# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 2 V 0.274 0.019 0.003 0.013 0.007 0.006 0.678 3 K 0.699 0.014 0.005 0.022 0.032 0.007 0.222 4 F 0.826 0.007 0.004 0.023 0.023 0.007 0.110 5 A 0.799 0.005 0.003 0.015 0.024 0.011 0.142 6 C 0.735 0.003 0.003 0.015 0.025 0.012 0.207 7 R 0.839 0.003 0.004 0.022 0.045 0.006 0.081 8 A 0.888 0.004 0.006 0.028 0.019 0.007 0.048 9 I 0.904 0.003 0.005 0.022 0.014 0.011 0.041 10 T 0.867 0.014 0.006 0.020 0.018 0.019 0.056 11 R 0.406 0.003 0.012 0.013 0.111 0.330 0.126 12 G 0.245 0.001 0.013 0.003 0.211 0.393 0.133 13 R 0.710 0.012 0.008 0.003 0.063 0.045 0.158 14 A 0.915 0.008 0.001 0.001 0.011 0.003 0.060 15 E 0.877 0.002 0.001 0.001 0.027 0.008 0.084 16 G 0.907 0.001 0.001 0.001 0.024 0.006 0.060 17 E 0.940 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.044 18 A 0.974 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.016 19 L 0.962 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.025 20 V 0.924 0.005 0.002 0.003 0.013 0.010 0.044 21 T 0.742 0.009 0.002 0.003 0.040 0.031 0.173 22 K 0.281 0.007 0.011 0.003 0.377 0.071 0.250 23 E 0.215 0.008 0.035 0.016 0.433 0.084 0.208 24 Y 0.303 0.017 0.044 0.034 0.158 0.126 0.319 25 I 0.485 0.051 0.048 0.028 0.057 0.053 0.279 26 S 0.582 0.024 0.032 0.030 0.060 0.049 0.224 27 F 0.522 0.020 0.072 0.062 0.080 0.127 0.118 28 L 0.369 0.016 0.071 0.093 0.073 0.222 0.156 29 G 0.262 0.007 0.043 0.036 0.229 0.285 0.137 30 G 0.424 0.019 0.014 0.016 0.152 0.124 0.252 31 I 0.504 0.237 0.003 0.007 0.060 0.014 0.176 32 D 0.216 0.038 0.002 0.001 0.022 0.004 0.716 33 K 0.011 0.001 0.050 0.010 0.038 0.878 0.012 34 E 0.010 0.001 0.059 0.007 0.037 0.874 0.013 35 T 0.109 0.022 0.247 0.032 0.143 0.246 0.202 36 G 0.278 0.038 0.023 0.015 0.107 0.143 0.396 37 I 0.588 0.049 0.005 0.003 0.051 0.018 0.286 38 V 0.607 0.254 0.001 0.001 0.014 0.003 0.119 39 K 0.308 0.030 0.001 0.001 0.034 0.004 0.622 40 E 0.026 0.003 0.017 0.004 0.073 0.839 0.037 41 D 0.025 0.015 0.021 0.009 0.122 0.758 0.052 42 C 0.060 0.034 0.051 0.017 0.223 0.074 0.541 43 E 0.027 0.024 0.085 0.075 0.071 0.561 0.157 44 I 0.053 0.048 0.148 0.042 0.084 0.525 0.101 45 K 0.098 0.048 0.157 0.046 0.107 0.428 0.115 46 G 0.105 0.017 0.056 0.031 0.196 0.413 0.182 47 E 0.329 0.054 0.038 0.022 0.185 0.083 0.290 48 S 0.365 0.069 0.039 0.017 0.053 0.038 0.419 49 V 0.374 0.032 0.077 0.022 0.091 0.121 0.283 50 A 0.106 0.006 0.038 0.005 0.174 0.553 0.119 51 G 0.171 0.002 0.020 0.002 0.282 0.447 0.076 52 R 0.759 0.006 0.004 0.003 0.042 0.009 0.177 53 I 0.977 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 54 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 55 V 0.952 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.035 56 F 0.701 0.007 0.001 0.001 0.024 0.006 0.260 57 P 0.199 0.016 0.011 0.003 0.136 0.411 0.224 58 G 0.059 0.006 0.026 0.002 0.229 0.490 0.187 59 G 0.099 0.038 0.029 0.004 0.347 0.168 0.315 60 K 0.094 0.082 0.019 0.005 0.294 0.143 0.363 61 G 0.060 0.051 0.032 0.010 0.367 0.240 0.240 62 S 0.041 0.030 0.039 0.028 0.209 0.324 0.329 63 T 0.029 0.050 0.025 0.048 0.271 0.377 0.200 64 V 0.026 0.034 0.018 0.233 0.300 0.161 0.229 65 G 0.007 0.003 0.009 0.777 0.085 0.035 0.082 66 S 0.003 0.001 0.004 0.955 0.009 0.008 0.020 67 Y 0.005 0.001 0.003 0.980 0.003 0.004 0.004 68 V 0.008 0.001 0.002 0.982 0.001 0.003 0.002 69 L 0.006 0.001 0.002 0.982 0.001 0.006 0.003 70 L 0.004 0.001 0.002 0.979 0.002 0.009 0.004 71 N 0.005 0.001 