# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.057 0.004 0.025 0.067 0.077 0.101 0.005 0.001 0.036 0.585 2 V 0.044 0.028 0.003 0.037 0.169 0.161 0.090 0.006 0.001 0.038 0.422 3 K 0.041 0.032 0.003 0.065 0.083 0.129 0.091 0.004 0.001 0.038 0.514 4 F 0.050 0.010 0.003 0.053 0.121 0.141 0.093 0.005 0.001 0.054 0.469 5 A 0.032 0.022 0.001 0.113 0.102 0.137 0.108 0.006 0.001 0.038 0.440 6 C 0.009 0.004 0.001 0.080 0.094 0.204 0.094 0.002 0.001 0.070 0.442 7 R 0.002 0.008 0.001 0.179 0.210 0.366 0.037 0.001 0.001 0.064 0.132 8 A 0.011 0.004 0.005 0.100 0.197 0.273 0.052 0.001 0.002 0.069 0.284 9 I 0.010 0.006 0.003 0.113 0.288 0.214 0.041 0.002 0.001 0.028 0.294 10 T 0.114 0.023 0.001 0.047 0.094 0.191 0.061 0.007 0.001 0.077 0.385 11 R 0.045 0.009 0.003 0.040 0.066 0.123 0.094 0.006 0.002 0.071 0.541 12 G 0.026 0.008 0.002 0.038 0.120 0.205 0.099 0.005 0.002 0.038 0.458 13 R 0.045 0.005 0.003 0.041 0.143 0.197 0.103 0.002 0.001 0.043 0.417 14 A 0.025 0.006 0.001 0.067 0.222 0.182 0.089 0.003 0.001 0.037 0.368 15 E 0.022 0.011 0.001 0.088 0.142 0.216 0.114 0.004 0.001 0.045 0.356 16 G 0.006 0.012 0.001 0.090 0.135 0.265 0.089 0.003 0.001 0.040 0.359 17 E 0.003 0.005 0.001 0.152 0.251 0.389 0.026 0.001 0.001 0.086 0.085 18 A 0.002 0.004 0.001 0.223 0.209 0.267 0.035 0.001 0.001 0.042 0.215 19 L 0.003 0.004 0.002 0.213 0.317 0.297 0.027 0.001 0.001 0.035 0.100 20 V 0.029 0.012 0.004 0.184 0.181 0.201 0.054 0.003 0.002 0.054 0.277 21 T 0.163 0.058 0.003 0.082 0.069 0.118 0.080 0.017 0.003 0.062 0.344 22 K 0.221 0.051 0.004 0.037 0.014 0.026 0.088 0.010 0.003 0.071 0.474 23 E 0.046 0.049 0.005 0.058 0.049 0.078 0.122 0.007 0.002 0.062 0.521 24 Y 0.052 0.060 0.003 0.052 0.071 0.107 0.118 0.006 0.001 0.068 0.461 25 I 0.069 0.031 0.008 0.110 0.107 0.075 0.112 0.007 0.003 0.123 0.353 26 S 0.095 0.027 0.005 0.103 0.057 0.085 0.143 0.008 0.003 0.105 0.368 27 F 0.150 0.024 0.002 0.069 0.024 0.062 0.131 0.008 0.001 0.080 0.449 28 L 0.076 0.015 0.002 0.071 0.017 0.046 0.167 0.006 0.001 0.074 0.527 29 G 0.023 0.009 0.001 0.073 0.020 0.063 0.171 0.002 0.001 0.066 0.572 30 G 0.020 0.005 0.002 0.048 0.047 0.086 0.165 0.002 0.001 0.073 0.551 31 I 0.026 0.007 0.002 0.051 0.051 0.065 0.158 0.004 0.001 0.069 0.567 32 D 0.204 0.039 0.008 0.052 0.016 0.028 0.161 0.009 0.005 0.137 0.342 33 K 0.226 0.016 0.007 0.025 0.007 0.014 0.102 0.009 0.003 0.090 0.501 34 E 0.093 0.004 0.001 0.017 0.013 0.029 0.118 0.009 0.001 0.048 0.668 35 T 0.023 0.004 0.001 0.028 0.024 0.059 0.133 0.002 0.001 0.028 0.699 36 G 0.017 0.003 