# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.004 0.852 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 0.014 0.025 0.004 0.012 0.073 2 V 0.010 0.017 0.583 0.004 0.004 0.015 0.008 0.001 0.067 0.016 0.005 0.121 0.149 3 K 0.034 0.013 0.280 0.042 0.003 0.015 0.031 0.006 0.155 0.029 0.003 0.111 0.279 4 F 0.063 0.007 0.196 0.019 0.003 0.019 0.045 0.010 0.175 0.016 0.004 0.212 0.234 5 A 0.075 0.006 0.198 0.041 0.006 0.025 0.048 0.011 0.148 0.027 0.011 0.144 0.261 6 C 0.150 0.004 0.163 0.024 0.006 0.014 0.029 0.006 0.062 0.028 0.011 0.207 0.296 7 R 0.248 0.004 0.095 0.057 0.014 0.027 0.038 0.008 0.047 0.046 0.014 0.215 0.188 8 A 0.180 0.006 0.093 0.013 0.012 0.031 0.039 0.005 0.054 0.026 0.016 0.266 0.258 9 I 0.170 0.016 0.104 0.046 0.017 0.033 0.039 0.003 0.024 0.043 0.033 0.080 0.393 10 T 0.124 0.018 0.132 0.038 0.010 0.027 0.016 0.002 0.014 0.059 0.047 0.356 0.157 11 R 0.030 0.006 0.167 0.045 0.025 0.036 0.003 0.001 0.004 0.178 0.317 0.047 0.143 12 G 0.040 0.003 0.189 0.030 0.022 0.024 0.003 0.001 0.004 0.217 0.349 0.059 0.060 13 R 0.248 0.008 0.154 0.015 0.013 0.014 0.016 0.001 0.008 0.060 0.067 0.109 0.288 14 A 0.458 0.005 0.038 0.002 0.002 0.003 0.036 0.002 0.008 0.010 0.008 0.284 0.143 15 E 0.559 0.002 0.024 0.006 0.001 0.002 0.035 0.002 0.004 0.006 0.002 0.070 0.286 16 G 0.493 0.001 0.041 0.007 0.001 0.004 0.020 0.001 0.004 0.016 0.003 0.288 0.122 17 E 0.590 0.001 0.026 0.010 0.006 0.020 0.032 0.002 0.006 0.018 0.007 0.106 0.176 18 A 0.594 0.001 0.019 0.011 0.004 0.016 0.052 0.003 0.009 0.006 0.004 0.103 0.178 19 L 0.666 0.003 0.019 0.021 0.004 0.016 0.059 0.004 0.007 0.006 0.010 0.075 0.111 20 V 0.432 0.008 0.060 0.013 0.003 0.018 0.073 0.015 0.025 0.016 0.017 0.129 0.192 21 T 0.116 0.014 0.245 0.036 0.010 0.034 0.020 0.008 0.029 0.081 0.065 0.172 0.170 22 K 0.029 0.007 0.263 0.027 0.025 0.047 0.004 0.002 0.019 0.288 0.120 0.029 0.141 23 E 0.025 0.008 0.198 0.028 0.053 0.139 0.004 0.002 0.024 0.229 0.115 0.122 0.052 24 Y 0.028 0.023 0.257 0.010 0.050 0.139 0.010 0.010 0.059 0.080 0.061 0.042 0.231 25 I 0.062 0.045 0.260 0.051 0.040 0.117 0.022 0.021 0.073 0.053 0.033 0.095 0.130 26 S 0.051 0.046 0.224 0.019 0.063 0.136 0.015 0.023 0.088 0.057 0.063 0.113 0.101 27 F 0.032 0.026 0.124 0.007 0.184 0.259 0.008 0.013 0.030 0.062 0.155 0.024 0.078 28 L 0.016 0.021 0.108 0.005 0.223 0.168 0.004 0.005 0.014 0.081 0.305 0.020 0.030 29 G 0.005 0.006 0.092 0.004 0.105 0.054 0.001 0.001 0.003 0.196 0.507 0.010 0.016 30 G 0.006 0.024 0.332 0.007 0.031 0.023 0.001 0.001 0.004 0.192 0.334 0.020 0.026 31 I 0.004 0.138 0.514 0.005 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 0.241 0.024 0.023 0.033 32 D 0.001 0.040 0.761 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.168 0.004 0.006 0.013 33 K 0.001 0.001 0.006 0.002 0.127 0.115 0.001 0.001 0.001 0.024 0.725 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.119 0.041 0.001 0.001 0.001 0.012 0.818 0.001 0.001 35 T 0.001 0.007 0.075 0.012 0.139 0.083 