# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0357/T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.3204 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.081 0.300 0.428 0.001 0.022 0.004 0.001 0.007 0.001 0.008 0.017 0.048 0.001 0.001 0.021 2 V 0.016 0.019 0.238 0.677 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.016 0.001 0.001 0.003 3 K 0.004 0.020 0.140 0.755 0.010 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.002 4 F 0.003 0.022 0.027 0.841 0.010 0.064 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 5 A 0.001 0.095 0.030 0.829 0.003 0.017 0.001 0.006 0.002 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 6 C 0.008 0.012 0.029 0.774 0.005 0.127 0.001 0.004 0.002 0.002 0.014 0.003 0.017 0.001 0.001 0.002 7 R 0.009 0.188 0.121 0.588 0.008 0.028 0.002 0.004 0.002 0.001 0.021 0.010 0.016 0.001 0.001 0.002 8 A 0.004 0.012 0.021 0.829 0.014 0.070 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 9 I 0.005 0.077 0.109 0.478 0.132 0.102 0.010 0.006 0.003 0.003 0.014 0.012 0.039 0.003 0.001 0.006 10 T 0.005 0.043 0.014 0.277 0.377 0.099 0.052 0.025 0.003 0.004 0.028 0.011 0.024 0.031 0.002 0.004 11 R 0.007 0.126 0.056 0.201 0.010 0.024 0.004 0.401 0.023 0.007 0.018 0.012 0.019 0.002 0.083 0.009 12 G 0.035 0.028 0.041 0.204 0.005 0.072 0.005 0.018 0.173 0.210 0.055 0.021 0.041 0.001 0.003 0.087 13 R 0.305 0.168 0.149 0.275 0.003 0.016 0.002 0.003 0.008 0.001 0.016 0.024 0.019 0.001 0.002 0.009 14 A 0.025 0.014 0.206 0.406 0.016 0.240 0.011 0.002 0.002 0.002 0.019 0.023 0.028 0.002 0.001 0.003 15 E 0.003 0.487 0.109 0.357 0.001 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.001 0.002 0.001 16 G 0.002 0.003 0.014 0.874 0.001 0.051 0.001 0.002 0.003 0.001 0.038 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 17 E 0.017 0.110 0.287 0.530 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.022 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.014 0.942 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.058 0.079 0.783 0.019 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.002 20 V 0.001 0.028 0.006 0.846 0.033 0.063 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 21 T 0.002 0.020 0.016 0.090 0.022 0.752 0.003 0.037 0.002 0.004 0.029 0.003 0.014 0.001 0.004 0.001 22 K 0.005 0.420 0.017 0.110 0.003 0.027 0.002 0.018 0.018 0.010 0.310 0.026 0.019 0.002 0.002 0.012 23 E 0.065 0.058 0.038 0.169 0.004 0.093 0.007 0.007 0.015 0.006 0.032 0.442 0.048 0.001 0.007 0.007 24 Y 0.013 0.104 0.510 0.080 0.003 0.036 0.010 0.003 0.004 0.001 0.050 0.016 0.131 0.002 0.004 0.035 25 I 0.020 0.080 0.121 0.355 0.006 0.090 0.016 0.005 0.006 0.002 0.030 0.107 0.147 0.003 0.003 0.009 26 S 0.011 0.070 0.118 0.276 0.014 0.200 0.014 0.005 0.004 0.003 0.021 0.042 0.204 0.002 0.004 0.009 27 F 0.010 0.030 0.044 0.180 0.113 0.076 0.033 0.012 0.006 0.003 0.188 0.034 0.170 0.071 0.005 0.025 28 L 0.007 0.041 0.061 0.071 0.142 0.015 0.175 0.025 0.004 0.001 0.014 0.041 0.055 0.295 0.042 0.010 29 G 0.007 0.015 0.049 0.099 0.002 0.012 0.011 0.237 0.021 0.020 0.010 0.012 0.072 0.002 0.376 0.053 30 G 0.039 0.057 0.042 0.054 0.002 0.024 0.006 0.001 0.114 0.043 0.007 0.007 0.029 0.001 0.001 0.574 31 I 0.384 0.070 0.222 0.286 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.008 0.001 0.002 0.003 32 D 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 33 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 34 E 0.001 0.028 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.901 