# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.3204 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.069 0.063 0.128 0.104 0.108 0.128 0.098 0.093 0.071 0.048 2 V 0.032 0.037 0.053 0.104 0.101 0.124 0.170 0.137 0.113 0.081 0.048 3 K 0.041 0.093 0.135 0.290 0.207 0.118 0.068 0.027 0.012 0.005 0.002 4 F 0.009 0.011 0.023 0.029 0.039 0.065 0.156 0.180 0.216 0.168 0.104 5 A 0.043 0.130 0.100 0.317 0.221 0.100 0.055 0.017 0.009 0.004 0.002 6 C 0.007 0.006 0.006 0.010 0.010 0.014 0.052 0.102 0.226 0.273 0.295 7 R 0.040 0.096 0.106 0.297 0.227 0.133 0.069 0.018 0.008 0.003 0.002 8 A 0.055 0.073 0.049 0.098 0.085 0.094 0.162 0.121 0.118 0.085 0.060 9 I 0.038 0.042 0.036 0.119 0.133 0.144 0.166 0.109 0.102 0.067 0.044 10 T 0.081 0.082 0.053 0.099 0.097 0.098 0.149 0.107 0.106 0.071 0.058 11 R 0.209 0.186 0.096 0.213 0.124 0.073 0.050 0.024 0.014 0.008 0.004 12 G 0.303 0.119 0.050 0.119 0.095 0.091 0.088 0.051 0.037 0.027 0.020 13 R 0.101 0.168 0.095 0.257 0.176 0.096 0.062 0.022 0.013 0.007 0.004 14 A 0.017 0.011 0.010 0.019 0.023 0.038 0.101 0.128 0.210 0.227 0.216 15 E 0.044 0.182 0.131 0.327 0.184 0.076 0.036 0.010 0.005 0.002 0.001 16 G 0.013 0.010 0.007 0.019 0.030 0.053 0.168 0.194 0.217 0.170 0.118 17 E 0.065 0.125 0.109 0.336 0.198 0.097 0.045 0.013 0.007 0.003 0.002 18 A 0.003 0.005 0.005 0.015 0.020 0.036 0.128 0.156 0.218 0.233 0.181 19 L 0.004 0.007 0.010 0.042 0.059 0.079 0.151 0.163 0.189 0.156 0.140 20 V 0.003 0.014 0.015 0.042 0.064 0.097 0.224 0.159 0.166 0.123 0.092 21 T 0.005 0.019 0.022 0.075 0.073 0.070 0.148 0.161 0.186 0.146 0.093 22 K 0.146 0.137 0.058 0.220 0.201 0.115 0.076 0.027 0.012 0.005 0.003 23 E 0.254 0.161 0.074 0.212 0.124 0.073 0.055 0.025 0.012 0.006 0.003 24 Y 0.026 0.045 0.031 0.121 0.153 0.184 0.207 0.109 0.072 0.036 0.016 25 I 0.003 0.002 0.002 0.006 0.006 0.011 0.046 0.098 0.205 0.282 0.338 26 S 0.007 0.017 0.017 0.065 0.092 0.126 0.192 0.183 0.152 0.093 0.055 27 F 0.011 0.018 0.020 0.043 0.041 0.072 0.164 0.184 0.197 0.155 0.096 28 L 0.007 0.007 0.007 0.032 0.039 0.063 0.135 0.164 0.179 0.188 0.180 29 G 0.008 0.012 0.008 0.032 0.040 0.063 0.148 0.161 0.209 0.184 0.134 30 G 0.037 0.058 0.031 0.115 0.133 0.125 0.155 0.121 0.112 0.073 0.041 31 I 0.004 0.007 0.005 0.016 0.020 0.029 0.083 0.130 0.224 0.238 0.243 32 D 0.009 0.030 0.020 0.111 0.183 0.164 0.204 0.130 0.081 0.042 0.026 33 K 0.144 0.134 0.076 0.263 0.177 0.100 0.059 0.027 0.013 0.005 0.003 34 E 0.291 0.121 0.075 0.180 0.119 0.090 0.068 0.028 0.017 0.008 0.005 35 T 0.007 0.009 0.005 0.028 0.040 0.072 0.172 0.193 0.196 0.172 0.106 36 G 0.076 