# TARGET T0357 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 39 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.008 0.849 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 0.041 0.006 0.014 0.044 2 V 0.009 0.025 0.472 0.006 0.001 0.003 0.010 0.007 0.277 0.014 0.003 0.041 0.132 3 K 0.034 0.006 0.165 0.080 0.001 0.003 0.027 0.024 0.415 0.026 0.003 0.067 0.149 4 F 0.112 0.003 0.103 0.034 0.001 0.002 0.053 0.055 0.230 0.015 0.002 0.261 0.131 5 A 0.139 0.004 0.094 0.015 0.001 0.001 0.101 0.067 0.156 0.010 0.003 0.132 0.278 6 C 0.118 0.004 0.132 0.015 0.001 0.003 0.068 0.059 0.180 0.020 0.005 0.173 0.222 7 R 0.114 0.003 0.123 0.047 0.001 0.002 0.037 0.052 0.209 0.030 0.005 0.191 0.185 8 A 0.106 0.009 0.142 0.019 0.005 0.004 0.061 0.031 0.165 0.032 0.018 0.126 0.282 9 I 0.167 0.016 0.188 0.067 0.011 0.005 0.043 0.017 0.072 0.049 0.029 0.083 0.255 10 T 0.078 0.024 0.214 0.016 0.008 0.003 0.009 0.003 0.024 0.091 0.027 0.343 0.159 11 R 0.019 0.007 0.245 0.033 0.019 0.007 0.002 0.001 0.005 0.220 0.146 0.054 0.244 12 G 0.030 0.009 0.204 0.030 0.019 0.010 0.001 0.001 0.002 0.282 0.211 0.119 0.082 13 R 0.159 0.012 0.173 0.012 0.011 0.014 0.005 0.001 0.004 0.085 0.068 0.068 0.387 14 A 0.271 0.009 0.119 0.012 0.004 0.007 0.012 0.001 0.004 0.029 0.009 0.361 0.163 15 E 0.259 0.005 0.062 0.037 0.001 0.005 0.015 0.001 0.003 0.011 0.003 0.081 0.518 16 G 0.233 0.002 0.048 0.025 0.002 0.004 0.016 0.001 0.002 0.012 0.002 0.533 0.120 17 E 0.259 0.003 0.077 0.021 0.003 0.006 0.027 0.001 0.004 0.006 0.002 0.058 0.535 18 A 0.545 0.002 0.021 0.011 0.003 0.004 0.048 0.001 0.005 0.002 0.001 0.224 0.134 19 L 0.696 0.002 0.010 0.008 0.002 0.003 0.046 0.001 0.006 0.002 0.001 0.047 0.177 20 V 0.628 0.003 0.018 0.009 0.003 0.003 0.034 0.002 0.005 0.004 0.005 0.132 0.156 21 T 0.170 0.005 0.133 0.028 0.005 0.005 0.011 0.001 0.004 0.060 0.032 0.231 0.315 22 K 0.020 0.008 0.158 0.064 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.281 0.169 0.049 0.236 23 E 0.006 0.006 0.148 0.091 0.009 0.006 0.001 0.001 0.002 0.429 0.119 0.136 0.046 24 Y 0.020 0.019 0.286 0.029 0.015 0.006 0.002 0.001 0.007 0.193 0.101 0.046 0.275 25 I 0.058 0.044 0.302 0.034 0.008 0.006 0.007 0.002 0.017 0.095 0.020 0.167 0.238 26 S 0.158 0.047 0.258 0.011 0.018 0.009 0.016 0.006 0.011 0.036 0.020 0.155 0.255 27 F 0.295 0.022 0.134 0.013 0.059 0.022 0.015 0.004 0.012 0.069 0.072 0.093 0.191 28 L 0.172 0.037 0.233 0.011 0.047 0.036 0.005 0.002 0.009 0.051 0.145 0.110 0.142 29 G 0.101 0.021 0.176 0.016 0.023 0.026 0.005 0.001 0.006 0.204 0.277 0.049 0.095 30 G 0.059 0.014 0.260 0.011 0.008 0.021 0.003 0.001 0.010 0.231 0.254 0.054 0.075 31 I 0.052 0.081 0.618 0.001 0.002 0.007 0.005 0.001 0.009 0.055 0.014 0.043 0.114 32 D 0.002 0.068 0.813 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.031 0.004 0.009 0.062 33 K 0.001 0.001 0.061 0.003 0.192 0.045 0.001 