# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.10017 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.018 0.008 0.017 0.019 0.026 0.043 0.003 0.001 0.003 0.796 2 T 0.028 0.010 0.004 0.021 0.025 0.039 0.116 0.001 0.001 0.004 0.751 3 Q 0.076 0.010 0.003 0.024 0.024 0.028 0.152 0.001 0.001 0.008 0.674 4 S 0.118 0.026 0.003 0.035 0.026 0.037 0.181 0.001 0.001 0.008 0.564 5 V 0.164 0.035 0.003 0.075 0.068 0.080 0.199 0.003 0.001 0.011 0.362 6 L 0.192 0.038 0.007 0.044 0.026 0.048 0.113 0.002 0.001 0.008 0.521 7 L 0.082 0.023 0.013 0.103 0.064 0.135 0.077 0.004 0.001 0.006 0.493 8 P 0.009 0.001 0.002 0.016 0.009 0.016 0.021 0.001 0.001 0.001 0.924 9 P 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.975 10 G 0.029 0.001 0.001 0.059 0.010 0.036 0.174 0.001 0.001 0.003 0.687 11 P 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.969 12 F 0.045 0.009 0.001 0.086 0.014 0.027 0.229 0.001 0.001 0.003 0.586 13 T 0.110 0.044 0.001 0.049 0.010 0.019 0.221 0.001 0.001 0.004 0.543 14 R 0.062 0.278 0.001 0.046 0.012 0.013 0.072 0.001 0.001 0.002 0.514 15 R 0.074 0.424 0.003 0.005 0.004 0.012 0.088 0.001 0.001 0.005 0.384 16 Q 0.064 0.626 0.003 0.010 0.014 0.034 0.065 0.007 0.001 0.005 0.173 17 A 0.042 0.851 0.003 0.005 0.004 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.072 18 Q 0.012 0.887 0.001 0.003 0.006 0.008 0.002 0.009 0.001 0.001 0.072 19 A 0.027 0.915 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.042 20 V 0.012 0.940 0.002 0.003 0.005 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 0.022 21 T 0.017 0.906 0.003 0.004 0.012 0.023 0.004 0.007 0.001 0.001 0.023 22 T 0.031 0.844 0.006 0.007 0.022 0.032 0.006 0.011 0.001 0.001 0.039 23 T 0.074 0.710 0.009 0.016 0.035 0.049 0.011 0.032 0.001 0.002 0.062 24 Y 0.084 0.405 0.075 0.035 0.058 0.076 0.028 0.040 0.001 0.005 0.192 25 S 0.065 0.147 0.050 0.098 0.122 0.168 0.068 0.036 0.001 0.011 0.234 26 N 0.144 0.043 0.067 0.083 0.086 0.133 0.093 0.025 0.001 0.016 0.310 27 I 0.078 0.025 0.056 0.153 0.212 0.169 0.052 0.006 0.001 0.006 0.244 28 T 0.013 0.008 0.012 0.164 0.199 0.246 0.083 0.001 0.001 0.003 0.269 29 L 0.009 0.003 0.003 0.092 0.311 0.331 0.043 0.001 0.001 0.002 0.204 30 E 0.007 0.003 0.001 0.098 0.181 0.319 0.069 0.001 0.001 0.003 0.319 31 D 0.014 0.003 0.001 0.052 0.138 0.237 0.239 0.001 0.001 0.010 0.304 32 D 0.065 0.005 0.002 0.030 0.036 0.041 0.293 0.001 0.001 0.035 0.492 33 Q 0.063 0.007 0.002 0.012 0.015 0.017 0.428 0.001 0.001 0.034 0.420 34 G 0.228 0.013 0.005 0.015 0.017 0.019 0.328 0.001 0.001 0.076 0.299 35 S 0.180 0.034 0.014 0.017 0.047 0.046 0.307 0.001 0.001 0.029 0.325 36 H 0.023 0.027 0.008 0.019 0.112 0.188 0.152 0.001 0.001 0.007 0.463 37 F 0.009 0.012 0.001 0.023 0.220 0.584 0.033 0.001 0.001 0.003 0.113 38 R 0.006 0.014 0.001 0.029 0.230 0.604 0.019 0.001 0.001 0.002 0.095 39 L 0.005 0.011 0.001 0.041 0.392 