# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0357/T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.083 0.253 0.349 0.003 0.036 0.006 0.004 0.018 0.005 0.016 0.022 0.055 0.001 0.003 0.030 2 V 0.049 0.036 0.190 0.608 0.002 0.041 0.002 0.003 0.002 0.001 0.018 0.015 0.026 0.001 0.001 0.005 3 K 0.009 0.042 0.174 0.675 0.009 0.049 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.018 0.001 0.001 0.003 4 F 0.005 0.023 0.048 0.778 0.012 0.077 0.002 0.005 0.001 0.001 0.022 0.004 0.018 0.001 0.001 0.002 5 A 0.003 0.108 0.055 0.768 0.004 0.022 0.001 0.008 0.002 0.001 0.008 0.007 0.010 0.001 0.001 0.003 6 C 0.008 0.012 0.034 0.742 0.004 0.134 0.001 0.004 0.003 0.003 0.018 0.005 0.028 0.001 0.001 0.002 7 R 0.010 0.183 0.119 0.572 0.007 0.030 0.002 0.004 0.002 0.001 0.024 0.014 0.027 0.001 0.001 0.003 8 A 0.004 0.012 0.025 0.808 0.014 0.069 0.002 0.004 0.001 0.001 0.018 0.009 0.029 0.001 0.001 0.002 9 I 0.006 0.076 0.125 0.461 0.120 0.096 0.012 0.006 0.003 0.002 0.014 0.013 0.053 0.004 0.002 0.007 10 T 0.005 0.037 0.015 0.237 0.407 0.094 0.065 0.022 0.003 0.004 0.025 0.010 0.028 0.042 0.003 0.004 11 R 0.007 0.115 0.052 0.170 0.010 0.024 0.004 0.435 0.020 0.006 0.018 0.010 0.020 0.002 0.101 0.009 12 G 0.032 0.028 0.038 0.175 0.005 0.065 0.005 0.017 0.192 0.224 0.054 0.021 0.041 0.002 0.003 0.099 13 R 0.345 0.166 0.140 0.246 0.003 0.015 0.002 0.003 0.008 0.001 0.016 0.025 0.020 0.001 0.002 0.009 14 A 0.026 0.016 0.228 0.380 0.014 0.241 0.012 0.003 0.002 0.002 0.019 0.023 0.028 0.002 0.001 0.004 15 E 0.003 0.483 0.115 0.361 0.001 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.007 0.006 0.001 0.002 0.001 16 G 0.002 0.003 0.015 0.900 0.001 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 17 E 0.015 0.083 0.297 0.561 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.012 0.951 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.055 0.061 0.813 0.020 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 20 V 0.001 0.027 0.005 0.855 0.035 0.058 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 21 T 0.002 0.023 0.018 0.104 0.028 0.733 0.004 0.038 0.002 0.004 0.025 0.003 0.010 0.001 0.004 0.001 22 K 0.005 0.535 0.019 0.135 0.003 0.020 0.002 0.019 0.019 0.008 0.190 0.019 0.011 0.001 0.002 0.012 23 E 0.080 0.071 0.056 0.267 0.005 0.105 0.007 0.007 0.022 0.008 0.021 0.301 0.032 0.002 0.006 0.010 24 Y 0.015 0.084 0.600 0.091 0.004 0.040 0.010 0.004 0.003 0.001 0.041 0.009 0.068 0.002 0.003 0.024 25 I 0.018 0.098 0.135 0.450 0.011 0.073 0.013 0.009 0.006 0.002 0.026 0.079 0.066 0.003 0.003 0.008 26 S 0.013 0.043 0.102 0.289 0.030 0.289 0.012 0.010 0.007 0.006 0.027 0.034 0.126 0.002 0.004 0.008 27 F 0.008 0.030 0.029 0.087 0.288 0.066 0.059 0.012 0.005 0.003 0.186 0.031 0.077 0.102 0.003 0.013 28 L 0.007 0.058 0.047 0.067 0.110 0.021 0.119 0.134 0.007 0.002 0.021 0.072 0.043 0.157 0.125 0.009 29 G 0.008 0.021 0.053 0.079 0.001 0.013 0.011 0.194 0.080 0.066 0.017 0.017 0.068 0.002 0.254 0.119 30 G 0.171 0.052 0.050 0.056 0.002 0.023 0.008 0.001 0.110 0.039 0.011 0.013 0.033 0.001 0.001 0.429 31 I 0.273 0.073 0.360 0.251 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 0.009 0.001 0.002 0.003 32 D 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 33 K 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 34 E 0.001 0.047 0.002 0.007 0.002 0.002 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.880 0.002 0.043 0.001 0.001 35 T 0.003 0.005 0.229 0.021 0.001 0.003 0.055 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.130 