# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.132 0.156 0.058 0.024 0.188 0.023 0.039 0.135 0.089 0.099 0.059 2 T 0.068 0.167 0.066 0.037 0.146 0.046 0.082 0.211 0.100 0.049 0.027 3 Q 0.079 0.095 0.045 0.023 0.124 0.018 0.036 0.150 0.141 0.221 0.069 4 S 0.166 0.149 0.030 0.008 0.328 0.010 0.025 0.088 0.078 0.070 0.048 5 V 0.132 0.225 0.044 0.005 0.372 0.006 0.019 0.075 0.049 0.040 0.032 6 L 0.168 0.201 0.098 0.013 0.284 0.009 0.033 0.044 0.031 0.068 0.051 7 L 0.065 0.382 0.269 0.029 0.174 0.007 0.015 0.026 0.009 0.009 0.013 8 P 0.023 0.360 0.351 0.055 0.094 0.024 0.019 0.040 0.017 0.010 0.007 9 P 0.021 0.054 0.043 0.044 0.031 0.064 0.185 0.236 0.184 0.113 0.024 10 G 0.035 0.151 0.331 0.124 0.088 0.036 0.027 0.071 0.044 0.058 0.035 11 P 0.078 0.209 0.067 0.013 0.138 0.014 0.030 0.146 0.118 0.146 0.040 12 F 0.102 0.241 0.110 0.015 0.240 0.010 0.012 0.062 0.041 0.113 0.054 13 T 0.023 0.480 0.274 0.021 0.088 0.006 0.004 0.060 0.015 0.022 0.007 14 R 0.008 0.007 0.004 0.003 0.013 0.004 0.008 0.707 0.224 0.017 0.006 15 R 0.009 0.015 0.007 0.002 0.014 0.003 0.018 0.781 0.117 0.025 0.008 16 Q 0.006 0.008 0.002 0.001 0.009 0.001 0.009 0.698 0.157 0.105 0.004 17 A 0.015 0.021 0.005 0.002 0.031 0.002 0.008 0.778 0.116 0.017 0.005 18 Q 0.009 0.021 0.007 0.002 0.022 0.006 0.034 0.786 0.095 0.016 0.003 19 A 0.027 0.021 0.004 0.002 0.044 0.005 0.032 0.775 0.062 0.021 0.006 20 V 0.080 0.035 0.004 0.004 0.109 0.008 0.021 0.576 0.093 0.051 0.019 21 T 0.098 0.034 0.005 0.007 0.102 0.013 0.045 0.491 0.116 0.059 0.031 22 T 0.110 0.130 0.028 0.010 0.221 0.013 0.042 0.287 0.082 0.051 0.027 23 T 0.141 0.092 0.025 0.010 0.203 0.020 0.101 0.236 0.073 0.062 0.038 24 Y 0.324 0.075 0.022 0.015 0.208 0.012 0.014 0.067 0.056 0.094 0.113 25 S 0.015 0.124 0.041 0.074 0.064 0.162 0.192 0.212 0.088 0.022 0.006 26 N 0.274 0.046 0.011 0.003 0.193 0.003 0.012 0.029 0.039 0.222 0.169 27 I 0.209 0.199 0.021 0.002 0.493 0.002 0.004 0.011 0.014 0.013 0.031 28 T 0.164 0.187 0.033 0.002 0.544 0.002 0.006 0.016 0.010 0.012 0.024 29 L 0.322 0.125 0.022 0.007 0.297 0.007 0.015 0.045 0.028 0.036 0.096 30 E 0.056 0.178 0.071 0.057 0.173 0.070 0.076 0.102 0.082 0.098 0.035 31 D 0.175 0.124 0.120 0.028 0.202 0.016 0.025 0.052 0.051 0.108 0.098 32 D 0.101 0.098 0.083 0.031 0.124 0.013 0.032 0.212 0.150 0.104 0.051 33 Q 0.016 0.138 0.077 0.063 0.037 0.073 0.158 0.161 0.156 0.106 0.014 34 G 0.054 0.059 0.060 0.098 0.049 0.055 0.053 0.088 0.088 0.288 0.107 35 S 0.057 0.096 0.051 0.027 0.126 0.061 0.132 0.197 0.133 0.089 0.032 36 H 0.249 0.126 0.033 0.010 0.343 0.009 0.017 0.044 0.031 0.069 0.069 37 F 0.324 0.109 0.012 0.006 0.447 0.006 0.006 0.016 0.010 0.023 0.043 38 R 0.257 0.072 0.009 0.008 0.584 0.008 0.015 0.018 0.004 0.005 0.021 39 L 0.260 0.068 0.005 0.001 0.642 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.010 40 V 0.269 0.067 