# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.428 0.142 0.062 0.119 0.073 0.051 0.046 0.027 0.025 0.016 0.011 2 V 0.194 0.122 0.045 0.100 0.092 0.101 0.121 0.079 0.071 0.046 0.029 3 K 0.118 0.173 0.103 0.255 0.169 0.094 0.052 0.018 0.010 0.005 0.002 4 F 0.055 0.046 0.034 0.055 0.065 0.090 0.156 0.140 0.161 0.118 0.080 5 A 0.044 0.127 0.147 0.323 0.178 0.092 0.055 0.018 0.010 0.005 0.003 6 C 0.040 0.025 0.018 0.028 0.021 0.026 0.075 0.112 0.201 0.235 0.218 7 R 0.069 0.113 0.126 0.276 0.187 0.113 0.070 0.023 0.014 0.006 0.003 8 A 0.085 0.114 0.094 0.134 0.097 0.092 0.124 0.082 0.082 0.059 0.037 9 I 0.044 0.044 0.045 0.121 0.106 0.109 0.148 0.105 0.114 0.092 0.072 10 T 0.069 0.116 0.090 0.118 0.085 0.083 0.128 0.089 0.090 0.071 0.063 11 R 0.211 0.184 0.120 0.216 0.114 0.067 0.046 0.019 0.012 0.007 0.004 12 G 0.315 0.134 0.064 0.109 0.087 0.080 0.086 0.043 0.037 0.025 0.020 13 R 0.109 0.164 0.111 0.281 0.163 0.082 0.049 0.017 0.012 0.007 0.005 14 A 0.017 0.013 0.010 0.019 0.024 0.041 0.094 0.115 0.203 0.214 0.250 15 E 0.052 0.184 0.148 0.324 0.163 0.070 0.037 0.010 0.006 0.003 0.002 16 G 0.014 0.013 0.009 0.024 0.032 0.052 0.146 0.171 0.212 0.184 0.142 17 E 0.108 0.174 0.129 0.335 0.158 0.059 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 18 A 0.005 0.007 0.005 0.017 0.021 0.036 0.114 0.135 0.218 0.235 0.206 19 L 0.011 0.025 0.028 0.094 0.094 0.101 0.160 0.125 0.149 0.111 0.103 20 V 0.012 0.030 0.021 0.061 0.078 0.101 0.195 0.153 0.155 0.109 0.085 21 T 0.016 0.050 0.033 0.114 0.112 0.111 0.170 0.129 0.122 0.085 0.058 22 K 0.209 0.160 0.067 0.236 0.165 0.088 0.047 0.014 0.008 0.004 0.002 23 E 0.320 0.160 0.081 0.182 0.110 0.062 0.044 0.019 0.012 0.006 0.004 24 Y 0.023 0.049 0.034 0.130 0.144 0.175 0.213 0.106 0.074 0.037 0.015 25 I 0.003 0.004 0.004 0.010 0.009 0.016 0.057 0.095 0.213 0.279 0.310 26 S 0.009 0.027 0.027 0.070 0.090 0.104 0.175 0.156 0.142 0.114 0.085 27 F 0.008 0.014 0.018 0.030 0.032 0.047 0.110 0.143 0.208 0.203 0.186 28 L 0.017 0.020 0.014 0.064 0.081 0.113 0.197 0.146 0.141 0.114 0.093 29 G 0.043 0.046 0.029 0.106 0.099 0.120 0.191 0.118 0.118 0.081 0.048 30 G 0.039 0.076 0.051 0.142 0.133 0.121 0.138 0.092 0.094 0.068 0.046 31 I 0.003 0.005 0.003 0.010 0.013 0.019 0.060 0.097 0.196 0.241 0.353 32 D 0.011 0.036 0.018 0.102 0.159 0.171 0.208 0.125 0.088 0.047 0.034 33 K 0.187 0.157 0.065 0.255 0.148 0.081 0.058 0.024 0.014 0.007 0.004 34 E 0.484 0.154 0.075 0.152 0.078 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 35 T 0.003 0.004 0.003 0.012 0.018 0.036 0.107 0.148 0.231 0.228 0.210 36 G 