# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.3204 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.136 0.027 0.019 0.046 0.057 0.079 0.065 0.005 0.001 0.009 0.557 2 V 0.044 0.013 0.015 0.117 0.192 0.178 0.089 0.002 0.001 0.005 0.345 3 K 0.023 0.006 0.006 0.114 0.119 0.191 0.083 0.001 0.001 0.004 0.451 4 F 0.012 0.006 0.004 0.208 0.192 0.336 0.048 0.001 0.001 0.003 0.190 5 A 0.009 0.005 0.001 0.211 0.202 0.304 0.068 0.001 0.001 0.003 0.196 6 C 0.011 0.005 0.002 0.184 0.148 0.246 0.048 0.001 0.001 0.004 0.351 7 R 0.008 0.004 0.001 0.254 0.179 0.289 0.069 0.001 0.001 0.004 0.192 8 A 0.017 0.006 0.002 0.182 0.140 0.229 0.064 0.001 0.001 0.006 0.353 9 I 0.012 0.012 0.002 0.211 0.192 0.313 0.073 0.001 0.001 0.004 0.180 10 T 0.018 0.017 0.002 0.106 0.190 0.325 0.084 0.001 0.001 0.005 0.252 11 R 0.020 0.017 0.002 0.059 0.101 0.168 0.061 0.001 0.001 0.004 0.566 12 G 0.056 0.015 0.003 0.032 0.077 0.118 0.137 0.002 0.001 0.014 0.546 13 R 0.197 0.030 0.018 0.036 0.071 0.092 0.127 0.003 0.001 0.019 0.407 14 A 0.032 0.047 0.007 0.062 0.131 0.150 0.100 0.002 0.001 0.006 0.463 15 E 0.032 0.035 0.003 0.075 0.161 0.303 0.092 0.002 0.001 0.009 0.287 16 G 0.068 0.042 0.007 0.066 0.125 0.238 0.053 0.003 0.001 0.009 0.389 17 E 0.039 0.029 0.008 0.108 0.208 0.257 0.058 0.002 0.001 0.005 0.286 18 A 0.028 0.017 0.006 0.112 0.204 0.312 0.069 0.002 0.001 0.005 0.245 19 L 0.013 0.018 0.003 0.219 0.273 0.333 0.029 0.001 0.001 0.002 0.109 20 V 0.006 0.023 0.001 0.218 0.202 0.382 0.048 0.001 0.001 0.002 0.117 21 T 0.025 0.028 0.002 0.140 0.208 0.356 0.071 0.002 0.001 0.004 0.163 22 K 0.019 0.021 0.006 0.088 0.066 0.153 0.069 0.002 0.001 0.006 0.568 23 E 0.022 0.012 0.005 0.041 0.070 0.137 0.248 0.002 0.001 0.013 0.451 24 Y 0.060 0.016 0.012 0.029 0.032 0.051 0.156 0.001 0.001 0.019 0.624 25 I 0.049 0.081 0.005 0.066 0.107 0.151 0.168 0.002 0.001 0.010 0.360 26 S 0.065 0.106 0.002 0.055 0.089 0.147 0.130 0.003 0.001 0.008 0.396 27 F 0.079 0.298 0.003 0.033 0.094 0.093 0.048 0.004 0.001 0.004 0.343 28 L 0.127 0.320 0.008 0.021 0.075 0.142 0.064 0.007 0.001 0.013 0.222 29 G 0.094 0.169 0.017 0.026 0.090 0.186 0.160 0.024 0.001 0.014 0.221 30 G 0.236 0.043 0.018 0.027 0.119 0.084 0.063 0.050 0.001 0.016 0.345 31 I 0.121 0.020 0.279 0.032 0.068 0.083 0.071 0.004 0.001 0.011 0.311 32 D 0.005 0.004 0.004 0.068 0.233 0.203 0.177 0.002 0.001 0.002 0.301 33 K 0.004 0.001 0.001 0.025 0.024 0.023 0.024 0.001 0.001 0.002 0.894 34 E 0.016 0.003 0.001 0.016 0.025 0.050 0.603 0.001 0.001 0.024 0.260 35 T 0.545 0.004 0.002 0.019 0.009 0.014 