# TARGET T0357 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 39 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.192 0.211 0.045 0.015 0.373 0.010 0.011 0.027 0.029 0.040 0.047 2 V 0.207 0.154 0.012 0.002 0.577 0.002 0.004 0.010 0.005 0.006 0.022 3 K 0.361 0.061 0.008 0.002 0.501 0.003 0.004 0.007 0.004 0.009 0.041 4 F 0.273 0.134 0.025 0.016 0.446 0.012 0.006 0.018 0.008 0.015 0.047 5 A 0.178 0.045 0.030 0.067 0.150 0.061 0.063 0.058 0.043 0.154 0.152 6 C 0.081 0.259 0.216 0.112 0.182 0.005 0.004 0.018 0.018 0.060 0.046 7 R 0.056 0.377 0.139 0.020 0.255 0.013 0.031 0.049 0.030 0.020 0.012 8 A 0.271 0.160 0.030 0.002 0.448 0.003 0.009 0.032 0.012 0.006 0.028 9 I 0.241 0.051 0.011 0.025 0.218 0.078 0.114 0.073 0.038 0.062 0.090 10 T 0.167 0.206 0.103 0.046 0.287 0.024 0.021 0.035 0.021 0.039 0.052 11 R 0.045 0.050 0.043 0.132 0.048 0.130 0.123 0.134 0.133 0.125 0.037 12 G 0.047 0.123 0.145 0.154 0.094 0.027 0.027 0.071 0.100 0.158 0.055 13 R 0.235 0.148 0.039 0.018 0.246 0.020 0.034 0.066 0.065 0.063 0.066 14 A 0.202 0.146 0.036 0.016 0.389 0.016 0.024 0.044 0.022 0.059 0.047 15 E 0.197 0.048 0.028 0.056 0.129 0.069 0.103 0.067 0.052 0.158 0.095 16 G 0.047 0.137 0.216 0.391 0.085 0.026 0.004 0.011 0.008 0.049 0.026 17 E 0.114 0.289 0.039 0.003 0.485 0.002 0.008 0.022 0.008 0.011 0.019 18 A 0.180 0.164 0.017 0.001 0.622 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 19 L 0.259 0.092 0.007 0.001 0.608 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.021 20 V 0.342 0.034 0.009 0.028 0.135 0.088 0.020 0.008 0.008 0.083 0.244 21 T 0.007 0.259 0.304 0.336 0.050 0.014 0.009 0.011 0.005 0.004 0.002 22 K 0.017 0.020 0.017 0.057 0.011 0.070 0.133 0.115 0.206 0.316 0.037 23 E 0.016 0.353 0.408 0.062 0.096 0.004 0.008 0.019 0.018 0.008 0.007 24 Y 0.140 0.232 0.044 0.010 0.277 0.012 0.037 0.074 0.058 0.050 0.067 25 I 0.171 0.259 0.055 0.008 0.347 0.006 0.011 0.030 0.030 0.034 0.048 26 S 0.230 0.098 0.075 0.028 0.223 0.040 0.041 0.047 0.052 0.055 0.112 27 F 0.131 0.087 0.068 0.036 0.140 0.024 0.039 0.151 0.183 0.081 0.059 28 L 0.057 0.140 0.158 0.077 0.110 0.075 0.059 0.091 0.085 0.118 0.031 29 G 0.050 0.149 0.057 0.118 0.103 0.096 0.070 0.046 0.053 0.195 0.062 30 G 0.097 0.074 0.076 0.027 0.169 0.007 0.013 0.049 0.050 0.317 0.122 31 I 0.110 0.421 0.096 0.007 0.249 0.005 0.007 0.020 0.015 0.034 0.035 32 D 0.120 0.112 0.032 0.003 0.681 0.001 0.001 0.016 0.012 0.006 0.016 33 K 0.005 0.018 0.023 0.016 0.010 0.018 0.066 0.434 0.381 0.027 0.002 34 E 0.001 0.006 0.008 0.008 0.002 0.032 0.474 0.309 0.090 