0.025 0.087 0.034 0.107 0.119 0.139 0.199 0.107 0.091 0.057 0.036 37 I 0.010 0.016 0.014 0.033 0.042 0.067 0.157 0.148 0.195 0.169 0.152 38 V 0.004 0.007 0.003 0.014 0.025 0.034 0.083 0.101 0.175 0.215 0.339 39 K 0.026 0.106 0.056 0.236 0.206 0.155 0.120 0.043 0.030 0.013 0.008 40 E 0.320 0.132 0.065 0.217 0.136 0.065 0.041 0.014 0.007 0.003 0.002 41 D 0.483 0.251 0.098 0.107 0.038 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 42 C 0.003 0.004 0.003 0.015 0.037 0.113 0.272 0.194 0.176 0.113 0.071 43 E 0.394 0.241 0.107 0.167 0.060 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 44 I 0.011 0.031 0.077 0.064 0.086 0.138 0.189 0.105 0.122 0.094 0.083 45 K 0.026 0.087 0.076 0.238 0.185 0.139 0.118 0.051 0.036 0.022 0.021 46 G 0.347 0.135 0.031 0.099 0.075 0.080 0.093 0.048 0.038 0.028 0.027 47 E 0.064 0.117 0.153 0.255 0.194 0.117 0.067 0.017 0.009 0.004 0.003 48 S 0.154 0.173 0.075 0.238 0.143 0.091 0.065 0.024 0.017 0.011 0.009 49 V 0.006 0.004 0.003 0.010 0.014 0.027 0.084 0.103 0.201 0.224 0.324 50 A 0.048 0.134 0.086 0.265 0.190 0.117 0.096 0.030 0.018 0.009 0.007 51 G 0.157 0.117 0.069 0.175 0.130 0.101 0.102 0.057 0.046 0.028 0.017 52 R 0.006 0.024 0.023 0.127 0.201 0.231 0.211 0.085 0.049 0.026 0.016 53 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.014 0.057 0.109 0.209 0.283 0.314 54 L 0.001 0.002 0.003 0.013 0.025 0.050 0.170 0.190 0.216 0.173 0.156 55 V 0.002 0.004 0.005 0.011 0.011 0.015 0.051 0.097 0.187 0.246 0.372 56 F 0.002 0.002 0.002 0.010 0.016 0.026 0.076 0.122 0.212 0.263 0.269 57 P 0.031 0.055 0.038 0.160 0.145 0.143 0.168 0.100 0.081 0.046 0.033 58 G 0.137 0.123 0.054 0.191 0.150 0.112 0.104 0.054 0.037 0.023 0.014 59 G 0.051 0.044 0.020 0.074 0.073 0.075 0.112 0.110 0.145 0.143 0.152 60 K 0.075 0.139 0.047 0.190 0.164 0.130 0.108 0.055 0.043 0.028 0.021 61 G 0.070 0.061 0.019 0.074 0.072 0.078 0.118 0.116 0.141 0.129 0.121 62 S 0.048 0.051 0.016 0.071 0.083 0.095 0.138 0.117 0.140 0.120 0.121 63 T 0.045 0.043 0.023 0.077 0.080 0.084 0.125 0.114 0.146 0.129 0.135 64 V 0.012 0.025 0.011 0.044 0.060 0.074 0.136 0.147 0.184 0.167 0.140 65 G 0.001 0.004 0.002 0.014 0.034 0.064 0.133 0.168 0.240 0.194 0.145 66 S 0.004 0.004 0.004 0.018 0.032 0.057 0.132 0.141 0.212 0.207 0.189 67 Y 0.004 0.007 0.008 0.047 0.075 0.123 0.209 0.161 0.155 0.129 0.081 68 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.035 0.085 0.226 0.303 0.336 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.042 0.147 0.280 0.512 70 L 0.001 0.001 0.022 0.040 0.068 0.098 0.190 0.173 0.192 0.141 0.074 71 N 0.001 0.001 