# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.04225 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.659 0.191 0.081 0.046 0.018 0.005 0.001 2 T 0.580 0.247 0.114 0.044 0.012 0.003 0.001 3 Q 0.586 0.260 0.100 0.041 0.010 0.002 0.001 4 S 0.200 0.202 0.211 0.212 0.126 0.045 0.003 5 V 0.227 0.237 0.218 0.179 0.097 0.037 0.004 6 L 0.181 0.247 0.252 0.199 0.091 0.028 0.002 7 L 0.133 0.119 0.158 0.252 0.229 0.101 0.008 8 P 0.419 0.308 0.162 0.079 0.025 0.006 0.001 9 P 0.603 0.259 0.088 0.036 0.011 0.003 0.001 10 G 0.313 0.269 0.194 0.146 0.059 0.017 0.001 11 P 0.315 0.294 0.205 0.122 0.048 0.014 0.002 12 F 0.126 0.127 0.181 0.253 0.204 0.097 0.011 13 T 0.261 0.337 0.215 0.117 0.047 0.020 0.003 14 R 0.257 0.234 0.214 0.175 0.089 0.027 0.003 15 R 0.393 0.308 0.155 0.089 0.039 0.013 0.002 16 Q 0.139 0.196 0.213 0.233 0.149 0.064 0.007 17 A 0.120 0.137 0.187 0.259 0.201 0.088 0.008 18 Q 0.232 0.311 0.234 0.148 0.058 0.016 0.002 19 A 0.144 0.174 0.201 0.212 0.160 0.094 0.015 20 V 0.059 0.074 0.094 0.163 0.252 0.300 0.057 21 T 0.088 0.143 0.193 0.230 0.190 0.124 0.034 22 T 0.121 0.144 0.155 0.189 0.184 0.159 0.048 23 T 0.092 0.147 0.213 0.246 0.172 0.108 0.021 24 Y 0.072 0.081 0.113 0.199 0.264 0.215 0.056 25 S 0.188 0.255 0.212 0.180 0.100 0.053 0.012 26 N 0.106 0.180 0.214 0.231 0.159 0.093 0.017 27 I 0.052 0.058 0.088 0.183 0.283 0.277 0.059 28 T 0.089 0.154 0.196 0.229 0.185 0.122 0.026 29 L 0.114 0.125 0.158 0.229 0.218 0.133 0.024 30 E 0.251 0.338 0.206 0.136 0.051 0.016 0.002 31 D 0.384 0.285 0.173 0.107 0.038 0.012 0.002 32 D 0.402 0.252 0.157 0.108 0.054 0.023 0.003 33 Q 0.392 0.253 0.157 0.106 0.058 0.028 0.005 34 G 0.162 0.183 0.204 0.196 0.155 0.089 0.011 35 S 0.101 0.179 0.207 0.226 0.181 0.091 0.014 36 H 0.027 0.055 0.108 0.191 0.270 0.274 0.075 37 F 0.011 0.019 0.041 0.102 0.239 0.447 0.141 38 R 0.021 0.059 0.118 0.198 0.247 0.267 0.089 39 L 0.025 0.043 0.078 0.162 0.261 0.340 0.090 40 V 0.017 0.025 0.052 0.130 0.271 0.405 0.099 41 V 0.012 0.019 0.040 0.128 0.316 0.421 0.065 42 R 0.021 0.070 0.166 0.317 0.306 0.111 0.010 43 D 0.213 0.415 0.236 0.108 0.024 0.003 0.001 44 T 0.492 0.333 0.120 0.042 0.010 0.002 0.001 45 E 0.751 0.152 0.047 0.029 0.015 0.006 0.001 46 G 0.410 0.260 0.175 0.104 0.040 0.010 0.001 47 R 0.294 0.312 0.236 0.112 0.037 0.009 0.001 48 M 0.088 0.136 0.158 0.207 0.251 0.142 0.018 49 V 0.024 0.056 0.127 0.221 0.271 0.241 0.060 50 W 0.019 0.033 0.050 0.092 0.197 0.395 0.214 51 R 0.013 0.026 0.051 0.108 0.184 0.323 0.294 52 A 0.016 0.037 0.068 0.120 0.178 0.304 0.277 53 W 0.023 0.040 0.067 0.117 0.183 0.298 0.273 54 N 0.026 0.038 0.056 0.113 0.190 0.317 0.261 55 F 0.043 0.061 0.082 0.136 0.208 0.303 0.168 56 E 0.045 0.066 0.087 0.160 0.228 0.282 0.131 57 P 0.174 0.253 0.214 0.189 0.108 0.049 0.012 58 D 0.128 0.240 0.254 0.209 0.112 0.047 0.010 59 A 0.112 0.101 0.105 0.172 0.223 0.217 0.069 60 G 0.197 0.229 0.194 0.171 0.117 0.074 0.018 61 E 0.213 0.264 0.224 0.171 0.087 0.034 0.007 62 G 0.094 0.165 0.196 0.222 0.186 0.117 0.020 63 L 0.032 0.041 0.055 0.100 0.200 0.402 0.169 64 N 0.042 0.083 0.147 0.217 0.227 0.219 0.066 65 R 0.085 0.194 0.220 0.209 0.155 0.104 0.033 66 Y 0.058 0.095 0.142 0.232 0.243 0.180 0.049 67 I 0.036 0.055 0.074 0.158 0.278 0.327 0.072 68 R 0.127 0.224 0.239 0.218 0.121 0.059 0.013 69 T 0.222 0.262 0.195 0.160 0.096 0.052 0.014 70 S 0.134 0.199 0.242 0.220 0.128 0.065 0.011 71 G 0.163 0.194 0.202 0.201 0.144 0.083 0.013 72 I 0.125 0.111 0.128 0.197 0.233 0.176 0.029 73 R 0.272 0.249 0.199 0.156 0.085 0.035 0.005 74 T 0.479 0.265 0.145 0.076 0.027 0.007 0.001 75 D 0.615 0.226 0.096 0.044 0.014 0.004 0.001 76 T 0.618 0.228 0.093 0.044 0.013 0.003 0.001 77 A 0.442 0.216 0.164 0.121 0.046 0.011 0.001 78 T 0.691 0.199 0.070 0.029 0.008 0.002 0.001 79 R 0.696 0.190 0.072 0.031 0.009 0.002 0.001