# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.10017 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.164 0.084 0.053 0.100 0.081 0.088 0.110 0.092 0.091 0.075 0.062 2 T 0.153 0.171 0.069 0.140 0.107 0.086 0.093 0.065 0.055 0.037 0.022 3 Q 0.292 0.167 0.098 0.164 0.112 0.070 0.047 0.024 0.016 0.007 0.003 4 S 0.119 0.068 0.036 0.094 0.103 0.102 0.153 0.117 0.097 0.068 0.043 5 V 0.057 0.064 0.052 0.116 0.127 0.119 0.151 0.112 0.101 0.066 0.036 6 L 0.057 0.086 0.042 0.153 0.172 0.139 0.156 0.085 0.061 0.031 0.017 7 L 0.013 0.012 0.011 0.025 0.035 0.053 0.129 0.175 0.212 0.191 0.145 8 P 0.175 0.138 0.059 0.140 0.142 0.104 0.118 0.060 0.037 0.018 0.010 9 P 0.470 0.188 0.063 0.144 0.063 0.032 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 10 G 0.194 0.129 0.030 0.095 0.089 0.100 0.132 0.085 0.068 0.050 0.027 11 P 0.375 0.196 0.093 0.147 0.077 0.047 0.035 0.015 0.009 0.004 0.003 12 F 0.029 0.024 0.013 0.030 0.050 0.079 0.160 0.151 0.183 0.166 0.115 13 T 0.051 0.319 0.165 0.219 0.101 0.059 0.047 0.020 0.011 0.005 0.003 14 R 0.272 0.099 0.070 0.209 0.180 0.092 0.051 0.016 0.008 0.003 0.001 15 R 0.501 0.140 0.178 0.099 0.041 0.021 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 16 Q 0.006 0.017 0.075 0.136 0.122 0.182 0.254 0.109 0.062 0.028 0.009 17 A 0.031 0.021 0.146 0.069 0.073 0.103 0.216 0.145 0.105 0.062 0.028 18 Q 0.021 0.040 0.571 0.220 0.088 0.039 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 19 A 0.007 0.027 0.319 0.117 0.124 0.119 0.126 0.060 0.052 0.034 0.015 20 V 0.006 0.008 0.042 0.029 0.028 0.040 0.121 0.130 0.189 0.211 0.198 21 T 0.024 0.046 0.193 0.160 0.162 0.156 0.152 0.057 0.030 0.014 0.007 22 T 0.029 0.052 0.316 0.124 0.097 0.080 0.097 0.068 0.060 0.047 0.030 23 T 0.068 0.106 0.146 0.176 0.155 0.116 0.125 0.048 0.033 0.017 0.010 24 Y 0.013 0.011 0.027 0.023 0.023 0.030 0.089 0.108 0.200 0.222 0.254 25 S 0.090 0.101 0.151 0.219 0.171 0.118 0.089 0.032 0.018 0.008 0.004 26 N 0.052 0.106 0.101 0.213 0.160 0.134 0.126 0.054 0.032 0.016 0.007 27 I 0.007 0.006 0.007 0.011 0.013 0.023 0.072 0.119 0.222 0.252 0.267 28 T 0.053 0.133 0.093 0.229 0.183 0.128 0.101 0.036 0.023 0.012 0.009 29 L 0.016 0.020 0.015 0.034 0.040 0.046 0.110 0.145 0.209 0.206 0.159 30 E 0.148 0.156 0.071 0.194 0.160 0.107 0.083 0.036 0.024 0.012 0.009 31 D 0.134 0.109 0.049 0.140 0.121 0.097 0.127 0.083 0.067 0.043 0.030 32 D 0.099 0.123 0.045 0.160 0.159 0.138 0.124 0.066 0.042 0.027 0.016 33 Q 0.270 0.278 0.079 0.177 0.087 0.048 0.032 0.012 0.008 0.005 0.003 34 G 0.259 0.081 0.029 0.092 0.085 0.090 0.120 0.077 0.073 0.056 0.037 35 S 0.171 0.141 0.052 0.160 0.118 0.103 0.120 0.056 0.042 0.023 0.014 36 H 0.013 0.025 0.028 0.100 0.102 0.128 0.222 0.147 0.118 0.074 0.041 37 F 0.005 0.007 0.011 0.028 0.035 0.057 0.143 0.167 0.200 0.194 0.152 38 R 0.005 0.016 0.033 0.162 0.183 0.184 0.167 0.111 0.074 0.046 0.020 39 L 0.003 0.010 