0.001 0.524 0.016 36 G 0.009 0.011 0.237 0.046 0.001 0.006 0.010 0.002 0.028 0.011 0.006 0.002 0.040 0.001 0.002 0.588 37 I 0.695 0.016 0.052 0.182 0.002 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.013 0.002 0.001 0.010 38 V 0.008 0.043 0.356 0.515 0.008 0.039 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.003 39 K 0.002 0.011 0.016 0.124 0.057 0.732 0.012 0.004 0.001 0.004 0.016 0.004 0.013 0.002 0.001 0.001 40 E 0.003 0.237 0.010 0.086 0.005 0.045 0.001 0.076 0.005 0.002 0.499 0.014 0.011 0.001 0.003 0.002 41 D 0.012 0.192 0.042 0.170 0.003 0.024 0.005 0.005 0.109 0.016 0.017 0.361 0.016 0.004 0.004 0.020 42 C 0.047 0.015 0.165 0.051 0.008 0.351 0.032 0.005 0.002 0.004 0.031 0.059 0.202 0.001 0.017 0.009 43 E 0.005 0.045 0.044 0.016 0.010 0.076 0.006 0.010 0.002 0.002 0.577 0.039 0.146 0.004 0.002 0.015 44 I 0.012 0.031 0.010 0.026 0.083 0.012 0.082 0.007 0.007 0.002 0.041 0.228 0.032 0.419 0.003 0.005 45 K 0.002 0.019 0.067 0.025 0.001 0.005 0.006 0.077 0.002 0.001 0.004 0.012 0.066 0.001 0.706 0.008 46 G 0.005 0.006 0.052 0.025 0.001 0.010 0.005 0.002 0.107 0.045 0.013 0.003 0.070 0.002 0.002 0.652 47 E 0.743 0.023 0.050 0.082 0.001 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.018 0.022 0.043 0.001 0.001 0.002 48 S 0.007 0.027 0.110 0.049 0.024 0.605 0.008 0.003 0.003 0.003 0.011 0.037 0.103 0.002 0.001 0.006 49 V 0.003 0.021 0.016 0.023 0.350 0.026 0.177 0.005 0.001 0.001 0.184 0.007 0.029 0.154 0.001 0.003 50 A 0.001 0.108 0.020 0.045 0.001 0.005 0.002 0.341 0.006 0.001 0.002 0.029 0.007 0.001 0.429 0.003 51 G 0.007 0.006 0.036 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.298 0.030 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.558 52 R 0.864 0.007 0.074 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 53 I 0.007 0.003 0.586 0.384 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.001 0.009 0.034 0.943 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.001 0.002 0.004 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.005 0.147 0.732 0.106 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.072 0.002 0.128 0.124 0.080 0.001 0.526 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 G 0.001 0.134 0.002 0.124 0.011 0.050 0.001 0.075 0.405 0.113 0.023 0.056 0.001 0.001 0.002 0.003 59 G 0.137 0.030 0.033 0.059 0.228 0.066 0.104 0.011 0.053 0.079 0.100 0.064 0.018 0.010 0.002 0.008 60 K 0.037 0.134 0.154 0.073 0.009 0.025 0.007 0.284 0.008 0.004 0.073 0.084 0.019 0.003 0.081 0.007 61 G 0.015 0.023 0.066 0.101 0.012 0.044 0.006 0.016 0.228 0.196 0.034 0.102 0.056 0.004 0.006 0.092 62 S 0.214 0.039 0.054 0.075 0.010 0.135 0.008 0.006 0.010 0.015 0.079 0.116 0.228 0.001 0.003 0.007 63 T 0.013 0.019 0.042 0.036 0.012 0.101 0.008 0.004 0.002 0.005 0.217 0.239 0.290 0.002 0.001 0.006 64 V 0.005 0.012 0.015 0.038 0.002 0.033 0.001 0.009 0.002 0.002 0.175 0.391 0.310 0.001 0.004 0.002 65 G 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.070 0.107 0.790 0.001 0.001 0.001 66 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.102 0.876 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.953 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.984 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.007 72 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.006 0.005 0.005 73 R 0.001 0.002 0.008 0.002 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.883 0.050 0.013 0.020 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.907 