# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.10017 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.024 0.748 0.006 0.009 0.021 0.002 0.001 0.007 0.080 0.028 0.023 0.048 2 T 0.004 0.027 0.724 0.007 0.015 0.020 0.002 0.001 0.008 0.072 0.022 0.030 0.069 3 Q 0.012 0.019 0.395 0.019 0.082 0.060 0.003 0.001 0.017 0.175 0.065 0.083 0.069 4 S 0.024 0.015 0.301 0.027 0.113 0.078 0.010 0.004 0.037 0.102 0.089 0.039 0.161 5 V 0.045 0.036 0.229 0.009 0.052 0.059 0.028 0.010 0.058 0.065 0.070 0.244 0.096 6 L 0.043 0.059 0.320 0.010 0.013 0.027 0.023 0.008 0.058 0.071 0.059 0.041 0.268 7 L 0.003 0.024 0.639 0.013 0.003 0.005 0.002 0.001 0.017 0.189 0.016 0.072 0.017 8 P 0.001 0.008 0.742 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.148 0.061 0.006 0.019 9 P 0.001 0.015 0.450 0.003 0.021 0.010 0.001 0.001 0.003 0.288 0.196 0.001 0.012 10 G 0.001 0.012 0.419 0.001 0.020 0.017 0.001 0.001 0.003 0.449 0.059 0.018 0.003 11 P 0.001 0.017 0.594 0.001 0.036 0.105 0.001 0.001 0.005 0.108 0.106 0.001 0.027 12 F 0.003 0.054 0.437 0.002 0.025 0.223 0.002 0.001 0.007 0.133 0.070 0.034 0.009 13 T 0.003 0.023 0.400 0.001 0.019 0.375 0.001 0.001 0.008 0.086 0.031 0.009 0.044 14 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.023 0.909 0.001 0.001 0.001 0.008 0.042 0.001 0.001 15 R 0.002 0.002 0.012 0.001 0.016 0.911 0.001 0.001 0.001 0.011 0.040 0.002 0.002 16 Q 0.003 0.002 0.022 0.001 0.015 0.910 0.001 0.001 0.002 0.009 0.026 0.003 0.006 17 A 0.002 0.001 0.016 0.001 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.004 18 Q 0.005 0.001 0.016 0.002 0.011 0.933 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.008 0.005 19 A 0.018 0.002 0.009 0.001 0.016 0.903 0.003 0.001 0.003 0.003 0.016 0.005 0.020 20 V 0.023 0.002 0.019 0.006 0.014 0.860 0.003 0.002 0.003 0.009 0.033 0.013 0.011 21 T 0.026 0.005 0.038 0.010 0.029 0.730 0.004 0.003 0.009 0.027 0.069 0.021 0.030 22 T 0.017 0.002 0.060 0.007 0.035 0.623 0.004 0.010 0.012 0.043 0.140 0.022 0.026 23 T 0.043 0.013 0.125 0.007 0.041 0.350 0.014 0.020 0.035 0.081 0.206 0.031 0.036 24 Y 0.039 0.021 0.294 0.006 0.029 0.123 0.026 0.026 0.105 0.082 0.100 0.035 0.115 25 S 0.015 0.014 0.241 0.069 0.029 0.085 0.011 0.023 0.092 0.149 0.190 0.057 0.026 26 N 0.013 0.006 0.180 0.164 0.018 0.019 0.007 0.022 0.062 0.341 0.113 0.017 0.038 27 I 0.024 0.014 0.408 0.016 0.017 0.016 0.033 0.080 0.196 0.071 0.018 0.030 0.077 28 T 0.046 0.025 0.078 0.003 0.008 0.016 0.083 0.320 0.310 0.010 0.013 0.057 0.031 29 L 0.063 0.023 0.092 0.005 0.010 0.020 0.120 0.335 0.213 0.009 0.017 0.027 0.065 30 E 0.038 0.017 0.203 0.038 0.012 0.017 0.044 0.234 0.139 0.074 0.102 0.033 0.051 31 D 0.005 0.013 0.336 0.024 0.006 0.005 0.003 0.005 0.026 0.459 0.061 0.030 0.028 32 D 0.001 0.008 0.313 0.006 0.009 0.005 0.001 0.001 0.005 0.589 0.043 0.007 0.013 33 Q 0.001 0.010 0.134 0.013 0.074 0.015 0.001 0.001 0.001 0.235 0.504 0.005 0.008 34 G 0.009 0.022 0.199 0.005 0.120 0.023 0.001 0.001 0.003 0.167 0.401 0.027 0.022 35 S 0.028 0.026 0.431 0.009 0.064 0.020 0.006 0.001 0.007 0.182 0.090 0.014 0.122 36 H 0.171 0.026 0.226 0.058 0.047 0.019 0.041 0.003 0.014 0.107 0.075 0.144 0.069 37 F 0.324 0.007 0.133 0.006 0.020 0.009 0.026 0.004 0.015 0.024 0.018 0.096 0.318 38 R 0.619 0.001 0.029 0.124 0.008 0.004 0.020 0.002 0.005 0.015 0.005 0.082 0.086 39 L 0.754 0.001 0.004 0.009 0.001 0.003 0.035 0.006 0.005 0.003 0.001 0.117 0.061 40 V 0.809 