# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.204 0.163 0.030 0.012 0.316 0.015 0.036 0.107 0.040 0.031 0.046 2 V 0.202 0.173 0.021 0.003 0.502 0.004 0.008 0.032 0.010 0.015 0.030 3 K 0.244 0.124 0.017 0.004 0.500 0.006 0.013 0.047 0.010 0.013 0.024 4 F 0.273 0.152 0.029 0.007 0.424 0.007 0.009 0.034 0.006 0.013 0.048 5 A 0.277 0.114 0.034 0.015 0.356 0.012 0.015 0.034 0.011 0.050 0.082 6 C 0.307 0.126 0.021 0.007 0.414 0.005 0.006 0.030 0.013 0.024 0.046 7 R 0.143 0.229 0.025 0.010 0.446 0.017 0.022 0.049 0.018 0.015 0.024 8 A 0.277 0.139 0.025 0.003 0.476 0.003 0.009 0.025 0.007 0.009 0.027 9 I 0.303 0.084 0.018 0.030 0.275 0.056 0.053 0.069 0.024 0.024 0.063 10 T 0.131 0.184 0.147 0.114 0.236 0.041 0.021 0.052 0.017 0.027 0.030 11 R 0.027 0.077 0.048 0.195 0.035 0.149 0.136 0.161 0.068 0.082 0.024 12 G 0.029 0.084 0.128 0.324 0.044 0.079 0.031 0.058 0.048 0.131 0.042 13 R 0.167 0.099 0.030 0.014 0.202 0.025 0.039 0.098 0.092 0.160 0.074 14 A 0.197 0.132 0.049 0.016 0.293 0.018 0.025 0.066 0.049 0.073 0.082 15 E 0.083 0.055 0.051 0.056 0.071 0.031 0.068 0.059 0.077 0.371 0.078 16 G 0.047 0.268 0.390 0.091 0.126 0.015 0.005 0.016 0.012 0.015 0.015 17 E 0.161 0.236 0.045 0.004 0.439 0.005 0.014 0.035 0.022 0.015 0.023 18 A 0.294 0.130 0.019 0.003 0.480 0.005 0.006 0.014 0.005 0.005 0.037 19 L 0.233 0.150 0.027 0.005 0.504 0.005 0.010 0.020 0.006 0.009 0.031 20 V 0.306 0.083 0.032 0.041 0.196 0.039 0.034 0.046 0.025 0.064 0.135 21 T 0.047 0.291 0.171 0.142 0.195 0.036 0.023 0.044 0.020 0.018 0.013 22 K 0.028 0.024 0.021 0.053 0.028 0.061 0.087 0.208 0.223 0.232 0.037 23 E 0.031 0.268 0.241 0.065 0.117 0.021 0.056 0.104 0.046 0.038 0.013 24 Y 0.112 0.167 0.044 0.024 0.173 0.025 0.049 0.162 0.078 0.092 0.073 25 I 0.139 0.112 0.036 0.017 0.223 0.028 0.047 0.104 0.109 0.095 0.090 26 S 0.099 0.183 0.108 0.034 0.166 0.035 0.065 0.138 0.075 0.051 0.046 27 F 0.088 0.078 0.085 0.052 0.088 0.028 0.054 0.184 0.120 0.148 0.075 28 L 0.046 0.157 0.106 0.083 0.096 0.085 0.131 0.086 0.087 0.092 0.031 29 G 0.032 0.117 0.122 0.188 0.065 0.072 0.049 0.048 0.064 0.181 0.061 30 G 0.136 0.052 0.042 0.024 0.109 0.012 0.025 0.058 0.060 0.334 0.149 31 I 0.025 0.544 0.171 0.009 0.154 0.006 0.018 0.029 0.019 0.015 0.010 32 D 0.102 0.279 0.074 0.003 0.504 0.001 0.002 0.011 0.005 0.004 0.014 33 K 0.002 0.005 0.008 0.001 0.002 0.004 0.021 0.538 0.410 0.007 0.002 34 E 0.005 0.007 0.009 0.006 0.006 0.028 0.255 0.430 0.119 0.125 0.009 35 T 0.007 0.760 0.117 0.006 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 36 G 0.028 0.038 0.115 0.200 