0.002 0.048 0.001 0.001 35 T 0.002 0.004 0.190 0.012 0.001 0.003 0.051 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.122 0.001 0.593 0.010 36 G 0.006 0.009 0.134 0.031 0.001 0.005 0.007 0.002 0.033 0.012 0.006 0.002 0.042 0.001 0.002 0.706 37 I 0.791 0.010 0.036 0.108 0.002 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.007 0.015 0.002 0.001 0.008 38 V 0.011 0.061 0.419 0.396 0.009 0.049 0.007 0.004 0.001 0.001 0.004 0.009 0.021 0.002 0.003 0.004 39 K 0.002 0.016 0.024 0.161 0.067 0.629 0.018 0.007 0.001 0.005 0.028 0.006 0.027 0.004 0.002 0.003 40 E 0.004 0.259 0.021 0.131 0.006 0.041 0.002 0.087 0.006 0.002 0.386 0.021 0.021 0.001 0.006 0.004 41 D 0.017 0.169 0.064 0.244 0.003 0.030 0.006 0.006 0.108 0.019 0.013 0.257 0.025 0.004 0.006 0.030 42 C 0.059 0.014 0.177 0.067 0.010 0.334 0.030 0.005 0.003 0.005 0.035 0.040 0.196 0.002 0.012 0.011 43 E 0.007 0.069 0.051 0.024 0.016 0.111 0.007 0.011 0.002 0.002 0.489 0.049 0.142 0.005 0.002 0.013 44 I 0.009 0.029 0.010 0.027 0.130 0.013 0.101 0.007 0.006 0.002 0.038 0.157 0.026 0.437 0.003 0.005 45 K 0.001 0.020 0.054 0.023 0.001 0.004 0.005 0.106 0.002 0.001 0.003 0.011 0.044 0.001 0.719 0.006 46 G 0.005 0.005 0.041 0.023 0.001 0.007 0.003 0.001 0.134 0.053 0.011 0.003 0.047 0.002 0.001 0.662 47 E 0.802 0.016 0.043 0.069 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.017 0.026 0.001 0.001 0.002 48 S 0.007 0.025 0.120 0.044 0.023 0.635 0.007 0.003 0.002 0.003 0.011 0.030 0.082 0.002 0.001 0.005 49 V 0.003 0.023 0.014 0.025 0.385 0.029 0.154 0.005 0.001 0.001 0.190 0.007 0.023 0.138 0.001 0.002 50 A 0.001 0.118 0.019 0.049 0.001 0.005 0.002 0.353 0.006 0.001 0.002 0.030 0.006 0.001 0.405 0.002 51 G 0.007 0.006 0.037 0.050 0.001 0.002 0.001 0.001 0.309 0.031 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.547 52 R 0.865 0.006 0.074 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 53 I 0.007 0.003 0.567 0.404 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.001 0.009 0.033 0.944 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.001 0.002 0.004 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.005 0.152 0.732 0.101 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.072 0.002 0.137 0.137 0.083 0.001 0.505 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 G 0.001 0.135 0.002 0.127 0.012 0.054 0.001 0.082 0.389 0.116 0.023 0.053 0.001 0.001 0.002 0.003 59 G 0.125 0.030 0.029 0.055 0.237 0.069 0.101 0.011 0.054 0.085 0.105 0.063 0.016 0.010 0.002 0.007 60 K 0.037 0.133 0.138 0.067 0.009 0.024 0.007 0.299 0.008 0.004 0.079 0.087 0.018 0.003 0.083 0.006 61 G 0.014 0.022 0.066 0.092 0.011 0.040 0.006 0.014 0.240 0.196 0.033 0.108 0.054 0.003 0.006 0.094 62 S 0.225 0.036 0.054 0.071 0.010 0.130 0.008 0.006 0.009 0.014 0.076 0.117 0.233 0.001 0.003 0.007 63 T 0.012 0.019 0.042 0.035 0.013 0.102 0.008 0.004 0.002 0.004 0.214 0.234 0.301 0.002 0.001 0.005 64 V 0.004 0.012 0.014 0.037 0.002 0.032 0.001 0.009 0.002 0.002 0.173 0.392 0.315 0.001 0.003 0.002 65 G 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.069 0.103 0.796 0.001 0.001 0.001 66 S 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.102 0.877 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.956 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.007 72 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.006 0.005 0.004 73 R 0.001 0.002 0.007 0.002 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.900 0.039 0.013 0.018 