0.134 0.033 0.104 0.104 0.103 0.141 0.095 0.087 0.068 0.055 37 I 0.014 0.021 0.015 0.038 0.045 0.063 0.137 0.139 0.177 0.189 0.163 38 V 0.009 0.019 0.009 0.041 0.073 0.084 0.171 0.140 0.157 0.141 0.155 39 K 0.072 0.192 0.085 0.260 0.192 0.094 0.061 0.023 0.014 0.005 0.002 40 E 0.563 0.112 0.050 0.137 0.075 0.035 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 41 D 0.422 0.249 0.090 0.129 0.058 0.029 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 42 C 0.007 0.010 0.005 0.021 0.040 0.114 0.263 0.202 0.169 0.109 0.059 43 E 0.299 0.221 0.127 0.216 0.084 0.033 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 44 I 0.007 0.020 0.061 0.042 0.068 0.117 0.206 0.138 0.161 0.104 0.075 45 K 0.021 0.078 0.080 0.263 0.224 0.128 0.101 0.050 0.029 0.016 0.011 46 G 0.539 0.134 0.031 0.084 0.061 0.049 0.046 0.021 0.014 0.010 0.009 47 E 0.042 0.114 0.148 0.240 0.192 0.142 0.077 0.024 0.012 0.005 0.003 48 S 0.175 0.238 0.078 0.213 0.119 0.078 0.059 0.019 0.011 0.006 0.005 49 V 0.005 0.003 0.002 0.008 0.012 0.023 0.078 0.103 0.194 0.230 0.341 50 A 0.059 0.135 0.078 0.218 0.194 0.116 0.119 0.039 0.023 0.011 0.008 51 G 0.142 0.111 0.063 0.178 0.124 0.108 0.111 0.066 0.050 0.029 0.018 52 R 0.003 0.013 0.013 0.070 0.119 0.196 0.250 0.143 0.088 0.061 0.043 53 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.018 0.065 0.141 0.212 0.270 0.277 54 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.033 0.135 0.202 0.260 0.196 0.151 55 V 0.001 0.003 0.005 0.011 0.010 0.015 0.062 0.121 0.205 0.258 0.310 56 F 0.001 0.002 0.001 0.008 0.015 0.027 0.091 0.158 0.240 0.234 0.222 57 P 0.041 0.066 0.035 0.173 0.149 0.142 0.166 0.102 0.071 0.034 0.019 58 G 0.166 0.105 0.038 0.154 0.149 0.114 0.126 0.072 0.043 0.024 0.010 59 G 0.084 0.051 0.019 0.082 0.082 0.084 0.120 0.128 0.132 0.110 0.106 60 K 0.068 0.130 0.036 0.140 0.155 0.140 0.136 0.075 0.056 0.037 0.027 61 G 0.078 0.057 0.014 0.069 0.082 0.108 0.145 0.134 0.128 0.102 0.082 62 S 0.052 0.032 0.009 0.045 0.057 0.072 0.142 0.152 0.168 0.145 0.127 63 T 0.058 0.044 0.022 0.080 0.093 0.101 0.134 0.112 0.139 0.112 0.104 64 V 0.013 0.022 0.011 0.047 0.064 0.082 0.151 0.160 0.178 0.156 0.116 65 G 0.002 0.007 0.004 0.020 0.040 0.077 0.174 0.176 0.199 0.171 0.129 66 S 0.005 0.009 0.008 0.029 0.041 0.067 0.166 0.154 0.194 0.184 0.144 67 Y 0.006 0.012 0.014 0.062 0.085 0.125 0.201 0.169 0.146 0.108 0.073 68 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.009 0.049 0.120 0.225 0.292 0.289 69 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.034 0.076 0.169 0.288 0.415 70 L 0.001 0.002 0.035 0.044 0.054 