# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.3204 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.004 0.048 0.074 0.123 0.081 0.006 0.621 2 V 0.028 0.005 0.124 0.329 0.309 0.040 0.004 0.161 3 K 0.008 0.003 0.087 0.188 0.245 0.030 0.002 0.437 4 F 0.005 0.003 0.129 0.311 0.386 0.021 0.002 0.144 5 A 0.008 0.002 0.131 0.252 0.345 0.047 0.003 0.213 6 C 0.010 0.002 0.125 0.168 0.289 0.052 0.004 0.350 7 R 0.015 0.003 0.249 0.262 0.301 0.046 0.003 0.121 8 A 0.009 0.003 0.114 0.172 0.221 0.043 0.003 0.435 9 I 0.012 0.005 0.205 0.171 0.335 0.047 0.006 0.220 10 T 0.014 0.011 0.189 0.211 0.239 0.067 0.006 0.263 11 R 0.010 0.012 0.085 0.125 0.203 0.059 0.007 0.499 12 G 0.032 0.016 0.066 0.106 0.155 0.090 0.018 0.517 13 R 0.128 0.008 0.060 0.071 0.105 0.157 0.020 0.450 14 A 0.054 0.014 0.061 0.259 0.188 0.096 0.011 0.316 15 E 0.051 0.007 0.059 0.193 0.395 0.092 0.009 0.195 16 G 0.025 0.009 0.068 0.316 0.330 0.042 0.007 0.202 17 E 0.021 0.004 0.089 0.280 0.363 0.038 0.003 0.201 18 A 0.007 0.004 0.050 0.239 0.347 0.038 0.002 0.315 19 L 0.010 0.005 0.093 0.282 0.541 0.020 0.002 0.047 20 V 0.011 0.009 0.090 0.357 0.369 0.030 0.003 0.131 21 T 0.010 0.013 0.121 0.246 0.412 0.028 0.005 0.165 22 K 0.017 0.009 0.081 0.106 0.250 0.082 0.010 0.444 23 E 0.038 0.009 0.042 0.053 0.080 0.190 0.012 0.577 24 Y 0.029 0.010 0.043 0.038 0.057 0.118 0.009 0.696 25 I 0.124 0.035 0.137 0.134 0.183 0.119 0.018 0.251 26 S 0.046 0.065 0.223 0.141 0.180 0.118 0.016 0.211 27 F 0.059 0.068 0.150 0.125 0.234 0.054 0.016 0.293 28 L 0.042 0.051 0.091 0.101 0.193 0.088 0.007 0.427 29 G 0.107 0.024 0.051 0.167 0.187 0.151 0.037 0.276 30 G 0.138 0.027 0.137 0.092 0.098 0.075 0.020 0.413 31 I 0.072 0.020 0.121 0.138 0.189 0.098 0.012 0.349 32 D 0.027 0.016 0.061 0.103 0.193 0.130 0.006 0.463 33 K 0.011 0.010 0.018 0.026 0.077 0.051 0.004 0.803 34 E 0.029 0.012 0.027 0.015 0.029 0.588 0.013 0.288 35 T 0.456 0.017 0.019 0.018 0.015 0.269 0.063 0.143 36 G 0.421 0.051 0.165 0.098 0.037 0.042 0.047 0.138 37 I 0.008 0.004 0.351 0.045 0.072 0.048 0.004 0.467 38 V 0.010 0.004 0.113 0.145 0.344 0.070 0.002 0.312 39 K 0.014 0.009 0.063 0.082 0.247 0.077 0.003 0.506 40 E 0.013 0.008 0.054 0.037 0.096 0.124 0.004 0.665 41 D 0.052 0.014 0.024 0.022 0.037 0.188 0.011 0.652 42 C 0.280 0.018 0.022 0.032 0.043 0.096 0.020 0.490 43 E 0.041 0.025 0.035 0.038 0.054 0.188 0.014 0.604 44 I 0.094 0.038 0.028 0.043 0.089 0.212 0.017 0.480 45 K 0.172 0.074 0.043 0.071 0.104 0.171 0.016 0.349 46 G 0.118 0.067 0.038 0.124 0.135 0.069 0.023 0.424 47 E 