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.070 0.013 0.006 0.001 0.001 0.019 0.073 41 V 0.806 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.090 0.008 0.005 0.001 0.001 0.044 0.039 42 R 0.604 0.004 0.024 0.019 0.001 0.001 0.058 0.004 0.012 0.003 0.002 0.095 0.172 43 D 0.050 0.002 0.492 0.018 0.003 0.003 0.004 0.001 0.012 0.063 0.069 0.039 0.243 44 T 0.007 0.004 0.104 0.006 0.014 0.007 0.001 0.001 0.002 0.231 0.552 0.045 0.028 45 E 0.001 0.002 0.026 0.003 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.137 0.806 0.004 0.004 46 G 0.002 0.003 0.210 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.501 0.244 0.013 0.010 47 R 0.058 0.015 0.483 0.004 0.006 0.008 0.009 0.001 0.003 0.079 0.045 0.122 0.167 48 M 0.209 0.021 0.041 0.003 0.001 0.002 0.034 0.001 0.002 0.014 0.002 0.038 0.631 49 V 0.413 0.002 0.027 0.181 0.001 0.003 0.061 0.003 0.003 0.003 0.001 0.258 0.042 50 W 0.620 0.002 0.015 0.001 0.001 0.003 0.071 0.004 0.007 0.001 0.001 0.092 0.181 51 R 0.649 0.002 0.019 0.013 0.002 0.005 0.069 0.003 0.009 0.004 0.002 0.086 0.137 52 A 0.415 0.004 0.069 0.031 0.010 0.012 0.052 0.004 0.015 0.018 0.009 0.210 0.151 53 W 0.072 0.012 0.256 0.023 0.032 0.023 0.014 0.004 0.018 0.141 0.168 0.068 0.169 54 N 0.012 0.013 0.351 0.013 0.017 0.011 0.004 0.001 0.010 0.293 0.214 0.022 0.039 55 F 0.007 0.041 0.360 0.005 0.029 0.027 0.002 0.001 0.006 0.328 0.144 0.024 0.027 56 E 0.001 0.020 0.508 0.001 0.036 0.072 0.001 0.001 0.004 0.254 0.084 0.010 0.008 57 P 0.001 0.010 0.169 0.001 0.104 0.166 0.001 0.001 0.002 0.105 0.431 0.002 0.008 58 D 0.001 0.017 0.206 0.001 0.107 0.158 0.001 0.001 0.001 0.146 0.357 0.002 0.004 59 A 0.001 0.020 0.144 0.001 0.129 0.327 0.001 0.001 0.002 0.100 0.270 0.002 0.004 60 G 0.001 0.006 0.120 0.001 0.100 0.510 0.001 0.001 0.001 0.064 0.194 0.002 0.003 61 E 0.001 0.002 0.046 0.001 0.095 0.668 0.001 0.001 0.001 0.036 0.147 0.002 0.002 62 G 0.002 0.011 0.057 0.001 0.078 0.709 0.001 0.001 0.003 0.028 0.101 0.003 0.008 63 L 0.002 0.011 0.056 0.001 0.033 0.795 0.001 0.001 0.006 0.024 0.062 0.003 0.005 64 N 0.004 0.005 0.053 0.004 0.027 0.817 0.001 0.001 0.004 0.030 0.042 0.004 0.009 65 R 0.002 0.001 0.016 0.001 0.014 0.911 0.001 0.001 0.001 0.014 0.031 0.004 0.003 66 Y 0.002 0.002 0.021 0.001 0.018 0.913 0.001 0.001 0.003 0.009 0.022 0.002 0.006 67 I 0.003 0.004 0.023 0.001 0.019 0.908 0.001 0.002 0.004 0.008 0.017 0.003 0.006 68 R 0.003 0.004 0.035 0.003 0.021 0.868 0.001 0.002 0.003 0.015 0.036 0.004 0.004 69 T 0.003 0.003 0.050 0.002 0.039 0.755 0.001 0.001 0.003 0.027 0.107 0.004 0.006 70 S 0.001 0.003 0.043 0.001 0.028 0.433 0.001 0.001 0.002 0.039 0.445 0.001 0.002 71 G 0.001 0.009 0.160 0.002 0.032 0.171 0.001 0.001 0.003 0.086 0.523 0.007 0.005 72 I 0.006 0.056 0.480 0.003 0.037 0.127 0.002 0.002 0.012 0.110 0.089 0.017 0.059 73 R 0.009 0.034 0.397 0.008 0.044 0.127 0.003 0.002 0.015 0.131 0.124 0.066 0.040 74 T 0.010 0.015 0.274 0.012 0.101 0.141 0.003 0.001 0.009 0.178 0.167 0.018 0.072 75 D 0.004 0.008 0.355 0.010 0.079 0.094 0.001 0.001 0.006 0.220 0.168 0.033 0.022 76 T 0.004 0.018 0.478 0.011 0.088 0.076 0.002 0.001 0.006 0.129 0.115 0.014 0.060 77 A 0.003 0.027 0.616 0.004 0.020 0.046 0.001 0.001 0.007 0.136 0.060 0.047 0.034 78 T 0.001 0.020 0.812 0.003 0.007 0.021 0.001 0.001 0.004 0.060 0.026 0.010 0.036 79 R 0.001 0.008 0.890 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.002 0.057 0.009 0.009 0.008