0.005 0.002 0.602 0.004 0.004 0.016 0.002 0.004 0.025 41 V 0.225 0.186 0.019 0.002 0.495 0.001 0.002 0.011 0.001 0.011 0.047 42 R 0.077 0.358 0.054 0.010 0.385 0.008 0.009 0.019 0.008 0.045 0.029 43 D 0.117 0.185 0.413 0.014 0.160 0.004 0.008 0.033 0.021 0.012 0.033 44 T 0.003 0.007 0.015 0.007 0.003 0.015 0.088 0.661 0.185 0.014 0.002 45 E 0.002 0.663 0.178 0.040 0.028 0.010 0.037 0.021 0.007 0.013 0.002 46 G 0.074 0.044 0.025 0.018 0.036 0.012 0.004 0.012 0.017 0.408 0.350 47 R 0.063 0.328 0.070 0.008 0.327 0.011 0.018 0.100 0.034 0.025 0.014 48 M 0.476 0.042 0.006 0.001 0.415 0.001 0.001 0.009 0.003 0.005 0.042 49 V 0.151 0.207 0.047 0.023 0.469 0.022 0.020 0.034 0.007 0.007 0.014 50 W 0.353 0.099 0.014 0.004 0.419 0.003 0.008 0.036 0.004 0.010 0.051 51 R 0.232 0.157 0.037 0.018 0.333 0.018 0.024 0.061 0.014 0.029 0.076 52 A 0.163 0.203 0.067 0.021 0.287 0.019 0.032 0.095 0.030 0.043 0.040 53 W 0.077 0.127 0.050 0.056 0.139 0.107 0.115 0.140 0.083 0.065 0.041 54 N 0.175 0.118 0.051 0.020 0.242 0.010 0.027 0.062 0.041 0.121 0.135 55 F 0.096 0.122 0.048 0.018 0.115 0.016 0.034 0.108 0.120 0.236 0.087 56 E 0.043 0.318 0.262 0.037 0.169 0.012 0.014 0.069 0.035 0.026 0.016 57 P 0.028 0.082 0.064 0.044 0.048 0.102 0.208 0.304 0.091 0.018 0.012 58 D 0.040 0.046 0.046 0.039 0.045 0.022 0.038 0.179 0.096 0.350 0.100 59 A 0.034 0.152 0.071 0.035 0.063 0.049 0.066 0.327 0.106 0.074 0.024 60 G 0.022 0.043 0.052 0.057 0.033 0.033 0.021 0.385 0.118 0.195 0.042 61 E 0.017 0.051 0.023 0.021 0.042 0.034 0.071 0.599 0.100 0.031 0.011 62 G 0.015 0.018 0.014 0.007 0.015 0.005 0.020 0.731 0.087 0.070 0.019 63 L 0.004 0.009 0.005 0.003 0.007 0.006 0.014 0.799 0.109 0.039 0.004 64 N 0.012 0.023 0.004 0.002 0.024 0.002 0.004 0.807 0.098 0.019 0.005 65 R 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.004 0.015 0.875 0.082 0.006 0.001 66 Y 0.002 0.006 0.004 0.001 0.004 0.002 0.019 0.885 0.057 0.019 0.001 67 I 0.012 0.007 0.001 0.001 0.013 0.003 0.013 0.811 0.104 0.028 0.006 68 R 0.013 0.018 0.009 0.004 0.012 0.009 0.036 0.714 0.146 0.031 0.008 69 T 0.011 0.024 0.015 0.011 0.021 0.022 0.108 0.596 0.111 0.075 0.007 70 S 0.017 0.409 0.328 0.045 0.084 0.007 0.014 0.028 0.015 0.041 0.012 71 G 0.019 0.038 0.095 0.266 0.015 0.080 0.024 0.091 0.060 0.246 0.068 72 I 0.139 0.234 0.051 0.010 0.263 0.015 0.034 0.106 0.052 0.051 0.045 73 R 0.133 0.180 0.076 0.022 0.267 0.017 0.025 0.097 0.043 0.071 0.069 74 T 0.074 0.231 0.112 0.035 0.173 0.025 0.041 0.115 0.090 0.070 0.033 75 D 0.142 0.138 0.084 0.017 0.227 0.013 0.038 0.137 0.076 0.070 0.057 76 T 0.053 0.110 0.042 0.014 0.084 0.014 0.041 0.238 0.197 0.168 0.038 77 A 0.066 0.237 0.094 0.027 0.164 0.020 0.046 0.154 0.083 0.076 0.032 78 T 0.084 0.181 0.080 0.025 0.163 0.031 0.066 0.177 0.084 0.071 0.039 79 R 0.067 0.221 0.123 0.026 0.158 0.017 0.032 0.180 0.084 0.061 0.033