0.148 0.027 0.110 0.138 0.189 0.083 0.010 0.294 48 S 0.012 0.019 0.027 0.141 0.179 0.056 0.006 0.559 49 V 0.050 0.026 0.056 0.170 0.346 0.066 0.012 0.273 50 A 0.031 0.016 0.067 0.127 0.147 0.208 0.016 0.389 51 G 0.112 0.011 0.074 0.148 0.134 0.101 0.054 0.365 52 R 0.346 0.002 0.150 0.054 0.094 0.183 0.012 0.160 53 I 0.005 0.003 0.350 0.302 0.170 0.032 0.002 0.135 54 L 0.002 0.001 0.220 0.271 0.464 0.009 0.002 0.031 55 V 0.003 0.001 0.329 0.141 0.336 0.010 0.002 0.178 56 F 0.002 0.001 0.451 0.225 0.252 0.016 0.001 0.052 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 58 G 0.002 0.001 0.072 0.058 0.309 0.114 0.003 0.442 59 G 0.146 0.001 0.019 0.011 0.017 0.134 0.008 0.664 60 K 0.077 0.002 0.049 0.029 0.027 0.145 0.007 0.664 61 G 0.044 0.007 0.038 0.044 0.047 0.129 0.007 0.684 62 S 0.130 0.011 0.089 0.044 0.075 0.142 0.011 0.497 63 T 0.030 0.013 0.048 0.042 0.056 0.219 0.007 0.584 64 V 0.047 0.021 0.035 0.035 0.059 0.215 0.007 0.580 65 G 0.030 0.066 0.041 0.053 0.052 0.212 0.012 0.535 66 S 0.134 0.042 0.018 0.023 0.059 0.229 0.008 0.486 67 Y 0.026 0.121 0.037 0.075 0.081 0.105 0.003 0.552 68 V 0.029 0.263 0.015 0.103 0.177 0.150 0.006 0.257 69 L 0.026 0.613 0.022 0.058 0.151 0.041 0.004 0.085 70 L 0.011 0.842 0.006 0.027 0.065 0.011 0.002 0.036 71 N 0.007 0.929 0.003 0.015 0.015 0.003 0.003 0.025 72 L 0.058 0.843 0.007 0.010 0.025 0.005 0.015 0.036 73 R 0.032 0.913 0.003 0.008 0.012 0.003 0.008 0.021 74 K 0.067 0.816 0.012 0.009 0.011 0.006 0.033 0.047 75 N 0.153 0.592 0.018 0.011 0.007 0.009 0.115 0.095 76 G 0.659 0.053 0.016 0.005 0.003 0.006 0.165 0.093 77 V 0.114 0.049 0.350 0.020 0.019 0.110 0.048 0.288 78 A 0.049 0.022 0.077 0.045 0.073 0.171 0.012 0.550 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 80 K 0.010 0.007 0.101 0.083 0.112 0.223 0.004 0.459 81 A 0.183 0.031 0.260 0.081 0.111 0.102 0.007 0.226 82 I 0.043 0.035 0.190 0.296 0.345 0.028 0.006 0.057 83 I 0.027 0.035 0.218 0.244 0.335 0.028 0.003 0.110 84 N 0.013 0.032 0.268 0.217 0.328 0.024 0.005 0.112 85 K 0.020 0.037 0.131 0.225 0.239 0.062 0.012 0.273 86 K 0.027 0.023 0.094 0.070 0.151 0.165 0.018 0.451 87 T 0.034 0.018 0.046 0.031 0.070 0.167 0.012 0.623 88 E 0.060 0.038 0.039 0.037 0.043 0.234 0.014 0.534 89 T 0.031 0.034 0.024 0.015 0.018 0.131 0.010 0.737 90 I 0.073 0.149 0.124 0.064 0.071 0.133 0.019 0.368 91 I 0.035 0.302 0.173 0.106 0.096 0.083 0.011 0.194 92 A 0.016 0.298 0.169 0.105 0.169 0.059 0.007 0.178 93 V 0.012 0.325 0.134 0.135 0.176 0.045 0.006 0.168 94 G 0.025 0.336 0.115 0.130 0.161 0.046 0.016 