# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.042 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.013 0.105 0.716 2 T 0.049 0.043 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.012 0.098 0.725 3 Q 0.042 0.032 0.005 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.011 0.073 0.741 4 S 0.090 0.032 0.011 0.002 0.006 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.018 0.125 0.574 5 V 0.146 0.040 0.007 0.002 0.009 0.005 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.225 0.013 0.085 0.441 6 L 0.069 0.055 0.004 0.001 0.002 0.003 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.259 0.012 0.082 0.490 7 L 0.091 0.042 0.010 0.003 0.003 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.003 0.004 0.328 0.010 0.056 0.426 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 10 G 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.002 0.107 0.730 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 F 0.051 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.003 0.086 0.742 13 T 0.082 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.005 0.145 0.673 14 R 0.031 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.006 0.059 0.657 15 R 0.030 0.103 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.010 0.264 0.538 16 Q 0.061 0.183 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.010 0.340 0.356 17 A 0.030 0.687 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.009 0.016 0.208 18 Q 0.022 0.653 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.007 0.025 0.148 19 A 0.023 0.674 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.006 0.020 0.166 20 V 0.023 0.671 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.173 0.007 0.008 0.100 21 T 0.015 0.679 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.160 0.005 0.008 0.118 22 T 0.025 0.595 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.140 0.013 0.018 0.174 23 T 0.060 0.268 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.368 0.031 0.036 0.219 24 Y 0.106 0.212 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.030 0.057 0.351 25 S 0.067 0.105 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.443 0.036 0.044 0.274 26 N 0.056 0.024 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.031 0.092 0.433 27 I 0.139 0.012 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.443 0.013 0.040 0.312 28 T 0.007 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.015 0.008 0.600 0.002 0.061 0.258 29 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 0.073 0.187 0.124 0.031 0.273 0.003 0.031 0.243 30 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.009 0.024 0.010 0.007 0.004 0.605 0.003 0.060 0.247 31 D 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.182 0.063 0.013 0.019 0.005 0.003 0.001 0.135 0.006 0.048 0.401 32 D 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.143 0.006 0.186 0.615 33 Q 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.008 0.399 0.527 34 G 0.173 0.017 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.078 0.219 0.439 35 S 0.121 0.043 0.011 0.005 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.015 0.291 0.434 36 H 0.032 0.046 0.012 0.004 0.136 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.008 0.120 0.404 37 F 0.024 0.031 0.004 0.002 0.017 0.259 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.005 0.072 0.223 38 R 0.013 0.026 0.001 0.001 0.023 0.017 0.117 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.531 0.004 0.064 0.176 39 L 0.017 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.743 0.003 0.027 0.143 40 V 0.013 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.026 0.018 0.725 0.003 0.025 0.112 41 V 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.143 0.532 0.149 0.020 0.109 0.001 0.003 0.027 42 R 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.031 0.010 0.038 0.006 0.001 0.001 0.673 0.003 0.016 0.178 43 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.840 0.041 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.002 0.024 44 T 0.020 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.016 0.164 0.561 45 E 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.640 0.322 46 G 0.271 0.020 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.420 0.099 0.156 47 R 0.111 0.028 0.037 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.032 0.427 0.269 48 M 0.005 0.004 0.045 0.006 0.073 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.282 0.002 0.094 0.477 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.883 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.001 0.009 0.029 50 W 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.079 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.618 0.001 0.031 0.230 51 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.839 0.003 0.025 0.110 52 A 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.008 0.629 0.007 0.051 0.270 53 W 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.013 0.026 0.622 0.008 0.045 0.246 54 N 0.016 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.022 0.179 0.031 0.381 0.012 0.058 0.267 55 F 0.116 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.023 0.006 0.006 0.230 0.021 0.068 0.488 56 E 0.032 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.104 0.011 0.029 0.009 0.009 0.003 0.141 0.007 0.245 0.358 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 58 D 0.035 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.008 0.217 0.635 59 A 0.419 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.049 0.447 60 G 0.059 0.177 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.011 0.179 0.541 61 E 0.159 0.074 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.016 0.163 0.534 62 G 0.082 0.329 0.002 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.010 0.093 0.413 63 L 0.081 0.473 0.016 0.001 0.012 0.014 0.055 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.007 0.034 0.209 64 N 0.029 0.699 0.006 0.001 0.006 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.004 0.017 0.117 65 R 0.031 0.765 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.006 0.013 0.127 66 Y 0.021 0.820 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.023 0.007 0.021 0.101 67 I 0.023 0.843 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.017 0.076 68 R 0.015 0.836 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.007 0.012 0.087 69 T 0.030 0.778 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.009 0.141 70 S 0.097 0.535 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.067 0.014 0.251 71 G 0.285 0.138 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.068 0.051 0.356 72 I 0.034 0.042 0.295 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.005 0.160 0.375 73 R 0.030 0.035 0.002 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.247 0.005 0.100 0.552 74 T 0.039 0.037 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.006 0.079 0.727 75 D 0.040 0.048 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.230 0.009 0.067 0.580 76 T 0.060 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.097 0.015 0.133 0.648 77 A 0.089 0.063 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.148 0.017 0.218 0.442 78 T 0.032 0.072 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.107 0.014 0.156 0.601 79 R 0.039 0.084 0.006 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.140 0.013 0.077 0.615