0.012 0.045 0.105 0.199 0.323 0.171 0.090 0.037 0.016 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.067 0.195 0.314 0.390 73 R 0.001 0.002 0.004 0.028 0.057 0.099 0.234 0.209 0.189 0.116 0.062 74 K 0.019 0.083 0.231 0.199 0.149 0.130 0.100 0.041 0.028 0.013 0.007 75 N 0.078 0.089 0.055 0.183 0.171 0.181 0.162 0.049 0.020 0.009 0.004 76 G 0.465 0.181 0.046 0.132 0.065 0.041 0.035 0.014 0.010 0.006 0.004 77 V 0.037 0.109 0.047 0.175 0.175 0.144 0.148 0.071 0.049 0.029 0.017 78 A 0.021 0.017 0.007 0.024 0.032 0.051 0.106 0.136 0.221 0.201 0.185 79 P 0.028 0.032 0.015 0.057 0.079 0.110 0.208 0.150 0.149 0.092 0.081 80 K 0.030 0.054 0.038 0.190 0.199 0.161 0.149 0.072 0.054 0.032 0.021 81 A 0.009 0.014 0.014 0.051 0.055 0.080 0.163 0.149 0.174 0.161 0.130 82 I 0.006 0.007 0.010 0.030 0.030 0.043 0.118 0.149 0.215 0.210 0.180 83 I 0.001 0.004 0.008 0.014 0.017 0.026 0.079 0.122 0.224 0.248 0.256 84 N 0.008 0.026 0.038 0.116 0.131 0.131 0.182 0.121 0.114 0.076 0.056 85 K 0.050 0.052 0.049 0.135 0.150 0.160 0.200 0.096 0.063 0.030 0.015 86 K 0.165 0.217 0.089 0.204 0.129 0.090 0.066 0.021 0.012 0.005 0.003 87 T 0.106 0.093 0.047 0.129 0.134 0.131 0.144 0.073 0.068 0.045 0.030 88 E 0.179 0.139 0.068 0.151 0.136 0.114 0.108 0.045 0.031 0.017 0.011 89 T 0.037 0.061 0.039 0.162 0.189 0.206 0.181 0.065 0.036 0.018 0.008 90 I 0.005 0.008 0.008 0.020 0.019 0.033 0.112 0.143 0.226 0.232 0.194 91 I 0.003 0.007 0.014 0.031 0.040 0.066 0.165 0.150 0.193 0.178 0.152 92 A 0.003 0.005 0.029 0.019 0.018 0.026 0.083 0.114 0.216 0.240 0.247 93 V 0.004 0.007 0.031 0.045 0.044 0.066 0.192 0.165 0.191 0.156 0.099 94 G 0.003 0.006 0.023 0.034 0.031 0.054 0.157 0.167 0.210 0.189 0.125 95 A 0.001 0.003 0.022 0.013 0.010 0.016 0.060 0.095 0.186 0.262 0.333 96 A 0.001 0.003 0.018 0.016 0.015 0.027 0.096 0.118 0.196 0.227 0.283 97 M 0.001 0.007 0.026 0.026 0.022 0.034 0.106 0.132 0.212 0.215 0.219 98 A 0.005 0.007 0.014 0.022 0.030 0.066 0.199 0.178 0.198 0.161 0.121 99 E 0.178 0.152 0.101 0.204 0.132 0.088 0.078 0.031 0.021 0.010 0.006 100 I 0.002 0.004 0.004 0.014 0.018 0.035 0.115 0.144 0.225 0.222 0.217 101 P 0.084 0.187 0.092 0.184 0.140 0.116 0.098 0.041 0.030 0.016 0.012 102 L 0.011 0.016 0.009 0.030 0.035 0.054 0.141 0.153 0.210 0.175 0.168 103 V 0.008 0.012 0.006 0.023 0.035 0.054 0.124 0.132 0.204 0.193 0.208 104 E 0.039 0.097 0.055 0.259 0.194 0.119 0.111 0.051 0.040 0.020 0.014 105 V 0.011 0.010 0.007 0.022 0.037 0.061 0.152 0.168 0.201 0.181 0.151 106 R 0.054 0.162 0.066 0.198 0.158 0.129 0.108 0.050 0.040 0.023 0.013 107 D 0.136 0.227 0.072 