0.024 0.073 0.010 0.028 0.050 0.269 0.166 37 I 0.107 0.291 0.108 0.006 0.291 0.007 0.024 0.063 0.048 0.032 0.023 38 V 0.095 0.329 0.128 0.013 0.260 0.005 0.016 0.039 0.028 0.041 0.047 39 K 0.085 0.350 0.209 0.014 0.233 0.004 0.008 0.027 0.026 0.020 0.024 40 E 0.010 0.037 0.019 0.013 0.025 0.049 0.119 0.475 0.235 0.015 0.004 41 D 0.046 0.038 0.026 0.009 0.045 0.009 0.027 0.095 0.105 0.487 0.112 42 C 0.108 0.334 0.066 0.003 0.412 0.001 0.003 0.023 0.012 0.017 0.020 43 E 0.079 0.186 0.066 0.007 0.156 0.013 0.051 0.278 0.108 0.030 0.026 44 I 0.166 0.044 0.027 0.017 0.106 0.030 0.072 0.209 0.101 0.132 0.097 45 K 0.018 0.253 0.132 0.148 0.104 0.087 0.106 0.088 0.024 0.028 0.013 46 G 0.062 0.024 0.045 0.070 0.038 0.018 0.007 0.027 0.035 0.447 0.228 47 E 0.037 0.543 0.130 0.009 0.235 0.005 0.005 0.016 0.008 0.006 0.005 48 S 0.341 0.120 0.022 0.001 0.442 0.001 0.004 0.014 0.005 0.008 0.043 49 V 0.351 0.033 0.027 0.046 0.128 0.077 0.038 0.033 0.040 0.078 0.152 50 A 0.004 0.016 0.016 0.241 0.009 0.230 0.342 0.101 0.025 0.014 0.003 51 G 0.048 0.039 0.040 0.151 0.040 0.042 0.013 0.021 0.031 0.461 0.113 52 R 0.085 0.277 0.027 0.005 0.571 0.002 0.003 0.009 0.006 0.009 0.006 53 I 0.260 0.036 0.002 0.001 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 54 L 0.203 0.062 0.005 0.002 0.704 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 55 V 0.356 0.063 0.013 0.002 0.417 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 0.118 56 F 0.066 0.309 0.359 0.036 0.191 0.006 0.003 0.003 0.001 0.007 0.018 57 P 0.089 0.149 0.047 0.046 0.126 0.080 0.218 0.113 0.056 0.036 0.040 58 G 0.036 0.069 0.104 0.106 0.048 0.061 0.055 0.039 0.111 0.292 0.079 59 G 0.046 0.119 0.146 0.170 0.093 0.058 0.037 0.056 0.079 0.157 0.039 60 K 0.041 0.074 0.045 0.063 0.062 0.085 0.197 0.133 0.141 0.124 0.035 61 G 0.050 0.085 0.110 0.154 0.064 0.071 0.049 0.038 0.076 0.210 0.093 62 S 0.098 0.130 0.059 0.033 0.162 0.026 0.043 0.124 0.126 0.138 0.060 63 T 0.095 0.117 0.096 0.025 0.125 0.028 0.041 0.154 0.105 0.142 0.072 64 V 0.033 0.084 0.048 0.029 0.053 0.026 0.073 0.363 0.171 0.089 0.030 65 G 0.015 0.049 0.054 0.037 0.030 0.014 0.015 0.458 0.196 0.116 0.016 66 S 0.004 0.006 0.003 0.001 0.007 0.002 0.008 0.790 0.167 0.009 0.003 67 Y 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.894 0.085 0.004 0.001 68 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.925 0.052 0.006 0.001 69 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.934 0.056 0.002 0.001 70 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.927 0.054 0.002 0.001 71 