# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 2 T 0.113 0.021 0.017 0.027 0.010 0.029 0.783 3 Q 0.232 0.014 0.068 0.048 0.155 0.099 0.384 4 S 0.365 0.012 0.079 0.027 0.087 0.071 0.358 5 V 0.576 0.029 0.027 0.028 0.059 0.034 0.247 6 L 0.582 0.072 0.008 0.013 0.066 0.021 0.236 7 L 0.192 0.029 0.004 0.005 0.138 0.015 0.617 8 P 0.063 0.018 0.005 0.003 0.171 0.079 0.661 9 P 0.033 0.010 0.015 0.009 0.406 0.214 0.313 10 G 0.039 0.008 0.018 0.019 0.513 0.122 0.281 11 P 0.063 0.015 0.022 0.068 0.160 0.085 0.588 12 F 0.147 0.059 0.011 0.101 0.102 0.031 0.549 13 T 0.209 0.032 0.008 0.157 0.087 0.019 0.488 14 R 0.031 0.002 0.017 0.860 0.028 0.034 0.028 15 R 0.035 0.001 0.014 0.878 0.014 0.035 0.022 16 Q 0.076 0.003 0.025 0.797 0.012 0.026 0.062 17 A 0.149 0.003 0.014 0.741 0.015 0.014 0.065 18 Q 0.297 0.003 0.011 0.604 0.032 0.017 0.036 19 A 0.460 0.004 0.007 0.454 0.025 0.027 0.022 20 V 0.550 0.007 0.003 0.370 0.018 0.023 0.029 21 T 0.659 0.006 0.004 0.240 0.027 0.025 0.039 22 T 0.658 0.004 0.008 0.175 0.032 0.037 0.086 23 T 0.618 0.010 0.016 0.122 0.054 0.074 0.106 24 Y 0.625 0.010 0.024 0.074 0.050 0.046 0.171 25 S 0.604 0.006 0.019 0.023 0.099 0.103 0.145 26 N 0.523 0.009 0.025 0.012 0.097 0.113 0.223 27 I 0.573 0.011 0.008 0.006 0.039 0.026 0.337 28 T 0.665 0.028 0.009 0.004 0.023 0.022 0.249 29 L 0.655 0.023 0.012 0.006 0.036 0.019 0.249 30 E 0.477 0.024 0.017 0.009 0.106 0.044 0.323 31 D 0.222 0.030 0.014 0.007 0.265 0.042 0.419 32 D 0.078 0.016 0.022 0.008 0.276 0.154 0.447 33 Q 0.033 0.010 0.038 0.013 0.225 0.519 0.164 34 G 0.051 0.012 0.045 0.013 0.326 0.325 0.228 35 S 0.172 0.023 0.035 0.013 0.230 0.102 0.426 36 H 0.485 0.048 0.013 0.005 0.125 0.041 0.283 37 F 0.810 0.009 0.005 0.002 0.027 0.007 0.140 38 R 0.920 0.002 0.002 0.004 0.020 0.003 0.049 39 L 0.974 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.015 40 V 0.981 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 41 V 0.980 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 42 R 0.932 0.008 0.001 0.004 0.009 0.005 0.042 43 D 0.416 0.008 0.002 0.003 0.062 0.015 0.494 44 T 0.052 0.002 0.028 0.007 0.208 0.630 0.072 45 E 0.009 0.002 0.020 0.003 0.115 0.824 0.028 46 G 0.052 0.004 0.023 0.003 0.399 0.329 0.190 47 R 0.249 0.016 0.004 0.004 0.123 0.026 0.577 48 M 0.869 0.016 0.001 0.002 0.015 0.003 0.094 49 V 0.953 0.006 0.001 0.003 0.004 0.001 0.032 50 W 0.953 0.003 0.002 0.006 0.005 0.002 0.029 51 R 0.894 0.003 0.004 0.008 0.017 0.004 0.070 52 A 0.762 0.009 0.006 0.010 0.019 0.013 0.181 53 W 0.351 0.011 0.016 0.014 0.103 0.069 0.437 54 N 0.183 0.029 0.014 0.014 0.180 0.159 0.421 55 F 0.082 0.030 0.010 0.011 0.424 0.103 0.339 56 E 0.038 0.017 0.004 0.004 0.236 0.020 0.682 57 P 0.020 0.016 0.021 0.022 0.263 0.305 0.353 58 D 0.009 0.019 0.021 0.036 0.190 0.237 0.489 59 A 0.006 0.016 0.057 0.298 0.156 0.269 0.198 60 G 0.008 0.010 0.037 0.414 0.099 0.221 0.211 61 E 0.013 0.006 0.049 0.629 0.098 0.087 0.118 62 G 0.019 0.010 0.036 0.765 0.028 0.055 0.086 63 L 0.018 0.006 0.037 0.823 0.011 0.047 0.058 64 N 0.011 0.001 0.025 0.876 0.012 0.023 0.052 65 R 0.006 0.001 0.016 0.946 0.006 0.014 0.011 66 Y 0.010 0.001 0.019 0.941 0.004 0.016 0.010 67 I 0.019 0.005 0.018 0.923 0.006 0.021 0.009 68 R 0.022 0.003 0.027 0.843 0.013 0.075 0.017 69 T 0.014 0.002 0.021 0.749 0.025 0.176 0.014 70 S 0.007 0.002 0.016 0.372 0.036 0.537 0.030 71 G 0.020 0.007 0.015 0.114 0.148 0.533 0.163 72 I 0.107 0.034 0.017 0.052 0.110 0.091 0.588 73 R 0.215 0.049 0.024 0.047 0.073 0.059 0.534 74 T 0.159 0.013 0.069 0.125 0.144 0.088 0.403 75 D 0.111 0.005 0.084 0.099 0.217 0.140 0.344 76 T 0.158 0.015 0.109 0.110 0.191 0.137 0.280 77 A 0.176 0.036 0.054 0.079 0.156 0.107 0.393 78 T 0.066 0.013 0.011 0.019 0.016 0.038 0.837 79 R 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.986