0.067 0.002 35 T 0.024 0.595 0.117 0.011 0.130 0.008 0.013 0.037 0.026 0.028 0.011 36 G 0.047 0.042 0.078 0.154 0.077 0.053 0.036 0.064 0.065 0.163 0.221 37 I 0.156 0.208 0.056 0.004 0.332 0.006 0.024 0.086 0.041 0.047 0.041 38 V 0.103 0.218 0.086 0.019 0.196 0.022 0.047 0.063 0.066 0.107 0.074 39 K 0.116 0.235 0.166 0.034 0.247 0.011 0.012 0.032 0.045 0.065 0.038 40 E 0.016 0.096 0.051 0.028 0.042 0.028 0.160 0.295 0.190 0.082 0.014 41 D 0.022 0.096 0.071 0.020 0.045 0.015 0.028 0.029 0.039 0.583 0.052 42 C 0.089 0.197 0.088 0.010 0.513 0.003 0.004 0.035 0.035 0.012 0.014 43 E 0.013 0.041 0.017 0.005 0.027 0.008 0.043 0.490 0.325 0.025 0.005 44 I 0.004 0.003 0.002 0.006 0.004 0.046 0.554 0.195 0.092 0.091 0.004 45 K 0.017 0.474 0.079 0.021 0.074 0.033 0.120 0.096 0.046 0.032 0.007 46 G 0.038 0.008 0.010 0.046 0.014 0.011 0.005 0.014 0.042 0.503 0.309 47 E 0.041 0.386 0.263 0.037 0.179 0.011 0.012 0.023 0.027 0.012 0.008 48 S 0.215 0.119 0.038 0.021 0.234 0.011 0.039 0.084 0.083 0.055 0.100 49 V 0.088 0.023 0.017 0.060 0.056 0.108 0.124 0.077 0.095 0.291 0.059 50 A 0.010 0.075 0.030 0.082 0.029 0.195 0.405 0.095 0.041 0.034 0.004 51 G 0.031 0.007 0.009 0.103 0.013 0.008 0.002 0.010 0.029 0.575 0.214 52 R 0.014 0.400 0.300 0.037 0.228 0.002 0.004 0.006 0.003 0.004 0.002 53 I 0.120 0.214 0.027 0.001 0.623 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 54 L 0.214 0.078 0.005 0.001 0.645 0.001 0.006 0.008 0.001 0.002 0.038 55 V 0.199 0.086 0.006 0.006 0.376 0.013 0.022 0.021 0.009 0.133 0.128 56 F 0.068 0.401 0.256 0.031 0.191 0.005 0.004 0.008 0.005 0.013 0.017 57 P 0.076 0.124 0.078 0.043 0.122 0.059 0.069 0.192 0.151 0.047 0.041 58 G 0.026 0.119 0.061 0.080 0.041 0.028 0.067 0.063 0.128 0.314 0.072 59 G 0.032 0.119 0.124 0.092 0.048 0.045 0.047 0.066 0.086 0.281 0.061 60 K 0.016 0.069 0.060 0.054 0.038 0.156 0.284 0.154 0.104 0.048 0.016 61 G 0.035 0.068 0.133 0.172 0.045 0.061 0.020 0.058 0.109 0.216 0.082 62 S 0.059 0.127 0.083 0.038 0.140 0.035 0.056 0.202 0.131 0.099 0.030 63 T 0.050 0.027 0.021 0.014 0.051 0.018 0.032 0.240 0.222 0.260 0.064 64 V 0.011 0.048 0.045 0.016 0.029 0.007 0.036 0.499 0.222 0.068 0.019 65 G 0.003 0.013 0.023 0.022 0.006 0.006 0.008 0.667 0.196 0.052 0.003 66 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.835 0.146 0.002 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.055 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.958 0.034 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.059 0.002 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.057 