# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.022 0.008 0.017 0.019 0.027 0.044 0.003 0.001 0.003 0.789 2 T 0.026 0.013 0.003 0.020 0.024 0.037 0.121 0.002 0.001 0.004 0.751 3 Q 0.086 0.014 0.003 0.018 0.021 0.025 0.156 0.001 0.001 0.008 0.668 4 S 0.150 0.044 0.003 0.034 0.029 0.039 0.181 0.002 0.001 0.008 0.508 5 V 0.158 0.055 0.004 0.068 0.070 0.080 0.181 0.004 0.001 0.010 0.371 6 L 0.187 0.055 0.009 0.036 0.026 0.049 0.091 0.002 0.001 0.007 0.538 7 L 0.088 0.034 0.013 0.088 0.067 0.152 0.069 0.005 0.001 0.005 0.480 8 P 0.011 0.001 0.002 0.013 0.008 0.015 0.017 0.001 0.001 0.001 0.932 9 P 0.005 0.001 0.002 0.008 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.972 10 G 0.031 0.001 0.001 0.057 0.010 0.036 0.159 0.001 0.001 0.003 0.703 11 P 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.971 12 F 0.041 0.008 0.001 0.085 0.014 0.027 0.226 0.001 0.001 0.003 0.596 13 T 0.103 0.041 0.001 0.050 0.010 0.019 0.224 0.001 0.001 0.004 0.549 14 R 0.061 0.257 0.001 0.049 0.012 0.013 0.076 0.001 0.001 0.003 0.527 15 R 0.075 0.406 0.003 0.005 0.004 0.013 0.094 0.001 0.001 0.006 0.393 16 Q 0.066 0.609 0.002 0.011 0.015 0.035 0.068 0.007 0.001 0.005 0.180 17 A 0.043 0.844 0.003 0.005 0.004 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.076 18 Q 0.013 0.882 0.001 0.004 0.006 0.008 0.003 0.009 0.001 0.001 0.074 19 A 0.027 0.912 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.043 20 V 0.012 0.938 0.002 0.003 0.005 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 0.023 21 T 0.018 0.903 0.003 0.005 0.013 0.024 0.004 0.007 0.001 0.001 0.023 22 T 0.032 0.841 0.006 0.007 0.022 0.033 0.007 0.012 0.001 0.001 0.040 23 T 0.075 0.705 0.009 0.016 0.036 0.050 0.012 0.033 0.001 0.002 0.063 24 Y 0.085 0.397 0.076 0.036 0.059 0.077 0.029 0.040 0.001 0.005 0.196 25 S 0.064 0.143 0.050 0.099 0.123 0.169 0.069 0.035 0.001 0.011 0.236 26 N 0.143 0.042 0.066 0.083 0.086 0.133 0.094 0.024 0.001 0.016 0.313 27 I 0.077 0.024 0.055 0.153 0.212 0.170 0.052 0.006 0.001 0.006 0.244 28 T 0.013 0.008 0.012 0.163 0.198 0.246 0.084 0.001 0.001 0.003 0.271 29 L 0.009 0.003 0.003 0.092 0.311 0.332 0.043 0.001 0.001 0.002 0.204 30 E 0.007 0.003 0.001 0.097 0.180 0.319 0.069 0.001 0.001 0.003 0.319 31 D 0.014 0.003 0.001 0.052 0.138 0.237 0.239 0.001 0.001 0.010 0.304 32 D 0.065 0.005 0.002 0.030 0.035 0.041 0.293 0.001 0.001 0.034 0.493 33 Q 0.063 0.007 0.002 0.012 0.015 0.017 0.430 0.001 0.001 0.034 0.418 34 G 0.229 0.013 0.005 0.015 0.017 0.019 0.327 0.001 0.001 0.076 0.299 35 S 0.179 0.034 0.015 0.017 0.047 0.046 0.307 0.001 0.001 0.028 0.326 36 H 0.023 0.027 0.008 0.019 0.112 0.189 0.152 0.001 0.001 0.007 0.463 37 F 0.009 0.012 0.001 0.023 0.220 0.585 0.033 0.001 0.001 0.003 0.114 38 R 0.006 0.014 0.001 0.029 0.230 0.604 0.019 0.001 0.001 0.002 0.095 39 L 0.005 0.011 0.001 0.041 0.391 0.470 0.009 0.001 