0.002 0.974 0.002 0.010 0.007 72 L 0.013 0.001 0.005 0.953 0.005 0.015 0.008 73 R 0.007 0.001 0.009 0.930 0.007 0.037 0.009 74 K 0.005 0.002 0.011 0.771 0.014 0.189 0.008 75 N 0.001 0.001 0.005 0.079 0.015 0.893 0.007 76 G 0.002 0.001 0.003 0.012 0.133 0.763 0.086 77 V 0.040 0.041 0.005 0.011 0.201 0.029 0.673 78 A 0.144 0.052 0.003 0.007 0.154 0.006 0.632 79 P 0.241 0.010 0.021 0.042 0.148 0.043 0.496 80 K 0.535 0.007 0.073 0.119 0.073 0.050 0.143 81 A 0.765 0.004 0.043 0.099 0.019 0.013 0.057 82 I 0.865 0.007 0.019 0.072 0.005 0.008 0.023 83 I 0.852 0.006 0.015 0.067 0.009 0.017 0.036 84 N 0.676 0.009 0.024 0.063 0.042 0.074 0.113 85 K 0.305 0.006 0.038 0.059 0.178 0.113 0.300 86 K 0.187 0.011 0.044 0.036 0.193 0.165 0.364 87 T 0.112 0.012 0.062 0.020 0.195 0.152 0.447 88 E 0.106 0.005 0.010 0.007 0.300 0.021 0.550 89 T 0.277 0.007 0.010 0.010 0.151 0.036 0.509 90 I 0.831 0.009 0.004 0.013 0.027 0.014 0.101 91 I 0.935 0.007 0.001 0.008 0.012 0.004 0.034 92 A 0.945 0.004 0.001 0.005 0.006 0.002 0.037 93 V 0.881 0.001 0.001 0.012 0.025 0.008 0.072 94 G 0.821 0.001 0.007 0.017 0.045 0.015 0.094 95 A 0.876 0.003 0.006 0.021 0.016 0.012 0.067 96 A 0.920 0.006 0.010 0.017 0.007 0.012 0.027 97 M 0.915 0.008 0.011 0.008 0.007 0.017 0.033 98 A 0.681 0.006 0.018 0.006 0.072 0.085 0.133 99 E 0.374 0.005 0.016 0.006 0.342 0.078 0.179 100 I 0.361 0.007 0.006 0.004 0.231 0.006 0.385 101 P 0.446 0.012 0.008 0.004 0.055 0.028 0.447 102 L 0.679 0.029 0.016 0.011 0.032 0.021 0.211 103 V 0.823 0.007 0.009 0.012 0.027 0.013 0.108 104 E 0.781 0.009 0.013 0.014 0.044 0.021 0.117 105 V 0.438 0.020 0.015 0.031 0.091 0.031 0.374 106 R 0.219 0.025 0.008 0.022 0.221 0.037 0.468 107 D 0.064 0.011 0.016 0.079 0.223 0.041 0.565 108 E 0.005 0.001 0.047 0.818 0.042 0.062 0.025 109 K 0.005 0.002 0.057 0.823 0.024 0.056 0.033 110 F 0.003 0.002 0.035 0.903 0.004 0.031 0.022 111 F 0.003 0.002 0.026 0.937 0.005 0.016 0.012 112 E 0.006 0.001 0.029 0.917 0.006 0.030 0.011 113 A 0.014 0.001 0.023 0.906 0.007 0.037 0.013 114 V 0.035 0.019 0.015 0.761 0.046 0.041 0.083 115 K 0.059 0.010 0.022 0.474 0.064 0.231 0.140 116 T 0.004 0.001 0.010 0.044 0.045 0.881 0.015 117 G 0.009 0.001 0.008 0.002 0.119 0.727 0.135 118 D 0.047 0.001 0.006 0.001 0.347 0.037 0.562 119 R 0.727 0.014 0.005 0.001 0.034 0.008 0.211 120 V 0.961 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 121 V 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 122 V 0.983 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 123 N 0.639 0.004 0.001 0.001 0.013 0.004 0.340 124 A 0.075 0.001 0.053 0.012 0.109 0.654 0.096 125 D 0.021 0.002 0.067 0.006 0.095 0.781 0.028 126 E 0.046 0.005 0.161 0.013 0.176 0.521 0.078 127 G 0.259 0.014 0.028 0.017 0.222 0.219 0.241 128 Y 0.673 0.030 0.011 0.011 0.042 0.028 0.206 129 V 0.872 0.012 0.002 0.006 0.012 0.003 0.094 130 E 0.911 0.005 0.002 0.009 0.008 0.003 0.062 131 L 0.936 0.005 0.002 0.009 0.008 0.003 0.037 132 I 0.822 0.006 0.005 0.028 0.031 0.009 0.099 133 E 0.640 0.009 0.009 0.036 0.041 0.021 0.243 134 L 0.291 0.014 0.050 0.096 0.079 0.069 0.402 135 E 0.131 0.012 0.069 0.089 0.114 0.130 0.455 136 H 0.093 0.012 0.099 0.078 0.129 0.167 0.422 137 H 0.086 0.013 0.066 0.071 0.158 0.122 0.485 138 H 0.058 0.014 0.093 0.062 0.194 0.118 0.460 139 H 0.042 0.017 0.070 0.053 0.166 0.198 0.454 140 H 0.017 0.016 0.019 0.024 0.026 0.079 0.820 141 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995