# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.10017 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.013 0.103 0.708 2 T 0.056 0.039 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.012 0.099 0.711 3 Q 0.046 0.029 0.006 0.002 0.005 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.012 0.085 0.704 4 S 0.068 0.023 0.010 0.002 0.006 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.015 0.144 0.593 5 V 0.122 0.030 0.005 0.002 0.011 0.006 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.266 0.011 0.088 0.432 6 L 0.066 0.047 0.003 0.001 0.002 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.252 0.012 0.084 0.506 7 L 0.089 0.037 0.010 0.003 0.003 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.003 0.004 0.343 0.010 0.056 0.418 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 10 G 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.002 0.109 0.728 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 F 0.051 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.003 0.088 0.741 13 T 0.085 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.005 0.145 0.670 14 R 0.032 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.006 0.058 0.658 15 R 0.030 0.103 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.010 0.265 0.538 16 Q 0.061 0.186 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.010 0.338 0.356 17 A 0.029 0.691 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.009 0.016 0.207 18 Q 0.021 0.660 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.007 0.025 0.147 19 A 0.022 0.682 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.006 0.020 0.163 20 V 0.023 0.679 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.167 0.007 0.008 0.099 21 T 0.015 0.687 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.155 0.005 0.008 0.116 22 T 0.025 0.604 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.134 0.013 0.018 0.172 23 T 0.060 0.274 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.363 0.031 0.035 0.217 24 Y 0.107 0.217 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.030 0.056 0.350 25 S 0.068 0.107 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.439 0.036 0.044 0.273 26 N 0.056 0.025 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.031 0.091 0.433 27 I 0.138 0.012 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.443 0.013 0.040 0.312 28 T 0.008 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.015 0.008 0.601 0.002 0.061 0.258 29 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 0.073 0.187 0.124 0.031 0.275 0.003 0.031 0.243 30 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.009 0.024 0.010 0.007 0.004 0.606 0.003 0.059 0.247 31 D 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.181 0.062 0.013 0.019 0.005 0.003 0.001 0.136 0.006 0.048 0.403 32 D 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.144 0.006 0.186 0.615 33 Q 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.008 0.396 0.530 34 G 0.171 0.016 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.077 0.219 0.441 35 S 0.122 0.043 0.011 0.005 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.015 0.291 0.434 36 H 0.032 0.047 0.012 0.004 0.135 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.008 0.120 0.404 37 F 0.025 0.031 0.004 0.002 0.017 0.257 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.344 0.005 0.072 0.224 38 R 0.013 0.026 0.001 0.001 0.023 0.017 0.116 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.532 0.004 0.064 0.176 39 L 0.017 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.744 0.003 0.027 0.143 40 V 0.013 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.025 0.018 0.726 0.003 0.025 0.112 41 V 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.142 0.533 0.150 0.020 0.108 0.001 0.003 0.027 42 R 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.031 0.010 0.038 0.006 0.001 0.001 0.675 0.003 0.016 0.177 43 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.842 0.041 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 0.023 44 T 0.019 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.016 0.165 0.560 45 E 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.644 0.319 46 G 0.271 0.020 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.423 0.098 0.154 47 R 0.111 0.028 0.037 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.033 0.428 0.268 48 M 0.005 0.004 0.045 0.006 0.073 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.281 0.002 0.094 0.477 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.885 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.009 0.029 50 W 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.079 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.617 0.001 0.031 0.231 51 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.840 0.003 0.025 0.109 52 A 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.008 0.629 0.007 0.051 0.270 53 W 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.014 0.026 0.622 0.008 0.045 0.246 54 N 0.016 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.022 0.181 0.032 0.380 0.012 0.058 0.266 55 F 0.116 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.002 0.023 0.006 0.006 0.230 0.021 0.068 0.487 56 E 0.031 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.105 0.011 0.029 0.009 0.009 0.003 0.140 0.007 0.245 0.357 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 58 D 0.035 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.008 0.217 0.634 59 A 0.419 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.049 0.447 60 G 0.059 0.177 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.011 0.179 0.541 61 E 0.159 0.074 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.016 0.164 0.533 62 G 0.082 0.328 0.002 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.010 0.093 0.412 63 L 0.080 0.471 0.016 0.001 0.012 0.014 0.056 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.007 0.034 0.208 64 N 0.029 0.697 0.006 0.001 0.006 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.004 0.017 0.117 65 R 0.031 0.764 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.006 0.013 0.127 66 Y 0.021 0.818 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.024 0.007 0.021 0.102 67 I 0.023 0.841 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.017 0.077 68 R 0.015 0.835 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.007 0.012 0.087 69 T 0.030 0.777 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.009 0.142 70 S 0.097 0.534 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.066 0.014 0.252 71 G 0.284 0.137 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.067 0.051 0.358 72 I 0.035 0.042 0.293 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.005 0.160 0.377 73 R 0.031 0.035 0.002 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.246 0.005 0.100 0.553 74 T 0.039 0.037 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.006 0.079 0.728 75 D 0.041 0.048 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.230 0.009 0.067 0.580 76 T 0.059 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.097 0.015 0.132 0.649 77 A 0.089 0.063 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.150 0.017 0.218 0.443 78 T 0.032 0.071 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.107 0.014 0.156 0.601 79 R 0.038 0.084 0.006 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.141 0.013 0.077 0.614