0.087 0.201 0.157 0.198 0.137 0.086 71 N 0.001 0.002 0.014 0.049 0.097 0.180 0.326 0.173 0.100 0.042 0.018 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.032 0.081 0.209 0.334 0.335 73 R 0.001 0.002 0.005 0.039 0.079 0.130 0.259 0.214 0.156 0.079 0.037 74 K 0.023 0.070 0.224 0.199 0.168 0.139 0.099 0.041 0.024 0.009 0.004 75 N 0.053 0.074 0.046 0.159 0.166 0.198 0.193 0.070 0.026 0.012 0.004 76 G 0.564 0.191 0.041 0.095 0.041 0.026 0.020 0.010 0.006 0.004 0.002 77 V 0.040 0.139 0.044 0.166 0.170 0.149 0.134 0.072 0.043 0.026 0.016 78 A 0.031 0.032 0.008 0.036 0.053 0.059 0.122 0.144 0.198 0.166 0.150 79 P 0.045 0.042 0.019 0.073 0.094 0.124 0.203 0.132 0.122 0.078 0.068 80 K 0.053 0.074 0.040 0.166 0.171 0.160 0.165 0.075 0.049 0.030 0.018 81 A 0.014 0.017 0.015 0.052 0.056 0.086 0.149 0.147 0.163 0.152 0.149 82 I 0.006 0.006 0.007 0.021 0.027 0.044 0.103 0.137 0.202 0.233 0.214 83 I 0.002 0.006 0.011 0.022 0.028 0.041 0.120 0.154 0.206 0.209 0.200 84 N 0.009 0.022 0.031 0.081 0.089 0.098 0.178 0.148 0.139 0.108 0.096 85 K 0.058 0.055 0.051 0.139 0.183 0.167 0.191 0.076 0.045 0.022 0.014 86 K 0.185 0.174 0.079 0.217 0.141 0.086 0.070 0.023 0.013 0.006 0.003 87 T 0.078 0.062 0.037 0.107 0.124 0.131 0.162 0.092 0.093 0.069 0.044 88 E 0.088 0.063 0.046 0.097 0.118 0.143 0.210 0.100 0.070 0.040 0.025 89 T 0.064 0.075 0.075 0.148 0.147 0.153 0.178 0.077 0.046 0.025 0.013 90 I 0.011 0.011 0.015 0.026 0.031 0.050 0.150 0.168 0.204 0.196 0.139 91 I 0.006 0.006 0.021 0.027 0.030 0.041 0.115 0.140 0.201 0.209 0.203 92 A 0.003 0.004 0.040 0.015 0.015 0.025 0.101 0.128 0.204 0.234 0.229 93 V 0.004 0.005 0.070 0.040 0.035 0.048 0.134 0.158 0.196 0.186 0.125 94 G 0.003 0.006 0.046 0.025 0.026 0.048 0.180 0.182 0.203 0.173 0.108 95 A 0.004 0.004 0.069 0.015 0.012 0.019 0.075 0.103 0.185 0.234 0.279 96 A 0.002 0.003 0.037 0.014 0.013 0.020 0.077 0.112 0.197 0.245 0.280 97 M 0.002 0.006 0.043 0.021 0.021 0.028 0.091 0.128 0.217 0.218 0.225 98 A 0.005 0.006 0.033 0.020 0.024 0.045 0.138 0.139 0.209 0.196 0.184 99 E 0.058 0.041 0.087 0.106 0.108 0.123 0.193 0.105 0.088 0.055 0.034 100 I 0.010 0.022 0.038 0.060 0.067 0.097 0.184 0.151 0.162 0.125 0.084 101 P 0.038 0.043 0.044 0.058 0.058 0.077 0.144 0.123 0.153 0.145 0.118 102 L 0.023 0.021 0.016 0.036 0.047 0.071 0.173 0.148 0.172 0.152 0.141 103 V 0.032 0.044 0.033 0.081 0.094 0.105 0.172 0.136 0.137 0.100 0.067 104 E 0.203 0.147 0.078 0.199 0.139 0.086 0.070 0.033 0.023 0.013 0.009 105 V 0.150 0.082 0.047 0.091 0.088 0.096 0.145 0.100 0.090 0.066 0.046 106 R 0.122 0.113 0.052 0.112 0.116 0.120 0.138 0.082 