0.001 0.001 0.058 0.633 0.002 0.005 34 E 0.001 0.001 0.023 0.001 0.115 0.023 0.001 0.001 0.001 0.047 0.783 0.003 0.004 35 T 0.001 0.020 0.116 0.003 0.140 0.028 0.001 0.001 0.002 0.107 0.567 0.004 0.012 36 G 0.005 0.017 0.485 0.014 0.009 0.012 0.001 0.001 0.007 0.154 0.215 0.021 0.060 37 I 0.018 0.118 0.443 0.013 0.006 0.008 0.005 0.001 0.009 0.099 0.019 0.091 0.171 38 V 0.015 0.354 0.170 0.002 0.003 0.004 0.007 0.001 0.010 0.045 0.005 0.045 0.337 39 K 0.002 0.031 0.780 0.013 0.007 0.009 0.001 0.001 0.005 0.050 0.014 0.027 0.062 40 E 0.001 0.002 0.077 0.003 0.057 0.028 0.001 0.001 0.001 0.102 0.721 0.002 0.007 41 D 0.001 0.004 0.096 0.003 0.074 0.022 0.001 0.001 0.001 0.150 0.643 0.003 0.004 42 C 0.001 0.023 0.507 0.001 0.102 0.030 0.001 0.001 0.001 0.277 0.035 0.006 0.015 43 E 0.001 0.011 0.181 0.001 0.374 0.105 0.001 0.001 0.002 0.052 0.257 0.002 0.014 44 I 0.007 0.020 0.063 0.002 0.423 0.090 0.002 0.001 0.005 0.049 0.326 0.006 0.008 45 K 0.001 0.006 0.067 0.003 0.403 0.085 0.001 0.001 0.003 0.047 0.370 0.004 0.008 46 G 0.002 0.005 0.203 0.016 0.088 0.052 0.001 0.001 0.009 0.084 0.521 0.007 0.014 47 E 0.007 0.053 0.558 0.001 0.021 0.018 0.006 0.001 0.012 0.126 0.023 0.098 0.077 48 S 0.008 0.077 0.373 0.004 0.017 0.018 0.017 0.002 0.042 0.059 0.037 0.016 0.331 49 V 0.006 0.060 0.228 0.019 0.071 0.041 0.044 0.005 0.027 0.096 0.264 0.090 0.050 50 A 0.001 0.007 0.210 0.031 0.029 0.011 0.003 0.002 0.010 0.064 0.614 0.005 0.012 51 G 0.001 0.001 0.132 0.051 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.466 0.326 0.003 0.004 52 R 0.012 0.007 0.362 0.003 0.001 0.001 0.040 0.097 0.334 0.077 0.011 0.016 0.038 53 I 0.024 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.167 0.535 0.225 0.002 0.001 0.003 0.022 54 L 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.110 0.797 0.057 0.001 0.001 0.007 0.003 55 V 0.037 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.102 0.684 0.145 0.001 0.001 0.004 0.015 56 F 0.016 0.004 0.270 0.005 0.001 0.001 0.029 0.163 0.392 0.026 0.004 0.067 0.024 57 P 0.004 0.012 0.432 0.018 0.004 0.002 0.004 0.031 0.170 0.164 0.113 0.003 0.043 58 G 0.003 0.043 0.411 0.009 0.015 0.002 0.001 0.001 0.031 0.309 0.156 0.013 0.008 59 G 0.001 0.043 0.341 0.002 0.035 0.006 0.001 0.002 0.010 0.391 0.149 0.005 0.016 60 K 0.001 0.019 0.218 0.001 0.068 0.021 0.001 0.001 0.004 0.377 0.276 0.006 0.009 61 G 0.001 0.022 0.231 0.001 0.084 0.059 0.001 0.001 0.003 0.328 0.254 0.004 0.011 62 S 0.001 0.025 0.284 0.001 0.056 0.161 0.001 0.001 0.002 0.257 0.195 0.004 0.012 63 T 0.002 0.026 0.133 0.001 0.047 0.469 0.001 0.001 0.001 0.154 0.155 0.004 0.007 64 V 0.003 0.007 0.064 0.001 0.020 0.733 0.001 0.001 0.001 0.072 0.089 0.004 0.006 65 G 0.002 0.002 0.024 0.001 0.009 0.908 0.001 0.001 0.001 0.019 0.032 0.001 0.002 66 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 72 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 