# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.10017 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.245 0.178 0.264 0.120 0.056 0.040 0.044 0.013 0.031 0.008 0.001 2 T 0.290 0.191 0.294 0.097 0.052 0.032 0.014 0.006 0.017 0.007 0.001 3 Q 0.347 0.166 0.199 0.146 0.060 0.023 0.027 0.009 0.016 0.006 0.001 4 S 0.281 0.228 0.228 0.146 0.050 0.026 0.013 0.006 0.019 0.002 0.001 5 V 0.165 0.482 0.174 0.078 0.056 0.017 0.006 0.002 0.018 0.002 0.001 6 L 0.100 0.222 0.447 0.066 0.017 0.077 0.028 0.002 0.036 0.002 0.003 7 L 0.014 0.292 0.477 0.001 0.014 0.015 0.006 0.001 0.179 0.001 0.001 8 P 0.024 0.002 0.882 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 9 P 0.131 0.006 0.680 0.030 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 10 G 0.056 0.099 0.267 0.003 0.305 0.002 0.016 0.043 0.018 0.190 0.001 11 P 0.316 0.019 0.400 0.093 0.004 0.049 0.003 0.001 0.002 0.001 0.113 12 F 0.080 0.417 0.224 0.089 0.114 0.035 0.013 0.006 0.019 0.002 0.001 13 T 0.074 0.418 0.323 0.025 0.082 0.048 0.002 0.001 0.025 0.003 0.001 14 R 0.884 0.036 0.031 0.025 0.008 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 15 R 0.887 0.022 0.033 0.036 0.004 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 16 Q 0.868 0.017 0.019 0.079 0.002 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 17 A 0.814 0.047 0.086 0.020 0.010 0.008 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 18 Q 0.914 0.021 0.025 0.027 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.826 0.076 0.035 0.032 0.022 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 20 V 0.645 0.215 0.029 0.068 0.018 0.009 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 21 T 0.420 0.319 0.120 0.051 0.035 0.027 0.007 0.002 0.019 0.001 0.001 22 T 0.368 0.296 0.086 0.085 0.123 0.018 0.007 0.003 0.012 0.002 0.001 23 T 0.207 0.433 0.111 0.099 0.102 0.022 0.006 0.004 0.015 0.002 0.001 24 Y 0.079 0.515 0.186 0.045 0.078 0.036 0.011 0.002 0.046 0.002 0.001 25 S 0.196 0.434 0.188 0.064 0.080 0.013 0.006 0.002 0.011 0.006 0.001 26 N 0.085 0.215 0.138 0.085 0.094 0.087 0.219 0.008 0.066 0.002 0.001 27 I 0.047 0.681 0.168 0.024 0.031 0.021 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 28 T 0.044 0.616 0.210 0.012 0.038 0.051 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 29 L 0.055 0.645 0.146 0.036 0.034 0.038 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 30 E 0.079 0.489 0.229 0.029 0.072 0.049 0.009 0.002 0.038 0.004 0.001 31 D 0.126 0.166 0.176 0.159 0.072 0.127 0.075 0.004 0.085 0.007 0.001 32 D 0.147 0.104 0.205 0.117 0.084 0.124 0.107 0.012 0.078 0.013 0.009 33 Q 0.327 0.056 0.133 0.393 0.013 0.024 0.030 0.006 0.012 0.002 0.005 34 G 0.075 0.020 0.090 0.033 0.111 0.003 0.058 0.377 0.003 0.230 0.001 35 S 0.132 0.185 0.411 0.105 0.092 0.032 0.016 0.007 0.008 0.005 0.005 36 H 0.060 0.532 0.183 0.061 0.094 0.030 0.012 0.003 0.021 0.004 0.001 37 F 0.059 0.623 0.134 0.033 0.121 0.013 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 38 R 0.030 0.706 0.177 0.009 0.035 0.018 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 39 L 0.019 0.468 0.443 0.003 0.016 0.036 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 40 V 0.030 0.716 