# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.10017 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.533 0.231 0.114 0.073 0.034 0.013 0.002 2 T 0.387 0.265 0.178 0.108 0.047 0.013 0.002 3 Q 0.420 0.294 0.153 0.086 0.033 0.012 0.002 4 S 0.140 0.170 0.208 0.238 0.173 0.063 0.007 5 V 0.150 0.205 0.230 0.210 0.137 0.060 0.008 6 L 0.128 0.221 0.240 0.221 0.134 0.051 0.005 7 L 0.101 0.111 0.169 0.261 0.248 0.102 0.009 8 P 0.407 0.294 0.167 0.086 0.035 0.010 0.001 9 P 0.641 0.246 0.075 0.027 0.008 0.002 0.001 10 G 0.291 0.275 0.222 0.141 0.054 0.016 0.002 11 P 0.416 0.283 0.151 0.089 0.042 0.016 0.003 12 F 0.124 0.118 0.163 0.250 0.222 0.106 0.017 13 T 0.255 0.248 0.207 0.160 0.088 0.035 0.007 14 R 0.224 0.280 0.249 0.160 0.065 0.019 0.003 15 R 0.381 0.324 0.174 0.083 0.030 0.007 0.001 16 Q 0.109 0.140 0.202 0.234 0.195 0.105 0.015 17 A 0.136 0.092 0.110 0.215 0.269 0.163 0.015 18 Q 0.140 0.310 0.305 0.177 0.052 0.014 0.001 19 A 0.141 0.131 0.148 0.221 0.198 0.138 0.023 20 V 0.046 0.053 0.066 0.117 0.212 0.356 0.149 21 T 0.072 0.121 0.165 0.213 0.186 0.175 0.068 22 T 0.125 0.147 0.181 0.197 0.162 0.123 0.064 23 T 0.066 0.127 0.163 0.208 0.215 0.179 0.043 24 Y 0.087 0.082 0.119 0.196 0.253 0.202 0.061 25 S 0.177 0.300 0.220 0.163 0.083 0.045 0.012 26 N 0.128 0.199 0.233 0.228 0.148 0.054 0.010 27 I 0.047 0.054 0.083 0.188 0.288 0.291 0.050 28 T 0.079 0.172 0.218 0.266 0.183 0.074 0.009 29 L 0.098 0.135 0.165 0.250 0.241 0.100 0.011 30 E 0.281 0.330 0.221 0.125 0.036 0.006 0.001 31 D 0.508 0.307 0.116 0.049 0.016 0.004 0.001 32 D 0.474 0.250 0.151 0.088 0.029 0.008 0.001 33 Q 0.582 0.211 0.112 0.060 0.026 0.008 0.001 34 G 0.309 0.212 0.199 0.154 0.090 0.031 0.004 35 S 0.227 0.240 0.204 0.162 0.102 0.053 0.011 36 H 0.058 0.075 0.122 0.197 0.278 0.224 0.046 37 F 0.031 0.050 0.103 0.188 0.249 0.281 0.098 38 R 0.057 0.134 0.163 0.190 0.185 0.200 0.071 39 L 0.066 0.063 0.107 0.188 0.264 0.239 0.072 40 V 0.103 0.078 0.078 0.162 0.238 0.285 0.057 41 V 0.046 0.065 0.081 0.188 0.270 0.301 0.048 42 R 0.050 0.102 0.168 0.257 0.263 0.141 0.018 43 D 0.268 0.323 0.229 0.119 0.045 0.015 0.002 44 T 0.473 0.264 0.129 0.084 0.034 0.013 0.002 45 E 0.623 0.187 0.073 0.049 0.038 0.024 0.006 46 G 0.316 0.213 0.205 0.148 0.086 0.028 0.004 47 R 0.250 0.306 0.220 0.130 0.057 0.030 0.007 48 M 0.122 0.128 0.155 0.183 0.226 0.144 0.041 49 V 0.069 0.086 0.146 0.231 0.225 0.173 0.070 50 W 0.079 0.061 0.055 0.106 0.190 0.307 0.201 51 R 0.046 0.067 0.077 0.129 0.148 0.239 0.293 52 A 0.030 0.038 0.066 0.112 0.143 0.259 0.353 53 W 0.027 0.039 0.062 0.120 0.162 0.267 0.322 54 N 0.045 0.039 0.044 0.078 0.137 0.288 0.370 55 F 0.021 0.028 0.029 0.064 0.147 0.367 0.344 56 E 0.036 0.053 0.070 0.126 0.208 0.308 0.200 57 P 0.095 0.218 0.215 0.206 0.154 0.088 0.024 58 D 0.064 0.203 0.256 0.263 0.142 0.059 0.013 59 A 0.040 0.059 0.085 0.171 0.266 0.288 0.091 60 G 0.096 0.149 0.192 0.238 0.192 0.109 0.023 61 E 0.103 0.240 0.280 0.217 0.113 0.040 0.007 62 G 0.045 0.078 0.151 0.248 0.280 0.169 0.029 63 L 0.012 0.018 0.032 0.063 0.172 0.478 0.225 64 N 0.022 0.048 0.094 0.216 0.293 0.263 0.063 65 R 0.070 0.237 0.277 0.224 0.122 0.058 0.013 66 Y 0.024 0.068 0.137 0.271 0.305 0.169 0.026 67 I 0.015 0.025 0.057 0.160 0.325 0.359 0.059 68 R 0.116 0.242 0.264 0.215 0.116 0.040 0.007 69 T 0.298 0.298 0.195 0.122 0.059 0.022 0.004 70 S 0.183 0.232 0.243 0.193 0.103 0.041 0.005 71 G 0.188 0.183 0.190 0.203 0.151 0.075 0.009 72 I 0.110 0.102 0.135 0.226 0.258 0.152 0.016 73 R 0.293 0.274 0.219 0.137 0.059 0.016 0.002 74 T 0.462 0.289 0.145 0.075 0.024 0.005 0.001 75 D 0.582 0.237 0.107 0.053 0.018 0.003 0.001 76 T 0.528 0.265 0.124 0.058 0.019 0.005 0.001 77 A 0.389 0.219 0.173 0.140 0.063 0.016 0.001 78 T 0.588 0.232 0.105 0.053 0.018 0.004 0.001 79 R 0.584 0.227 0.111 0.055 0.018 0.005 0.001