0.001 0.001 0.071 40 V 0.008 0.016 0.002 0.092 0.309 0.450 0.016 0.001 0.001 0.001 0.104 41 V 0.004 0.007 0.001 0.079 0.357 0.481 0.010 0.001 0.001 0.001 0.059 42 R 0.005 0.006 0.001 0.092 0.267 0.497 0.024 0.002 0.001 0.002 0.105 43 D 0.014 0.008 0.002 0.068 0.313 0.386 0.066 0.003 0.001 0.004 0.138 44 T 0.011 0.006 0.002 0.027 0.078 0.096 0.129 0.001 0.001 0.006 0.644 45 E 0.019 0.003 0.001 0.009 0.016 0.029 0.366 0.001 0.001 0.022 0.535 46 G 0.513 0.005 0.007 0.010 0.012 0.012 0.146 0.002 0.001 0.134 0.159 47 R 0.342 0.026 0.035 0.022 0.033 0.024 0.281 0.001 0.001 0.037 0.200 48 M 0.018 0.013 0.016 0.045 0.152 0.190 0.163 0.001 0.001 0.005 0.399 49 V 0.003 0.006 0.001 0.088 0.245 0.562 0.032 0.001 0.001 0.001 0.063 50 W 0.002 0.006 0.001 0.040 0.257 0.500 0.025 0.001 0.001 0.001 0.168 51 R 0.002 0.007 0.001 0.039 0.336 0.536 0.016 0.001 0.001 0.001 0.063 52 A 0.010 0.013 0.001 0.066 0.207 0.402 0.042 0.001 0.001 0.003 0.255 53 W 0.023 0.014 0.002 0.127 0.201 0.336 0.085 0.003 0.001 0.008 0.200 54 N 0.050 0.009 0.004 0.071 0.093 0.139 0.142 0.007 0.001 0.013 0.471 55 F 0.105 0.017 0.054 0.088 0.061 0.108 0.118 0.005 0.001 0.015 0.429 56 E 0.038 0.007 0.007 0.067 0.094 0.114 0.207 0.002 0.001 0.005 0.459 57 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.987 58 D 0.007 0.001 0.001 0.023 0.024 0.044 0.216 0.001 0.001 0.002 0.682 59 A 0.282 0.008 0.001 0.012 0.006 0.015 0.089 0.001 0.001 0.022 0.564 60 G 0.160 0.068 0.001 0.021 0.016 0.026 0.177 0.002 0.001 0.011 0.518 61 E 0.206 0.043 0.005 0.014 0.006 0.011 0.135 0.001 0.001 0.010 0.569 62 G 0.175 0.129 0.004 0.025 0.017 0.021 0.148 0.004 0.001 0.008 0.470 63 L 0.078 0.298 0.018 0.024 0.034 0.069 0.127 0.003 0.001 0.010 0.338 64 N 0.026 0.379 0.003 0.024 0.059 0.096 0.090 0.007 0.001 0.004 0.314 65 R 0.099 0.433 0.003 0.010 0.022 0.029 0.052 0.007 0.001 0.007 0.337 66 Y 0.130 0.522 0.010 0.007 0.019 0.028 0.074 0.008 0.001 0.006 0.197 67 I 0.054 0.524 0.013 0.035 0.057 0.109 0.053 0.013 0.001 0.005 0.137 68 R 0.037 0.597 0.007 0.043 0.052 0.092 0.025 0.016 0.001 0.003 0.128 69 T 0.134 0.552 0.006 0.009 0.012 0.028 0.017 0.023 0.001 0.002 0.217 70 S 0.219 0.402 0.011 0.013 0.022 0.021 0.023 0.050 0.001 0.003 0.235 71 G 0.291 0.156 0.038 0.016 0.022 0.023 0.096 0.032 0.001 0.014 0.313 72 I 0.081 0.116 0.203 0.030 0.047 0.068 0.099 0.006 0.001 0.006 0.343 73 R 0.029 0.085 0.007 0.083 0.099 0.178 0.093 0.006 0.001 0.003 0.417 74 T 0.077 0.059 0.005 0.033 0.042 0.075 0.066 0.003 0.001 0.005 0.636 75 D 0.106 0.082 0.005 0.031 0.042 0.058 0.082 0.005 0.001 0.005 0.584 76 T 0.115 0.052 0.007 0.026 0.034 0.047 0.157 0.006 0.001 0.014 0.543 77 A 0.148 0.059 0.012 0.036 0.045 0.067 0.198 0.005 0.001 0.020 0.410 78 T 0.104 0.074 0.011 0.035 0.057 0.081 0.189 0.004 0.001 0.011 0.433 79 R 0.059 0.071 0.009 0.029 0.042 0.062 0.088 0.002 0.001 0.006 0.633