0.001 0.001 0.002 0.097 0.579 0.001 0.003 36 G 0.010 0.056 0.192 0.007 0.029 0.034 0.003 0.002 0.026 0.130 0.472 0.029 0.011 37 I 0.016 0.076 0.595 0.007 0.001 0.002 0.010 0.004 0.036 0.046 0.004 0.023 0.180 38 V 0.035 0.257 0.305 0.020 0.003 0.001 0.015 0.009 0.078 0.021 0.005 0.111 0.140 39 K 0.012 0.025 0.523 0.028 0.006 0.002 0.007 0.005 0.063 0.060 0.007 0.056 0.205 40 E 0.001 0.005 0.152 0.016 0.080 0.022 0.001 0.001 0.010 0.142 0.540 0.017 0.014 41 D 0.001 0.006 0.155 0.012 0.073 0.020 0.001 0.001 0.003 0.160 0.559 0.002 0.008 42 C 0.001 0.030 0.492 0.004 0.016 0.019 0.001 0.001 0.005 0.362 0.033 0.023 0.015 43 E 0.001 0.014 0.151 0.002 0.097 0.115 0.001 0.001 0.003 0.105 0.483 0.002 0.024 44 I 0.019 0.029 0.077 0.002 0.143 0.100 0.002 0.004 0.005 0.107 0.455 0.035 0.022 45 K 0.002 0.010 0.015 0.008 0.069 0.053 0.001 0.001 0.001 0.048 0.783 0.005 0.005 46 G 0.005 0.002 0.100 0.043 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.061 0.746 0.004 0.015 47 E 0.062 0.042 0.522 0.007 0.002 0.003 0.006 0.001 0.005 0.042 0.005 0.190 0.113 48 S 0.031 0.066 0.199 0.003 0.002 0.003 0.007 0.001 0.014 0.008 0.004 0.023 0.640 49 V 0.073 0.014 0.221 0.112 0.065 0.020 0.020 0.003 0.013 0.033 0.061 0.278 0.088 50 A 0.014 0.005 0.148 0.097 0.062 0.009 0.008 0.003 0.010 0.104 0.445 0.040 0.056 51 G 0.013 0.001 0.214 0.066 0.024 0.001 0.003 0.001 0.007 0.282 0.299 0.042 0.046 52 R 0.130 0.002 0.317 0.039 0.006 0.002 0.036 0.008 0.031 0.132 0.024 0.075 0.198 53 I 0.340 0.004 0.020 0.003 0.001 0.001 0.228 0.083 0.089 0.006 0.001 0.103 0.122 54 L 0.349 0.002 0.008 0.009 0.001 0.001 0.256 0.242 0.052 0.001 0.001 0.035 0.043 55 V 0.263 0.005 0.024 0.006 0.001 0.001 0.273 0.221 0.091 0.002 0.001 0.038 0.076 56 F 0.028 0.006 0.382 0.038 0.001 0.001 0.022 0.026 0.186 0.030 0.003 0.220 0.056 57 P 0.004 0.006 0.193 0.027 0.011 0.003 0.003 0.003 0.035 0.262 0.380 0.005 0.068 58 G 0.002 0.010 0.173 0.020 0.013 0.001 0.001 0.001 0.009 0.319 0.407 0.033 0.009 59 G 0.001 0.026 0.422 0.010 0.024 0.004 0.001 0.001 0.011 0.349 0.107 0.006 0.040 60 K 0.004 0.049 0.295 0.007 0.029 0.013 0.003 0.002 0.016 0.337 0.177 0.032 0.035 61 G 0.009 0.058 0.318 0.011 0.025 0.031 0.004 0.002 0.015 0.305 0.133 0.022 0.067 62 S 0.006 0.048 0.452 0.002 0.024 0.073 0.002 0.001 0.018 0.209 0.089 0.042 0.035 63 T 0.006 0.051 0.325 0.002 0.023 0.218 0.002 0.002 0.016 0.192 0.083 0.009 0.073 64 V 0.005 0.013 0.050 0.001 0.034 0.694 0.001 0.001 0.003 0.052 0.131 0.009 0.008 65 G 0.003 0.002 0.038 0.001 0.019 0.813 0.001 0.001 0.001 0.034 0.081 0.002 0.007 66 S 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 67 Y 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 68 V 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 69 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 70 L 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 N 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 72 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 73 R 0.001 0.002 