0.020 0.054 0.075 0.115 0.194 0.183 0.177 0.121 0.048 40 V 0.002 0.005 0.013 0.027 0.038 0.051 0.146 0.184 0.229 0.187 0.117 41 V 0.002 0.005 0.012 0.029 0.039 0.047 0.154 0.187 0.225 0.194 0.106 42 R 0.003 0.018 0.031 0.119 0.165 0.158 0.210 0.139 0.093 0.044 0.019 43 D 0.088 0.144 0.126 0.232 0.162 0.111 0.083 0.032 0.015 0.005 0.002 44 T 0.397 0.170 0.074 0.160 0.080 0.053 0.040 0.015 0.007 0.003 0.001 45 E 0.415 0.237 0.054 0.113 0.063 0.039 0.037 0.018 0.012 0.007 0.003 46 G 0.134 0.111 0.039 0.101 0.089 0.113 0.154 0.106 0.079 0.048 0.026 47 R 0.038 0.100 0.048 0.205 0.206 0.176 0.131 0.050 0.028 0.013 0.006 48 M 0.037 0.038 0.053 0.099 0.098 0.119 0.185 0.137 0.121 0.075 0.039 49 V 0.020 0.024 0.035 0.161 0.193 0.161 0.162 0.101 0.074 0.045 0.025 50 W 0.009 0.008 0.028 0.026 0.025 0.035 0.102 0.153 0.228 0.224 0.162 51 R 0.003 0.006 0.026 0.086 0.124 0.152 0.206 0.166 0.125 0.072 0.035 52 A 0.007 0.015 0.090 0.047 0.047 0.072 0.181 0.165 0.169 0.130 0.077 53 W 0.007 0.010 0.029 0.061 0.075 0.107 0.207 0.172 0.161 0.112 0.058 54 N 0.006 0.008 0.012 0.017 0.019 0.033 0.099 0.152 0.224 0.245 0.185 55 F 0.016 0.034 0.037 0.072 0.074 0.085 0.140 0.147 0.161 0.136 0.098 56 E 0.029 0.032 0.034 0.062 0.066 0.089 0.179 0.165 0.155 0.108 0.079 57 P 0.120 0.082 0.050 0.128 0.121 0.122 0.134 0.089 0.074 0.050 0.031 58 D 0.192 0.178 0.079 0.175 0.135 0.089 0.073 0.034 0.024 0.013 0.007 59 A 0.019 0.024 0.012 0.031 0.032 0.043 0.099 0.118 0.187 0.220 0.216 60 G 0.107 0.156 0.061 0.158 0.173 0.144 0.114 0.043 0.026 0.012 0.007 61 E 0.229 0.183 0.105 0.219 0.119 0.070 0.043 0.016 0.009 0.004 0.002 62 G 0.032 0.036 0.026 0.111 0.147 0.195 0.223 0.098 0.065 0.040 0.027 63 L 0.003 0.004 0.006 0.013 0.013 0.017 0.061 0.114 0.222 0.268 0.280 64 N 0.001 0.004 0.013 0.040 0.083 0.148 0.232 0.170 0.144 0.099 0.064 65 R 0.019 0.054 0.378 0.207 0.123 0.087 0.063 0.029 0.021 0.011 0.008 66 Y 0.002 0.005 0.011 0.034 0.066 0.125 0.315 0.200 0.123 0.080 0.039 67 I 0.003 0.003 0.006 0.010 0.010 0.014 0.057 0.105 0.208 0.295 0.290 68 R 0.014 0.031 0.080 0.171 0.223 0.199 0.158 0.063 0.037 0.015 0.008 69 T 0.107 0.129 0.320 0.215 0.098 0.065 0.041 0.014 0.007 0.003 0.001 70 S 0.113 0.102 0.058 0.117 0.122 0.130 0.179 0.088 0.050 0.031 0.011 71 G 0.417 0.184 0.046 0.086 0.061 0.049 0.058 0.032 0.030 0.021 0.016 72 I 0.046 0.042 0.022 0.043 0.052 0.055 0.104 0.115 0.171 0.178 0.170 73 R 0.112 0.190 0.109 0.179 0.133 0.100 0.092 0.039 0.026 0.013 0.008 74 T 0.249 0.151 0.085 0.180 0.130 0.079 0.062 0.032 0.018 0.009 0.004 75 D 0.351 0.182 0.080 0.130 0.090 0.065 0.048 0.024 0.015 0.009 0.005 76 T 0.244 0.164 0.119 0.169 0.105 0.071 0.058 0.029 0.022 0.013 0.007 77 A 0.198 0.075 0.051 0.072 0.066 0.079 0.140 0.103 0.092 0.077 0.046 78 T 0.278 0.230 0.126 0.151 0.083 0.046 0.040 0.019 0.014 0.008 0.005 79 R 0.326 0.164 0.072 0.123 0.090 0.060 0.059 0.038 0.032 0.022 0.014