0.001 0.050 0.054 0.088 0.103 0.001 0.001 0.039 0.644 37 I 0.007 0.002 0.001 0.022 0.116 0.085 0.144 0.002 0.001 0.024 0.597 38 V 0.010 0.005 0.001 0.031 0.047 0.055 0.135 0.007 0.001 0.014 0.694 39 K 0.632 0.051 0.002 0.012 0.011 0.012 0.039 0.007 0.001 0.028 0.204 40 E 0.059 0.027 0.001 0.012 0.009 0.021 0.083 0.006 0.001 0.033 0.749 41 D 0.020 0.121 0.004 0.013 0.008 0.026 0.081 0.002 0.002 0.024 0.699 42 C 0.157 0.098 0.035 0.020 0.068 0.060 0.084 0.012 0.010 0.085 0.371 43 E 0.276 0.058 0.002 0.008 0.028 0.028 0.065 0.011 0.002 0.050 0.472 44 I 0.211 0.026 0.001 0.009 0.019 0.025 0.070 0.004 0.001 0.046 0.588 45 K 0.022 0.032 0.001 0.013 0.012 0.024 0.108 0.003 0.001 0.030 0.754 46 G 0.035 0.035 0.002 0.015 0.039 0.068 0.130 0.006 0.001 0.049 0.620 47 E 0.059 0.009 0.005 0.029 0.137 0.103 0.111 0.006 0.002 0.085 0.455 48 S 0.064 0.006 0.003 0.065 0.052 0.120 0.138 0.003 0.002 0.084 0.464 49 V 0.207 0.004 0.004 0.052 0.055 0.070 0.123 0.004 0.002 0.084 0.395 50 A 0.016 0.002 0.001 0.152 0.026 0.043 0.208 0.002 0.001 0.017 0.533 51 G 0.002 0.001 0.001 0.099 0.043 0.109 0.131 0.002 0.001 0.041 0.571 52 R 0.001 0.001 0.001 0.507 0.136 0.174 0.032 0.001 0.001 0.058 0.092 53 I 0.001 0.001 0.001 0.558 0.107 0.145 0.018 0.001 0.001 0.049 0.121 54 L 0.001 0.001 0.001 0.609 0.206 0.104 0.007 0.001 0.001 0.031 0.043 55 V 0.001 0.001 0.001 0.786 0.043 0.054 0.015 0.001 0.001 0.038 0.064 56 F 0.036 0.001 0.001 0.497 0.063 0.079 0.054 0.001 0.001 0.134 0.135 57 P 0.045 0.001 0.001 0.230 0.010 0.025 0.155 0.001 0.001 0.066 0.466 58 G 0.026 0.001 0.001 0.043 0.013 0.029 0.193 0.002 0.001 0.036 0.657 59 G 0.024 0.001 0.001 0.050 0.024 0.041 0.245 0.004 0.001 0.065 0.544 60 K 0.043 0.013 0.001 0.051 0.022 0.041 0.229 0.004 0.001 0.117 0.479 61 G 0.050 0.052 0.002 0.036 0.027 0.056 0.167 0.005 0.001 0.106 0.498 62 S 0.041 0.114 0.002 0.020 0.030 0.059 0.144 0.004 0.001 0.152 0.433 63 T 0.032 0.301 0.003 0.018 0.028 0.073 0.099 0.004 0.001 0.158 0.284 64 V 0.028 0.546 0.002 0.010 0.021 0.047 0.052 0.003 0.001 0.134 0.156 65 G 0.012 0.747 0.002 0.005 0.019 0.036 0.026 0.002 0.001 0.077 0.073 66 S 0.008 0.778 0.001 0.006 0.020 0.039 0.014 0.001 0.001 0.086 0.045 67 Y 0.004 0.546 0.002 0.015 0.048 0.057 0.014 0.001 0.001 0.268 0.045 68 V 0.002 0.938 0.001 0.004 0.014 0.012 0.004 0.001 0.001 0.007 0.017 69 L 0.006 0.946 0.001 0.003 0.010 0.009 0.002 0.003 0.001 0.005 0.014 70 L 0.023 0.756 0.005 0.010 0.015 0.015 0.010 0.007 0.001 0.102 0.054 71 N 0.053 0.314 0.013 0.014 0.012 0.014 0.033 0.007 0.008 0.414 