73 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.827 0.001 0.001 0.001 0.004 0.149 0.001 0.001 75 N 0.001 0.001 0.013 0.001 0.014 0.197 0.001 0.001 0.001 0.023 0.752 0.001 0.001 76 G 0.001 0.002 0.072 0.001 0.020 0.031 0.001 0.001 0.001 0.085 0.787 0.001 0.002 77 V 0.001 0.036 0.548 0.001 0.032 0.021 0.001 0.001 0.005 0.239 0.081 0.005 0.030 78 A 0.001 0.023 0.622 0.005 0.010 0.010 0.001 0.001 0.027 0.215 0.021 0.039 0.025 79 P 0.012 0.009 0.487 0.019 0.027 0.032 0.003 0.001 0.029 0.155 0.084 0.025 0.116 80 K 0.185 0.007 0.189 0.085 0.024 0.042 0.026 0.009 0.049 0.097 0.052 0.086 0.149 81 A 0.365 0.004 0.089 0.015 0.012 0.043 0.091 0.041 0.080 0.028 0.006 0.076 0.151 82 I 0.380 0.005 0.052 0.009 0.004 0.038 0.132 0.099 0.109 0.010 0.004 0.050 0.109 83 I 0.194 0.003 0.066 0.010 0.004 0.034 0.157 0.095 0.172 0.007 0.005 0.136 0.117 84 N 0.119 0.011 0.175 0.031 0.007 0.043 0.085 0.048 0.133 0.043 0.039 0.078 0.189 85 K 0.019 0.007 0.281 0.047 0.012 0.104 0.005 0.004 0.032 0.213 0.177 0.030 0.068 86 K 0.004 0.009 0.491 0.003 0.016 0.144 0.001 0.001 0.009 0.181 0.080 0.031 0.031 87 T 0.002 0.024 0.344 0.003 0.026 0.232 0.001 0.001 0.004 0.161 0.162 0.003 0.039 88 E 0.001 0.004 0.294 0.008 0.020 0.238 0.001 0.001 0.004 0.340 0.059 0.027 0.005 89 T 0.006 0.009 0.248 0.011 0.040 0.385 0.002 0.002 0.016 0.126 0.054 0.003 0.099 90 I 0.041 0.009 0.114 0.010 0.050 0.602 0.018 0.009 0.028 0.026 0.031 0.040 0.021 91 I 0.127 0.006 0.032 0.004 0.021 0.633 0.018 0.009 0.034 0.023 0.021 0.022 0.049 92 A 0.043 0.004 0.021 0.003 0.015 0.802 0.007 0.013 0.027 0.008 0.021 0.007 0.028 93 V 0.044 0.002 0.029 0.099 0.010 0.712 0.007 0.011 0.016 0.021 0.030 0.009 0.012 94 G 0.071 0.001 0.019 0.004 0.016 0.797 0.010 0.017 0.011 0.007 0.015 0.014 0.018 95 A 0.084 0.001 0.012 0.003 0.017 0.765 0.018 0.026 0.024 0.008 0.008 0.005 0.029 96 A 0.032 0.002 0.007 0.002 0.018 0.844 0.013 0.028 0.014 0.003 0.019 0.011 0.007 97 M 0.030 0.003 0.013 0.017 0.016 0.775 0.014 0.020 0.009 0.012 0.072 0.005 0.014 98 A 0.014 0.004 0.041 0.005 0.026 0.466 0.009 0.004 0.007 0.034 0.366 0.011 0.013 99 E 0.016 0.011 0.132 0.009 0.023 0.301 0.008 0.003 0.009 0.209 0.248 0.009 0.022 100 I 0.002 0.010 0.560 0.003 0.022 0.111 0.001 0.001 0.007 0.189 0.031 0.048 0.014 101 P 0.002 0.028 0.338 0.006 0.138 0.113 0.004 0.001 0.008 0.072 0.187 0.003 0.101 102 L 0.010 0.043 0.209 0.006 0.209 0.107 0.005 0.001 0.010 0.070 0.293 0.020 0.018 103 V 0.014 0.025 0.257 0.004 0.215 0.078 0.004 0.001 0.009 0.171 0.159 0.020 0.042 104 E 0.004 0.008 0.280 0.011 0.119 0.073 0.001 0.001 0.011 0.258 0.191 0.021 0.024 105 V 0.003 0.009 0.378 0.009 0.062 0.045 0.001 0.001 0.010 0.265 0.166 0.012 0.039 106 R 0.004 0.015 0.452 0.009 0.017 0.038 0.002 0.001 0.013 0.257 0.048 0.091 0.053 107 D 0.003 0.018 0.683 0.013 0.006 0.016 0.003 0.001 0.033 0.033 0.016 0.029 0.145 