0.006 0.001 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.002 74 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.860 0.001 0.001 0.001 0.005 0.111 0.002 0.001 75 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.144 0.001 0.001 0.001 0.035 0.804 0.001 0.001 76 G 0.001 0.001 0.074 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.127 0.788 0.001 0.001 77 V 0.001 0.033 0.720 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.170 0.034 0.006 0.024 78 A 0.005 0.069 0.493 0.002 0.015 0.026 0.003 0.002 0.025 0.192 0.057 0.055 0.055 79 P 0.015 0.009 0.371 0.050 0.095 0.116 0.006 0.002 0.016 0.117 0.110 0.019 0.074 80 K 0.055 0.004 0.211 0.127 0.101 0.140 0.021 0.005 0.027 0.132 0.056 0.049 0.071 81 A 0.234 0.005 0.068 0.010 0.066 0.154 0.066 0.019 0.053 0.035 0.020 0.089 0.179 82 I 0.416 0.005 0.028 0.005 0.016 0.159 0.087 0.028 0.028 0.006 0.013 0.096 0.112 83 I 0.420 0.007 0.050 0.012 0.009 0.115 0.072 0.020 0.019 0.009 0.018 0.121 0.128 84 N 0.241 0.005 0.150 0.045 0.011 0.075 0.036 0.009 0.022 0.057 0.057 0.099 0.193 85 K 0.061 0.007 0.290 0.015 0.017 0.084 0.010 0.003 0.023 0.137 0.111 0.105 0.137 86 K 0.011 0.010 0.373 0.009 0.028 0.117 0.003 0.001 0.015 0.200 0.103 0.044 0.086 87 T 0.004 0.007 0.358 0.017 0.054 0.213 0.002 0.001 0.014 0.146 0.098 0.015 0.071 88 E 0.009 0.005 0.253 0.049 0.056 0.254 0.003 0.002 0.021 0.185 0.059 0.073 0.033 89 T 0.029 0.009 0.222 0.026 0.033 0.246 0.013 0.007 0.070 0.068 0.028 0.038 0.213 90 I 0.081 0.009 0.105 0.014 0.008 0.228 0.056 0.068 0.186 0.015 0.009 0.089 0.132 91 I 0.215 0.007 0.047 0.040 0.004 0.116 0.121 0.116 0.141 0.021 0.010 0.091 0.071 92 A 0.292 0.002 0.032 0.008 0.004 0.091 0.138 0.100 0.134 0.009 0.010 0.049 0.132 93 V 0.236 0.003 0.045 0.080 0.008 0.175 0.061 0.078 0.088 0.018 0.024 0.130 0.055 94 G 0.296 0.002 0.067 0.067 0.011 0.167 0.049 0.032 0.056 0.053 0.029 0.067 0.102 95 A 0.302 0.006 0.050 0.005 0.020 0.192 0.070 0.036 0.044 0.011 0.016 0.073 0.175 96 A 0.444 0.008 0.020 0.003 0.015 0.083 0.100 0.117 0.039 0.005 0.019 0.093 0.054 97 M 0.467 0.008 0.034 0.008 0.021 0.043 0.073 0.085 0.026 0.014 0.035 0.032 0.153 98 A 0.185 0.003 0.261 0.053 0.019 0.021 0.025 0.042 0.035 0.081 0.091 0.103 0.082 99 E 0.058 0.005 0.205 0.030 0.013 0.006 0.012 0.001 0.020 0.379 0.175 0.036 0.060 100 I 0.005 0.004 0.565 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.292 0.006 0.045 0.041 101 P 0.005 0.011 0.792 0.026 0.001 0.001 0.004 0.001 0.055 0.017 0.002 0.021 0.065 102 L 0.098 0.018 0.096 0.006 0.004 0.002 0.131 0.072 0.302 0.008 0.004 0.095 0.163 103 V 0.203 0.005 0.046 0.016 0.005 0.002 0.216 0.091 0.209 0.010 0.003 0.069 0.128 104 E 0.152 0.005 0.091 0.015 0.003 0.002 0.095 0.024 0.205 0.019 0.003 0.206 0.180 105 V 0.021 0.016 0.287 0.010 0.004 0.004 0.015 0.006 0.222 0.075 0.011 0.096 0.234 106 R 0.004 0.031 0.540 0.007 0.005 0.011 0.001 0.001 0.043 0.206 0.047 0.043 0.061 107 D 0.001 0.005 0.433 0.001 0.027 0.215 0.001 0.001 0.007 0.200 