0.003 0.004 75 N 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.935 0.005 76 G 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.089 0.028 0.002 0.002 0.017 0.001 0.002 0.836 77 V 0.934 0.018 0.023 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 78 A 0.013 0.017 0.627 0.072 0.002 0.223 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.021 0.001 0.001 0.004 79 P 0.005 0.054 0.045 0.122 0.001 0.574 0.001 0.004 0.001 0.001 0.144 0.013 0.036 0.001 0.001 0.001 80 K 0.001 0.474 0.017 0.346 0.001 0.008 0.001 0.002 0.003 0.001 0.026 0.110 0.011 0.001 0.001 0.001 81 A 0.005 0.003 0.113 0.766 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.072 0.001 0.001 0.003 82 I 0.003 0.009 0.591 0.294 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.078 0.001 0.001 0.005 83 I 0.001 0.014 0.016 0.893 0.008 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 84 N 0.002 0.040 0.026 0.478 0.040 0.338 0.007 0.010 0.001 0.002 0.009 0.003 0.036 0.002 0.002 0.005 85 K 0.008 0.233 0.035 0.390 0.015 0.095 0.005 0.032 0.008 0.007 0.108 0.012 0.034 0.002 0.004 0.013 86 K 0.028 0.107 0.048 0.134 0.029 0.310 0.025 0.014 0.014 0.014 0.088 0.113 0.050 0.007 0.005 0.015 87 T 0.024 0.387 0.184 0.138 0.001 0.033 0.004 0.019 0.006 0.001 0.077 0.032 0.056 0.001 0.019 0.017 88 E 0.037 0.110 0.192 0.325 0.002 0.089 0.008 0.002 0.023 0.009 0.015 0.088 0.064 0.001 0.002 0.035 89 T 0.060 0.101 0.369 0.346 0.001 0.028 0.002 0.002 0.002 0.001 0.020 0.014 0.048 0.001 0.001 0.005 90 I 0.007 0.014 0.183 0.583 0.003 0.090 0.002 0.002 0.001 0.001 0.039 0.018 0.054 0.001 0.001 0.003 91 I 0.001 0.087 0.101 0.711 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.050 0.001 0.001 0.001 92 A 0.002 0.003 0.011 0.535 0.196 0.151 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 0.055 0.008 0.001 0.001 93 V 0.002 0.230 0.053 0.298 0.003 0.046 0.001 0.208 0.001 0.001 0.024 0.025 0.088 0.001 0.022 0.001 94 G 0.001 0.011 0.007 0.716 0.001 0.024 0.001 0.003 0.039 0.013 0.091 0.006 0.068 0.001 0.001 0.019 95 A 0.122 0.020 0.055 0.436 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.052 0.261 0.001 0.001 0.001 96 A 0.002 0.024 0.038 0.342 0.021 0.234 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.294 0.002 0.001 0.002 97 M 0.001 0.098 0.009 0.354 0.107 0.142 0.028 0.005 0.001 0.001 0.027 0.016 0.183 0.021 0.005 0.002 98 A 0.001 0.138 0.020 0.364 0.006 0.078 0.009 0.054 0.007 0.003 0.016 0.027 0.206 0.002 0.053 0.016 99 E 0.015 0.169 0.083 0.276 0.001 0.005 0.004 0.002 0.039 0.006 0.004 0.006 0.049 0.003 0.008 0.330 100 I 0.275 0.006 0.330 0.315 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 0.002 0.004 0.011 101 P 0.016 0.042 0.510 0.207 0.003 0.166 0.003 0.003 0.001 0.002 0.008 0.004 0.028 0.001 0.001 0.005 102 L 0.005 0.089 0.012 0.754 0.002 0.051 0.001 0.002 0.002 0.001 0.060 0.007 0.012 0.001 0.001 0.003 103 V 0.007 0.056 0.089 0.768 0.005 0.019 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.025 0.015 0.001 0.001 0.002 104 E 0.008 0.028 0.153 0.571 0.017 0.136 0.010 0.004 0.002 0.003 0.009 0.008 0.042 0.002 0.002 0.008 105 V 0.009 0.112 0.062 0.499 0.037 0.144 0.011 0.011 0.003 0.004 0.057 0.010 0.027 0.004 0.002 0.009 106 R 0.008 0.197 0.038 0.280 0.012 0.240 0.007 0.037 0.004 0.006 0.053 0.067 0.036 0.002 0.007 0.005 107 D 0.007 0.038 0.026 0.035 0.006 0.498 0.004 0.016 0.010 0.015 0.167 0.059 0.101 0.002 0.006 0.011 108 E 0.017 0.072 0.027 0.029 0.001 0.018 0.002 0.007 0.004 0.003 0.551 0.148 0.108 0.002 0.004 