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.916 0.049 0.017 0.001 72 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.886 0.087 0.008 0.001 73 R 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 0.854 0.106 0.005 0.002 74 K 0.002 0.031 0.020 0.009 0.010 0.030 0.191 0.573 0.098 0.033 0.002 75 N 0.003 0.720 0.191 0.010 0.067 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 76 G 0.044 0.003 0.006 0.014 0.006 0.007 0.006 0.009 0.013 0.409 0.483 77 V 0.053 0.309 0.200 0.032 0.142 0.020 0.071 0.046 0.031 0.065 0.032 78 A 0.031 0.398 0.289 0.058 0.125 0.018 0.008 0.030 0.018 0.013 0.011 79 P 0.061 0.186 0.059 0.031 0.142 0.060 0.079 0.269 0.074 0.022 0.018 80 K 0.088 0.041 0.014 0.020 0.122 0.028 0.064 0.356 0.123 0.100 0.044 81 A 0.154 0.127 0.017 0.005 0.510 0.004 0.008 0.115 0.019 0.020 0.020 82 I 0.245 0.072 0.009 0.003 0.445 0.005 0.012 0.134 0.017 0.019 0.039 83 I 0.231 0.114 0.020 0.009 0.320 0.011 0.024 0.109 0.021 0.048 0.092 84 N 0.194 0.128 0.045 0.018 0.270 0.015 0.032 0.074 0.043 0.095 0.086 85 K 0.067 0.120 0.055 0.031 0.102 0.055 0.102 0.170 0.164 0.097 0.036 86 K 0.105 0.165 0.104 0.019 0.153 0.012 0.053 0.119 0.096 0.112 0.062 87 T 0.129 0.174 0.052 0.020 0.171 0.024 0.039 0.106 0.132 0.100 0.052 88 E 0.031 0.189 0.060 0.035 0.133 0.053 0.094 0.264 0.101 0.028 0.013 89 T 0.269 0.092 0.015 0.005 0.391 0.005 0.021 0.089 0.041 0.027 0.046 90 I 0.258 0.079 0.007 0.004 0.570 0.005 0.009 0.032 0.009 0.006 0.021 91 I 0.278 0.074 0.008 0.006 0.521 0.008 0.012 0.039 0.007 0.007 0.039 92 A 0.354 0.073 0.019 0.014 0.375 0.010 0.015 0.042 0.006 0.016 0.076 93 V 0.110 0.051 0.011 0.046 0.144 0.079 0.173 0.230 0.051 0.062 0.043 94 G 0.199 0.106 0.037 0.048 0.297 0.034 0.024 0.103 0.042 0.052 0.059 95 A 0.186 0.163 0.019 0.009 0.395 0.013 0.016 0.106 0.042 0.020 0.031 96 A 0.269 0.080 0.016 0.006 0.344 0.008 0.035 0.117 0.033 0.030 0.061 97 M 0.184 0.081 0.031 0.026 0.143 0.030 0.050 0.106 0.104 0.142 0.104 98 A 0.022 0.381 0.160 0.056 0.142 0.035 0.047 0.086 0.047 0.016 0.007 99 E 0.130 0.039 0.029 0.011 0.089 0.020 0.073 0.095 0.112 0.298 0.103 100 I 0.048 0.503 0.200 0.006 0.217 0.001 0.004 0.008 0.004 0.002 0.007 101 P 0.108 0.349 0.066 0.005 0.401 0.004 0.008 0.015 0.012 0.011 0.021 102 L 0.247 0.141 0.038 0.009 0.332 0.014 0.033 0.050 0.053 0.031 0.053 103 V 0.090 0.336 0.090 0.011 0.345 0.013 0.018 0.038 0.024 0.014 0.022 104 E 0.216 0.174 0.046 0.004 0.407 0.005 0.017 0.034 0.014 0.026 0.055 105 V 0.169 0.192 0.052 0.011 0.264 0.011 0.026 0.094 0.045 0.074 0.062 106 R 0.050 0.164 0.109 0.081 0.106 0.096 0.062 0.117 