0.169 0.004 0.013 0.035 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 41 V 0.014 0.724 0.192 0.005 0.013 0.028 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 42 R 0.041 0.413 0.388 0.035 0.026 0.061 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 43 D 0.025 0.143 0.570 0.022 0.087 0.089 0.016 0.003 0.038 0.008 0.001 44 T 0.806 0.024 0.016 0.121 0.009 0.006 0.007 0.004 0.004 0.002 0.001 45 E 0.211 0.030 0.086 0.590 0.010 0.007 0.048 0.004 0.010 0.003 0.001 46 G 0.035 0.008 0.050 0.030 0.065 0.001 0.064 0.621 0.001 0.125 0.001 47 R 0.136 0.323 0.409 0.043 0.034 0.028 0.010 0.001 0.013 0.002 0.001 48 M 0.062 0.348 0.503 0.010 0.015 0.043 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 49 V 0.080 0.736 0.091 0.020 0.034 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 50 W 0.049 0.557 0.289 0.007 0.035 0.045 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 51 R 0.126 0.550 0.152 0.031 0.053 0.044 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 52 A 0.153 0.344 0.248 0.041 0.143 0.024 0.016 0.005 0.022 0.004 0.001 53 W 0.263 0.310 0.159 0.138 0.073 0.017 0.010 0.005 0.017 0.007 0.001 54 N 0.165 0.152 0.147 0.190 0.087 0.072 0.122 0.018 0.037 0.010 0.001 55 F 0.198 0.165 0.200 0.229 0.046 0.053 0.053 0.018 0.025 0.012 0.001 56 E 0.143 0.197 0.400 0.010 0.044 0.020 0.019 0.004 0.141 0.022 0.001 57 P 0.470 0.003 0.420 0.015 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.071 58 D 0.398 0.039 0.135 0.182 0.043 0.042 0.083 0.042 0.026 0.009 0.002 59 A 0.630 0.026 0.133 0.162 0.015 0.008 0.011 0.005 0.003 0.005 0.001 60 G 0.689 0.008 0.041 0.073 0.015 0.003 0.042 0.097 0.002 0.030 0.001 61 E 0.699 0.027 0.134 0.108 0.010 0.011 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 62 G 0.687 0.032 0.107 0.065 0.030 0.007 0.023 0.027 0.007 0.015 0.001 63 L 0.888 0.014 0.028 0.056 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 64 N 0.837 0.027 0.055 0.050 0.005 0.012 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 65 R 0.933 0.012 0.014 0.028 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.924 0.018 0.020 0.027 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 67 I 0.888 0.026 0.039 0.029 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 68 R 0.899 0.029 0.026 0.029 0.005 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 69 T 0.787 0.057 0.030 0.091 0.018 0.005 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 70 S 0.255 0.030 0.038 0.634 0.015 0.002 0.014 0.005 0.006 0.002 0.001 71 G 0.043 0.004 0.034 0.013 0.042 0.002 0.176 0.512 0.003 0.170 0.001 72 I 0.193 0.271 0.406 0.060 0.031 0.029 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 73 R 0.166 0.233 0.342 0.104 0.021 0.093 0.010 0.002 0.026 0.002 0.001 74 T 0.160 0.417 0.174 0.087 0.113 0.017 0.006 0.002 0.020 0.003 0.001 75 D 0.197 0.171 0.307 0.071 0.082 0.074 0.039 0.006 0.049 0.004 0.001 76 T 0.435 0.160 0.146 0.193 0.027 0.018 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 77 A 0.293 0.191 0.289 0.104 0.058 0.026 0.008 0.003 0.022 0.005 0.001 78 T 0.225 0.183 0.354 0.152 0.024 0.033 0.004 0.003 0.018 0.003 0.002 79 R 0.234 0.232 0.247 0.089 0.087 0.021 0.027 0.017 0.023 0.023 0.001