# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.10017 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.123 0.168 0.069 0.025 0.186 0.018 0.033 0.117 0.079 0.120 0.062 2 T 0.095 0.244 0.089 0.019 0.213 0.021 0.037 0.130 0.078 0.044 0.031 3 Q 0.077 0.113 0.044 0.014 0.150 0.018 0.040 0.183 0.165 0.151 0.045 4 S 0.176 0.160 0.040 0.006 0.334 0.006 0.018 0.084 0.065 0.064 0.048 5 V 0.128 0.233 0.042 0.004 0.426 0.006 0.016 0.059 0.032 0.027 0.027 6 L 0.250 0.164 0.057 0.006 0.347 0.005 0.015 0.023 0.015 0.048 0.071 7 L 0.059 0.380 0.277 0.033 0.173 0.008 0.012 0.024 0.008 0.011 0.015 8 P 0.015 0.410 0.386 0.034 0.098 0.013 0.009 0.021 0.007 0.004 0.003 9 P 0.031 0.087 0.063 0.049 0.048 0.051 0.148 0.221 0.171 0.098 0.032 10 G 0.018 0.158 0.300 0.151 0.063 0.054 0.031 0.091 0.053 0.058 0.024 11 P 0.105 0.223 0.059 0.008 0.184 0.012 0.037 0.141 0.091 0.097 0.042 12 F 0.090 0.304 0.116 0.017 0.201 0.010 0.018 0.070 0.045 0.087 0.043 13 T 0.024 0.509 0.235 0.015 0.089 0.007 0.005 0.071 0.019 0.020 0.007 14 R 0.015 0.013 0.006 0.003 0.019 0.006 0.013 0.648 0.245 0.025 0.008 15 R 0.014 0.029 0.010 0.004 0.022 0.006 0.019 0.724 0.122 0.040 0.009 16 Q 0.012 0.011 0.003 0.002 0.017 0.003 0.018 0.713 0.129 0.087 0.005 17 A 0.028 0.027 0.007 0.003 0.050 0.004 0.010 0.746 0.097 0.022 0.007 18 Q 0.018 0.043 0.012 0.004 0.065 0.011 0.041 0.709 0.071 0.018 0.006 19 A 0.051 0.041 0.009 0.003 0.109 0.005 0.029 0.653 0.063 0.028 0.009 20 V 0.114 0.053 0.006 0.004 0.192 0.006 0.017 0.486 0.066 0.030 0.024 21 T 0.119 0.054 0.006 0.007 0.149 0.011 0.043 0.420 0.091 0.058 0.042 22 T 0.106 0.118 0.035 0.011 0.216 0.017 0.046 0.315 0.080 0.034 0.023 23 T 0.095 0.110 0.033 0.016 0.143 0.023 0.095 0.301 0.087 0.067 0.030 24 Y 0.274 0.068 0.034 0.019 0.182 0.012 0.019 0.076 0.070 0.119 0.126 25 S 0.006 0.088 0.032 0.049 0.033 0.215 0.263 0.229 0.066 0.015 0.004 26 N 0.272 0.034 0.011 0.003 0.142 0.002 0.005 0.018 0.033 0.263 0.218 27 I 0.206 0.201 0.030 0.002 0.500 0.002 0.003 0.010 0.011 0.008 0.027 28 T 0.116 0.261 0.037 0.002 0.544 0.001 0.003 0.009 0.005 0.006 0.015 29 L 0.361 0.101 0.014 0.003 0.327 0.004 0.013 0.031 0.021 0.025 0.099 30 E 0.050 0.187 0.065 0.052 0.194 0.090 0.118 0.085 0.059 0.071 0.028 31 D 0.236 0.122 0.094 0.011 0.241 0.005 0.015 0.038 0.042 0.088 0.106 32 D 0.104 0.128 0.077 0.021 0.143 0.019 0.039 0.209 0.143 0.085 0.032 33 Q 0.021 0.174 0.091 0.084 0.049 0.076 0.130 0.135 0.127 0.094 0.018 34 G 0.042 0.041 0.071 0.190 0.036 0.069 0.041 0.061 0.063 0.256 0.129 35 S 0.068 0.108 0.059 0.023 0.132 0.028 0.087 0.193 0.142 0.121 0.038 36 H 0.165 0.167 0.063 0.016 0.291 0.012 0.019 0.065 0.056 0.097 0.048 37 F 0.345 0.115 0.014 0.006 0.401 0.007 0.008 0.023 0.015 0.023 0.042 38 R 0.206 0.088 0.015 0.010 0.598 0.012 0.021 0.019 0.006 0.006 0.018 39 L 0.317 0.057 0.004 0.001 0.597 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.014 