# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.10017 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.012 0.009 0.013 0.167 0.734 2 T 0.161 0.017 0.012 0.015 0.178 0.617 3 Q 0.230 0.021 0.021 0.014 0.164 0.550 4 S 0.365 0.049 0.048 0.015 0.168 0.355 5 V 0.450 0.032 0.030 0.010 0.146 0.333 6 L 0.393 0.024 0.020 0.005 0.140 0.418 7 L 0.213 0.036 0.006 0.003 0.139 0.602 8 P 0.124 0.017 0.006 0.003 0.412 0.438 9 P 0.048 0.011 0.022 0.011 0.600 0.308 10 G 0.025 0.007 0.019 0.012 0.609 0.327 11 P 0.082 0.033 0.028 0.034 0.555 0.268 12 F 0.060 0.041 0.015 0.074 0.221 0.589 13 T 0.067 0.037 0.010 0.138 0.127 0.620 14 R 0.002 0.001 0.025 0.949 0.012 0.011 15 R 0.010 0.001 0.032 0.922 0.018 0.017 16 Q 0.006 0.001 0.023 0.953 0.011 0.006 17 A 0.012 0.001 0.009 0.954 0.014 0.011 18 Q 0.023 0.001 0.012 0.930 0.022 0.011 19 A 0.052 0.001 0.016 0.899 0.023 0.009 20 V 0.076 0.002 0.012 0.874 0.023 0.013 21 T 0.133 0.004 0.029 0.745 0.057 0.032 22 T 0.206 0.005 0.039 0.561 0.091 0.097 23 T 0.193 0.010 0.021 0.163 0.137 0.476 24 Y 0.264 0.024 0.035 0.165 0.364 0.148 25 S 0.357 0.009 0.016 0.105 0.333 0.180 26 N 0.297 0.008 0.013 0.099 0.344 0.239 27 I 0.680 0.025 0.005 0.035 0.130 0.124 28 T 0.800 0.023 0.004 0.018 0.030 0.126 29 L 0.800 0.017 0.013 0.036 0.094 0.039 30 E 0.646 0.016 0.019 0.044 0.194 0.083 31 D 0.221 0.015 0.021 0.059 0.573 0.112 32 D 0.073 0.025 0.016 0.031 0.789 0.066 33 Q 0.068 0.012 0.038 0.042 0.687 0.153 34 G 0.055 0.013 0.097 0.028 0.696 0.112 35 S 0.125 0.008 0.095 0.015 0.607 0.150 36 H 0.431 0.018 0.051 0.009 0.231 0.261 37 F 0.850 0.009 0.006 0.004 0.054 0.078 38 R 0.941 0.001 0.001 0.003 0.017 0.037 39 L 0.980 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 40 V 0.986 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 41 V 0.986 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 42 R 0.944 0.002 0.001 0.001 0.008 0.045 43 D 0.528 0.008 0.001 0.001 0.423 0.038 44 T 0.027 0.002 0.010 0.002 0.947 0.012 45 E 0.005 0.001 0.012 0.003 0.970 0.009 46 G 0.043 0.008 0.006 0.001 0.928 0.014 47 R 0.501 0.015 0.002 0.002 0.147 0.332 48 M 0.935 0.012 0.001 0.001 0.011 0.039 49 V 0.975 0.003 0.001 0.001 0.006 0.014 50 W 0.974 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 51 R 0.917 0.003 0.005 0.002 0.023 0.050 52 A 0.679 0.009 0.029 0.006 0.122 0.154 53 W 0.459 0.016 0.053 0.010 0.233 0.230 54 N 0.237 0.023 0.055 0.010 0.330 0.344 55 F 0.208 0.046 0.025 0.016 0.306 0.399 56 E 0.090 0.033 0.013 0.024 0.388 0.452 57 P 0.036 0.045 0.028 0.106 0.368 0.417 58 D 0.015 0.029 0.032 0.150 0.505 0.269 59 A 0.007 0.014 0.051 0.478 0.345 0.105 60 G 0.005 0.007 0.052 0.458 0.341 0.136 61 E 0.012 0.009 0.063 0.590 0.252 0.074 62 G 0.023 0.016 0.068 0.664 0.155 0.074 63 L 0.042 0.018 0.058 0.717 0.105 0.061 64 N 0.040 0.005 0.047 0.755 0.096 0.057 65 R 0.028 0.001 0.037 0.866 0.042 0.025 66 Y 0.015 0.002 0.022 0.922 0.021 0.018 67 I 0.013 0.004 0.025 0.898 0.033 0.027 68 R 0.018 0.004 0.026 0.867 0.051 0.034 69 T 0.017 0.003 0.029 0.814 0.077 0.060 70 S 0.013 0.003 0.040 0.561 0.189 0.195 71 G 0.040 0.004 0.022 0.043 0.298 0.593 72 I 0.215 0.034 0.020 0.032 0.208 0.491 73 R 0.339 0.037 0.020 0.028 0.235 0.340 74 T 0.263 0.025 0.031 0.060 0.261 0.360 75 D 0.142 0.008 0.046 0.039 0.364 0.401 76 T 0.150 0.012 0.057 0.042 0.324 0.415 77 A 0.138 0.031 0.029 0.067 0.198 0.537 78 T 0.087 0.029 0.007 0.043 0.117 0.717 79 R 0.025 0.004 0.001 0.010 0.046 0.914