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.040 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.919 0.057 0.004 0.001 73 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.782 0.164 0.013 0.002 74 K 0.002 0.014 0.005 0.005 0.004 0.016 0.179 0.680 0.078 0.016 0.001 75 N 0.001 0.681 0.252 0.020 0.017 0.007 0.008 0.004 0.002 0.007 0.001 76 G 0.050 0.015 0.015 0.019 0.014 0.009 0.007 0.010 0.010 0.450 0.402 77 V 0.069 0.304 0.134 0.032 0.131 0.027 0.042 0.063 0.058 0.093 0.047 78 A 0.045 0.330 0.157 0.066 0.163 0.030 0.022 0.084 0.037 0.039 0.027 79 P 0.131 0.167 0.059 0.017 0.208 0.032 0.047 0.179 0.073 0.056 0.033 80 K 0.179 0.075 0.025 0.011 0.321 0.008 0.018 0.185 0.084 0.045 0.049 81 A 0.115 0.157 0.062 0.024 0.367 0.015 0.018 0.155 0.041 0.019 0.026 82 I 0.164 0.135 0.017 0.001 0.511 0.003 0.017 0.105 0.019 0.011 0.016 83 I 0.335 0.068 0.008 0.003 0.315 0.011 0.025 0.106 0.033 0.030 0.066 84 N 0.132 0.161 0.039 0.027 0.291 0.027 0.043 0.144 0.054 0.038 0.047 85 K 0.049 0.105 0.083 0.056 0.085 0.076 0.099 0.209 0.109 0.099 0.031 86 K 0.076 0.244 0.150 0.019 0.145 0.010 0.043 0.120 0.068 0.085 0.039 87 T 0.073 0.095 0.049 0.020 0.076 0.018 0.025 0.231 0.207 0.131 0.075 88 E 0.012 0.262 0.126 0.015 0.084 0.012 0.045 0.319 0.109 0.013 0.003 89 T 0.057 0.026 0.007 0.002 0.084 0.002 0.017 0.566 0.200 0.023 0.015 90 I 0.025 0.031 0.004 0.004 0.076 0.009 0.053 0.668 0.116 0.011 0.004 91 I 0.081 0.035 0.004 0.001 0.172 0.004 0.030 0.547 0.087 0.020 0.019 92 A 0.148 0.014 0.005 0.005 0.122 0.010 0.045 0.489 0.086 0.035 0.040 93 V 0.052 0.025 0.011 0.036 0.067 0.046 0.126 0.471 0.092 0.053 0.020 94 G 0.080 0.101 0.044 0.016 0.225 0.007 0.023 0.279 0.100 0.082 0.041 95 A 0.065 0.154 0.029 0.008 0.272 0.016 0.061 0.297 0.068 0.019 0.011 96 A 0.152 0.056 0.011 0.004 0.241 0.012 0.086 0.319 0.060 0.027 0.031 97 M 0.093 0.027 0.013 0.044 0.070 0.182 0.192 0.185 0.068 0.074 0.051 98 A 0.030 0.232 0.097 0.137 0.113 0.032 0.038 0.132 0.085 0.083 0.020 99 E 0.034 0.031 0.035 0.044 0.034 0.021 0.030 0.051 0.081 0.558 0.080 100 I 0.023 0.429 0.316 0.028 0.133 0.007 0.013 0.022 0.013 0.010 0.006 101 P 0.134 0.299 0.074 0.012 0.260 0.011 0.026 0.069 0.032 0.033 0.050 102 L 0.087 0.114 0.060 0.031 0.148 0.035 0.090 0.177 0.120 0.098 0.040 103 V 0.079 0.129 0.081 0.042 0.130 0.043 0.054 0.167 0.111 0.121 0.043 104 E 0.039 0.170 0.113 0.040 0.125 0.032 0.087 0.178 0.101 0.092 0.022 105 V 0.094 0.135 0.117 0.029 0.143 0.015 0.037 0.087 0.081 0.200 0.062 106 R 0.041 0.433 0.206 0.023 0.175 0.011 0.014 0.037 0.022 