 0.084 0.093 0.141 0.106 0.107 0.082 0.056 23 T 0.048 0.086 0.118 0.206 0.148 0.128 0.143 0.055 0.037 0.020 0.011 24 Y 0.021 0.025 0.033 0.032 0.021 0.029 0.085 0.109 0.195 0.221 0.228 25 S 0.045 0.104 0.165 0.243 0.182 0.122 0.082 0.028 0.017 0.008 0.004 26 N 0.076 0.156 0.152 0.208 0.129 0.090 0.087 0.043 0.033 0.018 0.009 27 I 0.027 0.018 0.020 0.029 0.026 0.037 0.104 0.125 0.208 0.208 0.198 28 T 0.086 0.194 0.104 0.224 0.160 0.102 0.076 0.026 0.016 0.008 0.005 29 L 0.037 0.042 0.027 0.054 0.049 0.060 0.120 0.121 0.181 0.166 0.143 30 E 0.179 0.192 0.092 0.206 0.136 0.081 0.056 0.023 0.017 0.010 0.009 31 D 0.162 0.142 0.066 0.157 0.120 0.099 0.106 0.057 0.042 0.028 0.021 32 D 0.125 0.136 0.055 0.149 0.131 0.114 0.121 0.064 0.049 0.033 0.023 33 Q 0.297 0.235 0.073 0.188 0.094 0.051 0.032 0.012 0.009 0.005 0.004 34 G 0.198 0.081 0.039 0.098 0.093 0.102 0.124 0.077 0.078 0.062 0.048 35 S 0.142 0.151 0.078 0.183 0.120 0.092 0.095 0.051 0.044 0.026 0.018 36 H 0.026 0.038 0.036 0.106 0.098 0.111 0.182 0.142 0.127 0.084 0.049 37 F 0.007 0.013 0.017 0.050 0.062 0.081 0.157 0.154 0.193 0.153 0.113 38 R 0.007 0.029 0.064 0.197 0.185 0.166 0.154 0.079 0.064 0.037 0.017 39 L 0.004 0.013 0.031 0.071 0.073 0.099 0.182 0.163 0.179 0.130 0.055 40 V 0.005 0.012 0.023 0.048 0.055 0.067 0.157 0.171 0.199 0.156 0.107 41 V 0.002 0.008 0.013 0.029 0.036 0.046 0.120 0.155 0.229 0.212 0.149 42 R 0.004 0.022 0.030 0.138 0.187 0.176 0.195 0.113 0.082 0.038 0.015 43 D 0.087 0.149 0.097 0.229 0.170 0.127 0.087 0.031 0.015 0.006 0.002 44 T 0.320 0.163 0.081 0.180 0.107 0.068 0.048 0.017 0.009 0.004 0.002 45 E 0.489 0.232 0.059 0.110 0.051 0.026 0.018 0.007 0.005 0.003 0.002 46 G 0.215 0.125 0.035 0.103 0.090 0.098 0.117 0.077 0.068 0.045 0.026 47 R 0.073 0.149 0.070 0.249 0.192 0.125 0.082 0.029 0.018 0.009 0.005 48 M 0.026 0.034 0.042 0.074 0.091 0.117 0.166 0.135 0.144 0.105 0.068 49 V 0.016 0.035 0.051 0.185 0.175 0.154 0.161 0.085 0.067 0.042 0.028 50 W 0.014 0.012 0.015 0.025 0.025 0.036 0.100 0.149 0.220 0.231 0.174 51 R 0.008 0.016 0.036 0.108 0.129 0.136 0.186 0.135 0.129 0.076 0.041 52 A 0.015 0.024 0.037 0.051 0.053 0.076 0.156 0.153 0.182 0.153 0.099 53 W 0.012 0.020 0.029 0.078 0.082 0.100 0.178 0.152 0.167 0.119 0.062 54 N 0.016 0.021 0.016 0.032 0.034 0.051 0.116 0.149 0.198 0.199 0.167 55 F 0.035 0.066 0.044 0.111 0.102 0.101 0.139 0.108 0.123 0.099 0.072 56 E 0.028 0.037 0.026 0.071 0.089 0.116 0.187 0.147 0.139 0.093 0.068 57 P 0.193 0.132 0.071 0.158 0.115 0.095 0.101 0.052 0.041 0.026 0.017 58 D 0.285 0.213 0.089 0.166 0.109 0.061 0.041 0.016 0.011 0.006 0.003 59 A 0.028 0.027 0.012 0.031 0.030 0.040 0.083 0.093 0.178 0.215 0.264 60 G 0.154 0.187 0.067 0.182 0.160 0.116 0.076 0.027 0.017 0.008 0.006 61 E 0.222 0.195 0.128 0.220 0.113 0.061 0.038 0.012 0.007 0.003 0.002 62 G 0.053 0.054 0.043 0.118 0.147 0.181 0.203 0.089 0.058 0.033 0.020 63 L 0.004 0.005 0.007 0.018 0.018 0.028 0.092 0.125 0.234 0.238 0.231 64 N 0.004 0.008 0.019 0.042 0.074 0.130 0.225 0.154 0.152 0.114 0.077 65 R 0.033 0.066 0.365 0.206 0.115 0.071 0.056 0.029 0.027 0.020 0.013 66 Y 0.005 0.011 0.023 0.053 0.072 0.122 0.274 0.179 0.140 0.082 0.039 67 I 0.003 0.005 0.009 0.014 0.011 0.017 0.051 0.090 0.203 0.287 0.311 68 R 0.015 0.053 0.110 0.173 0.207 0.175 0.146 0.057 0.036 0.018 0.009 69 T 0.098 0.138 0.251 0.209 0.116 0.080 0.058 0.024 0.016 0.007 0.004 70 S 0.126 0.085 0.054 0.118 0.113 0.132 0.192 0.085 0.053 0.029 0.012 71 G 0.319 0.201 0.060 0.132 0.087 0.063 0.056 0.027 0.024 0.017 0.013 72 I 0.039 0.030 0.016 0.035 0.037 0.046 0.096 0.111 0.191 0.195 0.205 73 R 0.112 0.190 0.090 0.175 0.131 0.106 0.091 0.044 0.032 0.018 0.013 74 T 0.154 0.152 0.082 0.186 0.141 0.102 0.084 0.043 0.030 0.016 0.009 75 D 0.361 0.163 0.067 0.128 0.094 0.066 0.054 0.026 0.020 0.013 0.009 76 T 0.265 0.186 0.090 0.166 0.106 0.071 0.054 0.026 0.019 0.011 0.007 77 A 0.219 0.081 0.038 0.075 0.062 0.068 0.107 0.086 0.103 0.089 0.072 78 T 0.293 0.257 0.090 0.151 0.082 0.049 0.035 0.016 0.013 0.008 0.005 79 R 0.327 0.165 0.071 0.126 0.084 0.066 0.060 0.035 0.032 0.021 0.012