0.173 0.003 0.001 0.112 0.120 36 G 0.563 0.015 0.012 0.049 0.015 0.011 0.153 0.005 0.001 0.037 0.140 37 I 0.071 0.004 0.082 0.076 0.053 0.048 0.171 0.001 0.001 0.015 0.479 38 V 0.005 0.001 0.005 0.139 0.089 0.167 0.130 0.001 0.001 0.002 0.460 39 K 0.004 0.001 0.001 0.067 0.049 0.123 0.076 0.001 0.001 0.002 0.676 40 E 0.005 0.002 0.001 0.026 0.038 0.098 0.094 0.001 0.001 0.003 0.733 41 D 0.024 0.003 0.001 0.023 0.033 0.066 0.306 0.001 0.001 0.012 0.531 42 C 0.119 0.016 0.001 0.067 0.026 0.052 0.198 0.001 0.001 0.014 0.506 43 E 0.051 0.086 0.001 0.043 0.024 0.036 0.165 0.001 0.001 0.008 0.584 44 I 0.100 0.207 0.004 0.017 0.034 0.071 0.141 0.003 0.001 0.015 0.408 45 K 0.100 0.368 0.003 0.009 0.029 0.052 0.088 0.008 0.001 0.003 0.341 46 G 0.296 0.179 0.005 0.007 0.028 0.019 0.039 0.038 0.001 0.010 0.380 47 E 0.315 0.117 0.203 0.003 0.015 0.027 0.051 0.002 0.001 0.015 0.250 48 S 0.023 0.051 0.011 0.023 0.132 0.102 0.165 0.012 0.001 0.003 0.477 49 V 0.061 0.087 0.006 0.037 0.078 0.069 0.070 0.005 0.001 0.008 0.581 50 A 0.044 0.115 0.002 0.044 0.085 0.132 0.204 0.009 0.001 0.016 0.347 51 G 0.160 0.042 0.006 0.038 0.066 0.088 0.198 0.024 0.001 0.056 0.322 52 R 0.441 0.017 0.042 0.212 0.069 0.059 0.049 0.007 0.001 0.020 0.084 53 I 0.025 0.005 0.041 0.268 0.232 0.186 0.065 0.002 0.001 0.004 0.171 54 L 0.001 0.001 0.001 0.323 0.314 0.321 0.012 0.001 0.001 0.001 0.027 55 V 0.001 0.001 0.001 0.362 0.164 0.350 0.022 0.001 0.001 0.001 0.100 56 F 0.002 0.001 0.001 0.296 0.323 0.261 0.025 0.001 0.001 0.001 0.091 57 P 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.951 58 G 0.001 0.001 0.001 0.109 0.075 0.285 0.194 0.001 0.001 0.006 0.330 59 G 0.114 0.001 0.001 0.038 0.019 0.037 0.122 0.001 0.001 0.054 0.614 60 K 0.084 0.005 0.001 0.032 0.031 0.032 0.150 0.001 0.001 0.012 0.653 61 G 0.102 0.004 0.003 0.040 0.051 0.067 0.133 0.001 0.001 0.013 0.587 62 S 0.092 0.016 0.003 0.046 0.067 0.096 0.152 0.001 0.001 0.008 0.519 63 T 0.025 0.019 0.002 0.020 0.070 0.115 0.128 0.001 0.001 0.003 0.617 64 V 0.027 0.038 0.002 0.031 0.090 0.194 0.111 0.001 0.001 0.006 0.500 65 G 0.045 0.063 0.002 0.028 0.060 0.140 0.195 0.002 0.001 0.015 0.450 66 S 0.091 0.127 0.006 0.025 0.029 0.083 0.180 0.003 0.001 0.016 0.439 67 Y 0.049 0.244 0.003 0.025 0.024 0.024 0.130 0.003 0.001 0.004 0.494 68 V 0.018 0.646 0.004 0.014 0.017 0.036 0.067 0.001 0.001 0.003 0.192 69 L 0.004 0.902 0.001 0.006 0.012 0.032 0.011 0.001 0.001 0.001 0.030 70 L 0.003 0.940 0.001 0.002 0.006 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.032 71 N 0.012 