# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.237 0.237 0.272 0.085 0.052 0.040 0.027 0.009 0.034 0.006 0.001 2 T 0.290 0.220 0.280 0.085 0.049 0.031 0.012 0.004 0.019 0.008 0.001 3 Q 0.316 0.139 0.192 0.158 0.062 0.032 0.059 0.015 0.021 0.007 0.001 4 S 0.248 0.205 0.239 0.162 0.056 0.035 0.020 0.007 0.024 0.003 0.001 5 V 0.177 0.448 0.193 0.083 0.044 0.024 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 6 L 0.109 0.225 0.408 0.085 0.016 0.076 0.033 0.002 0.043 0.001 0.002 7 L 0.022 0.201 0.597 0.002 0.012 0.025 0.008 0.001 0.131 0.001 0.001 8 P 0.018 0.002 0.897 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 9 P 0.106 0.004 0.700 0.027 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 10 G 0.033 0.084 0.355 0.002 0.262 0.003 0.014 0.017 0.020 0.210 0.001 11 P 0.396 0.006 0.334 0.102 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 12 F 0.118 0.315 0.231 0.127 0.107 0.039 0.023 0.017 0.017 0.006 0.001 13 T 0.109 0.402 0.314 0.025 0.057 0.051 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 14 R 0.881 0.036 0.029 0.031 0.005 0.007 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 15 R 0.900 0.021 0.030 0.028 0.002 0.008 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 16 Q 0.873 0.016 0.020 0.073 0.002 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 17 A 0.779 0.054 0.096 0.023 0.013 0.009 0.012 0.005 0.006 0.003 0.001 18 Q 0.865 0.042 0.039 0.041 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.802 0.075 0.046 0.036 0.026 0.005 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 20 V 0.579 0.257 0.043 0.061 0.023 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 21 T 0.419 0.272 0.141 0.053 0.041 0.034 0.010 0.003 0.025 0.002 0.001 22 T 0.288 0.338 0.093 0.102 0.135 0.018 0.003 0.003 0.017 0.003 0.001 23 T 0.169 0.499 0.140 0.047 0.094 0.022 0.008 0.005 0.015 0.002 0.001 24 Y 0.087 0.541 0.146 0.056 0.068 0.039 0.011 0.001 0.049 0.002 0.001 25 S 0.223 0.449 0.154 0.072 0.062 0.017 0.006 0.001 0.012 0.004 0.001 26 N 0.070 0.165 0.102 0.122 0.075 0.069 0.325 0.006 0.064 0.001 0.001 27 I 0.035 0.685 0.178 0.018 0.033 0.023 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 28 T 0.031 0.701 0.164 0.009 0.037 0.033 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 29 L 0.041 0.688 0.150 0.032 0.024 0.034 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 30 E 0.061 0.490 0.250 0.024 0.052 0.067 0.009 0.001 0.041 0.004 0.001 31 D 0.139 0.153 0.143 0.167 0.055 0.150 0.082 0.004 0.100 0.007 0.001 32 D 0.271 0.082 0.126 0.231 0.067 0.078 0.066 0.011 0.056 0.007 0.006 33 Q 0.330 0.045 0.116 0.442 0.012 0.011 0.025 0.007 0.008 0.002 0.002 34 G 0.072 0.022 0.087 0.043 0.092 0.004 0.095 0.422 0.004 0.158 0.001 35 S 0.137 0.221 0.372 0.117 0.066 0.033 0.026 0.007 0.015 0.005 0.002 36 H 0.039 0.530 0.216 0.041 0.096 0.037 0.010 0.003 0.024 0.004 0.001 37 F 0.029 0.715 0.122 0.017 0.086 0.012 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 38 R 0.019 0.724 0.166 0.007 0.041 0.015 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 39 L 0.017 0.493 0.415 0.002 0.017 0.036 