0.119 72 L 0.083 0.089 0.163 0.017 0.008 0.010 0.067 0.014 0.097 0.301 0.151 73 R 0.281 0.030 0.024 0.016 0.011 0.014 0.095 0.015 0.020 0.077 0.419 74 K 0.107 0.025 0.001 0.009 0.003 0.007 0.075 0.003 0.002 0.031 0.736 75 N 0.041 0.005 0.001 0.007 0.003 0.008 0.114 0.002 0.001 0.049 0.769 76 G 0.026 0.010 0.004 0.021 0.006 0.023 0.146 0.005 0.001 0.090 0.668 77 V 0.119 0.025 0.002 0.014 0.010 0.019 0.129 0.003 0.001 0.058 0.619 78 A 0.075 0.058 0.003 0.042 0.015 0.031 0.137 0.007 0.001 0.065 0.565 79 P 0.044 0.106 0.001 0.060 0.026 0.058 0.132 0.004 0.001 0.072 0.496 80 K 0.009 0.042 0.001 0.147 0.104 0.203 0.084 0.003 0.001 0.139 0.267 81 A 0.004 0.041 0.002 0.207 0.134 0.252 0.056 0.002 0.001 0.108 0.193 82 I 0.010 0.016 0.005 0.262 0.192 0.208 0.039 0.002 0.001 0.080 0.186 83 I 0.014 0.003 0.002 0.198 0.203 0.178 0.032 0.001 0.001 0.214 0.155 84 N 0.028 0.009 0.003 0.143 0.076 0.152 0.076 0.002 0.002 0.147 0.363 85 K 0.161 0.010 0.007 0.084 0.042 0.071 0.114 0.004 0.006 0.105 0.395 86 K 0.043 0.019 0.003 0.037 0.035 0.062 0.140 0.007 0.002 0.068 0.585 87 T 0.050 0.080 0.001 0.016 0.022 0.025 0.099 0.003 0.001 0.025 0.678 88 E 0.018 0.057 0.002 0.072 0.098 0.091 0.121 0.009 0.001 0.073 0.457 89 T 0.010 0.121 0.002 0.116 0.080 0.140 0.072 0.003 0.001 0.128 0.329 90 I 0.013 0.098 0.005 0.200 0.127 0.156 0.044 0.002 0.001 0.143 0.210 91 I 0.011 0.084 0.003 0.364 0.140 0.121 0.032 0.001 0.001 0.126 0.118 92 A 0.017 0.110 0.003 0.276 0.109 0.176 0.040 0.003 0.001 0.131 0.133 93 V 0.031 0.091 0.004 0.221 0.115 0.154 0.059 0.006 0.001 0.114 0.204 94 G 0.027 0.093 0.004 0.149 0.133 0.227 0.062 0.004 0.002 0.086 0.214 95 A 0.041 0.033 0.011 0.100 0.179 0.193 0.090 0.003 0.005 0.090 0.254 96 A 0.049 0.027 0.007 0.134 0.139 0.173 0.082 0.010 0.004 0.074 0.301 97 M 0.392 0.017 0.005 0.049 0.054 0.070 0.075 0.006 0.003 0.068 0.261 98 A 0.049 0.009 0.005 0.099 0.057 0.104 0.120 0.004 0.003 0.029 0.521 99 E 0.022 0.016 0.001 0.030 0.020 0.046 0.108 0.004 0.001 0.018 0.733 100 I 0.041 0.009 0.002 0.055 0.166 0.103 0.153 0.017 0.001 0.046 0.407 101 P 0.025 0.033 0.002 0.167 0.085 0.156 0.108 0.004 0.001 0.036 0.384 102 L 0.020 0.012 0.002 0.126 0.123 0.213 0.067 0.004 0.001 0.054 0.378 103 V 0.018 0.009 0.002 0.201 0.128 0.127 0.091 0.002 0.001 0.034 0.388 104 E 0.026 0.019 0.002 0.143 0.093 0.160 0.097 0.002 0.001 0.047 0.409 105 V 0.055 0.038 0.004 0.089 0.033 0.047 0.104 0.003 0.003 0.050 0.574 106 R 0.042 0.262 0.004 0.024 0.013 0.015 0.086 0.010 0.002 0.035 0.508 107 D 0.080 0.784 0.001 0.002 0.002 