0.068 0.096 0.053 107 D 0.180 0.126 0.083 0.023 0.313 0.009 0.013 0.085 0.033 0.058 0.078 108 E 0.012 0.036 0.011 0.007 0.031 0.009 0.016 0.549 0.234 0.084 0.012 109 K 0.023 0.063 0.034 0.004 0.039 0.005 0.031 0.634 0.088 0.067 0.012 110 F 0.012 0.011 0.004 0.002 0.012 0.003 0.009 0.817 0.097 0.027 0.006 111 F 0.019 0.021 0.004 0.004 0.030 0.006 0.013 0.703 0.157 0.032 0.011 112 E 0.010 0.031 0.011 0.004 0.024 0.007 0.033 0.763 0.105 0.009 0.003 113 A 0.011 0.024 0.014 0.004 0.045 0.008 0.062 0.720 0.081 0.028 0.002 114 V 0.064 0.070 0.039 0.006 0.042 0.006 0.028 0.512 0.125 0.069 0.039 115 K 0.049 0.025 0.026 0.020 0.032 0.054 0.144 0.357 0.134 0.123 0.036 116 T 0.007 0.548 0.249 0.053 0.091 0.010 0.013 0.010 0.004 0.011 0.004 117 G 0.043 0.023 0.029 0.037 0.016 0.013 0.006 0.018 0.048 0.547 0.220 118 D 0.039 0.318 0.137 0.060 0.163 0.033 0.034 0.054 0.051 0.088 0.021 119 R 0.247 0.130 0.014 0.002 0.529 0.002 0.004 0.008 0.013 0.015 0.035 120 V 0.161 0.153 0.011 0.001 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 121 V 0.166 0.154 0.014 0.001 0.648 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 122 V 0.296 0.174 0.029 0.003 0.413 0.002 0.004 0.004 0.001 0.005 0.070 123 N 0.175 0.180 0.087 0.011 0.409 0.004 0.006 0.004 0.005 0.040 0.079 124 A 0.033 0.176 0.224 0.050 0.066 0.022 0.031 0.208 0.146 0.030 0.014 125 D 0.034 0.047 0.042 0.026 0.039 0.058 0.179 0.324 0.123 0.102 0.027 126 E 0.034 0.380 0.177 0.071 0.115 0.021 0.038 0.038 0.029 0.076 0.022 127 G 0.039 0.102 0.139 0.155 0.063 0.065 0.016 0.059 0.050 0.229 0.084 128 Y 0.250 0.112 0.021 0.005 0.297 0.008 0.025 0.099 0.059 0.061 0.061 129 V 0.282 0.151 0.025 0.005 0.391 0.004 0.005 0.036 0.021 0.022 0.058 130 E 0.119 0.271 0.053 0.005 0.426 0.005 0.017 0.061 0.017 0.013 0.013 131 L 0.385 0.082 0.020 0.008 0.256 0.011 0.022 0.104 0.024 0.024 0.062 132 I 0.059 0.345 0.090 0.028 0.239 0.027 0.026 0.114 0.034 0.020 0.017 133 E 0.260 0.112 0.037 0.005 0.254 0.004 0.014 0.074 0.038 0.107 0.094 134 L 0.076 0.310 0.111 0.022 0.193 0.012 0.019 0.138 0.070 0.028 0.022 135 E 0.087 0.167 0.082 0.029 0.161 0.034 0.064 0.188 0.085 0.064 0.040 136 H 0.105 0.105 0.045 0.023 0.127 0.025 0.053 0.187 0.132 0.146 0.052 137 H 0.062 0.161 0.095 0.045 0.126 0.036 0.062 0.168 0.103 0.099 0.043 138 H 0.103 0.147 0.084 0.031 0.156 0.024 0.044 0.145 0.089 0.114 0.062 139 H 0.083 0.107 0.042 0.019 0.122 0.021 0.049 0.206 0.170 0.134 0.047 140 H 0.065 0.119 0.070 0.037 0.110 0.038 0.078 0.190 0.126 0.121 0.045 141 H 0.084 0.179 0.105 0.032 0.155 0.021 0.048 0.152 0.084 0.094 0.046