0.078 0.003 0.030 108 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.046 0.888 0.001 0.001 0.001 0.015 0.046 0.001 0.001 109 K 0.001 0.002 0.006 0.001 0.070 0.888 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.001 0.002 110 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.002 111 F 0.002 0.002 0.011 0.007 0.030 0.926 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.002 0.005 112 E 0.013 0.002 0.020 0.006 0.041 0.833 0.002 0.001 0.003 0.011 0.024 0.017 0.027 113 A 0.020 0.007 0.020 0.002 0.023 0.821 0.003 0.001 0.003 0.017 0.041 0.008 0.035 114 V 0.018 0.012 0.116 0.003 0.016 0.668 0.003 0.003 0.004 0.050 0.055 0.019 0.033 115 K 0.006 0.021 0.154 0.008 0.018 0.352 0.002 0.001 0.003 0.090 0.294 0.021 0.030 116 T 0.001 0.003 0.053 0.006 0.010 0.066 0.001 0.001 0.001 0.095 0.759 0.004 0.003 117 G 0.001 0.001 0.127 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.177 0.677 0.001 0.003 118 D 0.004 0.004 0.571 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.012 0.267 0.065 0.029 0.035 119 R 0.083 0.019 0.180 0.010 0.001 0.001 0.027 0.003 0.077 0.036 0.005 0.055 0.502 120 V 0.254 0.002 0.044 0.003 0.001 0.001 0.061 0.004 0.043 0.006 0.001 0.500 0.084 121 V 0.381 0.005 0.022 0.002 0.001 0.001 0.086 0.002 0.030 0.001 0.001 0.079 0.390 122 V 0.297 0.010 0.060 0.012 0.001 0.001 0.076 0.001 0.022 0.004 0.001 0.281 0.236 123 N 0.056 0.009 0.299 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.018 0.021 0.004 0.113 0.457 124 A 0.016 0.005 0.257 0.031 0.036 0.005 0.001 0.001 0.002 0.157 0.318 0.036 0.135 125 D 0.004 0.002 0.064 0.013 0.084 0.005 0.001 0.001 0.001 0.273 0.518 0.024 0.013 126 E 0.004 0.002 0.088 0.027 0.093 0.008 0.001 0.001 0.001 0.228 0.500 0.018 0.029 127 G 0.060 0.012 0.304 0.014 0.027 0.011 0.008 0.001 0.009 0.131 0.154 0.070 0.199 128 Y 0.231 0.016 0.077 0.005 0.003 0.004 0.040 0.001 0.010 0.015 0.005 0.265 0.328 129 V 0.337 0.003 0.035 0.017 0.001 0.004 0.044 0.001 0.011 0.009 0.002 0.093 0.443 130 E 0.179 0.002 0.038 0.011 0.001 0.004 0.026 0.001 0.015 0.006 0.001 0.636 0.081 131 L 0.068 0.004 0.062 0.010 0.002 0.005 0.022 0.001 0.015 0.005 0.002 0.021 0.783 132 I 0.072 0.005 0.167 0.271 0.004 0.012 0.020 0.001 0.025 0.018 0.009 0.335 0.061 133 E 0.069 0.011 0.224 0.009 0.009 0.017 0.014 0.001 0.031 0.049 0.013 0.080 0.474 134 L 0.044 0.012 0.286 0.017 0.069 0.084 0.011 0.001 0.024 0.079 0.064 0.095 0.213 135 E 0.020 0.015 0.409 0.032 0.076 0.069 0.004 0.001 0.012 0.075 0.119 0.106 0.062 136 H 0.020 0.012 0.268 0.006 0.107 0.073 0.005 0.001 0.009 0.145 0.205 0.036 0.113 137 H 0.024 0.016 0.338 0.006 0.057 0.062 0.004 0.001 0.004 0.204 0.137 0.085 0.062 138 H 0.008 0.021 0.540 0.004 0.041 0.039 0.001 0.001 0.002 0.164 0.096 0.019 0.064 139 H 0.003 0.016 0.528 0.001 0.030 0.044 0.001 0.001 0.002 0.165 0.153 0.014 0.045 140 H 0.001 0.010 0.795 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.070 0.065 0.009 0.014 141 H 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002