0.002 0.014 0.008 0.001 0.008 0.099 108 E 0.049 0.726 0.002 0.005 0.004 0.004 0.019 0.005 0.001 0.026 0.159 109 K 0.009 0.868 0.003 0.002 0.003 0.004 0.012 0.002 0.001 0.018 0.079 110 F 0.017 0.939 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.001 0.004 0.024 111 F 0.048 0.840 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.013 0.001 0.026 0.053 112 E 0.043 0.492 0.008 0.007 0.007 0.014 0.032 0.004 0.003 0.211 0.179 113 A 0.042 0.131 0.166 0.008 0.005 0.011 0.055 0.009 0.070 0.294 0.209 114 V 0.342 0.012 0.068 0.006 0.006 0.011 0.064 0.019 0.040 0.126 0.304 115 K 0.248 0.003 0.002 0.006 0.005 0.010 0.065 0.003 0.003 0.049 0.607 116 T 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.101 0.001 0.001 0.013 0.860 117 G 0.003 0.001 0.001 0.014 0.005 0.021 0.158 0.001 0.001 0.036 0.759 118 D 0.003 0.001 0.001 0.080 0.099 0.200 0.114 0.002 0.001 0.131 0.369 119 R 0.002 0.001 0.001 0.116 0.043 0.207 0.056 0.001 0.001 0.079 0.495 120 V 0.001 0.001 0.001 0.261 0.246 0.265 0.020 0.001 0.001 0.050 0.156 121 V 0.002 0.001 0.001 0.158 0.267 0.287 0.030 0.001 0.001 0.067 0.188 122 V 0.001 0.001 0.001 0.157 0.248 0.268 0.041 0.001 0.001 0.028 0.255 123 N 0.318 0.006 0.004 0.084 0.083 0.123 0.053 0.006 0.007 0.071 0.246 124 A 0.289 0.003 0.005 0.026 0.011 0.019 0.066 0.006 0.004 0.077 0.494 125 D 0.053 0.003 0.001 0.007 0.016 0.029 0.070 0.004 0.001 0.018 0.798 126 E 0.034 0.010 0.001 0.037 0.045 0.068 0.108 0.002 0.001 0.016 0.678 127 G 0.007 0.014 0.001 0.027 0.228 0.246 0.081 0.003 0.001 0.029 0.365 128 Y 0.015 0.022 0.001 0.042 0.286 0.225 0.053 0.005 0.001 0.038 0.313 129 V 0.024 0.024 0.003 0.039 0.215 0.182 0.062 0.002 0.001 0.014 0.435 130 E 0.018 0.032 0.002 0.055 0.269 0.397 0.035 0.004 0.001 0.025 0.163 131 L 0.051 0.033 0.003 0.044 0.100 0.188 0.059 0.003 0.002 0.039 0.477 132 I 0.042 0.046 0.006 0.057 0.237 0.219 0.058 0.006 0.003 0.037 0.289 133 E 0.076 0.068 0.007 0.023 0.082 0.126 0.085 0.008 0.005 0.028 0.491 134 L 0.129 0.029 0.005 0.019 0.074 0.076 0.056 0.010 0.002 0.032 0.569 135 E 0.079 0.039 0.002 0.017 0.058 0.079 0.075 0.005 0.001 0.041 0.605 136 H 0.027 0.024 0.004 0.015 0.025 0.049 0.085 0.003 0.001 0.031 0.737 137 H 0.068 0.018 0.005 0.022 0.044 0.052 0.087 0.007 0.002 0.052 0.642 138 H 0.114 0.007 0.001 0.010 0.028 0.029 0.078 0.004 0.001 0.058 0.669 139 H 0.032 0.004 0.001 0.011 0.012 0.018 0.092 0.002 0.001 0.027 0.802 140 H 0.029 0.006 0.001 0.011 0.012 0.016 0.109 0.003 0.001 0.024 0.792 141 H 0.052 0.007 0.001 0.009 0.020 0.020 0.140 0.009 0.001 0.041 0.700