# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.10017 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 2 T 0.095 0.021 0.012 0.021 0.009 0.022 0.821 3 Q 0.221 0.012 0.050 0.040 0.178 0.078 0.421 4 S 0.405 0.011 0.068 0.024 0.089 0.063 0.340 5 V 0.595 0.026 0.023 0.026 0.050 0.029 0.252 6 L 0.599 0.069 0.007 0.013 0.060 0.019 0.234 7 L 0.206 0.027 0.004 0.005 0.131 0.014 0.614 8 P 0.071 0.019 0.004 0.003 0.163 0.070 0.671 9 P 0.036 0.010 0.014 0.010 0.430 0.182 0.318 10 G 0.041 0.007 0.017 0.020 0.513 0.113 0.289 11 P 0.060 0.014 0.023 0.071 0.160 0.086 0.586 12 F 0.134 0.056 0.011 0.107 0.108 0.032 0.551 13 T 0.192 0.030 0.008 0.166 0.089 0.020 0.494 14 R 0.027 0.002 0.016 0.868 0.027 0.033 0.026 15 R 0.032 0.001 0.014 0.883 0.014 0.035 0.021 16 Q 0.071 0.003 0.024 0.806 0.011 0.025 0.059 17 A 0.138 0.003 0.013 0.757 0.014 0.014 0.061 18 Q 0.280 0.003 0.011 0.625 0.031 0.017 0.034 19 A 0.437 0.004 0.007 0.479 0.024 0.027 0.022 20 V 0.531 0.007 0.003 0.390 0.018 0.024 0.028 21 T 0.643 0.006 0.004 0.256 0.027 0.026 0.038 22 T 0.643 0.004 0.008 0.188 0.032 0.039 0.085 23 T 0.607 0.010 0.016 0.131 0.054 0.076 0.105 24 Y 0.620 0.010 0.024 0.078 0.051 0.047 0.170 25 S 0.603 0.006 0.020 0.025 0.099 0.104 0.145 26 N 0.521 0.009 0.025 0.012 0.097 0.113 0.223 27 I 0.570 0.011 0.008 0.006 0.040 0.026 0.339 28 T 0.663 0.028 0.009 0.004 0.024 0.023 0.250 29 L 0.653 0.023 0.013 0.006 0.036 0.019 0.250 30 E 0.475 0.024 0.017 0.009 0.106 0.045 0.324 31 D 0.222 0.030 0.014 0.008 0.265 0.042 0.419 32 D 0.077 0.016 0.022 0.008 0.276 0.152 0.449 33 Q 0.032 0.010 0.038 0.013 0.224 0.520 0.163 34 G 0.050 0.012 0.046 0.013 0.325 0.328 0.226 35 S 0.172 0.023 0.036 0.013 0.230 0.102 0.425 36 H 0.482 0.048 0.013 0.005 0.126 0.041 0.284 37 F 0.809 0.010 0.005 0.002 0.028 0.007 0.141 38 R 0.920 0.002 0.002 0.004 0.021 0.003 0.049 39 L 0.973 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.015 40 V 0.981 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 41 V 0.979 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 42 R 0.931 0.008 0.001 0.004 0.009 0.005 0.042 43 D 0.415 0.008 0.002 0.003 0.062 0.015 0.495 44 T 0.051 0.002 0.029 0.007 0.208 0.631 0.072 45 E 0.009 0.002 0.021 0.003 0.114 0.825 0.027 46 G 0.052 0.004 0.023 0.003 0.398 0.330 0.189 47 R 0.249 0.016 0.004 0.004 0.123 0.026 0.577 48 M 0.869 0.016 0.001 0.002 0.015 0.003 0.094 49 V 0.953 0.006 0.001 0.003 0.004 0.001 0.032 50 W 0.954 0.003 0.002 0.006 0.005 0.002 0.029 51 R 0.895 0.003 0.004 0.008 0.017 0.004 0.070 52 A 0.762 0.010 0.006 0.010 0.019 0.012 0.182 53 W 0.349 0.011 0.016 0.014 0.103 0.069 0.438 54 N 0.181 0.029 0.014 0.014 0.181 0.161 0.421 55 F 0.082 0.030 0.010 0.011 0.425 0.104 0.338 56 E 0.037 0.017 0.004 0.004 0.235 0.020 0.683 57 P 0.020 0.017 0.021 0.022 0.262 0.304 0.354 58 D 0.009 0.019 0.021 0.035 0.190 0.236 0.490 59 A 0.006 0.016 0.057 0.297 0.156 0.270 0.198 60 G 0.008 0.010 0.037 0.413 0.099 0.222 0.211 61 E 0.013 0.006 0.050 0.628 0.098 0.087 0.118 62 G 0.019 0.011 0.037 0.764 0.028 0.056 0.086 63 L 0.018 0.006 0.038 0.821 0.012 0.048 0.059 64 N 0.011 0.001 0.025 0.875 0.012 0.023 0.053 65 R 0.006 0.001 0.016 0.946 0.006 0.014 0.011 66 Y 0.009 0.001 0.019 0.941 0.004 0.016 0.010 67 I 0.019 0.005 0.018 0.923 0.006 0.021 0.009 68 R 0.022 0.003 0.027 0.843 0.013 0.075 0.017 69 T 0.014 0.002 0.021 0.749 0.025 0.176 0.013 70 S 0.007 0.002 0.016 0.372 0.036 0.538 0.030 71 G 0.020 0.007 0.015 0.114 0.148 0.532 0.163 72 I 0.106 0.034 0.018 0.052 0.111 0.092 0.587 73 R 0.214 0.049 0.024 0.047 0.074 0.060 0.533 74 T 0.158 0.013 0.068 0.124 0.145 0.087 0.404 75 D 0.110 0.005 0.083 0.099 0.219 0.138 0.346 76 T 0.158 0.015 0.109 0.111 0.190 0.136 0.281 77 A 0.176 0.036 0.054 0.080 0.155 0.107 0.392 78 T 0.066 0.013 0.011 0.019 0.016 0.038 0.837 79 R 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.986