0.470 0.009 0.001 0.001 0.001 0.070 40 V 0.008 0.016 0.002 0.092 0.309 0.450 0.016 0.001 0.001 0.001 0.104 41 V 0.004 0.007 0.001 0.079 0.357 0.481 0.010 0.001 0.001 0.001 0.058 42 R 0.005 0.006 0.001 0.092 0.266 0.497 0.024 0.002 0.001 0.002 0.105 43 D 0.014 0.008 0.002 0.068 0.313 0.386 0.066 0.003 0.001 0.004 0.137 44 T 0.011 0.006 0.002 0.027 0.078 0.096 0.129 0.001 0.001 0.006 0.644 45 E 0.019 0.003 0.001 0.009 0.016 0.029 0.368 0.001 0.001 0.022 0.533 46 G 0.513 0.005 0.007 0.010 0.012 0.012 0.146 0.002 0.001 0.134 0.158 47 R 0.342 0.026 0.035 0.022 0.033 0.023 0.281 0.001 0.001 0.037 0.199 48 M 0.018 0.013 0.016 0.045 0.152 0.190 0.162 0.001 0.001 0.005 0.398 49 V 0.003 0.006 0.001 0.088 0.245 0.561 0.032 0.001 0.001 0.001 0.063 50 W 0.002 0.006 0.001 0.040 0.257 0.499 0.025 0.001 0.001 0.001 0.169 51 R 0.002 0.007 0.001 0.039 0.336 0.536 0.016 0.001 0.001 0.001 0.063 52 A 0.010 0.013 0.001 0.066 0.207 0.402 0.042 0.001 0.001 0.003 0.256 53 W 0.023 0.014 0.002 0.127 0.201 0.336 0.085 0.003 0.001 0.008 0.201 54 N 0.050 0.009 0.004 0.071 0.093 0.139 0.142 0.007 0.001 0.013 0.471 55 F 0.105 0.017 0.053 0.088 0.061 0.107 0.118 0.005 0.001 0.015 0.429 56 E 0.038 0.007 0.007 0.067 0.094 0.114 0.208 0.002 0.001 0.005 0.458 57 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.987 58 D 0.007 0.001 0.001 0.023 0.024 0.044 0.216 0.001 0.001 0.002 0.682 59 A 0.283 0.008 0.001 0.012 0.006 0.015 0.089 0.001 0.001 0.022 0.563 60 G 0.160 0.067 0.001 0.021 0.016 0.026 0.177 0.002 0.001 0.011 0.518 61 E 0.206 0.043 0.005 0.014 0.006 0.011 0.135 0.001 0.001 0.010 0.569 62 G 0.175 0.128 0.004 0.025 0.017 0.021 0.148 0.004 0.001 0.008 0.470 63 L 0.078 0.295 0.018 0.025 0.034 0.070 0.127 0.003 0.001 0.010 0.339 64 N 0.026 0.375 0.003 0.024 0.059 0.096 0.090 0.007 0.001 0.004 0.315 65 R 0.099 0.430 0.003 0.010 0.022 0.029 0.052 0.007 0.001 0.007 0.340 66 Y 0.130 0.519 0.010 0.007 0.019 0.028 0.075 0.008 0.001 0.006 0.199 67 I 0.054 0.521 0.013 0.035 0.057 0.109 0.053 0.013 0.001 0.005 0.139 68 R 0.037 0.594 0.007 0.043 0.053 0.093 0.026 0.016 0.001 0.003 0.129 69 T 0.135 0.550 0.006 0.009 0.012 0.028 0.017 0.023 0.001 0.002 0.218 70 S 0.219 0.402 0.011 0.013 0.022 0.021 0.023 0.050 0.001 0.003 0.236 71 G 0.291 0.156 0.038 0.016 0.022 0.023 0.096 0.031 0.001 0.014 0.313 72 I 0.081 0.116 0.201 0.030 0.047 0.068 0.099 0.006 0.001 0.006 0.344 73 R 0.030 0.086 0.007 0.083 0.099 0.178 0.093 0.006 0.001 0.003 0.417 74 T 0.077 0.059 0.005 0.032 0.042 0.075 0.066 0.003 0.001 0.005 0.635 75 D 0.107 0.081 0.005 0.031 0.042 0.058 0.082 0.005 0.001 0.005 0.583 76 T 0.114 0.052 0.007 0.026 0.034 0.048 0.156 0.006 0.001 0.013 0.545 77 A 0.147 0.059 0.012 0.036 0.045 0.068 0.198 0.005 0.001 0.020 0.410 78 T 0.104 0.073 0.011 0.035 0.058 0.082 0.189 0.004 0.001 0.011 0.431 79 R 0.058 0.071 0.009 0.029 0.042 0.063 0.087 0.002 0.001 0.006 0.632