0.206 0.148 0.095 0.069 0.024 0.014 0.007 0.003 108 E 0.620 0.127 0.072 0.107 0.043 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 109 K 0.273 0.224 0.084 0.192 0.106 0.059 0.037 0.012 0.007 0.003 0.002 110 F 0.006 0.010 0.007 0.023 0.042 0.096 0.201 0.199 0.206 0.133 0.078 111 F 0.010 0.013 0.030 0.073 0.137 0.216 0.260 0.117 0.080 0.043 0.021 112 E 0.062 0.109 0.607 0.136 0.048 0.019 0.011 0.003 0.003 0.002 0.001 113 A 0.002 0.008 0.025 0.072 0.098 0.184 0.304 0.135 0.098 0.051 0.024 114 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.031 0.074 0.171 0.262 0.449 115 K 0.038 0.126 0.284 0.232 0.165 0.090 0.046 0.010 0.005 0.002 0.001 116 T 0.074 0.123 0.184 0.271 0.150 0.098 0.065 0.018 0.010 0.004 0.002 117 G 0.474 0.152 0.042 0.118 0.068 0.047 0.042 0.019 0.015 0.012 0.011 118 D 0.040 0.081 0.034 0.168 0.187 0.175 0.185 0.071 0.037 0.015 0.007 119 R 0.015 0.065 0.050 0.240 0.227 0.176 0.123 0.046 0.030 0.017 0.011 120 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.054 0.106 0.214 0.276 0.330 121 V 0.008 0.058 0.065 0.376 0.267 0.123 0.072 0.019 0.008 0.003 0.001 122 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.040 0.093 0.221 0.297 0.334 123 N 0.034 0.138 0.063 0.370 0.237 0.099 0.042 0.010 0.005 0.001 0.001 124 A 0.047 0.043 0.016 0.073 0.082 0.117 0.208 0.151 0.130 0.088 0.045 125 D 0.371 0.301 0.084 0.162 0.053 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 126 E 0.242 0.222 0.081 0.223 0.119 0.058 0.036 0.010 0.005 0.002 0.001 127 G 0.196 0.117 0.029 0.104 0.095 0.098 0.121 0.084 0.075 0.051 0.029 128 Y 0.047 0.121 0.065 0.236 0.205 0.155 0.101 0.036 0.021 0.009 0.004 129 V 0.010 0.008 0.010 0.020 0.028 0.044 0.114 0.132 0.226 0.221 0.186 130 E 0.054 0.158 0.176 0.310 0.164 0.076 0.040 0.012 0.006 0.003 0.001 131 L 0.025 0.029 0.030 0.065 0.066 0.086 0.175 0.156 0.173 0.122 0.071 132 I 0.039 0.037 0.034 0.078 0.098 0.124 0.191 0.137 0.125 0.083 0.053 133 E 0.206 0.233 0.191 0.192 0.088 0.044 0.028 0.009 0.005 0.002 0.001 134 L 0.064 0.050 0.044 0.085 0.087 0.108 0.175 0.127 0.124 0.088 0.050 135 E 0.397 0.238 0.082 0.111 0.061 0.040 0.032 0.015 0.012 0.007 0.005 136 H 0.219 0.131 0.064 0.114 0.095 0.095 0.109 0.065 0.055 0.033 0.019 137 H 0.229 0.145 0.077 0.124 0.103 0.091 0.094 0.053 0.044 0.027 0.014 138 H 0.281 0.207 0.080 0.127 0.088 0.068 0.062 0.035 0.028 0.016 0.008 139 H 0.334 0.107 0.045 0.103 0.087 0.081 0.091 0.057 0.049 0.031 0.016 140 H 0.400 0.177 0.054 0.100 0.077 0.060 0.054 0.031 0.026 0.014 0.007 141 H 0.446 0.179 0.056 0.111 0.068 0.047 0.038 0.022 0.018 0.010 0.005