0.007 109 K 0.011 0.019 0.019 0.018 0.001 0.078 0.002 0.003 0.002 0.002 0.026 0.538 0.266 0.002 0.006 0.006 110 F 0.002 0.004 0.017 0.005 0.001 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.121 0.027 0.763 0.002 0.002 0.007 111 F 0.001 0.011 0.009 0.008 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.029 0.182 0.739 0.002 0.002 0.002 112 E 0.001 0.002 0.005 0.012 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.940 0.002 0.003 0.005 113 A 0.003 0.003 0.024 0.017 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.834 0.025 0.004 0.050 114 V 0.004 0.005 0.098 0.019 0.004 0.014 0.033 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.765 0.007 0.019 0.015 115 K 0.002 0.008 0.029 0.008 0.065 0.006 0.160 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.080 0.589 0.004 0.035 116 T 0.007 0.015 0.017 0.014 0.002 0.011 0.008 0.153 0.002 0.002 0.008 0.003 0.043 0.006 0.698 0.010 117 G 0.011 0.031 0.047 0.012 0.001 0.021 0.013 0.005 0.118 0.066 0.035 0.005 0.047 0.009 0.012 0.565 118 D 0.830 0.066 0.026 0.020 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.003 0.025 0.007 0.001 0.005 0.006 119 R 0.037 0.038 0.735 0.136 0.001 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.024 120 V 0.019 0.004 0.502 0.466 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 121 V 0.002 0.003 0.070 0.916 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 V 0.001 0.005 0.006 0.980 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 N 0.001 0.004 0.001 0.144 0.033 0.809 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.001 0.062 0.001 0.027 0.030 0.193 0.001 0.026 0.002 0.002 0.650 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 125 D 0.002 0.155 0.005 0.019 0.069 0.022 0.018 0.016 0.021 0.005 0.112 0.519 0.003 0.031 0.002 0.001 126 E 0.008 0.046 0.081 0.039 0.001 0.005 0.005 0.108 0.010 0.002 0.012 0.033 0.024 0.001 0.612 0.012 127 G 0.023 0.016 0.185 0.046 0.001 0.018 0.004 0.003 0.125 0.060 0.011 0.010 0.035 0.001 0.003 0.459 128 Y 0.605 0.067 0.113 0.139 0.001 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.013 0.013 0.024 0.001 0.001 0.005 129 V 0.013 0.015 0.351 0.405 0.003 0.126 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 0.013 0.041 0.001 0.001 0.003 130 E 0.003 0.080 0.086 0.704 0.005 0.048 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.012 0.040 0.001 0.001 0.002 131 L 0.003 0.016 0.021 0.732 0.029 0.098 0.004 0.003 0.001 0.001 0.030 0.008 0.047 0.004 0.001 0.003 132 I 0.003 0.118 0.154 0.515 0.012 0.044 0.006 0.026 0.001 0.001 0.015 0.022 0.070 0.001 0.009 0.004 133 E 0.007 0.039 0.046 0.444 0.028 0.204 0.012 0.013 0.015 0.016 0.023 0.016 0.091 0.011 0.004 0.031 134 L 0.039 0.090 0.118 0.322 0.022 0.094 0.014 0.028 0.005 0.004 0.118 0.023 0.093 0.005 0.014 0.011 135 E 0.015 0.121 0.094 0.225 0.025 0.167 0.019 0.022 0.016 0.012 0.052 0.088 0.087 0.014 0.009 0.034 136 H 0.041 0.108 0.117 0.238 0.023 0.091 0.028 0.027 0.013 0.006 0.084 0.048 0.113 0.014 0.020 0.029 137 H 0.023 0.143 0.180 0.222 0.011 0.078 0.020 0.025 0.018 0.009 0.041 0.062 0.107 0.007 0.019 0.035 138 H 0.046 0.068 0.138 0.180 0.020 0.151 0.030 0.016 0.017 0.012 0.065 0.053 0.142 0.010 0.011 0.040 139 H 0.038 0.091 0.156 0.155 0.034 0.094 0.032 0.021 0.010 0.006 0.124 0.071 0.123 0.014 0.011 0.021 140 H 0.019 0.085 0.115 0.125 0.080 0.098 0.066 0.031 0.013 0.009 0.063 0.109 0.109 0.039 0.021 0.021 141 H 0.023 0.082 0.108 0.122 0.035 0.076 0.048 0.080 0.019 0.012 0.079 0.059 0.129 0.022 0.067 0.038