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.925 0.002 0.004 75 N 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.946 0.004 76 G 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.078 0.023 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.859 77 V 0.946 0.013 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 78 A 0.012 0.018 0.621 0.067 0.002 0.232 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.023 0.001 0.001 0.004 79 P 0.004 0.046 0.036 0.112 0.001 0.586 0.001 0.003 0.001 0.001 0.157 0.013 0.037 0.001 0.001 0.001 80 K 0.001 0.486 0.016 0.316 0.001 0.008 0.001 0.002 0.003 0.001 0.026 0.127 0.013 0.001 0.001 0.001 81 A 0.005 0.003 0.113 0.736 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.096 0.001 0.001 0.004 82 I 0.003 0.010 0.614 0.255 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.091 0.001 0.001 0.006 83 I 0.001 0.015 0.018 0.883 0.008 0.035 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.001 0.001 0.002 84 N 0.002 0.040 0.031 0.427 0.043 0.365 0.009 0.010 0.002 0.002 0.009 0.003 0.045 0.003 0.003 0.007 85 K 0.009 0.241 0.038 0.371 0.012 0.086 0.005 0.033 0.008 0.007 0.120 0.012 0.038 0.002 0.004 0.014 86 K 0.030 0.097 0.049 0.127 0.024 0.319 0.023 0.011 0.014 0.015 0.082 0.129 0.054 0.006 0.004 0.015 87 T 0.024 0.396 0.195 0.136 0.001 0.027 0.003 0.015 0.005 0.001 0.078 0.031 0.058 0.001 0.014 0.017 88 E 0.034 0.073 0.179 0.300 0.002 0.132 0.008 0.002 0.020 0.009 0.018 0.113 0.083 0.001 0.001 0.026 89 T 0.045 0.141 0.317 0.317 0.001 0.039 0.002 0.002 0.001 0.001 0.031 0.021 0.079 0.001 0.001 0.004 90 I 0.005 0.015 0.114 0.611 0.002 0.082 0.001 0.002 0.001 0.001 0.054 0.029 0.078 0.001 0.001 0.003 91 I 0.002 0.074 0.110 0.641 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.023 0.107 0.001 0.001 0.001 92 A 0.002 0.004 0.014 0.591 0.075 0.136 0.005 0.001 0.001 0.001 0.034 0.006 0.127 0.004 0.001 0.001 93 V 0.001 0.223 0.042 0.344 0.002 0.061 0.001 0.051 0.001 0.001 0.022 0.041 0.199 0.001 0.010 0.001 94 G 0.001 0.010 0.006 0.683 0.001 0.027 0.001 0.002 0.012 0.004 0.093 0.006 0.142 0.001 0.001 0.012 95 A 0.032 0.021 0.033 0.366 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.053 0.445 0.001 0.001 0.001 96 A 0.001 0.018 0.022 0.322 0.009 0.149 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 0.439 0.002 0.001 0.002 97 M 0.001 0.066 0.008 0.283 0.065 0.140 0.025 0.003 0.001 0.001 0.022 0.016 0.344 0.021 0.005 0.002 98 A 0.001 0.104 0.015 0.240 0.004 0.069 0.007 0.035 0.003 0.001 0.023 0.025 0.401 0.003 0.050 0.018 99 E 0.012 0.133 0.068 0.249 0.001 0.007 0.006 0.003 0.027 0.005 0.007 0.012 0.135 0.007 0.012 0.316 100 I 0.256 0.008 0.278 0.197 0.004 0.045 0.012 0.002 0.001 0.002 0.007 0.007 0.144 0.004 0.010 0.023 101 P 0.015 0.059 0.297 0.099 0.008 0.288 0.008 0.008 0.001 0.002 0.051 0.012 0.134 0.003 0.003 0.012 102 L 0.009 0.185 0.016 0.275 0.007 0.142 0.005 0.007 0.005 0.001 0.158 0.081 0.094 0.005 0.002 0.009 103 V 0.011 0.147 0.111 0.256 0.010 0.054 0.022 0.007 0.008 0.002 0.035 0.153 0.158 0.005 0.009 0.013 104 E 0.017 0.057 0.210 0.215 0.006 0.071 0.025 0.014 0.006 0.004 0.036 0.040 0.237 0.005 0.015 0.041 105 V 0.032 0.099 0.204 0.273 0.012 0.063 0.025 0.007 0.010 0.005 0.046 0.028 0.120 0.012 0.008 0.057 106 R 0.032 0.099 0.189 0.328 0.007 0.086 0.018 0.015 0.003 0.004 0.034 0.045 0.106 0.004 0.015 0.014 107 D 0.014 0.077 0.095 0.123 0.008 0.390 0.009 0.010 0.009 0.007 0.048 0.041 0.137 0.003 0.006 0.023 108 E 0.032 0.105 0.072 0.181 0.005 