0.070 0.051 0.024 107 D 0.313 0.263 0.077 0.139 0.079 0.048 0.042 0.017 0.011 0.007 0.004 108 E 0.285 0.124 0.109 0.190 0.122 0.069 0.054 0.023 0.015 0.007 0.003 109 K 0.320 0.217 0.091 0.158 0.093 0.058 0.036 0.013 0.008 0.004 0.003 110 F 0.014 0.033 0.028 0.087 0.100 0.145 0.200 0.147 0.127 0.078 0.041 111 F 0.017 0.016 0.022 0.043 0.078 0.132 0.224 0.176 0.158 0.089 0.045 112 E 0.124 0.166 0.414 0.176 0.070 0.026 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 113 A 0.042 0.068 0.080 0.162 0.146 0.157 0.174 0.079 0.049 0.030 0.013 114 V 0.016 0.013 0.012 0.032 0.045 0.068 0.133 0.154 0.189 0.178 0.159 115 K 0.205 0.210 0.215 0.166 0.094 0.057 0.034 0.010 0.006 0.002 0.001 116 T 0.084 0.123 0.113 0.171 0.125 0.106 0.133 0.065 0.042 0.025 0.012 117 G 0.420 0.142 0.045 0.103 0.085 0.069 0.060 0.031 0.022 0.014 0.009 118 D 0.145 0.149 0.074 0.179 0.133 0.107 0.105 0.046 0.032 0.019 0.012 119 R 0.052 0.068 0.066 0.165 0.161 0.136 0.144 0.081 0.064 0.040 0.023 120 V 0.028 0.022 0.020 0.047 0.062 0.101 0.190 0.164 0.164 0.126 0.076 121 V 0.039 0.098 0.100 0.271 0.201 0.117 0.096 0.041 0.022 0.010 0.005 122 V 0.007 0.011 0.017 0.030 0.047 0.081 0.155 0.161 0.190 0.169 0.133 123 N 0.106 0.329 0.113 0.219 0.124 0.051 0.034 0.012 0.006 0.003 0.002 124 A 0.231 0.077 0.035 0.100 0.113 0.116 0.142 0.079 0.058 0.034 0.015 125 D 0.566 0.177 0.061 0.102 0.047 0.023 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 126 E 0.117 0.210 0.129 0.285 0.131 0.063 0.042 0.013 0.007 0.002 0.001 127 G 0.037 0.026 0.012 0.029 0.040 0.072 0.148 0.163 0.176 0.167 0.129 128 Y 0.018 0.090 0.064 0.202 0.189 0.178 0.147 0.055 0.032 0.016 0.008 129 V 0.014 0.020 0.040 0.070 0.097 0.135 0.220 0.142 0.139 0.081 0.042 130 E 0.102 0.112 0.162 0.356 0.154 0.064 0.033 0.010 0.004 0.002 0.001 131 L 0.009 0.018 0.036 0.077 0.088 0.118 0.231 0.178 0.138 0.076 0.031 132 I 0.003 0.003 0.025 0.021 0.024 0.039 0.110 0.151 0.225 0.224 0.177 133 E 0.006 0.039 0.266 0.286 0.218 0.107 0.056 0.014 0.005 0.002 0.001 134 L 0.017 0.048 0.220 0.153 0.134 0.139 0.149 0.068 0.042 0.022 0.008 135 E 0.146 0.117 0.103 0.147 0.121 0.104 0.134 0.062 0.038 0.018 0.008 136 H 0.143 0.121 0.072 0.110 0.093 0.097 0.163 0.093 0.059 0.034 0.015 137 H 0.154 0.197 0.138 0.170 0.115 0.076 0.067 0.037 0.024 0.015 0.007 138 H 0.315 0.181 0.120 0.144 0.092 0.059 0.047 0.020 0.013 0.007 0.003 139 H 0.303 0.128 0.076 0.109 0.082 0.069 0.091 0.057 0.043 0.028 0.015 140 H 0.215 0.160 0.076 0.137 0.106 0.084 0.088 0.053 0.042 0.026 0.013 141 H 0.353 0.165 0.053 0.106 0.082 0.065 0.065 0.044 0.034 0.021 0.011