40 V 0.267 0.102 0.007 0.002 0.571 0.003 0.004 0.009 0.002 0.005 0.029 41 V 0.236 0.190 0.016 0.001 0.491 0.001 0.002 0.005 0.001 0.009 0.047 42 R 0.066 0.335 0.050 0.008 0.379 0.013 0.014 0.027 0.013 0.062 0.033 43 D 0.070 0.165 0.523 0.020 0.096 0.004 0.010 0.061 0.030 0.009 0.013 44 T 0.003 0.006 0.014 0.012 0.003 0.031 0.108 0.640 0.167 0.014 0.002 45 E 0.001 0.733 0.156 0.047 0.017 0.006 0.025 0.010 0.002 0.003 0.001 46 G 0.034 0.027 0.018 0.013 0.015 0.005 0.002 0.005 0.007 0.430 0.444 47 R 0.057 0.409 0.065 0.004 0.352 0.005 0.016 0.049 0.017 0.016 0.009 48 M 0.519 0.029 0.003 0.001 0.414 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.029 49 V 0.154 0.175 0.034 0.037 0.513 0.028 0.025 0.016 0.004 0.003 0.011 50 W 0.380 0.078 0.009 0.003 0.467 0.003 0.004 0.011 0.002 0.005 0.039 51 R 0.257 0.145 0.019 0.009 0.445 0.014 0.011 0.018 0.004 0.014 0.066 52 A 0.238 0.168 0.040 0.009 0.402 0.007 0.014 0.032 0.008 0.020 0.062 53 W 0.079 0.099 0.035 0.063 0.124 0.129 0.129 0.170 0.076 0.049 0.047 54 N 0.115 0.239 0.100 0.046 0.236 0.016 0.027 0.059 0.036 0.073 0.054 55 F 0.111 0.103 0.047 0.017 0.089 0.017 0.023 0.140 0.097 0.246 0.111 56 E 0.040 0.321 0.197 0.033 0.164 0.015 0.022 0.121 0.049 0.022 0.016 57 P 0.018 0.046 0.036 0.033 0.025 0.105 0.254 0.385 0.077 0.010 0.010 58 D 0.033 0.037 0.031 0.025 0.039 0.015 0.057 0.262 0.113 0.313 0.075 59 A 0.031 0.200 0.103 0.025 0.061 0.041 0.043 0.304 0.101 0.074 0.017 60 G 0.014 0.037 0.036 0.037 0.022 0.021 0.014 0.472 0.141 0.175 0.030 61 E 0.012 0.047 0.022 0.014 0.034 0.024 0.056 0.679 0.087 0.018 0.007 62 G 0.013 0.016 0.009 0.008 0.019 0.005 0.020 0.749 0.087 0.062 0.012 63 L 0.007 0.010 0.004 0.002 0.011 0.007 0.014 0.849 0.073 0.018 0.004 64 N 0.017 0.020 0.004 0.003 0.028 0.002 0.006 0.795 0.087 0.028 0.009 65 R 0.006 0.010 0.004 0.002 0.011 0.005 0.019 0.832 0.096 0.013 0.002 66 Y 0.005 0.017 0.007 0.003 0.013 0.003 0.020 0.832 0.069 0.028 0.002 67 I 0.019 0.013 0.003 0.002 0.022 0.004 0.019 0.756 0.110 0.042 0.010 68 R 0.027 0.027 0.014 0.006 0.025 0.013 0.063 0.613 0.151 0.047 0.013 69 T 0.025 0.042 0.023 0.013 0.043 0.023 0.108 0.540 0.105 0.068 0.011 70 S 0.021 0.364 0.295 0.068 0.073 0.013 0.023 0.048 0.026 0.056 0.014 71 G 0.024 0.050 0.103 0.257 0.022 0.091 0.021 0.108 0.046 0.218 0.061 72 I 0.150 0.230 0.035 0.009 0.306 0.011 0.024 0.101 0.044 0.049 0.041 73 R 0.147 0.192 0.080 0.019 0.300 0.019 0.025 0.086 0.031 0.041 0.061 74 T 0.089 0.205 0.081 0.024 0.211 0.026 0.038 0.128 0.089 0.075 0.032 75 D 0.127 0.139 0.096 0.019 0.212 0.014 0.034 0.145 0.085 0.078 0.051 76 T 0.066 0.133 0.050 0.013 0.112 0.012 0.031 0.200 0.162 0.177 0.044 77 A 0.071 0.235 0.107 0.024 0.180 0.015 0.033 0.151 0.075 0.075 0.034 78 T 0.087 0.212 0.084 0.018 0.171 0.019 0.046 0.171 0.080 0.072 0.040 79 R 0.079 0.214 0.110 0.019 0.163 0.018 0.034 0.173 0.087 0.070 0.035