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 72 L 0.015 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 73 R 0.004 0.972 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 74 K 0.036 0.894 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.055 75 N 0.063 0.851 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 0.040 76 G 0.540 0.252 0.030 0.001 0.001 0.001 0.008 0.043 0.001 0.005 0.120 77 V 0.015 0.024 0.933 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 78 A 0.014 0.167 0.027 0.181 0.060 0.138 0.067 0.010 0.001 0.002 0.335 79 P 0.009 0.026 0.003 0.018 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.933 80 K 0.028 0.188 0.001 0.282 0.094 0.125 0.032 0.004 0.001 0.002 0.244 81 A 0.040 0.293 0.002 0.205 0.039 0.099 0.025 0.005 0.001 0.002 0.292 82 I 0.025 0.460 0.001 0.219 0.090 0.098 0.009 0.003 0.001 0.001 0.095 83 I 0.022 0.521 0.001 0.080 0.087 0.212 0.013 0.004 0.001 0.001 0.059 84 N 0.057 0.495 0.003 0.063 0.066 0.176 0.020 0.019 0.001 0.002 0.098 85 K 0.108 0.382 0.027 0.041 0.060 0.072 0.040 0.030 0.001 0.002 0.238 86 K 0.094 0.235 0.048 0.046 0.050 0.086 0.098 0.024 0.001 0.009 0.310 87 T 0.043 0.051 0.039 0.020 0.032 0.038 0.089 0.008 0.001 0.007 0.674 88 E 0.066 0.061 0.020 0.059 0.036 0.068 0.150 0.005 0.001 0.014 0.521 89 T 0.147 0.060 0.014 0.042 0.040 0.049 0.108 0.004 0.001 0.012 0.524 90 I 0.096 0.113 0.010 0.177 0.146 0.138 0.101 0.002 0.001 0.006 0.211 91 I 0.015 0.124 0.005 0.217 0.157 0.288 0.046 0.001 0.001 0.002 0.145 92 A 0.007 0.109 0.002 0.230 0.227 0.356 0.019 0.001 0.001 0.001 0.048 93 V 0.005 0.149 0.001 0.152 0.150 0.388 0.031 0.002 0.001 0.001 0.121 94 G 0.034 0.155 0.005 0.173 0.126 0.263 0.029 0.005 0.001 0.004 0.205 95 A 0.020 0.133 0.012 0.223 0.202 0.261 0.040 0.002 0.001 0.003 0.103 96 A 0.008 0.098 0.002 0.281 0.169 0.229 0.043 0.003 0.001 0.002 0.165 97 M 0.037 0.185 0.007 0.157 0.170 0.215 0.040 0.004 0.001 0.002 0.184 98 A 0.028 0.305 0.002 0.152 0.101 0.259 0.040 0.006 0.001 0.002 0.104 99 E 0.089 0.146 0.013 0.047 0.035 0.108 0.062 0.019 0.001 0.009 0.471 100 I 0.146 0.081 0.097 0.071 0.046 0.086 0.060 0.007 0.001 0.003 0.404 101 P 0.003 0.003 0.002 0.011 0.005 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.965 102 L 0.036 0.012 0.004 0.038 0.027 0.066 0.082 0.001 0.001 0.004 0.730 103 V 0.152 0.042 0.003 0.042 0.040 0.059 0.045 0.003 0.001 0.003 0.611 104 E 0.152 0.147 0.002 0.061 0.034 0.058 0.068 0.004 0.001 0.003 0.470 105 V 0.148 0.065 0.007 0.031 0.027 0.053 0.074 0.002 0.001 0.005 0.587 106 R 0.084 0.081 0.006 0.067 0.059 0.103 