108 E 0.016 0.021 0.532 0.025 0.009 0.033 0.009 0.001 0.058 0.047 0.011 0.055 0.182 109 K 0.017 0.011 0.248 0.056 0.006 0.025 0.011 0.002 0.066 0.061 0.009 0.397 0.091 110 F 0.019 0.011 0.287 0.021 0.008 0.024 0.014 0.002 0.069 0.030 0.023 0.037 0.456 111 F 0.038 0.023 0.320 0.050 0.007 0.033 0.016 0.003 0.045 0.039 0.016 0.199 0.212 112 E 0.020 0.007 0.314 0.007 0.003 0.015 0.002 0.001 0.018 0.036 0.003 0.411 0.162 113 A 0.016 0.012 0.152 0.022 0.034 0.046 0.002 0.001 0.007 0.023 0.022 0.010 0.655 114 V 0.037 0.015 0.200 0.113 0.068 0.074 0.004 0.001 0.006 0.082 0.067 0.287 0.048 115 K 0.043 0.014 0.157 0.044 0.060 0.048 0.003 0.001 0.005 0.131 0.100 0.067 0.328 116 T 0.022 0.015 0.228 0.016 0.055 0.049 0.002 0.001 0.003 0.167 0.226 0.092 0.124 117 G 0.021 0.005 0.213 0.035 0.026 0.018 0.001 0.001 0.001 0.259 0.297 0.066 0.059 118 D 0.062 0.008 0.276 0.027 0.021 0.016 0.003 0.001 0.004 0.220 0.064 0.122 0.176 119 R 0.217 0.012 0.127 0.012 0.006 0.011 0.013 0.001 0.013 0.032 0.008 0.100 0.450 120 V 0.495 0.005 0.053 0.036 0.001 0.004 0.023 0.002 0.009 0.007 0.002 0.253 0.109 121 V 0.479 0.004 0.029 0.006 0.001 0.002 0.022 0.002 0.009 0.005 0.001 0.103 0.338 122 V 0.365 0.010 0.084 0.019 0.002 0.005 0.019 0.004 0.010 0.016 0.003 0.179 0.283 123 N 0.048 0.023 0.355 0.030 0.008 0.011 0.003 0.001 0.010 0.072 0.013 0.124 0.302 124 A 0.006 0.002 0.084 0.027 0.129 0.035 0.001 0.001 0.001 0.176 0.481 0.010 0.050 125 D 0.005 0.002 0.060 0.018 0.126 0.040 0.001 0.001 0.001 0.159 0.557 0.021 0.011 126 E 0.037 0.011 0.179 0.013 0.101 0.081 0.004 0.001 0.010 0.158 0.205 0.039 0.159 127 G 0.172 0.014 0.301 0.005 0.010 0.066 0.013 0.003 0.023 0.052 0.039 0.154 0.147 128 Y 0.321 0.028 0.111 0.015 0.003 0.052 0.034 0.004 0.024 0.025 0.009 0.109 0.264 129 V 0.369 0.007 0.061 0.021 0.007 0.100 0.035 0.004 0.017 0.014 0.007 0.094 0.263 130 E 0.349 0.003 0.052 0.074 0.007 0.123 0.034 0.004 0.020 0.010 0.006 0.200 0.117 131 L 0.197 0.008 0.042 0.020 0.020 0.170 0.056 0.005 0.023 0.009 0.015 0.087 0.349 132 I 0.130 0.005 0.061 0.141 0.041 0.247 0.051 0.004 0.012 0.025 0.027 0.088 0.168 133 E 0.082 0.009 0.109 0.036 0.041 0.254 0.023 0.002 0.011 0.052 0.035 0.216 0.132 134 L 0.022 0.012 0.149 0.015 0.042 0.323 0.008 0.001 0.005 0.064 0.091 0.025 0.244 135 E 0.008 0.016 0.307 0.025 0.031 0.207 0.003 0.001 0.005 0.158 0.110 0.068 0.062 136 H 0.001 0.009 0.432 0.004 0.024 0.055 0.001 0.001 0.003 0.328 0.060 0.043 0.040 137 H 0.001 0.014 0.570 0.003 0.060 0.056 0.001 0.001 0.002 0.159 0.106 0.006 0.023 138 H 0.002 0.018 0.354 0.002 0.114 0.064 0.001 0.001 0.003 0.209 0.202 0.016 0.013 139 H 0.005 0.024 0.423 0.001 0.086 0.042 0.001 0.001 0.005 0.174 0.204 0.013 0.023 140 H 0.002 0.022 0.695 0.001 0.051 0.036 0.001 0.001 0.007 0.066 0.094 0.006 0.019 141 H 0.001 0.002 0.933 0.001 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.001 0.004