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 40 V 0.021 0.684 0.204 0.005 0.014 0.039 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 41 V 0.016 0.741 0.181 0.009 0.014 0.023 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 42 R 0.030 0.441 0.373 0.019 0.034 0.060 0.008 0.001 0.033 0.002 0.001 43 D 0.020 0.148 0.582 0.017 0.047 0.106 0.011 0.001 0.062 0.006 0.001 44 T 0.819 0.024 0.021 0.099 0.009 0.007 0.009 0.005 0.006 0.001 0.001 45 E 0.255 0.018 0.067 0.609 0.005 0.007 0.025 0.003 0.008 0.002 0.001 46 G 0.029 0.006 0.055 0.025 0.063 0.002 0.072 0.649 0.002 0.096 0.001 47 R 0.147 0.291 0.434 0.039 0.023 0.030 0.014 0.001 0.019 0.002 0.002 48 M 0.065 0.319 0.528 0.009 0.011 0.045 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 49 V 0.087 0.704 0.116 0.019 0.029 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 50 W 0.073 0.453 0.324 0.007 0.048 0.065 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 51 R 0.123 0.533 0.162 0.036 0.039 0.056 0.006 0.001 0.044 0.001 0.001 52 A 0.186 0.375 0.199 0.051 0.112 0.032 0.013 0.003 0.025 0.004 0.001 53 W 0.256 0.286 0.157 0.152 0.060 0.027 0.022 0.005 0.027 0.007 0.001 54 N 0.140 0.080 0.158 0.196 0.062 0.101 0.187 0.021 0.048 0.007 0.001 55 F 0.186 0.179 0.235 0.233 0.042 0.041 0.045 0.014 0.020 0.006 0.001 56 E 0.087 0.189 0.452 0.004 0.032 0.025 0.014 0.002 0.185 0.011 0.001 57 P 0.469 0.002 0.426 0.018 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.067 58 D 0.321 0.036 0.114 0.195 0.024 0.097 0.123 0.038 0.046 0.005 0.001 59 A 0.585 0.036 0.119 0.204 0.014 0.009 0.013 0.007 0.005 0.008 0.001 60 G 0.713 0.012 0.060 0.064 0.018 0.007 0.041 0.054 0.003 0.027 0.001 61 E 0.784 0.021 0.071 0.096 0.007 0.007 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 62 G 0.828 0.013 0.050 0.056 0.011 0.006 0.009 0.014 0.004 0.008 0.001 63 L 0.937 0.005 0.014 0.036 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 N 0.926 0.006 0.018 0.032 0.002 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 65 R 0.947 0.008 0.010 0.027 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.922 0.011 0.017 0.040 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 67 I 0.891 0.024 0.034 0.031 0.001 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 68 R 0.916 0.016 0.017 0.036 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 T 0.740 0.058 0.031 0.138 0.016 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 70 S 0.287 0.036 0.050 0.565 0.016 0.004 0.023 0.008 0.008 0.002 0.001 71 G 0.062 0.006 0.035 0.016 0.054 0.003 0.140 0.400 0.004 0.280 0.001 72 I 0.210 0.254 0.391 0.061 0.034 0.033 0.002 0.001 0.009 0.002 0.002 73 R 0.186 0.222 0.297 0.105 0.023 0.097 0.022 0.005 0.037 0.005 0.001 74 T 0.227 0.327 0.185 0.089 0.106 0.023 0.011 0.004 0.023 0.006 0.001 75 D 0.283 0.128 0.264 0.102 0.064 0.065 0.045 0.005 0.037 0.004 0.002 76 T 0.436 0.114 0.128 0.257 0.022 0.020 0.005 0.002 0.013 0.001 0.002 77 A 0.302 0.192 0.286 0.092 0.057 0.026 0.011 0.004 0.022 0.006 0.001 78 T 0.242 0.194 0.347 0.123 0.021 0.042 0.005 0.003 0.019 0.003 0.001 79 R 0.243 0.272 0.234 0.063 0.080 0.024 0.024 0.013 0.028 0.018 0.001