0.131 0.004 0.001 0.005 0.461 107 D 0.072 0.048 0.006 0.023 0.023 0.039 0.114 0.004 0.001 0.006 0.664 108 E 0.094 0.067 0.010 0.032 0.025 0.038 0.091 0.003 0.001 0.009 0.630 109 K 0.103 0.065 0.007 0.025 0.031 0.043 0.247 0.003 0.001 0.010 0.465 110 F 0.073 0.077 0.013 0.022 0.021 0.040 0.098 0.002 0.001 0.005 0.649 111 F 0.044 0.184 0.004 0.047 0.070 0.160 0.081 0.002 0.001 0.005 0.401 112 E 0.081 0.181 0.004 0.017 0.061 0.104 0.077 0.003 0.001 0.005 0.466 113 A 0.105 0.242 0.003 0.011 0.047 0.054 0.028 0.006 0.001 0.002 0.502 114 V 0.134 0.306 0.005 0.027 0.112 0.147 0.041 0.013 0.001 0.006 0.211 115 K 0.103 0.277 0.008 0.015 0.064 0.094 0.098 0.013 0.001 0.007 0.322 116 T 0.126 0.230 0.007 0.018 0.055 0.072 0.073 0.029 0.001 0.008 0.382 117 G 0.351 0.096 0.019 0.017 0.024 0.032 0.089 0.022 0.001 0.025 0.324 118 D 0.223 0.027 0.059 0.021 0.035 0.029 0.185 0.009 0.001 0.024 0.389 119 R 0.073 0.014 0.091 0.070 0.069 0.094 0.142 0.003 0.001 0.013 0.431 120 V 0.027 0.007 0.009 0.158 0.255 0.278 0.108 0.001 0.001 0.005 0.152 121 V 0.013 0.005 0.002 0.125 0.212 0.317 0.062 0.001 0.001 0.002 0.261 122 V 0.005 0.003 0.001 0.159 0.219 0.404 0.033 0.001 0.001 0.001 0.173 123 N 0.009 0.002 0.001 0.104 0.195 0.280 0.124 0.001 0.001 0.003 0.282 124 A 0.005 0.001 0.001 0.035 0.029 0.044 0.048 0.001 0.001 0.004 0.833 125 D 0.008 0.002 0.001 0.028 0.024 0.043 0.466 0.001 0.001 0.010 0.418 126 E 0.288 0.007 0.002 0.022 0.010 0.018 0.226 0.001 0.001 0.073 0.353 127 G 0.280 0.064 0.006 0.031 0.031 0.031 0.232 0.002 0.001 0.029 0.293 128 Y 0.109 0.072 0.021 0.038 0.055 0.092 0.218 0.001 0.001 0.017 0.377 129 V 0.019 0.084 0.006 0.052 0.097 0.216 0.057 0.001 0.001 0.003 0.464 130 E 0.011 0.074 0.001 0.050 0.200 0.354 0.048 0.001 0.001 0.002 0.259 131 L 0.038 0.170 0.003 0.027 0.126 0.253 0.048 0.002 0.001 0.004 0.330 132 I 0.030 0.242 0.003 0.075 0.198 0.316 0.023 0.004 0.001 0.002 0.108 133 E 0.031 0.245 0.003 0.067 0.127 0.287 0.036 0.007 0.001 0.003 0.195 134 L 0.074 0.228 0.006 0.050 0.099 0.172 0.035 0.019 0.001 0.003 0.314 135 E 0.141 0.185 0.017 0.043 0.072 0.112 0.059 0.027 0.001 0.005 0.338 136 H 0.126 0.080 0.026 0.028 0.040 0.063 0.116 0.018 0.001 0.008 0.495 137 H 0.059 0.027 0.023 0.019 0.022 0.030 0.087 0.005 0.001 0.004 0.724 138 H 0.048 0.017 0.006 0.013 0.011 0.017 0.094 0.002 0.001 0.004 0.788 139 H 0.126 0.018 0.004 0.011 0.010 0.016 0.146 0.002 0.001 0.009 0.658 140 H 0.206 0.028 0.006 0.013 0.012 0.016 0.124 0.002 0.001 0.010 0.582 141 H 0.108 0.030 0.005 0.016 0.014 0.021 0.142 0.001 0.001 0.007 0.653