0.171 95 A 0.041 0.350 0.175 0.107 0.135 0.039 0.014 0.140 96 A 0.037 0.402 0.096 0.119 0.165 0.048 0.020 0.113 97 M 0.105 0.431 0.064 0.069 0.145 0.043 0.019 0.124 98 A 0.075 0.505 0.083 0.095 0.102 0.023 0.034 0.081 99 E 0.176 0.194 0.060 0.050 0.056 0.028 0.171 0.267 100 I 0.256 0.042 0.130 0.056 0.067 0.037 0.044 0.367 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 102 L 0.018 0.011 0.033 0.053 0.150 0.099 0.008 0.629 103 V 0.114 0.040 0.055 0.057 0.074 0.082 0.010 0.569 104 E 0.082 0.072 0.061 0.084 0.098 0.105 0.011 0.488 105 V 0.083 0.046 0.040 0.041 0.052 0.063 0.008 0.666 106 R 0.133 0.089 0.065 0.086 0.105 0.101 0.014 0.408 107 D 0.038 0.039 0.034 0.043 0.057 0.081 0.013 0.695 108 E 0.042 0.044 0.034 0.029 0.054 0.067 0.009 0.721 109 K 0.062 0.097 0.042 0.067 0.072 0.250 0.014 0.396 110 F 0.049 0.052 0.022 0.024 0.046 0.135 0.012 0.659 111 F 0.068 0.214 0.071 0.083 0.139 0.090 0.007 0.328 112 E 0.035 0.191 0.041 0.102 0.127 0.143 0.012 0.349 113 A 0.054 0.119 0.015 0.030 0.064 0.049 0.010 0.658 114 V 0.132 0.298 0.038 0.110 0.148 0.054 0.020 0.200 115 K 0.114 0.178 0.040 0.131 0.119 0.102 0.039 0.277 116 T 0.064 0.133 0.052 0.097 0.124 0.044 0.040 0.445 117 G 0.132 0.058 0.061 0.100 0.108 0.066 0.075 0.399 118 D 0.200 0.011 0.051 0.050 0.056 0.196 0.036 0.402 119 R 0.078 0.008 0.088 0.130 0.155 0.126 0.010 0.406 120 V 0.044 0.005 0.070 0.298 0.432 0.057 0.003 0.090 121 V 0.008 0.003 0.079 0.269 0.297 0.025 0.002 0.317 122 V 0.004 0.003 0.076 0.318 0.402 0.021 0.001 0.176 123 N 0.003 0.006 0.028 0.244 0.415 0.037 0.001 0.265 124 A 0.009 0.004 0.015 0.050 0.220 0.045 0.003 0.653 125 D 0.022 0.009 0.009 0.026 0.050 0.361 0.009 0.515 126 E 0.290 0.010 0.005 0.011 0.016 0.425 0.020 0.223 127 G 0.319 0.162 0.018 0.062 0.037 0.106 0.017 0.279 128 Y 0.055 0.103 0.073 0.094 0.163 0.136 0.014 0.362 129 V 0.024 0.101 0.042 0.162 0.225 0.070 0.004 0.372 130 E 0.014 0.192 0.043 0.204 0.295 0.037 0.004 0.212 131 L 0.017 0.217 0.033 0.141 0.297 0.050 0.005 0.240 132 I 0.019 0.480 0.052 0.161 0.209 0.017 0.005 0.057 133 E 0.022 0.549 0.028 0.120 0.166 0.024 0.007 0.085 134 L 0.056 0.505 0.031 0.083 0.129 0.022 0.021 0.152 135 E 0.145 0.370 0.030 0.052 0.070 0.048 0.042 0.243 136 H 0.177 0.229 0.028 0.037 0.043 0.046 0.050 0.389 137 H 0.087 0.132 0.032 0.024 0.037 0.062 0.029 0.597 138 H 0.067 0.066 0.018 0.013 0.021 0.072 0.022 0.721 139 H 0.155 0.063 0.020 0.012 0.017 0.110 0.028 0.594 140 H 0.173 0.050 0.028 0.014 0.018 0.110 0.023 0.584 141 H 0.088 0.042 0.038 0.023 0.031 0.107 0.013 0.659