0.024 0.014 107 D 0.128 0.305 0.070 0.004 0.380 0.004 0.012 0.031 0.015 0.022 0.029 108 E 0.211 0.166 0.036 0.007 0.321 0.008 0.015 0.061 0.055 0.054 0.065 109 K 0.061 0.377 0.126 0.011 0.283 0.013 0.020 0.064 0.020 0.015 0.011 110 F 0.225 0.154 0.035 0.004 0.311 0.004 0.013 0.110 0.040 0.042 0.062 111 F 0.171 0.090 0.038 0.037 0.173 0.066 0.049 0.136 0.076 0.091 0.072 112 E 0.056 0.375 0.192 0.018 0.210 0.008 0.009 0.070 0.022 0.021 0.019 113 A 0.150 0.130 0.013 0.003 0.318 0.005 0.012 0.180 0.079 0.070 0.040 114 V 0.111 0.238 0.096 0.024 0.165 0.027 0.037 0.202 0.062 0.018 0.021 115 K 0.072 0.046 0.066 0.040 0.088 0.054 0.075 0.319 0.104 0.098 0.039 116 T 0.015 0.347 0.213 0.194 0.056 0.028 0.036 0.058 0.022 0.023 0.007 117 G 0.019 0.028 0.027 0.051 0.016 0.013 0.008 0.034 0.037 0.562 0.205 118 D 0.031 0.440 0.121 0.019 0.210 0.027 0.042 0.049 0.022 0.031 0.008 119 R 0.415 0.059 0.006 0.001 0.480 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.027 120 V 0.173 0.193 0.014 0.009 0.548 0.015 0.011 0.009 0.003 0.004 0.021 121 V 0.315 0.091 0.014 0.001 0.514 0.001 0.002 0.005 0.002 0.008 0.049 122 V 0.193 0.226 0.082 0.019 0.322 0.018 0.014 0.019 0.011 0.023 0.074 123 N 0.151 0.234 0.133 0.061 0.271 0.021 0.014 0.024 0.019 0.023 0.049 124 A 0.041 0.127 0.129 0.079 0.072 0.037 0.038 0.174 0.198 0.086 0.018 125 D 0.021 0.047 0.040 0.027 0.037 0.049 0.173 0.363 0.160 0.070 0.013 126 E 0.081 0.184 0.083 0.039 0.138 0.037 0.052 0.089 0.064 0.163 0.070 127 G 0.121 0.197 0.113 0.073 0.217 0.018 0.013 0.040 0.023 0.091 0.094 128 Y 0.135 0.287 0.071 0.010 0.323 0.009 0.015 0.071 0.021 0.033 0.025 129 V 0.352 0.076 0.015 0.005 0.369 0.005 0.007 0.077 0.026 0.013 0.055 130 E 0.145 0.153 0.046 0.032 0.256 0.035 0.030 0.212 0.046 0.015 0.029 131 L 0.206 0.114 0.028 0.006 0.333 0.009 0.021 0.173 0.038 0.030 0.043 132 I 0.185 0.107 0.026 0.012 0.244 0.013 0.019 0.200 0.088 0.056 0.050 133 E 0.115 0.181 0.072 0.032 0.220 0.022 0.034 0.153 0.079 0.050 0.041 134 L 0.083 0.197 0.073 0.028 0.173 0.020 0.056 0.197 0.090 0.050 0.033 135 E 0.071 0.141 0.115 0.052 0.122 0.033 0.100 0.148 0.088 0.090 0.039 136 H 0.078 0.207 0.180 0.075 0.146 0.034 0.044 0.084 0.051 0.056 0.045 137 H 0.071 0.217 0.133 0.041 0.166 0.026 0.037 0.126 0.093 0.057 0.033 138 H 0.027 0.078 0.048 0.033 0.058 0.055 0.139 0.259 0.188 0.096 0.021 139 H 0.067 0.074 0.046 0.025 0.110 0.032 0.070 0.141 0.121 0.252 0.063 140 H 0.074 0.119 0.063 0.033 0.127 0.024 0.030 0.111 0.112 0.226 0.081 141 H 0.094 0.127 0.082 0.032 0.165 0.022 0.031 0.109 0.087 0.184 0.067