0.053 0.007 0.009 0.006 0.003 0.319 0.056 0.128 0.005 0.004 0.015 109 K 0.019 0.119 0.116 0.163 0.004 0.100 0.008 0.007 0.006 0.003 0.024 0.276 0.132 0.003 0.009 0.011 110 F 0.014 0.036 0.143 0.149 0.006 0.127 0.012 0.008 0.004 0.002 0.117 0.024 0.313 0.007 0.007 0.032 111 F 0.011 0.133 0.180 0.253 0.002 0.039 0.007 0.010 0.003 0.001 0.036 0.095 0.210 0.002 0.007 0.009 112 E 0.012 0.033 0.088 0.362 0.003 0.076 0.005 0.006 0.006 0.003 0.032 0.032 0.320 0.003 0.004 0.018 113 A 0.019 0.034 0.131 0.329 0.018 0.057 0.022 0.004 0.003 0.001 0.053 0.022 0.265 0.014 0.004 0.025 114 V 0.009 0.059 0.140 0.268 0.033 0.099 0.017 0.015 0.002 0.001 0.024 0.045 0.260 0.004 0.012 0.011 115 K 0.003 0.016 0.023 0.040 0.361 0.036 0.159 0.008 0.003 0.003 0.019 0.006 0.039 0.266 0.002 0.015 116 T 0.006 0.038 0.021 0.034 0.004 0.020 0.005 0.381 0.003 0.002 0.019 0.008 0.024 0.003 0.427 0.005 117 G 0.008 0.041 0.042 0.033 0.002 0.022 0.008 0.007 0.269 0.130 0.026 0.012 0.028 0.005 0.007 0.361 118 D 0.794 0.050 0.037 0.039 0.001 0.010 0.003 0.002 0.005 0.001 0.007 0.030 0.013 0.001 0.004 0.006 119 R 0.021 0.065 0.706 0.134 0.001 0.015 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.007 0.012 0.001 0.002 0.019 120 V 0.015 0.011 0.382 0.564 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 121 V 0.007 0.015 0.146 0.741 0.024 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 122 V 0.002 0.043 0.028 0.905 0.005 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 N 0.001 0.006 0.003 0.052 0.010 0.912 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 124 A 0.001 0.014 0.001 0.007 0.004 0.099 0.001 0.007 0.001 0.001 0.852 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 125 D 0.001 0.121 0.003 0.009 0.004 0.006 0.003 0.003 0.005 0.001 0.041 0.790 0.005 0.006 0.001 0.001 126 E 0.017 0.035 0.179 0.084 0.001 0.006 0.010 0.027 0.011 0.002 0.017 0.063 0.211 0.002 0.287 0.045 127 G 0.021 0.008 0.470 0.048 0.001 0.031 0.005 0.002 0.018 0.016 0.018 0.012 0.194 0.001 0.002 0.153 128 Y 0.135 0.139 0.100 0.182 0.001 0.069 0.003 0.002 0.001 0.001 0.051 0.044 0.264 0.001 0.001 0.005 129 V 0.005 0.012 0.052 0.276 0.003 0.277 0.002 0.002 0.001 0.001 0.054 0.054 0.260 0.001 0.001 0.001 130 E 0.001 0.142 0.037 0.333 0.001 0.047 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.056 0.344 0.001 0.002 0.003 131 L 0.002 0.016 0.015 0.542 0.002 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.020 0.326 0.002 0.001 0.008 132 I 0.003 0.031 0.203 0.307 0.002 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.393 0.001 0.004 0.005 133 E 0.004 0.018 0.061 0.390 0.013 0.099 0.009 0.004 0.001 0.002 0.011 0.006 0.342 0.016 0.003 0.022 134 L 0.008 0.042 0.049 0.251 0.039 0.135 0.025 0.011 0.002 0.001 0.076 0.013 0.309 0.017 0.012 0.011 135 E 0.007 0.155 0.064 0.206 0.027 0.062 0.028 0.036 0.010 0.005 0.047 0.047 0.191 0.038 0.023 0.054 136 H 0.027 0.069 0.091 0.158 0.024 0.100 0.048 0.028 0.016 0.011 0.036 0.056 0.218 0.023 0.044 0.050 137 H 0.029 0.064 0.116 0.057 0.026 0.125 0.047 0.028 0.010 0.011 0.111 0.040 0.239 0.021 0.026 0.049 138 H 0.039 0.095 0.073 0.071 0.016 0.058 0.028 0.045 0.016 0.009 0.181 0.114 0.160 0.025 0.032 0.038 139 H 0.042 0.079 0.105 0.080 0.020 0.061 0.040 0.026 0.030 0.013 0.061 0.150 0.171 0.030 0.041 0.051 140 H 0.039 0.055 0.165 0.065 0.031 0.063 0.085 0.023 0.014 0.009 0.065 0.063 0.193 0.031 0.044 0.055 141 H 0.041 0.069 0.159 0.075 0.020 0.077 0.050 0.052 0.016 0.011 0.076 0.082 0.155 0.019 0.048 0.050